Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07852
- Subject:
- NM_001145896.1
- Aligned Length:
- 3670
- Identities:
- 2838
- Gaps:
- 362
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGAAAGGCATGAGCCATGAGCCCAAGTCCCCTTCCATAGGGATGCTTTCCACGGCGACCAGGACCACCGCCAC 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 CGTCAACCCCCTCACCCCCTCGCCACTCAATGGCGCCCTGGTGCCCACCGGTAGCCCGGCCACCAGCAGTACGC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 TGTCGGCCCAGGCCGCTCCATCCTCCAGCTTTGCTGCCGCACTGCGCAAGCTCGCCAAACAGGCAGAGGAGCCC 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 AGAGGGTCCTCACTGAGCAGCGAGTCATCTCCAGTGTCCTCTCCAGCCACCAACCATAGCTCTCCAGCTAGCAC 296
Query 1 ----------------ATGGGCCCTATCATCGTCCCCCCTGGGGGCCACAGCGTGCCCAGCACCCCCCCCGTGG 58
||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||.||||
Sbjct 297 GCCCAAACGAGTGCCCATGGGCCCCATCATCGTCCCCCCCGGGGGTCACAGTGTCCCCAGCACTCCCCCAGTGG 370
Query 59 TGACCATCGCTCCAACCAAAACCGTGAATGGTGTCTGGAGGAGTGAGAGCCGGCAGGATGCCGGCT--CCAGG- 129
|.||.||.||.||.||.||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||..|.|||| |.|||
Sbjct 371 TCACTATTGCCCCCACTAAAACCGTCAATGGAGTCTGGAGAAGCGAGAGCCGCCAGGACTCTGGCTCACGAGGC 444
Query 130 AGCAGCAGTGGAGGTCGGGAACGCCTCATT-GTGGAGCCCCCGCTCCCTCAGGAGAAGGCAGGGGGACCAGCCA 202
||||||||| ||||||||.||||| ||| ||||||||.||.|||.|.|||||.|||||.|.|||.||.||||
Sbjct 445 AGCAGCAGT---GGTCGGGAGCGCCT-ATTGGTGGAGCCACCTCTCGCCCAGGAAAAGGCTGCGGGCCCCGCCA 514
Query 203 TCCCCTCGCACCTGCTCAGCACCCCCTACCCCTTCGGCCTCTCCCCCAGCTCAGTTGTGCAGGATTCCCGCTTC 276
|||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||.||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 515 TCCCCTCCCACCTACTCAGCACCCCGTACCCCTTTGGCCTTTCCCCCGGCTCAGTTGTACAGGACTCCCGCTTC 588
Query 277 CCGCCACTCAACCTCCAGCGGCCCGTGCACCACGTGGTGCCCCCCAGTACCGTGACCGAGGACTACCTGAGAAG 350
|..||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||.|||||||
Sbjct 589 CAACCACTCAACCTCCAGCGGCCTGTGCACCATGTGGTGCCCCCCAGCACGGTGACTGAGGACTACTTGAGAAG 662
Query 351 CTTCCGGCCCTACCACACCACCGACGACCTCCGCATGTCCTCACTGCCTCCCCTCGGCCTGGACCCGGCCACTG 424
||||||||||||||||||..|.||.|||.|.|||||||||||..|||||||.||.|||||||||||.|||||.|
Sbjct 663 CTTCCGGCCCTACCACACTGCTGAAGACTTACGCATGTCCTCCTTGCCTCCGCTTGGCCTGGACCCAGCCACCG 736
Query 425 CTGCAGCCTACTACCACCCCAGCTACCTGGCCCCACACCCCTTCCCCCACCCGGCCTTCAGGATGGACGACTCC 498
|.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 737 CCGCAGCCTACTATCACCCCAGCTACCTGGCCCCACACCCATTCCCCCACCCGGCCTTCAGGATGGATGACTCC 810
Query 499 TACTGCCTGTCTGCCCTGAGGTCCCCGTTCTACCCCATCCCCACCCCCGGCTCCCTGCCCCCACTGCACCCATC 572
||.||||||||.|||.|.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.||
Sbjct 811 TATTGCCTGTCAGCCTTAAGGTCTCCGTTCTACCCCATCCCCACCCCTGGCTCCCTGCCTCCACTGCATCCGTC 884
Query 573 AGCGATGCACCTGCACCTCTCTGGGGTCCGCTACCCTCCCGAGCTCTCCCACTCATCCCTGGCAGCGCTGCACT 646
.||||||||||||||.|||||.||.||.||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||
Sbjct 885 GGCGATGCACCTGCATCTCTCCGGCGTACGGTATCCTCCTGAGCTCTCCCACTCGTCCCTGGCGGCGCTACACT 958
Query 647 CGGAGCGCATGTCTGGCCTCAGCGCGGAGAGGCTGCAGATGGACGAGGAGCTAAGGCGGGAGAGGGAGCGCGAG 720
|||||||.|||||..|||||||.||.||||||.||||.|||||||||||.||..||||||||| |.|||
Sbjct 959 CGGAGCGGATGTCCAGCCTCAGTGCAGAGAGGTTGCAAATGGACGAGGAACTGCGGCGGGAGA------GAGAG 1026
Query 721 CGCGAGCGCGAGCGTGAGCGTGAGGCTGACCGCGAGCGGGAGAAGGAACGTGAGCGCG---AACGCGAGAAGGA 791
||.|||||.||.||.||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.| |.||.||||||||
Sbjct 1027 CGAGAGCGGGAACGGGAACGGGAGGCCGACCGGGAGCGGGAGAAGGAGCGGGAGCGGGAGCAGCGGGAGAAGGA 1100
Query 792 GCGCGAGCAAGAGAAGGAGCGTGAGCGTGAGAAGGAGCGCGAGCGCGAGCTGGAGCGCCAGCGGGAGCAGCGGG 865
|||.|||.|.|||..||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1101 GCGGGAGAAGGAGCTGGAGCGCGAGCGGGAGAAGGAACGGGAGCGCGAGCTGGAGCGGCAGCGGGAGCAGCGGG 1174
Query 866 CCCGGGAGAAGGAGCTGCTGGCCGCCAAGGCCCTGGAGC---CCAGCTTCCTGCCCGTGGCCGAGCTGCATGGG 936
|..|||||||||||||||||||.|||||||||.|.|||| |||.|||||||||.||||||||||||||.||.
Sbjct 1175 CGAGGGAGAAGGAGCTGCTGGCTGCCAAGGCCTTAGAGCCCACCACCTTCCTGCCTGTGGCCGAGCTGCACGGA 1248
Query 937 CTGCGTGGCCATGCCACTGAGGAGCGGGGCAAGCCCTCGGAGCAGCTGACCCCAACCCGAGCAGAGAAGCTGAA 1010
||.||.||.||...|||.|||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 CTCCGAGGTCACAGCACGGAGGAGCGGCCCAAGCCCTCGGAGCAGCTGACCCCAACCCGAGCAGAGAAGCTGAA 1322
Query 1011 GGATGCCGGCCTGCAGGCGCCCAAGCCCGTCCAACACCCCTTGCATCCGGTGCCCACCCCACACCACACGGTGC 1084
|||.|..|||.|||||||||||||||||||.||.|||||..||||.||.|||||..||||||||||||||||||
Sbjct 1323 GGACGTGGGCTTGCAGGCGCCCAAGCCCGTGCAGCACCCTCTGCACCCAGTGCCTGCCCCACACCACACGGTGC 1396
Query 1085 CCAGCCTCATCTCCAACCATGGCATCTTCTCTCTGCCTAGCAGCAGTGCTGCCACAGCCCTGCTGATCCAGCGC 1158
|||||||||||||||.|||.||||||||||||||||||.|.|||||.||..||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1397 CCAGCCTCATCTCCAGCCACGGCATCTTCTCTCTGCCTGGAAGCAGCGCCACCACCGCCCTGCTGATCCAGCGC 1470
Query 1159 ACCAATGAGGAGGAGAAGTGGCTGGCGCGGCAGCGGCGGCTGCGGCAGGAGAAGGAGGACCGGCAGTCTCAGGT 1232
|||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||
Sbjct 1471 ACCAACGAGGAGGAGAAGTGGCTGGCACGGCAGCGCCGCCTGCGGCAGGAGAAGGAAGACCGCCAGTCCCAGGT 1544
Query 1233 GTCCGAGTTCCGGCAGCAGGTGCTGGAGCAGCACCTGGATATGGGCCGGCCCCCGGTGCCGGCGGAGGCAGAGC 1306
|||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||..||||||||||||.||||||..|.|||||.||||
Sbjct 1545 GTCCGAGTTCCGGCAGCAGGTCCTGGAGCAGCACCTAGACCTGGGCCGGCCCCTGGTGCCCACAGAGGCGGAGC 1618
Query 1307 ACAGGCCGGAGAGCACCACCAGGCCAGGACCAAACCGTCACGAGCCAGGTGGCCGTGACCCTCCGCAGCACTTT 1380
|||||||.||||| |||||||||||||.|||||||.||.||||..||..|||||||.||.||.|||||||||
Sbjct 1619 ACAGGCCCGAGAG---CACCAGGCCAGGAACAAACCGGCATGAGCAGGGCAGCCGTGAACCCCCACAGCACTTT 1689
Query 1381 GGGGGGCCACCACCTCTGATTTCGCCCAAGCCCCAGCTCCATGCTGCACCCACGGCCCTCTGGAACCCCGTGTC 1454
||.||.||.|||||.||.||.||.|||||||||||||..||..|.|.||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 1690 GGTGGCCCTCCACCCCTCATCTCACCCAAGCCCCAGCAGCACACCGTACCCACAGCCCTCTGGAACCCAGTGTC 1763
Query 1455 CCTGATGGACAACACCTTGGAGACGCGGCGGGCCGAAAGCCACTCTCTGCACAGCCACCCGGCTGCATTTGAGC 1528
.|||||||||||..|..|||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.||||.|||||||
Sbjct 1764 TCTGATGGACAATGCTCTGGAGACGCGGCGGGCCGAGAGCCACTCTCTGCATAGCCACCCGACTGCTTTTGAGC 1837
Query 1529 CCAGCCGCCAGGCAGCCGTGCCGCTGGTGAAGGTGGAGCGGGTCTTCTGCCCGGAGAAAGCAGAGGAGGGGCCA 1602
|||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.|..|||.|.|||||.|||||||| |||.
Sbjct 1838 CCAGCCGCCAGGCCGCCGTGCCACTGGTGAAGGTGGAGCGAGTTTATTGCTCAGAGAAGGCAGAGGA---GCCC 1908
Query 1603 CGGAAGCGTGAGCCTGCCCCTCTGGACAAGTACCAGCCACCTCCGCCGCCACCA------CGAGAGGGAGGGAG 1670
||||||||||||.|..|.||.||||||||.|||||||||||.||.||.|||||| ||.||||.|||.||
Sbjct 1909 CGGAAGCGTGAGGCCACACCACTGGACAAATACCAGCCACCACCACCACCACCACCACCGCGGGAGGCAGGAAG 1982
Query 1671 CCTGGAGCACCAGCCCTTCCTGCCCGGGCCCGGGCCCTTCCTGGCTGAGCTCGAGAAGTCCACCCAGACCATCC 1744
.|||||||..|||.||||.|..|.|||.||.|||||.|||||..||||.||.||.|||||.||.|||||||||.
Sbjct 1983 TCTGGAGCCTCAGACCTTTCCCCACGGACCTGGGCCTTTCCTTACTGAACTTGAAAAGTCAACACAGACCATCT 2056
Query 1745 TGGGCCAGCAGCGGGCCTCCCTCCCACAGGCGGCCACCTTCGGGGAGCTCAGCGGACCCCTGAAGCCTGGCTCG 1818
||||||||||||||.||||.||..|.|||||..||.||||||||||||||||.||.||.|||||.||.|||||.
Sbjct 2057 TGGGCCAGCAGCGGCCCTCTCTTTCCCAGGCAACCTCCTTCGGGGAGCTCAGTGGGCCTCTGAAACCAGGCTCT 2130
Query 1819 CCCTACCGGC-CCCCAGTGCCACGGGCCCCCGACCCTGCCTACATCTATGATGAGTTCCTGCAGCAGCGCCGGA 1891
||.|||.|.| |||||..||.| |||.||||||.||.|||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||
Sbjct 2131 CCGTACTGCCACCCCACAGCGA-GGGGCCCCGATCCAGCCTACATCTACGATGAGTTTCTTCAGCAGCGACGGA 2203
Query 1892 GGCTGGTCAGCAAGCTGGACCTGGAGGAGCGCAGGCGGCGGGAGGCCCAGGAGAAAGGGTACTACTACGACCTC 1965
.||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 AGCTGGTCAGCAAACTGGACCTGGAGGAACGCAGGCGGCGCGAGGCCCAGGAGAAAGGGTACTACTACGACCTC 2277
Query 1966 GATGACTCTTACGACGAGAGCGATGAGGAGGAGGTCAGGGCCCACCTCCGTTGCGTGGCCGAGCAGCCGCCCCT 2039
||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 2278 GATGACTCGTACGACGAGAGTGACGAGGAGGAGGTCAGGGCACACCTCCGCTGTGTGGCTGAGCAGCCGCCCCT 2351
Query 2040 CAAACTGGACACGTCCTCTGAGAAGCTAGAGTTTTTGCAACTTTTTGGCTTGACCACCCAACAGCAGAAGGAGG 2113
||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 CAAACTGGACACATCCTCGGAGAAGCTAGAGTTCTTGCAACTTTTTGGCTTGACCACCCAACAGCAGAAGGAGG 2425
Query 2114 AATTGGTGGCCCAGAAGCGGAGGAAGCGGCGGAGGATGCTGCGAGAGAGAAGCCCGTCGCCCCCAACAATTCAG 2187
||.|||||||.||||||||..||||||||.||.|||||||..|||||||||||||||||||.||..|..|||||
Sbjct 2426 AACTGGTGGCGCAGAAGCGCCGGAAGCGGAGGCGGATGCTCAGAGAGAGAAGCCCGTCGCCACCTGCCGTTCAG 2499
Query 2188 AGCAAGCGGCAGACGCCTTCACCGAGACTGGCGCTGTCTACCCGCTACAGCCCTGATGAGATGAACAACAGTCC 2261
.|||||||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.||
Sbjct 2500 TGCAAGCGACAGACGCCTTCCCCCAGGCTGGCTCTGTCCACCCGCTACAGCCCCGACGAGATGAACAACAGCCC 2573
Query 2262 CAACTTCGAAGAAAAGAAGAAGTTCCTGACCATCTTCAACCTGACCCACATCAGCGCTGAGAAGAGGAAAGACA 2335
||||||.||.||.||||.|||||||||||||.||||||||.||||.||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 2574 CAACTTTGAGGAGAAGAGGAAGTTCCTGACCTTCTTCAACTTGACGCACATCAGTGCGGAGAAGAGGAAAGACA 2647
Query 2336 AAGAGAGACTTGTTGAAATGCTCCGTGCCATGAAGCAGAAGGCACTGTCAGCAGCAGTGGCCGACTCCTTGACA 2409
|||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||..||||||||.|||||| |||||..|||||
Sbjct 2648 AAGAGAGGCTTGTTGAAATGCTCCGAGCCATGAAGCAGAGAGCACTGTCCGCAGCA------GACTCAGTGACA 2715
Query 2410 AACTCTCCGAGGGACAGTCCTGCCGTCTCCCTGAGTGAACCAGCCACGCAGCAAGCCTCTCTGGATGTGGAGAA 2483
||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||.|||..||||.||...|||..|
Sbjct 2716 AACTCTTCGAGGGACAGTCCTCCCGTCTCCCTGAGTGAACCAGCCACACAGCCAGCTCCTCTAGAGACGGATCA 2789
Query 2484 GCCGGTTGGTGCTGCTGCTTCCTTGTCTGACATCCCAAAGGCCGCGGAGCCTGGGAAGCTGGAACAGGTCCGGC 2557
|||.||.||.|...||||.||||||||.||..||||||||.||.|||||.|.||||..|||||||||.||||||
Sbjct 2790 GCCTGTCGGGGTCCCTGCCTCCTTGTCAGATGTCCCAAAGACCACGGAGACCGGGAGACTGGAACAGCTCCGGC 2863
Query 2558 CCCAGGAGCTGTCGAGAGTCCAGGAGCTAGCTCCTGCCAGCGGGGAGAAGGCCAGGCTGAGCGAGGCCCCTGGA 2631
||||||||||.|.||||||||||||||..||||||.||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2864 CCCAGGAGCTCTTGAGAGTCCAGGAGCCGGCTCCTCCCAGTGGTGAGAAGGCCAGGCTGAGCGAGGCCCCTGGT 2937
Query 2632 GGCAAAAAGAGTCTGAGCATGCTTCACTATATCCGGGGCGCTGCACCCAAGGACATTCCTGTGCCGCTGTCCCA 2705
|||||.|||||.|||||||||||.||.||..||||||||||.||.|||||||||||||||||||||.||||.||
Sbjct 2938 GGCAAGAAGAGCCTGAGCATGCTCCATTACCTCCGGGGCGCCGCGCCCAAGGACATTCCTGTGCCGTTGTCTCA 3011
Query 2706 CAGCACCAATGGGAAGAGCAAGCCGTGGGAGCCCTTTGTGGCAGAAGAGTTTGCACATCAGTTCCACGAGTCAG 2779
|||||.|||.||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 3012 CAGCATCAACGGGAAGAGCAAGCCCTGGGAGCCTTTCGTGGCCGAAGAGTTTGCACATCAATTCCACGAGTCCG 3085
Query 2780 TGCTGCAGTCCACCCAGAAGGCCCTGCAGAAGCATAAAGGGAGCGTGGCTGTGCTGTCTGCAGAGCAGAACCAC 2853
|||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||.|...|||.||||.|||||||||||||.||||
Sbjct 3086 TGCTGCAGTCCACACAGAAGGCTCTGCAGAAGCATAAAGGGAACTCTGCTTTGCTATCTGCAGAGCAGAGCCAC 3159
Query 2854 AAGGTTGACACGTCCGTCCACTACAACATTCCTGAGCTGCAGTCCTCCAGCCGCG-CCCCTCCACCCCAGCACA 2926
||.||.||||||.|..||||||||||||||||.||||||||||||||||||.|.| ||||| ..||||||||||
Sbjct 3160 AAAGTCGACACGGCAATCCACTACAACATTCCCGAGCTGCAGTCCTCCAGCAGGGTCCCCT-TGCCCCAGCACA 3232
Query 2927 ATGGGCAGCAGGAGCCCCCCACTGCAAGGAAGGGCCCCCCAACCCAGGAGTTGGACCGGGACTCGGAGGAGGAG 3000
||||.||.||||||||.||.|..|..|||||||||||.||.|..||||||..|||||.||||||.||||||||.
Sbjct 3233 ATGGACAACAGGAGCCTCCAATGGGGAGGAAGGGCCCTCCTATGCAGGAGGCGGACCAGGACTCTGAGGAGGAC 3306
Query 3001 GAAGAGGAGGATGATGAAGATGGA-GAAGATGAGGAGGAAGTCCCCAAGCGCAAGTGGCAAGGGATCGAGGCCG 3073
...||||||||....|| ||| ||||.| |||||||.|||.|.||||.|||||||||||||.|||||..
Sbjct 3307 TCTGAGGAGGACAGCGA----GGAGGAAGCT---GAGGAAGCCCCGAGGCGCCAGTGGCAAGGGATTGAGGCAA 3373
Query 3074 TTTTTGAAGCTTACCAGGAACACATAGAAGAGCAAAATCTGGAGCGGCAGGTGTTACAGACACAATGTAGACGA 3147
|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.|||||.||.||..|.||.
Sbjct 3374 TCTTTGAAGCTTACCAGGAACACATAGAAGAGCAAAACCTGGAGCGGCAGGTGCTGCAGACGCAGTGCCGGCGG 3447
Query 3148 CTGGAGGCCCGGCACTACAGCCTCAGCCTGACGGCAGAGCAGCTCTCCCACAGCGTGGCGGAGTTGAGGAGCCA 3221
.|||||||.|.|.|||||||||||||||||||.||.||||||||.||.||||||.||||||||.|..||||.||
Sbjct 3448 TTGGAGGCGCAGAACTACAGCCTCAGCCTGACTGCGGAGCAGCTGTCTCACAGCATGGCGGAGCTTCGGAGTCA 3521
Query 3222 GAAACAGAAGATGGTCTCAGAAAGGGAGCGGCTCCAGGCAGAACTGGACCACTTACGAAAGTGCCTTGCCTTGC 3295
||||||||||||||||||.||..||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 3522 GAAACAGAAGATGGTCTCTGAGCGGGAGCGGCTCCAGGCGGAGCTGGACCACTTGCGGAAGTGCCTTGCCTTGC 3595
Query 3296 CTGCAATGCACTGGCCTAGGGGCTACCTGAAGGGATATCCCAGG 3339
|..|.|||||||||||||||||||||.|.|||||||||||.|||
Sbjct 3596 CCACCATGCACTGGCCTAGGGGCTACTTTAAGGGATATCCGAGG 3639