Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07849
- Subject:
- NM_001354343.1
- Aligned Length:
- 4056
- Identities:
- 3338
- Gaps:
- 714
Alignment
Query 1 ATGGCTCACACCACAAAGGTTAACGGCAGTGCCTCAGGAAAAGCAGGTGATATTCTCAGTGGAGACCAGGACAA 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GGAACAGAAAGACCCTTACTTTGTGGAGACCCCCTATGGTTATCAACTAGACTTAGATTTCCTCAAATATGTGG 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 ATGACATACAGAAGGGAAATACCATCAAAAGACTGAACATCCAGAAGAGGCGGAAGCCGTCCGTGCCATGCCCA 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 GAACCCAGGACCACATCTGGTCAGCAAGGTATATGGACTTCCACTGAATCCCTCTCATCCTCCAACAGTGATGA 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 CAACAAGCAGTGCCCCAACTTCCTCATAGCCAGAAGTCAAGTTACATCAACTCCAATCTCAAAGCCACCTCCCC 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 CTCTGGAGACCTCACTCCCTTTTCTTACCATCCCAGAAAATCGACAGCTGCCACCTCCCTCACCACAACTCCCA 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 AAGCATAACCTTCATGTCACCAAGACACTGATGGAGACCCGGAGAAGACTGGAACAGGAGAGAGCCACCATGCA 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ------------------------------ATGGAGACCCGGAGAAGACTGGAACAGGAGAGAGCCACCATGCA 44
Query 519 GATGACACCGGGTGAGTTCAGAAGGCCCAGGCTGGCCAGTTTTGGAGGCATGGGCACCACAAGCTCCCTCCCTT 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 45 GATGACACCGGGTGAGTTCAGAAGGCCCAGGCTGGCCAGTTTTGGAGGCATGGGCACCACAAGCTCCCTCCCTT 118
Query 593 CTTTTGTGGGTTCTGGAAACCACAAGCCTGCCAAGCACCAGCTTCAGAATGGATACCAAGGTAATGGGGATTAT 666
|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 CTTTTGTGGGTTCTGGAAACCACAATCCTGCCAAGCACCAGCTTCAGAATGGATACCAAGGTAATGGGGATTAT 192
Query 667 GGTAGCTATGCCCCAGCTGCTCCCACCACTTCCTCCATGGGGAGCTCCATCCGCCACAGCCCCCTGAGCTCAGG 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 193 GGTAGCTATGCCCCAGCTGCTCCCACCACTTCCTCCATGGGGAGCTCCATCCGCCACAGCCCCCTGAGCTCAGG 266
Query 741 GATCTCCACCCCAGTGACCAACGTGAGCCCCATGCACCTGCAGCACATCCGCGAGCAGATGGCCATTGCTCTGA 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 267 GATCTCCACCCCAGTGACCAACGTGAGCCCCATGCACCTGCAGCACATCCGCGAGCAGATGGCCATTGCTCTGA 340
Query 815 AACGCCTGAAGGAGCTGGAGGAGCAGGTGCGAACCATCCCTGTGCTCCAGGTAAAGATCTCTGTCTTGCAAGAA 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 341 AACGCCTGAAGGAGCTGGAGGAGCAGGTGCGAACCATCCCTGTGCTCCAGGTAAAGATCTCTGTCTTGCAAGAA 414
Query 889 GAGAAAAGGCAGTTGGTCTCACAGCTGAAAAACCAAAGGGCTGCATCCCAGATCAATGTCTGTGGTGTGAGGAA 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 GAGAAAAGGCAGTTGGTCTCACAGCTGAAAAACCAAAGGGCTGCATCCCAGATCAATGTCTGTGGTGTGAGGAA 488
Query 963 GCGGTCCTATAGTGCGGGGAACGCCTCCCAGCTGGAACAGCTCTCCCGGGCCCGAAGAAGTGGCGGGGAATTAT 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 GCGGTCCTATAGTGCGGGGAACGCCTCCCAGCTGGAACAGCTCTCCCGGGCCCGAAGAAGTGGCGGGGAATTAT 562
Query 1037 ACATTGACTATGAGGAGGAAGAAATGGAGACCGTAGAACAGAGCACGCAGAGGATAAAGGAGTTCCGGCAACTT 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 563 ACATTGACTATGAGGAGGAAGAAATGGAGACCGTAGAACAGAGCACGCAGAGGATAAAGGAGTTCCGGCAACTT 636
Query 1111 ACAGCAGACATGCAAGCCCTGGAGCAGAAGATCCAGGACAGCAGCTGTGAGGCCTCCTCAGAGCTCAGGGAGAA 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 637 ACAGCAGACATGCAAGCCCTGGAGCAGAAGATCCAGGACAGCAGCTGTGAGGCCTCCTCAGAGCTCAGGGAGAA 710
Query 1185 TGGAGAGTGCCGGTCTGTGGCTGTGGGTGCCGAGGAGAACATGAACGACATCGTCGTGTACCACAGAGGCTCCA 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 TGGAGAGTGCCGGTCTGTGGCTGTGGGTGCCGAGGAGAACATGAACGACATCGTCGTGTACCACAGAGGCTCCA 784
Query 1259 GGTCCTGTAAGGATGCAGCTGTAGGGACACTTGTTCAGATGAGAAATTGTGGGGTCAGCGTGACAGAGGCCATG 1332
|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 785 GGTCCTGTAAGGATGCAGCTGTAGGGACACTTGTTGAGATGAGAAATTGTGGGGTCAGCGTGACAGAGGCCATG 858
Query 1333 CTTGGAGTGATGACTGAAGCTGACAAAGAAATTGAGCTGCAACAGCAGACCATAGAATCCTTGAAGGAAAAGAT 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 859 CTTGGAGTGATGACTGAAGCTGACAAAGAAATTGAGCTGCAACAGCAGACCATAGAATCCTTGAAGGAAAAGAT 932
Query 1407 CTATCGCCTAGAAGTACAGCTTAGAGAAACCACCCATGACCGGGAGATGACTAAACTGAAACAAGAGCTGCAGG 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 933 CTATCGCCTAGAAGTACAGCTTAGAGAAACCACCCATGACCGGGAGATGACTAAACTGAAACAAGAGCTGCAGG 1006
Query 1481 CTGCTGGATCGAGGAAAAAGGTTGACAAAGCCACGATGGCCCAGCCGCTTGTTTTCAGTAAGGTGGTGGAGGCA 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 CTGCTGGATCGAGGAAAAAGGTTGACAAAGCCACGATGGCCCAGCCGCTTGTTTTCAGTAAGGTGGTGGAGGCA 1080
Query 1555 GTGGTGCAGACCAGAGACCAAATGGTCGGCAGTCACATGGACCTGGTGGACACGTGTGTTGGGACCTCCGTGGA 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GTGGTGCAGACCAGAGACCAAATGGTCGGCAGTCACATGGACCTGGTGGACACGTGTGTTGGGACCTCCGTGGA 1154
Query 1629 AACAAACAGTGTAGGCATCTCCTGCCAGCCTGAATGTAAGAATAAAGTCGTAGGGCCTGAGCTGCCTATGAATT 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 AACAAACAGTGTAGGCATCTCCTGCCAGCCTGAATGTAAGAATAAAGTCGTAGGGCCTGAGCTGCCTATGAATT 1228
Query 1703 GGTGGATTGTTAAGGAGAGGGTGGAAATGCATGACCGATGTGCTGGGAGGTCTGTGGAAATGTGTGACAAGAGT 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229 GGTGGATTGTTAAGGAGAGGGTGGAAATGCATGACCGATGTGCTGGGAGGTCTGTGGAAATGTGTGACAAGAGT 1302
Query 1777 GTGAGTGTGGAAGTCAGCGTCTGCGAAACAGGCAGCAACACAGAGGAGTCTGTGAATGACCTCACACTCCTCAA 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1303 GTGAGTGTGGAAGTCAGCGTCTGCGAAACAGGCAGCAACACAGAGGAGTCTGTGAACGACCTCACACTCCTCAA 1376
Query 1851 GACAAACTTGAATCTCAAAGAAGTGCGGTCTATCGGTTGTGGAGATTGTTCTGTTGACGTGACCGTCTGCTCTC 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GACAAACTTGAATCTCAAAGAAGTGCGGTCTATCGGTTGTGGAGATTGTTCTGTTGACGTGACCGTCTGCTCTC 1450
Query 1925 CAAAGGAGTGCGCCTCCCGGGGCGTGAACACTGAGGCTGTTAGCCAGGTGGAAGCTGCCGTCATGGCAGTGCCT 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1451 CAAAGGAGTGCGCCTCCCGGGGCGTGAACACTGAGGCTGTTAGCCAGGTGGAAGCTGCCGTCATGGCAGTGCCT 1524
Query 1999 CGTACTGCAGACCAGGACACTAGCACAGATTTGGAACAGGTGCACCAGTTCACCAACACCGAGACGGCCACCCT 2072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 CGTACTGCAGACCAGGACACTAGCACAGATTTGGAACAGGTGCACCAGTTCACCAACACCGAGACGGCCACCCT 1598
Query 2073 CATAGAGTCCTGCACCAACACTTGTCTAAGCACTTTGGACAAGCAGACCAGCACCCAGACTGTGGAGACGCGGA 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 CATAGAGTCCTGCACCAACACTTGTCTAAGCACTTTGGACAAGCAGACCAGCACCCAGACTGTGGAGACGCGGA 1672
Query 2147 CAGTAGCTGTAGGAGAAGGCCGTGTCAAGGACATCAACTCCTCCACCAAGACGCGGTCCATTGGTGTTGGAACG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 CAGTAGCTGTAGGAGAAGGCCGTGTCAAGGACATCAACTCCTCCACCAAGACGCGGTCCATTGGTGTTGGAACG 1746
Query 2221 TTGCTTTCTGGCCATTCTGGGTTTGACAGGCCATCAGCTGTGAAGACCAAAGAGTCAGGTGTGGGGCAGATAAA 2294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 TTGCTTTCTGGCCATTCTGGGTTTGACAGGCCATCAGCTGTGAAGACCAAAGAGTCAGGTGTGGGGCAGATAAA 1820
Query 2295 TATTAACGACAACTATCTGGTTGGTCTCAAAATGAGGACTATAGCTTGTGGGCCACCACAGTTGACTGTGGGGC 2368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1821 TATTAACGACAACTATCTGGTTGGTCTCAAAATGAGGACTATAGCTTGTGGGCCACCACAGTTGACTGTGGGGC 1894
Query 2369 TGACAGCCAGCAGAAGGAGCGTGGGGGTTGGGGATGACCCTGTAGGGGAATCTCTGGAGAACCCCCAGCCTCAA 2442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1895 TGACAGCCAGCAGAAGGAGCGTGGGGGTTGGGGATGACCCTGTAGGGGAATCTCTGGAGAACCCCCAGCCTCAA 1968
Query 2443 GCTCCACTTGGAATGATGACTGGCCTGGATCACTACATTGAGCGTATCCAGAAGCTGCTGGCAGAACAGCAGAC 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 GCTCCACTTGGAATGATGACTGGCCTGGATCACTACATTGAGCGTATCCAGAAGCTGCTGGCAGAACAGCAGAC 2042
Query 2517 ACTGCTGGCTGAGAACTACAGTGAACTGGCAGAAGCTTTCGGGGAACCTCACTCACAGATGGGCTCCCTCAACT 2590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 ACTGCTGGCTGAGAACTACAGTGAACTGGCAGAAGCTTTCGGGGAACCTCACTCACAGATGGGCTCCCTCAACT 2116
Query 2591 CTCAGCTCATCAGCACCCTGTCGTCTATCAACTCTGTCATGAAATCTGCAAGCACTGAAGAGCTGAGGAACCCT 2664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2117 CTCAGCTCATCAGCACCCTGTCGTCTATCAACTCTGTCATGAAATCTGCAAGCACTGAAGAGCTGAGGAACCCT 2190
Query 2665 GACTTCCAGAAAACCAGTCTGGGTAAAATCACAGGCAATTATTTGGGATATACCTGTAAGTGTGGGGGCCTTCA 2738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2191 GACTTCCAGAAAACCAGTCTGGGTAAAATCACAGGCAATTATTTGGGATATACCTGTAAGTGTGGGGGCCTTCA 2264
Query 2739 GTCAGGAAGTCCCTTAAGCTCCCAGACATCCCAGCCTGAGCAAGAAGTGGGGACCTCAGAAGGAAAGCCAATCA 2812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 GTCAGGAAGTCCCTTAAGCTCCCAGACATCCCAGCCTGAGCAAGAAGTGGGGACCTCAGAAGGAAAGCCAATCA 2338
Query 2813 GCAGCCTGGATGCCTTCCCCACTCAGGAAGGTACGCTGTCTCCAGTGAACCTGACAGACGACCAGATCGCCGCT 2886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 GCAGCCTGGATGCCTTCCCCACTCAGGAAGGTACGCTGTCTCCAGTGAACCTGACAGACGACCAGATCGCCGCT 2412
Query 2887 GGCCTCTATGCATGTACAAACAATGAAAGTACACTGAAGTCCATCATGAAGAAGAAAGATGGTAACAAAGATTC 2960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2413 GGCCTCTATGCATGTACAAACAATGAAAGTACACTGAAGTCCATCATGAAGAAGAAAGATGGTAACAAAGATTC 2486
Query 2961 AAATGGCGCAAAAAAGAATCTTCAGTTTGTTGGCATTAATGGAGGGTATGAAACAACTTCAAGTGATGATTCCA 3034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2487 AAATGGCGCAAAAAAGAATCTTCAGTTTGTTGGCATTAATGGAG------------------------------ 2530
Query 3035 GCTCAGATGAAAGCTCTTCTTCCGAGTCAGATGACGAGTGTGATGTCATTGAGTATCCTCTTGAAGAAGAGGAG 3108
Sbjct 2531 -------------------------------------------------------------------------- 2530
Query 3109 GAGGAGGAGGATGAAGACACTCGGGGAATGGCAGAAGGGCACCATGCAGTTAATATTGAAGGTTTGAAGTCTGC 3182
Sbjct 2531 -------------------------------------------------------------------------- 2530
Query 3183 CAGGGTGGAAGATGAAATGCAGGTTCAAGAATGTGAACCTGAGAAGGTGGAAATCAGAGAGAGGTATGAATTAA 3256
||||||||||||
Sbjct 2531 --------------------------------------------------------------GGTATGAATTAA 2542
Query 3257 GTGAAAAGATGTTGTCTGCATGCAACTTACTGAAAAATACTATAAATGACCCCAAAGCTTTGACCAGCAAAGAT 3330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2543 GTGAAAAGATGTTGTCTGCATGCAACTTACTGAAAAATACTATAAATGACCCCAAAGCTTTGACCAGCAAAGAT 2616
Query 3331 ATGAGGTTCTGTCTGAACACCCTCCAGCACGAGTGGTTCCGCGTGTCCAGTCAGAAGTCAGCCATTCCAGCCAT 3404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2617 ATGAGGTTCTGTCTGAACACCCTCCAGCACGAGTGGTTCCGCGTGTCCAGTCAGAAGTCAGCCATTCCAGCCAT 2690
Query 3405 GGTGGGGGACTACATAGCTGCTTTTGAGGCCATTTCCCCAGATGTCCTCCGCTATGTCATCAACTTGGCAGACG 3478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2691 GGTGGGGGACTACATAGCTGCTTTTGAGGCCATTTCCCCAGATGTCCTCCGCTATGTCATCAACTTGGCAGACG 2764
Query 3479 GCAACGGCAACACAGCCCTCCATTACAGCGTGTCCCACTCCAACTTCGAGATTGTGAAGCTGCTGTTAGATGCC 3552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2765 GCAACGGCAACACAGCCCTCCATTACAGCGTGTCCCACTCCAACTTCGAGATTGTGAAGCTGCTGTTAGATGCC 2838
Query 3553 GATGTGTGTAATGTGGATCACCAGAACAAGGCAGGCTACACCCCCATCATGTTGGCGGCCCTCGCCGCTGTGGA 3626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2839 GATGTGTGTAATGTGGATCACCAGAACAAGGCAGGCTACACCCCCATCATGTTGGCGGCCCTCGCCGCTGTGGA 2912
Query 3627 AGCAGAGAAGGACATGCGGATTGTGGAAGAACTCTTTGGCTGTGGGGATGTGAATGCCAAAGCTAGTCAGGCGG 3700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2913 AGCAGAGAAGGACATGCGGATTGTGGAAGAACTCTTCGGCTGTGGGGATGTGAATGCCAAAGCTAGTCAGGCGG 2986
Query 3701 GACAGACGGCCCTCATGCTGGCGGTCAGTCACGGACGGATAGACATGGTGAAGGGCCTTCTGGCCTGTGGGGCT 3774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2987 GACAGACGGCCCTCATGCTGGCGGTCAGTCACGGACGGATAGACATGGTGAAGGGCCTTCTGGCCTGTGGGGCT 3060
Query 3775 GATGTCAACATCCAGGATGACGAGGGCTCCACGGCCCTCATGTGTGCCAGCGAGCACGGGCACGTGGAGATTGT 3848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3061 GATGTCAACATCCAGGATGACGAGGGCTCCACGGCCCTCATGTGTGCCAGCGAGCACGGGCACGTGGAGATTGT 3134
Query 3849 CAAGCTGCTGCTGGCCCAGCCCGGCTGCAACGGTCACCTAGAGGACAACGATGGCAGCACTGCGCTCTCAATCG 3922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3135 CAAGCTGCTGCTGGCCCAGCCCGGCTGCAACGGTCACCTAGAGGACAACGATGGCAGCACTGCGCTCTCAATCG 3208
Query 3923 CCCTGGAAGCAGGACACAAGGACATCGCTGTTCTTCTGTATGCCCATGTCAACTTTGCAAAAGCCCAGTCTCCG 3996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3209 CCCTGGAAGCAGGACACAAGGACATCGCTGTTCTTCTGTATGCCCATGTCAACTTTGCAAAAGCCCAGTCTCCG 3282
Query 3997 GGCACCCCTAGGCTTGGAAGGAAGACGTCTCCTGGCCCCACCCACCGAGGTTCATTTGAT 4056
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3283 GGCACCCCTAGGCTTGGAAGGAAGACGTCTCCTGGCCCCACCCACCGAGGTTCATTTGAT 3342