Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07846
• Subject: XR_001751875.1
• Aligned Length: 4192
• Identities: 3034
• Gaps: 1157

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AGTGACGGGCGCAGCCTCGGCAGCGGCGGCGGCGGAGCCCTGAGGCGACAGCAGCTGCGGGAGGCGACGGGCTG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CGGCCTGCGGAACCTGAGGCAGCTGGGGAGGGCCGGGCGCGCCGGCCGGATAGCGAGCCGCGCTGGCGGCGGCG  148

Query    1  ---------ATGATGGAGATCCAGATGGACGAGGGCGGCGGCGTGGTGGTGTACCAGGACGACTACTGCTCCGG  65
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GTGGCCGCGATGATGGAGATCCAGATGGACGAGGGCGGCGGCGTGGTGGTGTACCAGGACGACTACTGCTCCGG  222

Query   66  CTCGGTGATGTCGGAGCGGGTGTCGGGCCTGGCGGGCTCCATCTACCGCGAGTTCGAGCGCCTCATCCACTGCT  139
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CTCGGTGATGTCGGAGCGGGTGTCGGGCCTGGCGGGCTCCATCTACCGCGAGTTCGAGCGCCTCATCCACTGCT  296

Query  140  ACGACGAGGAGGTGGTCAAGGAGCTCATGCCGCTGGTGGTGAACGTGCTGGAGAACCTAGACTCGGTGCTCAGC  213
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACGACGAGGAGGTGGTCAAGGAGCTCATGCCGCTGGTGGTGAACGTGCTGGAGAACCTAGACTCGGTGCTCAGC  370

Query  214  GAGAACCAGGAGCACGAGGTGGAGCTGGAGCTGCTGCGCGAGGACAACGAGCAGCTGCTCACCCAGTACGAGCG  287
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GAGAACCAGGAGCACGAGGTGGAGCTGGAGCTGCTGCGCGAGGACAACGAGCAGCTGCTCACCCAGTACGAGCG  444

Query  288  TGAGAAGGCGCTGCGCAGGCAGGCGGAGGAGAAATTCATTGAGTTTGAAGATGCTCTGGAACAAGAGAAGAAAG  361
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TGAGAAGGCGCTGCGCAGGCAGGCGGAGGAGAAATTCATTGAGTTTGAAGATGCTCTGGAACAAGAGAAGAAAG  518

Query  362  AGCTGCAAATCCAGGTGGAGCACTACGAGTTCCAGACGCGCCAGCTGGAGCTGAAGGCCAAGAACTATGCCGAT  435
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGCTGCAAATCCAGGTGGAGCACTACGAGTTCCAGACGCGCCAGCTGGAGCTGAAGGCCAAGAACTATGCCGAT  592

Query  436  CAGATTTCCCGGTTGGAGGAGCGGGAGTCGGAGATGAAGAAGGAGTACAATGCCCTGCACCAGCGGCACACAGA  509
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CAGATTTCCCGGTTGGAGGAGCGGGAGTCGGAGATGAAGAAGGAGTACAATGCCCTGCACCAGCGGCACACAGA  666

Query  510  GATGATACAGACCTACGTGGAGCACATTGAGAGGTCCAAGATGCAGCAGGTCGGAGGAAACAGCCAGACCGAGA  583
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GATGATACAGACCTACGTGGAGCACATTGAGAGGTCCAAGATGCAGCAGGTCGGAGGAAACAGCCAGACCGAGA  740

Query  584  GCAGCCTGCCGGGGCGG---------------------------AGGAAGGAGCGCCCCACCTCCCTGAACGTG  630
            |||||||||||||||||                           ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCAGCCTGCCGGGGCGGAGTCCTCGTCAGTCGTGGAGGAAAAGCAGGAAGGAGCGCCCCACCTCCCTGAACGTG  814

Query  631  TTCCCCCTGGCTGACGGCACGGTACGTGCACAGATCGGGGGCAAGCTCGTGCCTGCGGGGGACCACTGGCACCT  704
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTCCCCCTGGCTGACGGCACGGTACGTGCACAGATCGGGGGCAAGCTCGTGCCTGCGGGGGACCACTGGCACCT  888

Query  705  GAGTGACCTCGGCCAGCTGCAGTCCAGCTCCAGCTACCAGTGTCCACAGGATGAAATGTCCGAGTCAGGCCAGT  778
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GAGTGACCTCGGCCAGCTGCAGTCCAGCTCCAGCTACCAGTGTCCACAGGATGAAATGTCCGAGTCAGGCCAGT  962

Query  779  CCTCGGCGGCCGCCACACCCAGCACCACAGGCACCAAGTCCAACACGCCCACATCCTCCGTGCCCTCGGCCGCC  852
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CCTCGGCGGCCGCCACACCCAGCACCACAGGCACCAAGTCCAACACGCCCACATCCTCCGTGCCCTCGGCCGCC  1036

Query  853  GTCACACCCCTCAACGAGAGCCTGCAGCCCCTGGGGGACTATGGCGTGGGCTCCAAGAACAGCAAGCGTGCCCG  926
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GTCACACCCCTCAACGAGAGCCTGCAGCCCCTGGGGGACTATGGCGTGGGCTCCAAGAACAGCAAGCGTGCCCG  1110

Query  927  GGAGAAGCGCGACAGCCGCAACATGGAAGTACAGGTCACCCAGGAGATGCGCAACGTCAGTATAGGCATGGGCA  1000
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GGAGAAGCGCGACAGCCGCAACATGGAAGTACAGGTCACCCAGGAGATGCGCAACGTCAGTATAGGCATGGGCA  1184

Query 1001  GCAGTGACGAGTGGTCTGATGTTCAAGACATTATTGACTCCACGCCAGAGCTGGACATGTGTCCAGAGACCCGC  1074
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCAGTGACGAGTGGTCTGATGTTCAAGACATTATTGACTCCACGCCAGAGCTGGACATGTGTCCAGAGACCCGC  1258

Query 1075  CTGGACCGCACAGGAAGCAGCCCAACCCAGGGCATCGTGAACAAAGCTTTCGGCATCAACACCGACTCCCTGTA  1148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTGGACCGCACAGGAAGCAGCCCAACCCAGGGCATCGTGAACAAAGCTTTCGGCATCAACACCGACTCCCTGTA  1332

Query 1149  CCATGAGCTGTCGACGGCAGGGTCTGAGGTCATCGGGGATGTGGACGAAGGGGCCGACCTCCTAGGGGAGTTCT  1222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CCATGAGCTGTCGACGGCAGGGTCTGAGGTCATCGGGGATGTGGACGAAGGGGCCGACCTCCTAGGGGAGTTCT  1406

Query 1223  CAGTGCGCGATGATTTCTTTGGAATGGGCAAAGAAGTGGGGAATCTGCTACTGGAAAACTCACAGCTTCTGGAA  1296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CAGTGCGCGATGATTTCTTTGGAATGGGCAAAGAAGTGGGGAATCTGCTACTGGAAAACTCACAGCTTCTGGAA  1480

Query 1297  ACCAAAAACGCCTTGAATGTGGTGAAGAATGACCTGATTGCCAAGGTCGACCAGCTGTCCGGGGAGCAGGAGGT  1370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ACCAAAAACGCCTTGAATGTGGTGAAGAATGACCTGATTGCCAAGGTCGACCAGCTGTCCGGGGAGCAGGAGGT  1554

Query 1371  GCTGAGGGGCGAGTTGGAGGCTGCTAAGCAGGCCAAAGTCAAGCTGGAAAACCGTATCAAGGAGCTGGAAGAGG  1444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GCTGAGGGGCGAGTTGGAGGCTGCTAAGCAGGCCAAAGTCAAGCTGGAAAACCGTATCAAGGAGCTGGAAGAGG  1628

Query 1445  AACTGAAAAGAGTGAAGTCCGAGGCCATCATCGCCCGCCGTGAACCCAAAGAAGAGGCGGAGGATGTAAGCAGC  1518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AACTGAAAAGAGTGAAGTCCGAGGCCATCATCGCCCGCCGTGAACCCAAAGAAGAGGCGGAGGATGTAAGCAGC  1702

Query 1519  TATCTCTGTACAGAATCGGACAAAATCCCCATGGCCCAGCGCCGCCGCTTCACGCGGGTGGAGATGGCCCGTGT  1592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TATCTCTGTACAGAATCGGACAAAATCCCCATGGCCCAGCGCCGCCGCTTCACGCGGGTGGAGATGGCCCGTGT  1776

Query 1593  GCTCATGGAGCGGAACCAGTACAAGGAGCGGCTGATGGAGCTGCAGGAGGCTGTGCGGTGGACTGAGATGATCA  1666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GCTCATGGAGCGGAACCAGTACAAGGAGCGGCTGATGGAGCTGCAGGAGGCTGTGCGGTGGACTGAGATGATCA  1850

Query 1667  GAGCGTCCCGAGAGCACCCATCCGTCCAGGAGAAGAAGAAGTCGACCATCTGGCAGTTCTTCAGCCGCCTCTTC  1740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GAGCGTCCCGAGAGCACCCATCCGTCCAGGAGAAGAAGAAGTCGACCATCTGGCAGTTCTTCAGCCGCCTCTTC  1924

Query 1741  AGCTCTTCCTCCAGCCCCCCTCCGGCCAAGCGCCCCTATCCCTCGGTGAACATCCACTACAAGTCACCCACCAC  1814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGCTCTTCCTCCAGCCCCCCTCCGGCCAAGCGCCCCTATCCCTCGGTGAACATCCACTACAAGTCACCCACCAC  1998

Query 1815  TGCCGGCTTCAGCCAGCGCCGCAACCATGCCATGTGCCCGATCTCGGCAGGCAGCCGGCCCCTGGAATTCTTCC  1888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  TGCCGGCTTCAGCCAGCGCCGCAACCATGCCATGTGCCCGATCTCGGCAGGCAGCCGGCCCCTGGAATTCTTCC  2072

Query 1889  CTGACGACGACTGCACGTCCTCCGCCCGTCGAGAGCAGAAGCGCGAGCAGTACCGCCAGGTGCGTGAGCACGTG  1962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CTGACGACGACTGCACGTCCTCCGCCCGTCGAGAGCAGAAGCGCGAGCAGTACCGCCAGGTGCGTGAGCACGTG  2146

Query 1963  CGTAACGACGACGGCCGTCTGCAGGCCTGCGGCTGGAGCCTGCCCGCCAAGTACAAGCAGCTGAGTCCCAACGG  2036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CGTAACGACGACGGCCGTCTGCAGGCCTGCGGCTGGAGCCTGCCCGCCAAGTACAAGCAGCTGAGTCCCAACGG  2220

Query 2037  GGGCCAGGAGGACACGCGGATGAAGAACGTGCCGGTGCCGGTGTACTGCCGCCCTCTGGTGGAGAAGGACCCCA  2110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GGGCCAGGAGGACACGCGGATGAAGAACGTGCCGGTGCCGGTGTACTGCCGCCCTCTGGTGGAGAAGGACCCCA  2294

Query 2111  CCATGAAGCTGTGGTGTGCCGCGGGCGTCAACCTGAGCGGGTGGAGGCCCAATGAGGACGACGCTGGGAATGGA  2184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CCATGAAGCTGTGGTGTGCCGCGGGCGTCAACCTGAGCGGGTGGAGGCCCAATGAGGACGACGCTGGGAATGGA  2368

Query 2185  GTCAAGCCAGCGCCAGGCCGCGATCCCCTGACCTGCGACCGAGAAGGAGACGGCGAGCCCAAGAGCGCCCACAC  2258
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  GTCAAGCCAGCGCCAGGCCGCGATCCCCTGACCTGCGACCGCGAAGGAGACGGCGAGCCCAAGAGCGCCCACAC  2442

Query 2259  GTCTCCCGAGAAGAAGAAGGCCAAGGAGCTCCCTGAAATGGACGCCACCTCCAGCCGGGTGTGGATCCTGACCA  2332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GTCTCCCGAGAAGAAGAAGGCCAAGGAGCTCCCTGAAATGGACGCCACCTCCAGCCGGGTGTGGATCCTGACCA  2516

Query 2333  GCACCCTGACCACCAGCAAGGTGGTGATCATCGACGCCAACCAGCCGGGCACGGTGGTGGACCAGTTCACCGTC  2406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GCACCCTGACCACCAGCAAGGTGGTGATCATCGACGCCAACCAGCCGGGCACGGTGGTGGACCAGTTCACCGTC  2590

Query 2407  TGCAACGCGCACGTGCTGTGCATCTCCAGCATCCCCGCGGCCAGCGACAGCGACTACCCTCCCGGGGAGATGTT  2480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TGCAACGCGCACGTGCTGTGCATCTCCAGCATCCCCGCGGCCAGCGACAGCGACTACCCTCCCGGGGAGATGTT  2664

Query 2481  CCTGGACAGCGACGTGAACCCAGAGGACCCGGGCGCAGATGGCGTGCTGGCCGGTATCACCCTGGTGGGCTGTG  2554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CCTGGACAGCGACGTGAACCCAGAGGACCCGGGCGCAGATGGCGTGCTGGCCGGTATCACCCTGGTGGGCTGTG  2738

Query 2555  CCACCCGCTGCAACGTGCCGCGGAGCAACTGCTCCTCCCGAGGGGACACCCCAGTGCTAGACAAGGGGCAGGGG  2628
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
Sbjct 2739  CCACCCGCTGCAACGTGCCGCGGAGCAACTGCTCCTCCCGAGGGGACACCCCAGTGCTAGACAAGGGGCAG---  2809

Query 2629  GAGGTGGCCACCATCGCCAACGGGAAGGTCAACCCGTCCCAGTCCACAGAGGAGGCCACAGAGGCCACGGAGGT  2702
                                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810  -----------------------------------------GTCCACAGAGGAGGCCACAGAGGCCACGGAGGT  2842

Query 2703  GCCAGACCCTGGGCCCAGCGAGCCAGAGACAGCCACATTGCGGCCCGGGCCTCTCACAGAGCACGTCTTCACTG  2776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2843  GCCAGACCCTGGGCCCAGCGAGCCAGAGACAGCCACATTGCGGCCCGGGCCTCTCACAGAGCACGTCTTCACTG  2916

Query 2777  ACCCAGCCCCGACCCCGTCCTCTGGCCCCCAGCCTGGCAGCGAGAACGGGCCAGAGCCTGACAGCAGCAGCACA  2850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2917  ACCCAGCCCCGACCCCGTCCTCTGGCCCCCAGCCTGGCAGCGAGAACGGGCCAGAGCCTGACAGCAGCAGCACA  2990

Query 2851  CGGCCAGAGCCAGAGCCCAGCGGGGACCCCACGGGAGCAGGCAGCAGTGCTGCACCCACCATGTGGCTGGGAGC  2924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2991  CGGCCAGAGCCAGAGCCCAGCGGGGACCCCACGGGAGCAGGCAGCAGTGCTGCACCCACCATGTGGCTGGGAGC  3064

Query 2925  CCAGAACGGCTGGCTCTATGTGCACTCGGCTGTGGCCAACTGGAAGAAGTGCCTGCACTCCATCAAGCTGAAGG  2998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3065  CCAGAACGGCTGGCTCTATGTGCACTCGGCTGTGGCCAACTGGAAGAAGTGCCTGCACTCCATCAAGCTGAAGG  3138

Query 2999  ATTCTGTGCTGAGCCTGGTGCATGTCAAAGGCCGTGTGCTGGTGGCTCTGGCGGACGGGACCCTGGCCATCTTC  3072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3139  ATTCTGTGCTGAGCCTGGTGCATGTCAAAGGCCGTGTGCTGGTGGCTCTGGCGGACGGGACCCTGGCCATCTTC  3212

Query 3073  CACCGTGGTGAAGATGGCCAGTGGGATCTGAGCAACTATCACCTAATGGACCTGGGCCACCCGCACCACTCCAT  3146
            |||||||                                                                   
Sbjct 3213  CACCGTG-------------------------------------------------------------------  3219

Query 3147  CCGCTGCATGGCTGTTGTGTACGACCGCGTGTGGTGTGGCTACAAGAACAAGGTGCACGTCATCCAGCCCAAGA  3220
                                                                                      
Sbjct 3220  --------------------------------------------------------------------------  3219

Query 3221  CCATGCAGATAGAGAAGTCATTTGACGCCCACCCGCGGCGGGAGAGCCAGGTGCGGCAGCTGGCGTGGATCGGC  3294
                                                                                      
Sbjct 3220  --------------------------------------------------------------------------  3219

Query 3295  GATGGCGTATGGGTGTCCATCCGCCTGGACTCCACCCTGAGGCTCTACCATGCACACACGCACCAGCATCTACA  3368
                                                                                      
Sbjct 3220  --------------------------------------------------------------------------  3219

Query 3369  GGACGTGGACATTGAGCCCTACGTCAGCAAGATGCTAGGCACTGGCAAGCTGGGTTTCTCCTTCGTACGCATCA  3442
                                                                                      
Sbjct 3220  --------------------------------------------------------------------------  3219

Query 3443  CGGCCCTGCTTGTCGCGGGCAGCCGGCTCTGGGTGGGCACCGGCAACGGAGTGGTCATCTCCATCCCCCTGACA  3516
                                                                                      
Sbjct 3220  --------------------------------------------------------------------------  3219

Query 3517  GAGACTGTGGTCCTGCACCGAGGCCAGCTCCTGGGGCTCCGAGCCAATAAGACATCCCCCACCTCTGGGGAGGG  3590
                                                                                      
Sbjct 3220  --------------------------------------------------------------------------  3219

Query 3591  CGCCCGTCCCGGGGGCATCATCCACGTGTATGGCGATGACAGCAGTGACAGGGCGGCCAGCAGCTTCATCCCCT  3664
                                                                                      
Sbjct 3220  --------------------------------------------------------------------------  3219

Query 3665  ACTGCTCCATGGCCCAGGCCCAGCTATGCTTCCATGGGCACCGCGATGCCGTGAAGTTCTTTGTCTCGGTGCCA  3738
                                                                                      
Sbjct 3220  --------------------------------------------------------------------------  3219

Query 3739  GGGAACGTGCTGGCCACCCTGAATGGCAGTGTGCTGGACAGCCCAGCCGAGGGCCCTGGGCCAGCTGCCCCTGC  3812
                                                                                      
Sbjct 3220  --------------------------------------------------------------------------  3219

Query 3813  CTCGGAGGTCGAGGGCCAGAAGCTGCGGAACGTGCTGGTGCTGAGCGGCGGGGAGGGCTACATCGACTTCCGCA  3886
                                                                                      
Sbjct 3220  --------------------------------------------------------------------------  3219

Query 3887  TTGGAGACGGAGAGGACGACGAGACGGAGGAGGGCGCAGGGGACATGAGCCAGGTGAAGCCCGTGCTGTCCAAG  3960
                                                                                      
Sbjct 3220  --------------------------------------------------------------------------  3219

Query 3961  GCAGAGCGCAGTCACATCATCGTGTGGCAGGTGTCCTACACCCCCGAG  4008
                                                            
Sbjct 3220  ------------------------------------------------  3219