Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07852
• Subject: NM_001278184.3
• Aligned Length: 3432
• Identities: 3338
• Gaps: 93

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAAAGGGTCCTCACTGAGCAGCGAGTCGTCCCCCGTGTCCTCTCCGGCCACCAACCACAGCTCCCCCGCCAG  74

Query    1  -------------------ATGGGCCCTATCATCGTCCCCCCTGGGGGCCACAGCGTGCCCAGCACCCCCCCCG  55
                               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CACACCCAAGCGCGTGCCCATGGGCCCTATCATCGTCCCCCCTGGGGGCCACAGCGTGCCCAGCACCCCCCCCG  148

Query   56  TGGTGACCATCGCTCCAACCAAAACCGTGAATGGTGTCTGGAGGAGTGAGAGCCGGCAGGATGCCGGCTCCAGG  129
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGGTGACCATCGCTCCAACCAAAACCGTGAATGGTGTCTGGAGGAGTGAGAGCCGGCAGGATGCCGGCTCCAGG  222

Query  130  AGCAGCAGTGGAGGTCGGGAACGCCTCATTGTGGAGCCCCCGCTCCCTCAGGAGAAGGCAGGGGGACCAGCCAT  203
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGCAGCAGTGGAGGTCGGGAACGCCTCATTGTGGAGCCCCCGCTCCCTCAGGAGAAGGCAGGGGGACCAGCCAT  296

Query  204  CCCCTCGCACCTGCTCAGCACCCCCTACCCCTTCGGCCTCTCCCCCAGCTCAGTTGTGCAGGATTCCCGCTTCC  277
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCCCTCGCACCTGCTCAGCACCCCCTACCCCTTCGGCCTCTCCCCCAGCTCAGTTGTGCAGGATTCCCGCTTCC  370

Query  278  CGCCACTCAACCTCCAGCGGCCCGTGCACCACGTGGTGCCCCCCAGTACCGTGACCGAGGACTACCTGAGAAGC  351
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CGCCACTCAACCTCCAGCGGCCCGTGCACCACGTGGTGCCCCCCAGTACCGTGACCGAGGACTACCTGAGAAGC  444

Query  352  TTCCGGCCCTACCACACCACCGACGACCTCCGCATGTCCTCACTGCCTCCCCTCGGCCTGGACCCGGCCACTGC  425
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTCCGGCCCTACCACACCACCGACGACCTCCGCATGTCCTCACTGCCTCCCCTCGGCCTGGACCCGGCCACTGC  518

Query  426  TGCAGCCTACTACCACCCCAGCTACCTGGCCCCACACCCCTTCCCCCACCCGGCCTTCAGGATGGACGACTCCT  499
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGCAGCCTACTACCACCCCAGCTACCTGGCCCCACACCCCTTCCCCCACCCGGCCTTCAGGATGGACGACTCCT  592

Query  500  ACTGCCTGTCTGCCCTGAGGTCCCCGTTCTACCCCATCCCCACCCCCGGCTCCCTGCCCCCACTGCACCCATCA  573
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACTGCCTGTCTGCCCTGAGGTCCCCGTTCTACCCCATCCCCACCCCCGGCTCCCTGCCCCCACTGCACCCATCA  666

Query  574  GCGATGCACCTGCACCTCTCTGGGGTCCGCTACCCTCCCGAGCTCTCCCACTCATCCCTGGCAGCGCTGCACTC  647
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCGATGCACCTGCACCTCTCTGGGGTCCGCTACCCTCCCGAGCTCTCCCACTCATCCCTGGCAGCGCTGCACTC  740

Query  648  GGAGCGCATGTCTGGCCTCAGCGCGGAGAGGCTGCAGATGGACGAGGAGCTAAGGCGGGAGAGGGAGCGCGAGC  721
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GGAGCGCATGTCTGGCCTCAGCGCGGAGAGGCTGCAGATGGACGAGGAGCTAAGGCGGGAGAGGGAGCGCGAGC  814

Query  722  GCGAGCGCGAGCGTGAGCGTGAGGCTGACCGCGAGCGGGAGAAGGAACGTGAGCGCGAACGCGAGAAGGAGCGC  795
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCGAGCGCGAGCGTGAGCGTGAGGCTGACCGCGAGCGGGAGAAGGAACGTGAGCGCGAACGCGAGAAGGAGCGC  888

Query  796  GAGCAAGAGAAGGAGCGTGAGCGTGAGAAGGAGCGCGAGCGCGAGCTGGAGCGCCAGCGGGAGCAGCGGGCCCG  869
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GAGCAAGAGAAGGAGCGTGAGCGTGAGAAGGAGCGCGAGCGCGAGCTGGAGCGCCAGCGGGAGCAGCGGGCCCG  962

Query  870  GGAGAAGGAGCTGCTGGCCGCCAAGGCCCTGGAGCCCAGCTTCCTGCCCGTGGCCGAGCTGCATGGGCTGCGTG  943
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GGAGAAGGAGCTGCTGGCCGCCAAGGCCCTGGAGCCCAGCTTCCTGCCCGTGGCCGAGCTGCATGGGCTGCGTG  1036

Query  944  GCCATGCCACTGAGGAGCGGGGCAAGCCCTCGGAGCAGCTGACCCCAACCCGAGCAGAGAAGCTGAAGGATGCC  1017
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCCATGCCACTGAGGAGCGGGGCAAGCCCTCGGAGCAGCTGACCCCAACCCGAGCAGAGAAGCTGAAGGATGCC  1110

Query 1018  GGCCTGCAGGCGCCCAAGCCCGTCCAACACCCCTTGCATCCGGTGCCCACCCCACACCACACGGTGCCCAGCCT  1091
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GGCCTGCAGGCGCCCAAGCCCGTCCAACACCCCTTGCATCCGGTGCCCACCCCACACCACACGGTGCCCAGCCT  1184

Query 1092  CATCTCCAACCATGGCATCTTCTCTCTGCCTAGCAGCAGTGCTGCCACAGCCCTGCTGATCCAGCGCACCAATG  1165
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CATCTCCAACCATGGCATCTTCTCTCTGCCTAGCAGCAGTGCTGCCACAGCCCTGCTGATCCAGCGCACCAATG  1258

Query 1166  AGGAGGAGAAGTGGCTGGCGCGGCAGCGGCGGCTGCGGCAGGAGAAGGAGGACCGGCAGTCTCAGGTGTCCGAG  1239
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AGGAGGAGAAGTGGCTGGCGCGGCAGCGGCGGCTGCGGCAGGAGAAGGAGGACCGGCAGTCTCAGGTGTCCGAG  1332

Query 1240  TTCCGGCAGCAGGTGCTGGAGCAGCACCTGGATATGGGCCGGCCCCCGGTGCCGGCGGAGGCAGAGCACAGGCC  1313
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TTCCGGCAGCAGGTGCTGGAGCAGCACCTGGATATGGGCCGGCCCCCGGTGCCGGCGGAGGCAGAGCACAGGCC  1406

Query 1314  GGAGAGCACCACCAGGCCAGGACCAAACCGTCACGAGCCAGGTGGCCGTGACCCTCCGCAGCACTTTGGGGGGC  1387
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGAGAGCACCACCAGGCCAGGACCAAACCGTCACGAGCCAGGTGGCCGTGACCCTCCGCAGCACTTTGGGGGGC  1480

Query 1388  CACCACCTCTGATTTCGCCCAAGCCCCAGCTCCATGCTGCACCCACGGCCCTCTGGAACCCCGTGTCCCTGATG  1461
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CACCACCTCTGATTTCGCCCAAGCCCCAGCTCCATGCTGCACCCACGGCCCTCTGGAACCCCGTGTCCCTGATG  1554

Query 1462  GACAACACCTTGGAGACGCGGCGGGCCGAAAGCCACTCTCTGCACAGCCACCCGGCTGCATTTGAGCCCAGCCG  1535
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GACAACACCTTGGAGACGCGGCGGGCCGAAAGCCACTCTCTGCACAGCCACCCGGCTGCATTTGAGCCCAGCCG  1628

Query 1536  CCAGGCAGCCGTGCCGCTGGTGAAGGTGGAGCGGGTCTTCTGCCCGGAGAAAGCAGAGGAGGGGCCACGGAAGC  1609
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CCAGGCAGCCGTGCCGCTGGTGAAGGTGGAGCGGGTCTTCTGCCCGGAGAAAGCAGAGGAGGGGCCACGGAAGC  1702

Query 1610  GTGAGCCTGCCCCTCTGGACAAGTACCAGCCACCTCCGCCGCCACCACGAGAGGGAGGGAGCCTGGAGCACCAG  1683
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GTGAGCCTGCCCCTCTGGACAAGTACCAGCCACCTCCGCCGCCACCACGAGAGGGAGGGAGCCTGGAGCACCAG  1776

Query 1684  CCCTTCCTGCCCGGGCCCGGGCCCTTCCTGGCTGAGCTCGAGAAGTCCACCCAGACCATCCTGGGCCAGCAGCG  1757
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CCCTTCCTGCCCGGGCCCGGGCCCTTCCTGGCTGAGCTCGAGAAGTCCACCCAGACCATCCTGGGCCAGCAGCG  1850

Query 1758  GGCCTCCCTCCCACAGGCGGCCACCTTCGGGGAGCTCAGCGGACCCCTGAAGCCTGGCTCGCCCTACCGGCCCC  1831
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GGCCTCCCTCCCACAGGCGGCCACCTTCGGGGAGCTCAGCGGACCCCTGAAGCCTGGCTCGCCCTACCGGCCCC  1924

Query 1832  CAGTGCCACGGGCCCCCGACCCTGCCTACATCTATGATGAGTTCCTGCAGCAGCGCCGGAGGCTGGTCAGCAAG  1905
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CAGTGCCACGGGCCCCCGACCCTGCCTACATCTATGATGAGTTCCTGCAGCAGCGCCGGAGGCTGGTCAGCAAG  1998

Query 1906  CTGGACCTGGAGGAGCGCAGGCGGCGGGAGGCCCAGGAGAAAGGGTACTACTACGACCTCGATGACTCTTACGA  1979
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CTGGACCTGGAGGAGCGCAGGCGGCGGGAGGCCCAGGAGAAAGGGTACTACTACGACCTCGATGACTCTTACGA  2072

Query 1980  CGAGAGCGATGAGGAGGAGGTCAGGGCCCACCTCCGTTGCGTGGCCGAGCAGCCGCCCCTCAAACTGGACACGT  2053
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CGAGAGCGATGAGGAGGAGGTCAGGGCCCACCTCCGTTGCGTGGCCGAGCAGCCGCCCCTCAAACTGGACACGT  2146

Query 2054  CCTCTGAGAAGCTAGAGTTTTTGCAACTTTTTGGCTTGACCACCCAACAGCAGAAGGAGGAATTGGTGGCCCAG  2127
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CCTCTGAGAAGCTAGAGTTTTTGCAACTTTTTGGCTTGACCACCCAACAGCAGAAGGAGGAATTGGTGGCCCAG  2220

Query 2128  AAGCGGAGGAAGCGGCGGAGGATGCTGCGAGAGAGAAGCCCGTCGCCCCCAACAATTCAGAGCAAGCGGCAGAC  2201
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AAGCGGAGGAAGCGGCGGAGGATGCTGCGAGAGAGAAGCCCGTCGCCCCCAACAATTCAGAGCAAGCGGCAGAC  2294

Query 2202  GCCTTCACCGAGACTGGCGCTGTCTACCCGCTACAGCCCTGATGAGATGAACAACAGTCCCAACTTCGAAGAAA  2275
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GCCTTCACCGAGACTGGCGCTGTCTACCCGCTACAGCCCTGATGAGATGAACAACAGTCCCAACTTCGAAGAAA  2368

Query 2276  AGAAGAAGTTCCTGACCATCTTCAACCTGACCCACATCAGCGCTGAGAAGAGGAAAGACAAAGAGAGACTTGTT  2349
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AGAAGAAGTTCCTGACCATCTTCAACCTGACCCACATCAGCGCTGAGAAGAGGAAAGACAAAGAGAGACTTGTT  2442

Query 2350  GAAATGCTCCGTGCCATGAAGCAGAAGGCACTGTCAGCAGCAGTGGCCGACTCCTTGACAAACTCTCCGAGGGA  2423
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GAAATGCTCCGTGCCATGAAGCAGAAGGCACTGTCAGCAGCAGTGGCCGACTCCTTGACAAACTCTCCGAGGGA  2516

Query 2424  CAGTCCTGCCGTCTCCCTGAGTGAACCAGCCACGCAGCAAGCCTCTCTGGATGTGGAGAAGCCGGTTGGTGCTG  2497
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2517  CAGTCCTGCCGTCTCCCTGAGTGAACCAGCCACGCAGCAAGCCTCTCTGGATGTGGAGAAGCCGGTTGGTGTTG  2590

Query 2498  CTGCTTCCTTGTCTGACATCCCAAAGGCCGCGGAGCCTGGGAAGCTGGAACAGGTCCGGCCCCAGGAGCTGTCG  2571
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CTGCTTCCTTGTCTGACATCCCAAAGGCCGCGGAGCCTGGGAAGCTGGAACAGGTCCGGCCCCAGGAGCTGTCG  2664

Query 2572  AGAGTCCAGGAGCTAGCTCCTGCCAGCGGGGAGAAGGCCAGGCTGAGCGAGGCCCCTGGAGGCAAAAAGAGTCT  2645
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  AGAGTCCAGGAGCTAGCTCCTGCCAGCGGGGAGAAGGCCAGGCTGAGCGAGGCCCCTGGAGGCAAAAAGAGTCT  2738

Query 2646  GAGCATGCTTCACTATATCCGGGGCGCTGCACCCAAGGACATTCCTGTGCCGCTGTCCCACAGCACCAATGGGA  2719
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  GAGCATGCTTCACTATATCCGGGGCGCTGCACCCAAGGACATTCCTGTGCCGCTGTCCCACAGCACCAATGGGA  2812

Query 2720  AGAGCAAGCCGTGGGAGCCCTTTGTGGCAGAAGAGTTTGCACATCAGTTCCACGAGTCAGTGCTGCAGTCCACC  2793
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  AGAGCAAGCCGTGGGAGCCCTTTGTGGCAGAAGAGTTTGCACATCAGTTCCACGAGTCAGTGCTGCAGTCCACC  2886

Query 2794  CAGAAGGCCCTGCAGAAGCATAAAGGGAGCGTGGCTGTGCTGTCTGCAGAGCAGAACCACAAGGTTGACACGTC  2867
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  CAGAAGGCCCTGCAGAAGCATAAAGGGAGCGTGGCTGTGCTGTCTGCAGAGCAGAACCACAAGGTTGACACGTC  2960

Query 2868  CGTCCACTACAACATTCCTGAGCTGCAGTCCTCCAGCCGCGCCCCTCCACCCCAGCACAATGGGCAGCAGGAGC  2941
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  CGTCCACTACAACATTCCTGAGCTGCAGTCCTCCAGCCGCGCCCCTCCACCCCAGCACAATGGGCAGCAGGAGC  3034

Query 2942  CCCCCACTGCAAGGAAGGGCCCCCCAACCCAGGAGTTGGACCGGGACTCGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGATGAT  3015
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  CCCCCACTGCAAGGAAGGGCCCCCCAACCCAGGAGTTGGACCGGGACTCGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGATGAT  3108

Query 3016  GAAGATGGAGAAGATGAGGAGGAAGTCCCCAAGCGCAAGTGGCAAGGGATCGAGGCCGTTTTTGAAGCTTACCA  3089
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  GAAGATGGAGAAGATGAGGAGGAAGTCCCCAAGCGCAAGTGGCAAGGGATCGAGGCCGTTTTTGAAGCTTACCA  3182

Query 3090  GGAACACATAGAAGAGCAAAATCTGGAGCGGCAGGTGTTACAGACACAATGTAGACGACTGGAGGCCCGGCACT  3163
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  GGAACACATAGAAGAGCAAAATCTGGAGCGGCAGGTGTTACAGACACAATGTAGACGACTGGAGGCCCGGCACT  3256

Query 3164  ACAGCCTCAGCCTGACGGCAGAGCAGCTCTCCCACAGCGTGGCGGAGTTGAGGAGCCAGAAACAGAAGATGGTC  3237
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  ACAGCCTCAGCCTGACGGCAGAGCAGCTCTCCCACAGCGTGGCGGAGTTGAGGAGCCAGAAACAGAAGATGGTC  3330

Query 3238  TCAGAAAGGGAGCGGCTCCAGGCAGAACTGGACCACTTACGAAAGTGCCTTGCCTTGCCTGCAATGCACTGGCC  3311
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  TCAGAAAGGGAGCGGCTCCAGGCAGAACTGGACCACTTACGAAAGTGCCTTGCCTTGCCTGCAATGCACTGGCC  3404

Query 3312  TAGGGGCTACCTGAAGGGATATCCCAGG  3339
            ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  TAGGGGCTACCTGAAGGGATATCCCAGG  3432