Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07875
• Subject: NM_001254732.2
• Aligned Length: 3351
• Identities: 3234
• Gaps: 117

Alignment

Query    1  ATGAAGAAAGCAAGCAGGAGTGTTGGCTCAGTGCCTAAAGTGTCTGCAATAAGTAAAACGCAAACAGCAGAAAA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAGAAAGCAAGCAGGAGTGTTGGCTCAGTGCCTAAAGTGTCTGCAATAAGTAAAACGCAAACAGCAGAAAA  74

Query   75  AATTAAACCTGAAAACAGCTCTTCAGCATCTACGGGAGGCAAACTTGTAAAACCTGGAACAGCAGCATCATTGT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AATTAAACCTGAAAACAGCTCTTCAGCATCTACGGGAGGCAAACTTGTAAAACCTGGAACAGCAGCATCATTGT  148

Query  149  CAAAGACCAAGAGCAGTGATGACCTTTTAGCTGGAATGGCCGGAGGGGTAACGGTGACTAATGGTGTTAAAGGA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAAAGACCAAGAGCAGTGATGACCTTTTAGCTGGAATGGCCGGAGGGGTAACGGTGACTAATGGTGTTAAAGGA  222

Query  223  AAGAAAAGCACCTGCCCATCTGCAGCACCTTCAGCATCTGCCCCTGCCATGACCACCGTGGAGAACAAATCCAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAGAAAAGCACCTGCCCATCTGCAGCACCTTCAGCATCTGCCCCTGCCATGACCACCGTGGAGAACAAATCCAA  296

Query  297  GATTAGCACAGGCACAGCTTCTTCAACCAAGCGGAGCACTTCTACAGGTAATAAAGAATCCAGTTCTACTAGAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GATTAGCACAGGCACAGCTTCTTCAACCAAGCGGAGCACTTCTACAGGTAATAAAGAATCCAGTTCTACTAGAG  370

Query  371  AAAGATTACGTGAACGTACCCGATTAAACCAGAGCAAAAAACTACCTTCTGCAGGTCAGGGAGCTAATGACATG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAAGATTACGTGAACGTACCCGATTAAACCAGAGCAAAAAACTACCTTCTGCAGGTCAGGGAGCTAATGACATG  444

Query  445  GCATTGGCCAAACGTTCCCGCAGTCGAACTGCTACAGAATGTGACGTTCGTATGAGCAAGTCTAAGTCAGACAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCATTGGCCAAACGTTCCCGCAGTCGAACTGCTACAGAATGTGACGTTCGTATGAGCAAGTCTAAGTCAGACAA  518

Query  519  TCAGATCAGTGACAGAGCTGCTTTGGAGGCCAAAGTGAAGGATCTTCTCACGCTGGCAAAAACCAAAGACGTAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TCAGATCAGTGACAGAGCTGCTTTGGAGGCCAAAGTGAAGGATCTTCTCACGCTGGCAAAAACCAAAGACGTAG  592

Query  593  AAATTTTACATTTGAGAAATGAACTGCGAGACATGCGTGCCCAGCTGGGCATTAATGAGGATCATTCTGAGGGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAATTTTACATTTGAGAAATGAACTGCGAGACATGCGTGCCCAGCTGGGCATTAATGAGGATCATTCTGAGGGT  666

Query  667  GATGAAAAATCTGAGAAGGAAACTATTATGGCTCACCAGCCGACTGATGTGGAGTCCACTTTATTGCAGTTGCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GATGAAAAATCTGAGAAGGAAACTATTATGGCTCACCAGCCGACTGATGTGGAGTCCACTTTATTGCAGTTGCA  740

Query  741  GGAACAGAATACTGCCATCCGTGAAGAACTCAACCAGCTGAAAAATGAAAACAGAATGTTAAAGGACAGGTTGA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GGAACAGAATACTGCCATCCGTGAAGAACTCAACCAGCTGAAAAATGAAAACAGAATGTTAAAGGACAGGTTGA  814

Query  815  ATGCATTGGGCTTTTCCCTAGAGCAGAGGTTAGACAATTCTGAAAAACTGTTTGGCTATCAGTCCCTGAGCCCA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATGCATTGGGCTTTTCCCTAGAGCAGAGGTTAGACAATTCTGAAAAACTGTTTGGCTATCAGTCCCTGAGCCCA  888

Query  889  GAAATCACCCCTGGTAACCAGAGCGATGGAGGAGGAACTCTGACTTCTTCAGTGGAAGGCTCTGCCCCTGGCTC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GAAATCACCCCTGGTAACCAGAGCGATGGAGGAGGAACTCTGACTTCTTCAGTGGAAGGCTCTGCCCCTGGCTC  962

Query  963  AGTGGAGGATCTCTTGAGTCAGGATGAAAATACACTAATGGACCATCAGCACAGTAACTCCATGGACAATTTAG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGTGGAGGATCTCTTGAGTCAGGATGAAAATACACTAATGGACCATCAGCACAGTAACTCCATGGACAATTTAG  1036

Query 1037  ACAGTGAGTGCAGTGAGGTCTACCAGCCCCTCACATCGAGCGATGATGCGCTGGATGCACCATCCTCCTCAGAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ACAGTGAGTGCAGTGAGGTCTACCAGCCCCTCACATCGAGCGATGATGCGCTGGATGCACCATCCTCCTCAGAG  1110

Query 1111  TCGGAAGGCATCCCCAGCATAGAGCGCTCCCGGAAGGGGAGCAGCGGGAATGCCAGTGAAGTGTCCGTGGCTTG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TCGGAAGGCATCCCCAGCATAGAGCGCTCCCGGAAGGGGAGCAGCGGGAATGCCAGTGAAGTGTCCGTGGCTTG  1184

Query 1185  CCTGACTGAACGGATACACCAGATGGAAGAGAACCAACACAGTACAAGTGAGGAACTCCAGGCAACCCTGCAAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCTGACTGAACGGATACACCAGATGGAAGAGAACCAACACAGTACAAGTGAGGAACTCCAGGCAACCCTGCAAG  1258

Query 1259  AGCTAGCTGATTTACAGCAGATTACCCAGGAACTGAATAGTGAAAACGAAAGGCTTGGAGAAGAGAAGGTTATT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AGCTAGCTGATTTACAGCAGATTACCCAGGAACTGAATAGTGAAAACGAAAGGCTTGGAGAAGAGAAGGTTATT  1332

Query 1333  CTGATGGAGTCTTTATGTCAGCAGAGCGATAAGTTGGAACACTTTAGTCGACAGATTGAATACTTCCGCTCTCT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTGATGGAGTCTTTATGTCAGCAGAGCGATAAGTTGGAACACTTTAGTCGACAGATTGAATACTTCCGCTCTCT  1406

Query 1407  TCTAGATGAGCATCACATTTCTTATGTCATAGATGAAGATGTAAAAAGTGGGCGCTATATGGAATTAGAGCAAC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TCTAGATGAGCATCACATTTCTTATGTCATAGATGAAGATGTAAAAAGTGGGCGCTATATGGAATTAGAGCAAC  1480

Query 1481  GTTACATGGACCTCGCTGAGAATGCCCGTTTTGAACGGGAGCAGCTTCTTGGTGTCCAGCAGCATTTAAGCAAT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GTTACATGGACCTCGCTGAGAATGCCCGTTTTGAACGGGAGCAGCTTCTTGGTGTCCAGCAGCATTTAAGCAAT  1554

Query 1555  ACTTTGAAAATGGCAGAACAAGACAATAAGGAAGCTCAAGAAATGATAGGGGCACTCAAAGAACGCAGTCACCA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  ACTTTGAAAATGGCAGAACAAGACAATAAGGAAGCTCAAGAAATGATAGGGGCACTCAAAGAACGCAGTCACCA  1628

Query 1629  TATGGAGCGAATTATTGAGTCTGAGCAGAAAGGAAAAGCAGCCTTGGCAGCCACGTTAGAGGAATACAAAGCCA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TATGGAGCGAATTATTGAGTCTGAGCAGAAAGGAAAAGCAGCCTTGGCAGCCACGTTAGAGGAATACAAAGCCA  1702

Query 1703  CAGTGGCCAGTGACCAGATAGAGATGAATCGCCTGAAGGCTCAGCTGGAGAATGAAAAGCAGAAAGTGGCAGAG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CAGTGGCCAGTGACCAGATAGAGATGAATCGCCTGAAGGCTCAGCTGGAGAATGAAAAGCAGAAAGTGGCAGAG  1776

Query 1777  CTGTATTCTATCCATAACTCTGGAGACAAATCTGATATTCAGGACCTCCTGGAGAGTGTCAGGCTGGACAAAGA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CTGTATTCTATCCATAACTCTGGAGACAAATCTGATATTCAGGACCTCCTGGAGAGTGTCAGGCTGGACAAAGA  1850

Query 1851  AAAAGCAGAGACTTTGGCTAGTAGCTTGCAGGAAGATCTGGCTCATACCCGAAATGATGCCAATCGATTACAGG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AAAAGCAGAGACTTTGGCTAGTAGCTTGCAGGAAGATCTGGCTCATACCCGAAATGATGCCAATCGATTACAGG  1924

Query 1925  ATGCCATTGCTAAGGTAGAGGATGAATACCGAGCCTTCCAAGAAGAAGCTAAGAAACAAATTGAAGATTTGAAT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ATGCCATTGCTAAGGTAGAGGATGAATACCGAGCCTTCCAAGAAGAAGCTAAGAAACAAATTGAAGATTTGAAT  1998

Query 1999  ATGACGTTAGAAAAATTAAGATCAGACCTGGATGAAAAAGAAACAGAAAGGAGTGACATGAAAGAAACCATCTT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ATGACGTTAGAAAAATTAAGATCAGACCTGGATGAAAAAGAAACAGAAAGGAGTGACATGAAAGAAACCATCTT  2072

Query 2073  TGAACTTGAAGATGAAGTAGAACAACATCGTGCTGTGAAACTTCATGACAACCTCATTATTTCTGATCTAGAGA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TGAACTTGAAGATGAAGTAGAACAACATCGTGCTGTGAAACTTCATGACAACCTCATTATTTCTGATCTAGAGA  2146

Query 2147  ATACAGTTAAAAAACTCCAGGACCAAAAGCACGACATGGAAAGAGAAATAAAGACACTCCACAGAAGACTTCGG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  ATACAGTTAAAAAACTCCAGGACCAAAAGCACGACATGGAAAGAGAAATAAAGACACTCCACAGAAGACTTCGG  2220

Query 2221  GAAGAATCTGCGGAATGGCGGCAGTTTCAGGCTGATCTCCAGACTGCAGTAGTCATTGCAAATGACATTAAATC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GAAGAATCTGCGGAATGGCGGCAGTTTCAGGCTGATCTCCAGACTGCAGTAGTCATTGCAAATGACATTAAATC  2294

Query 2295  TGAAGCCCAAGAGGAGATTGGTGATCTAAAGCGCCGGTTACATGAGGCTCAAGAAAAAAATGAGAAACTCACAA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  TGAAGCCCAAGAGGAGATTGGTGATCTAAAGCGCCGGTTACATGAGGCTCAAGAAAAAAATGAGAAACTCACAA  2368

Query 2369  AAGAATTGGAGGAAATAAAGTCACGCAAGCAAGAGGAGGAGCGAGGCCGGGTATACAATTACATGAATGCCGTT  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AAGAATTGGAGGAAATAAAGTCACGCAAGCAAGAGGAGGAGCGAGGCCGGGTATACAATTACATGAATGCCGTT  2442

Query 2443  GAGAGAGATTTGGCAGCCTTAAGGCAGGGAATGGGACTGAGTAGAAGGTCCTCGACTTCCTCAGAGCCAACTCC  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GAGAGAGATTTGGCAGCCTTAAGGCAGGGAATGGGACTGAGTAGAAGGTCCTCGACTTCCTCAGAGCCAACTCC  2516

Query 2517  TACAGTAAAAACCCTCATCAAGTCCTTTGACAGTGCATCTCAAGTACCAAACCCTGCTGCAGCTGCAATTCCTC  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TACAGTAAAAACCCTCATCAAGTCCTTTGACAGTGCATCTCAAGTACCAAACCCTGCTGCAGCTGCAATTCCTC  2590

Query 2591  GAACGCCCCTGAGCCCAAGTCCTATGAAAACCCCTCCTGCAGCAGCTGTGTCCCCTATGCAGAGACATTCCATA  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GAACGCCCCTGAGCCCAAGTCCTATGAAAACCCCTCCTGCAGCAGCTGTGTCCCCTATGCAGAGACATTCCATA  2664

Query 2665  AGTGGACCAATCTCAACATCCAAACCCCTGACAGCCCTGTCAGATAAGAGACCAAACTATGGGGAAATCCCTGT  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  AGTGGACCAATCTCAACATCCAAACCCCTGACAGCCCTGTCAGATAAGAGACCAAACTATGGGGAAATCCCTGT  2738

Query 2739  TCAAGAGCATCTGTTAAGAACATCTTCAGCCAGCCGGCCTGCTTCCCTGCCAAGAGTGCCTGCGATGGAAAGTG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TCAAGAGCATCTGTTAAGAACATCTTCAGCCAGCCGGCCTGCTTCCCTGCCAAGAGTGCCTGCGATGGAAAGTG  2812

Query 2813  CCAAGACCCTCTCAGTGTCTCGACGAAGTAGTGAAGAAATGAAACGGGACATTTCTGCACAGGAGGGAGCGTCG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  CCAAGACCCTCTCAGTGTCTCGACGAAGTAGTGAAGAAATGAAACGGGACATTTCTGCACAGGAGGGAGCGTCG  2886

Query 2887  CCAGCCTCTCTGATGGCTATGGGAACCACGTCTCCACAGCTTTCCCTGTCCTCTTCTCCAACGGCATCTGTGAC  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  CCAGCCTCTCTGATGGCTATGGGAACCACGTCTCCACAGCTTTCCCTGTCCTCTTCTCCAACGGCATCTGTGAC  2960

Query 2961  TCCCACCACCCGAAGCCGAATAAGAGAAGAAAGGAAAGACCCTCTCTCAGCATTGGCCAGAGAATATGGAGGAT  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  TCCCACCACCCGAAGCCGAATAAGAGAAGAAAGGAAAGACCCTCTCTCAGCATTGGCCAGAGAATATGGAGGAT  3034

Query 3035  CAAAGAGGAACGCCTTGCTGAAGTGGTGTCAGAAGAAAACAGAAGGCTATCAGAATATTGACATTACAAACTTC  3108
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       
Sbjct 3035  CAAAGAGGAACGCCTTGCTGAAGTGGTGTCAGAAGAAAACAGAAGGCTATC-----------------------  3085

Query 3109  AGCAGCAGCTGGAATGATGGGCTGGCCTTCTGTGCCCTCCTGCATACATATCTCCCTGCCCACATTCCATATCA  3182
                                                                                      
Sbjct 3086  --------------------------------------------------------------------------  3085

Query 3183  AGAACTGAACAGCCAGGATAAGAGAAGGAACTTCATGCTGGCTTTCCAGGCAGCTGAAAGTGTCGGCATCAAAT  3256
                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3086  --------------------AGAGAAGGAACTTCATGCTGGCTTTCCAGGCAGCTGAAAGTGTCGGCATCAAAT  3139

Query 3257  CCACACTGGACATTAATGAAATGGTACGGACTGAACGACCCGACTGGCAGAACGTGATGCTGTATGTGACGGCG  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3140  CCACACTGGACATTAATGAAATGGTACGGACTGAACGACCCGACTGGCAGAACGTGATGCTGTATGTGACGGCG  3213

Query 3331  ATCTACAAGTACTTTGAGACC  3351
            |||||||||||||||||||||
Sbjct 3214  ATCTACAAGTACTTTGAGACC  3234