Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_07852
Subject:
NM_001145896.1
Aligned Length:
3670
Identities:
2838
Gaps:
362

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAAAGGCATGAGCCATGAGCCCAAGTCCCCTTCCATAGGGATGCTTTCCACGGCGACCAGGACCACCGCCAC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CGTCAACCCCCTCACCCCCTCGCCACTCAATGGCGCCCTGGTGCCCACCGGTAGCCCGGCCACCAGCAGTACGC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TGTCGGCCCAGGCCGCTCCATCCTCCAGCTTTGCTGCCGCACTGCGCAAGCTCGCCAAACAGGCAGAGGAGCCC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  AGAGGGTCCTCACTGAGCAGCGAGTCATCTCCAGTGTCCTCTCCAGCCACCAACCATAGCTCTCCAGCTAGCAC  296

Query    1  ----------------ATGGGCCCTATCATCGTCCCCCCTGGGGGCCACAGCGTGCCCAGCACCCCCCCCGTGG  58
                            ||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||.||||
Sbjct  297  GCCCAAACGAGTGCCCATGGGCCCCATCATCGTCCCCCCCGGGGGTCACAGTGTCCCCAGCACTCCCCCAGTGG  370

Query   59  TGACCATCGCTCCAACCAAAACCGTGAATGGTGTCTGGAGGAGTGAGAGCCGGCAGGATGCCGGCT--CCAGG-  129
            |.||.||.||.||.||.||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||..|.||||  |.||| 
Sbjct  371  TCACTATTGCCCCCACTAAAACCGTCAATGGAGTCTGGAGAAGCGAGAGCCGCCAGGACTCTGGCTCACGAGGC  444

Query  130  AGCAGCAGTGGAGGTCGGGAACGCCTCATT-GTGGAGCCCCCGCTCCCTCAGGAGAAGGCAGGGGGACCAGCCA  202
            |||||||||   ||||||||.||||| ||| ||||||||.||.|||.|.|||||.|||||.|.|||.||.||||
Sbjct  445  AGCAGCAGT---GGTCGGGAGCGCCT-ATTGGTGGAGCCACCTCTCGCCCAGGAAAAGGCTGCGGGCCCCGCCA  514

Query  203  TCCCCTCGCACCTGCTCAGCACCCCCTACCCCTTCGGCCTCTCCCCCAGCTCAGTTGTGCAGGATTCCCGCTTC  276
            |||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||.||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct  515  TCCCCTCCCACCTACTCAGCACCCCGTACCCCTTTGGCCTTTCCCCCGGCTCAGTTGTACAGGACTCCCGCTTC  588

Query  277  CCGCCACTCAACCTCCAGCGGCCCGTGCACCACGTGGTGCCCCCCAGTACCGTGACCGAGGACTACCTGAGAAG  350
            |..||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||.|||||||
Sbjct  589  CAACCACTCAACCTCCAGCGGCCTGTGCACCATGTGGTGCCCCCCAGCACGGTGACTGAGGACTACTTGAGAAG  662

Query  351  CTTCCGGCCCTACCACACCACCGACGACCTCCGCATGTCCTCACTGCCTCCCCTCGGCCTGGACCCGGCCACTG  424
            ||||||||||||||||||..|.||.|||.|.|||||||||||..|||||||.||.|||||||||||.|||||.|
Sbjct  663  CTTCCGGCCCTACCACACTGCTGAAGACTTACGCATGTCCTCCTTGCCTCCGCTTGGCCTGGACCCAGCCACCG  736

Query  425  CTGCAGCCTACTACCACCCCAGCTACCTGGCCCCACACCCCTTCCCCCACCCGGCCTTCAGGATGGACGACTCC  498
            |.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  737  CCGCAGCCTACTATCACCCCAGCTACCTGGCCCCACACCCATTCCCCCACCCGGCCTTCAGGATGGATGACTCC  810

Query  499  TACTGCCTGTCTGCCCTGAGGTCCCCGTTCTACCCCATCCCCACCCCCGGCTCCCTGCCCCCACTGCACCCATC  572
            ||.||||||||.|||.|.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.||
Sbjct  811  TATTGCCTGTCAGCCTTAAGGTCTCCGTTCTACCCCATCCCCACCCCTGGCTCCCTGCCTCCACTGCATCCGTC  884

Query  573  AGCGATGCACCTGCACCTCTCTGGGGTCCGCTACCCTCCCGAGCTCTCCCACTCATCCCTGGCAGCGCTGCACT  646
            .||||||||||||||.|||||.||.||.||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||
Sbjct  885  GGCGATGCACCTGCATCTCTCCGGCGTACGGTATCCTCCTGAGCTCTCCCACTCGTCCCTGGCGGCGCTACACT  958

Query  647  CGGAGCGCATGTCTGGCCTCAGCGCGGAGAGGCTGCAGATGGACGAGGAGCTAAGGCGGGAGAGGGAGCGCGAG  720
            |||||||.|||||..|||||||.||.||||||.||||.|||||||||||.||..|||||||||      |.|||
Sbjct  959  CGGAGCGGATGTCCAGCCTCAGTGCAGAGAGGTTGCAAATGGACGAGGAACTGCGGCGGGAGA------GAGAG  1026

Query  721  CGCGAGCGCGAGCGTGAGCGTGAGGCTGACCGCGAGCGGGAGAAGGAACGTGAGCGCG---AACGCGAGAAGGA  791
            ||.|||||.||.||.||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|   |.||.||||||||
Sbjct 1027  CGAGAGCGGGAACGGGAACGGGAGGCCGACCGGGAGCGGGAGAAGGAGCGGGAGCGGGAGCAGCGGGAGAAGGA  1100

Query  792  GCGCGAGCAAGAGAAGGAGCGTGAGCGTGAGAAGGAGCGCGAGCGCGAGCTGGAGCGCCAGCGGGAGCAGCGGG  865
            |||.|||.|.|||..||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1101  GCGGGAGAAGGAGCTGGAGCGCGAGCGGGAGAAGGAACGGGAGCGCGAGCTGGAGCGGCAGCGGGAGCAGCGGG  1174

Query  866  CCCGGGAGAAGGAGCTGCTGGCCGCCAAGGCCCTGGAGC---CCAGCTTCCTGCCCGTGGCCGAGCTGCATGGG  936
            |..|||||||||||||||||||.|||||||||.|.||||   |||.|||||||||.||||||||||||||.||.
Sbjct 1175  CGAGGGAGAAGGAGCTGCTGGCTGCCAAGGCCTTAGAGCCCACCACCTTCCTGCCTGTGGCCGAGCTGCACGGA  1248

Query  937  CTGCGTGGCCATGCCACTGAGGAGCGGGGCAAGCCCTCGGAGCAGCTGACCCCAACCCGAGCAGAGAAGCTGAA  1010
            ||.||.||.||...|||.|||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249  CTCCGAGGTCACAGCACGGAGGAGCGGCCCAAGCCCTCGGAGCAGCTGACCCCAACCCGAGCAGAGAAGCTGAA  1322

Query 1011  GGATGCCGGCCTGCAGGCGCCCAAGCCCGTCCAACACCCCTTGCATCCGGTGCCCACCCCACACCACACGGTGC  1084
            |||.|..|||.|||||||||||||||||||.||.|||||..||||.||.|||||..||||||||||||||||||
Sbjct 1323  GGACGTGGGCTTGCAGGCGCCCAAGCCCGTGCAGCACCCTCTGCACCCAGTGCCTGCCCCACACCACACGGTGC  1396

Query 1085  CCAGCCTCATCTCCAACCATGGCATCTTCTCTCTGCCTAGCAGCAGTGCTGCCACAGCCCTGCTGATCCAGCGC  1158
            |||||||||||||||.|||.||||||||||||||||||.|.|||||.||..||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1397  CCAGCCTCATCTCCAGCCACGGCATCTTCTCTCTGCCTGGAAGCAGCGCCACCACCGCCCTGCTGATCCAGCGC  1470

Query 1159  ACCAATGAGGAGGAGAAGTGGCTGGCGCGGCAGCGGCGGCTGCGGCAGGAGAAGGAGGACCGGCAGTCTCAGGT  1232
            |||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||
Sbjct 1471  ACCAACGAGGAGGAGAAGTGGCTGGCACGGCAGCGCCGCCTGCGGCAGGAGAAGGAAGACCGCCAGTCCCAGGT  1544

Query 1233  GTCCGAGTTCCGGCAGCAGGTGCTGGAGCAGCACCTGGATATGGGCCGGCCCCCGGTGCCGGCGGAGGCAGAGC  1306
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||..||||||||||||.||||||..|.|||||.||||
Sbjct 1545  GTCCGAGTTCCGGCAGCAGGTCCTGGAGCAGCACCTAGACCTGGGCCGGCCCCTGGTGCCCACAGAGGCGGAGC  1618

Query 1307  ACAGGCCGGAGAGCACCACCAGGCCAGGACCAAACCGTCACGAGCCAGGTGGCCGTGACCCTCCGCAGCACTTT  1380
            |||||||.|||||   |||||||||||||.|||||||.||.||||..||..|||||||.||.||.|||||||||
Sbjct 1619  ACAGGCCCGAGAG---CACCAGGCCAGGAACAAACCGGCATGAGCAGGGCAGCCGTGAACCCCCACAGCACTTT  1689

Query 1381  GGGGGGCCACCACCTCTGATTTCGCCCAAGCCCCAGCTCCATGCTGCACCCACGGCCCTCTGGAACCCCGTGTC  1454
            ||.||.||.|||||.||.||.||.|||||||||||||..||..|.|.||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 1690  GGTGGCCCTCCACCCCTCATCTCACCCAAGCCCCAGCAGCACACCGTACCCACAGCCCTCTGGAACCCAGTGTC  1763

Query 1455  CCTGATGGACAACACCTTGGAGACGCGGCGGGCCGAAAGCCACTCTCTGCACAGCCACCCGGCTGCATTTGAGC  1528
            .|||||||||||..|..|||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.||||.|||||||
Sbjct 1764  TCTGATGGACAATGCTCTGGAGACGCGGCGGGCCGAGAGCCACTCTCTGCATAGCCACCCGACTGCTTTTGAGC  1837

Query 1529  CCAGCCGCCAGGCAGCCGTGCCGCTGGTGAAGGTGGAGCGGGTCTTCTGCCCGGAGAAAGCAGAGGAGGGGCCA  1602
            |||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.|..|||.|.|||||.||||||||   |||.
Sbjct 1838  CCAGCCGCCAGGCCGCCGTGCCACTGGTGAAGGTGGAGCGAGTTTATTGCTCAGAGAAGGCAGAGGA---GCCC  1908

Query 1603  CGGAAGCGTGAGCCTGCCCCTCTGGACAAGTACCAGCCACCTCCGCCGCCACCA------CGAGAGGGAGGGAG  1670
            ||||||||||||.|..|.||.||||||||.|||||||||||.||.||.||||||      ||.||||.|||.||
Sbjct 1909  CGGAAGCGTGAGGCCACACCACTGGACAAATACCAGCCACCACCACCACCACCACCACCGCGGGAGGCAGGAAG  1982

Query 1671  CCTGGAGCACCAGCCCTTCCTGCCCGGGCCCGGGCCCTTCCTGGCTGAGCTCGAGAAGTCCACCCAGACCATCC  1744
            .|||||||..|||.||||.|..|.|||.||.|||||.|||||..||||.||.||.|||||.||.|||||||||.
Sbjct 1983  TCTGGAGCCTCAGACCTTTCCCCACGGACCTGGGCCTTTCCTTACTGAACTTGAAAAGTCAACACAGACCATCT  2056

Query 1745  TGGGCCAGCAGCGGGCCTCCCTCCCACAGGCGGCCACCTTCGGGGAGCTCAGCGGACCCCTGAAGCCTGGCTCG  1818
            ||||||||||||||.||||.||..|.|||||..||.||||||||||||||||.||.||.|||||.||.|||||.
Sbjct 2057  TGGGCCAGCAGCGGCCCTCTCTTTCCCAGGCAACCTCCTTCGGGGAGCTCAGTGGGCCTCTGAAACCAGGCTCT  2130

Query 1819  CCCTACCGGC-CCCCAGTGCCACGGGCCCCCGACCCTGCCTACATCTATGATGAGTTCCTGCAGCAGCGCCGGA  1891
            ||.|||.|.| |||||..||.| |||.||||||.||.|||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||
Sbjct 2131  CCGTACTGCCACCCCACAGCGA-GGGGCCCCGATCCAGCCTACATCTACGATGAGTTTCTTCAGCAGCGACGGA  2203

Query 1892  GGCTGGTCAGCAAGCTGGACCTGGAGGAGCGCAGGCGGCGGGAGGCCCAGGAGAAAGGGTACTACTACGACCTC  1965
            .||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204  AGCTGGTCAGCAAACTGGACCTGGAGGAACGCAGGCGGCGCGAGGCCCAGGAGAAAGGGTACTACTACGACCTC  2277

Query 1966  GATGACTCTTACGACGAGAGCGATGAGGAGGAGGTCAGGGCCCACCTCCGTTGCGTGGCCGAGCAGCCGCCCCT  2039
            ||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 2278  GATGACTCGTACGACGAGAGTGACGAGGAGGAGGTCAGGGCACACCTCCGCTGTGTGGCTGAGCAGCCGCCCCT  2351

Query 2040  CAAACTGGACACGTCCTCTGAGAAGCTAGAGTTTTTGCAACTTTTTGGCTTGACCACCCAACAGCAGAAGGAGG  2113
            ||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352  CAAACTGGACACATCCTCGGAGAAGCTAGAGTTCTTGCAACTTTTTGGCTTGACCACCCAACAGCAGAAGGAGG  2425

Query 2114  AATTGGTGGCCCAGAAGCGGAGGAAGCGGCGGAGGATGCTGCGAGAGAGAAGCCCGTCGCCCCCAACAATTCAG  2187
            ||.|||||||.||||||||..||||||||.||.|||||||..|||||||||||||||||||.||..|..|||||
Sbjct 2426  AACTGGTGGCGCAGAAGCGCCGGAAGCGGAGGCGGATGCTCAGAGAGAGAAGCCCGTCGCCACCTGCCGTTCAG  2499

Query 2188  AGCAAGCGGCAGACGCCTTCACCGAGACTGGCGCTGTCTACCCGCTACAGCCCTGATGAGATGAACAACAGTCC  2261
            .|||||||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.||
Sbjct 2500  TGCAAGCGACAGACGCCTTCCCCCAGGCTGGCTCTGTCCACCCGCTACAGCCCCGACGAGATGAACAACAGCCC  2573

Query 2262  CAACTTCGAAGAAAAGAAGAAGTTCCTGACCATCTTCAACCTGACCCACATCAGCGCTGAGAAGAGGAAAGACA  2335
            ||||||.||.||.||||.|||||||||||||.||||||||.||||.||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 2574  CAACTTTGAGGAGAAGAGGAAGTTCCTGACCTTCTTCAACTTGACGCACATCAGTGCGGAGAAGAGGAAAGACA  2647

Query 2336  AAGAGAGACTTGTTGAAATGCTCCGTGCCATGAAGCAGAAGGCACTGTCAGCAGCAGTGGCCGACTCCTTGACA  2409
            |||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||..||||||||.||||||      |||||..|||||
Sbjct 2648  AAGAGAGGCTTGTTGAAATGCTCCGAGCCATGAAGCAGAGAGCACTGTCCGCAGCA------GACTCAGTGACA  2715

Query 2410  AACTCTCCGAGGGACAGTCCTGCCGTCTCCCTGAGTGAACCAGCCACGCAGCAAGCCTCTCTGGATGTGGAGAA  2483
            ||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||.|||..||||.||...|||..|
Sbjct 2716  AACTCTTCGAGGGACAGTCCTCCCGTCTCCCTGAGTGAACCAGCCACACAGCCAGCTCCTCTAGAGACGGATCA  2789

Query 2484  GCCGGTTGGTGCTGCTGCTTCCTTGTCTGACATCCCAAAGGCCGCGGAGCCTGGGAAGCTGGAACAGGTCCGGC  2557
            |||.||.||.|...||||.||||||||.||..||||||||.||.|||||.|.||||..|||||||||.||||||
Sbjct 2790  GCCTGTCGGGGTCCCTGCCTCCTTGTCAGATGTCCCAAAGACCACGGAGACCGGGAGACTGGAACAGCTCCGGC  2863

Query 2558  CCCAGGAGCTGTCGAGAGTCCAGGAGCTAGCTCCTGCCAGCGGGGAGAAGGCCAGGCTGAGCGAGGCCCCTGGA  2631
            ||||||||||.|.||||||||||||||..||||||.||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2864  CCCAGGAGCTCTTGAGAGTCCAGGAGCCGGCTCCTCCCAGTGGTGAGAAGGCCAGGCTGAGCGAGGCCCCTGGT  2937

Query 2632  GGCAAAAAGAGTCTGAGCATGCTTCACTATATCCGGGGCGCTGCACCCAAGGACATTCCTGTGCCGCTGTCCCA  2705
            |||||.|||||.|||||||||||.||.||..||||||||||.||.|||||||||||||||||||||.||||.||
Sbjct 2938  GGCAAGAAGAGCCTGAGCATGCTCCATTACCTCCGGGGCGCCGCGCCCAAGGACATTCCTGTGCCGTTGTCTCA  3011

Query 2706  CAGCACCAATGGGAAGAGCAAGCCGTGGGAGCCCTTTGTGGCAGAAGAGTTTGCACATCAGTTCCACGAGTCAG  2779
            |||||.|||.||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 3012  CAGCATCAACGGGAAGAGCAAGCCCTGGGAGCCTTTCGTGGCCGAAGAGTTTGCACATCAATTCCACGAGTCCG  3085

Query 2780  TGCTGCAGTCCACCCAGAAGGCCCTGCAGAAGCATAAAGGGAGCGTGGCTGTGCTGTCTGCAGAGCAGAACCAC  2853
            |||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||.|...|||.||||.|||||||||||||.||||
Sbjct 3086  TGCTGCAGTCCACACAGAAGGCTCTGCAGAAGCATAAAGGGAACTCTGCTTTGCTATCTGCAGAGCAGAGCCAC  3159

Query 2854  AAGGTTGACACGTCCGTCCACTACAACATTCCTGAGCTGCAGTCCTCCAGCCGCG-CCCCTCCACCCCAGCACA  2926
            ||.||.||||||.|..||||||||||||||||.||||||||||||||||||.|.| ||||| ..||||||||||
Sbjct 3160  AAAGTCGACACGGCAATCCACTACAACATTCCCGAGCTGCAGTCCTCCAGCAGGGTCCCCT-TGCCCCAGCACA  3232

Query 2927  ATGGGCAGCAGGAGCCCCCCACTGCAAGGAAGGGCCCCCCAACCCAGGAGTTGGACCGGGACTCGGAGGAGGAG  3000
            ||||.||.||||||||.||.|..|..|||||||||||.||.|..||||||..|||||.||||||.||||||||.
Sbjct 3233  ATGGACAACAGGAGCCTCCAATGGGGAGGAAGGGCCCTCCTATGCAGGAGGCGGACCAGGACTCTGAGGAGGAC  3306

Query 3001  GAAGAGGAGGATGATGAAGATGGA-GAAGATGAGGAGGAAGTCCCCAAGCGCAAGTGGCAAGGGATCGAGGCCG  3073
            ...||||||||....||    ||| ||||.|   |||||||.|||.|.||||.|||||||||||||.|||||..
Sbjct 3307  TCTGAGGAGGACAGCGA----GGAGGAAGCT---GAGGAAGCCCCGAGGCGCCAGTGGCAAGGGATTGAGGCAA  3373

Query 3074  TTTTTGAAGCTTACCAGGAACACATAGAAGAGCAAAATCTGGAGCGGCAGGTGTTACAGACACAATGTAGACGA  3147
            |.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.|||||.||.||..|.||.
Sbjct 3374  TCTTTGAAGCTTACCAGGAACACATAGAAGAGCAAAACCTGGAGCGGCAGGTGCTGCAGACGCAGTGCCGGCGG  3447

Query 3148  CTGGAGGCCCGGCACTACAGCCTCAGCCTGACGGCAGAGCAGCTCTCCCACAGCGTGGCGGAGTTGAGGAGCCA  3221
            .|||||||.|.|.|||||||||||||||||||.||.||||||||.||.||||||.||||||||.|..||||.||
Sbjct 3448  TTGGAGGCGCAGAACTACAGCCTCAGCCTGACTGCGGAGCAGCTGTCTCACAGCATGGCGGAGCTTCGGAGTCA  3521

Query 3222  GAAACAGAAGATGGTCTCAGAAAGGGAGCGGCTCCAGGCAGAACTGGACCACTTACGAAAGTGCCTTGCCTTGC  3295
            ||||||||||||||||||.||..||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 3522  GAAACAGAAGATGGTCTCTGAGCGGGAGCGGCTCCAGGCGGAGCTGGACCACTTGCGGAAGTGCCTTGCCTTGC  3595

Query 3296  CTGCAATGCACTGGCCTAGGGGCTACCTGAAGGGATATCCCAGG  3339
            |..|.|||||||||||||||||||||.|.|||||||||||.|||
Sbjct 3596  CCACCATGCACTGGCCTAGGGGCTACTTTAAGGGATATCCGAGG  3639