Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_07875
Subject:
XM_011243589.2
Aligned Length:
3406
Identities:
2965
Gaps:
56

Alignment

Query    1  ---------------------------------------------------ATGAAGAAAGCAAGCAGGAGTGT  23
                                                               |||||||||||||.||||||||.
Sbjct    1  ATGTTGGAACTAAGGTTTGGTTGTAAATGCATCACCAAGAGGCAGCCCAGAATGAAGAAAGCAAACAGGAGTGC  74

Query   24  TGGCTCAGTGCCTAAAGTGTCTGCAATAAGTAAAACGCAAACAGCAGAAAAAATTAAACCTGAAAACAGCTCTT  97
            |||||||||||||||.|||||||..|||||.|||.|||||||||.|||.||||..||.|||||.||||||||||
Sbjct   75  TGGCTCAGTGCCTAAGGTGTCTGGGATAAGCAAACCGCAAACAGTAGAGAAAAGCAAGCCTGAGAACAGCTCTT  148

Query   98  CAGCATCTACGGGAGGCAAACTTGTAAAACCTGGAACAGCAGCATCATTGTCAAAGACCAAGAGCAGTGATGAC  171
            |||||.|.||.||||.|||.|.|||.|..|||||..||||||||.|.|||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  149  CAGCACCCACAGGAGTCAAGCCTGTGAGGCCTGGGGCAGCAGCAGCCTTGTCAAAGACCAAGAGCAATGATGAC  222

Query  172  CTTTTAGCTGGAATGGCCGGAGGGGTAACGGTGACTAATGGTGTTAAAGGAAAGAAAAGCACCTGCCCATCTGC  245
            |||||||||||||||||.|||||.||||..||||||||||||.||||||.|||||||||||||||..|||||||
Sbjct  223  CTTTTAGCTGGAATGGCTGGAGGAGTAAACGTGACTAATGGTATTAAAGCAAAGAAAAGCACCTGTTCATCTGC  296

Query  246  AGCACCTTCAGCATCTGCCCCTGCCATGACCACCGTGGAGAACAAATCCAAGATTAGCACAGGCAC-AGCTTCT  318
            |||.||||||||..|.||||||||||||||||.|..|||||||||.||||||||.||||||||||| || |||.
Sbjct  297  AGCGCCTTCAGCCCCCGCCCCTGCCATGACCATCTCGGAGAACAAGTCCAAGATCAGCACAGGCACTAG-TTCC  369

Query  319  TCAACCAAGCGGAGCACTTCTACAGGTAATAAAGAATCCAGTTCTACTAGAGAAAGATTACGTGAACGTACCCG  392
            |||.||||.|||||.|||||..|.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  370  TCAGCCAAACGGAGTACTTCGGCTGGTAATAAAGAGTCCAGTTCTACTAGAGAAAGATTACGTGAACGCACCCG  443

Query  393  ATTAAACCAGAGCAAAAAACTACCTTCTGCAGGTCAGGGAGCTAATGACATGGCATTGGCCAAACGTTCCCGCA  466
            ..|||||||||||||||||||.||.||||.|.||||||||||||||||..|||||.||||.||||||||.||||
Sbjct  444  GCTAAACCAGAGCAAAAAACTGCCCTCTGTAAGTCAGGGAGCTAATGATGTGGCACTGGCTAAACGTTCACGCA  517

Query  467  GTCGAACTGCTACAGAATGTGACGTTCGTATGAGCAAGTCTAAGTCAGACAATCAGATCAGTGACAGAGCTGCT  540
            |.||.||||||.||||..||||..||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  518  GCCGCACTGCTGCAGAGGGTGATATTCGTATGAGCAAGTCTAAGTCGGACAATCAGATCAGTGACAAAGCTGCT  591

Query  541  TTGGAGGCCAAAGTGAAGGATCTTCTCACGCTGGCAAAAACCAAAGACGTAGAAATTTTACATTTGAGAAATGA  614
            |||||.|||||.|||||.|||||.|||||.|||||.||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  592  TTGGAAGCCAAGGTGAAAGATCTCCTCACACTGGCGAAAACCAAGGATGTGGAAATTTTACATTTGAGAAATGA  665

Query  615  ACTGCGAGACATGCGTGCCCAGCTGGGCATTAATGAGGATCATTCTGAGGGTGATGAAAAATCTGA---GAAGG  685
            |||.||||||||||||||.|||||||||||||.||||||.||||.|||.|||||.||.|..|||||   |||||
Sbjct  666  ACTCCGAGACATGCGTGCTCAGCTGGGCATTAGTGAGGACCATTGTGAAGGTGAGGACAGGTCTGAGGTGAAGG  739

Query  686  AAACTATTATGGCTCACCAGCCGACTGATGTGGAGTCCACTTTATTGCAGTTGCAGGAACAGAATACTGCCATC  759
            ||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||.|..|||||.|||||||.||||||||.||||||
Sbjct  740  AAACTATTATTGCTCACCAGCCTACTGACGTGGAGTCTACTCTCCTGCAGCTGCAGGAGCAGAATACAGCCATC  813

Query  760  CGTGAAGAACTCAACCAGCTGAAAAATGAAAACAGAATGTTAAAGGACAGGTTGAATGCATTGGGCTTTTCCCT  833
            ||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||.|.|||||.||||||||||||||
Sbjct  814  CGCGAGGAGCTCAACCAGCTGAAGAATGAAAACAGAATGCTAAAGGACAGGCTCAATGCTTTGGGCTTTTCCCT  887

Query  834  AGAGCAGAGGTTAGACAATTCTGAAAAACTGTTTGGCTATCAGTCCCTGAGCCCAGAAATCACCCCTGGTAACC  907
            ||||||.|||.|.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  AGAGCAAAGGCTGGACAATTCTGAAAAACTATTTGGCTATCAGTCCCTGAGCCCAGAAATCACCCCTGGTAACC  961

Query  908  AGAGCGATGGAGGAGGAACTCTGACTTCTTCAGTGGAAGGCTCTGCCCCTGGCTCAGTGGAGGATCTCTTGAGT  981
            ||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.|||||.||.|||||.||||||.|||||
Sbjct  962  AGAGTGACGGAGGAGGAACTCTGACATCTTCGGTAGAAGGTTCTGCTCCTGGGTCGGTGGAAGATCTCCTGAGT  1035

Query  982  CAGGATGAAAATACACTAATGGACCATCAGCACAGTAACTCCATGGACAATTTAGACAGTGAGTGCAGTGAGGT  1055
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||..|.||||||||||||||.|||||
Sbjct 1036  CAGGATGAAAATACACTCATGGACCATCAGCACAGTAACTCCATGGACAACCTGGACAGTGAGTGCAGCGAGGT  1109

Query 1056  CTACCAGCCCCTCACATCGAGCGATGATGCGCTGGATGCACCATCCTCCTCAGAGTCGGAAGGCATCCCCAGCA  1129
            .||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.||||||||.||.|||.|.||.||||
Sbjct 1110  GTACCAGCCCCTCACTTCCAGCGATGATGCTCTGGACGCCCCCTCCTCTTCAGAGTCAGAGGGCGTGCCAAGCA  1183

Query 1130  TAGAGCGCTCCCGGAAGGGGAGCAGCGGGAATGCCAGTGAAGTGTCCGTGGCTTGCCTGACTGAACGGATACAC  1203
            |.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 1184  TTGAGCGCTCTCGGAAGGGGAGCAGTGGGAATGCCAGTGAGGTGTCCGTCGCTTGCCTGACAGAACGGATTCAC  1257

Query 1204  CAGATGGAAGAGAACCAACACAGTACAAGTGAGGAACTCCAGGCAACCCTGCAAGAGCTAGCTGATTTACAGCA  1277
            |||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||.|||||.||.||.||.|||||.||||||.|.|||||
Sbjct 1258  CAGATGGAAGAGAACCAGCACAGCACCAGTGAGGAGCTTCAGGCCACTCTACAGGAGCTGGCTGATCTCCAGCA  1331

Query 1278  GATTACCCAGGAACTGAATAGTGAAAACGAAAGGCTTGGAGAAGAGAAGGTTATTCTGATGGAGTCTTTATGTC  1351
            ||||||||||||.||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||..|.||||
Sbjct 1332  GATTACCCAGGAGCTCAACAGTGAGAACGAAAGGCTGGGAGAGGAGAAGGTCATTCTGATGGAGTCGCTGTGTC  1405

Query 1352  AGCAGAGCGATAAGTTGGAACACTTTAGTCGACAGATTGAATACTTCCGCTCTCTTCTAGATGAGCATCACATT  1425
            |||||||.||||||||||||||||||.|.||.||||||||.||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 1406  AGCAGAGTGATAAGTTGGAACACTTTGGCCGGCAGATTGAGTATTTCCGTTCCCTTCTTGATGAGCATCACATT  1479

Query 1426  TCTTATGTCATAGATGAAGATGTAAAAAGTGGGCGCTATATGGAATTAGAGCAACGTTACATGGACCTCGCTGA  1499
            ||.|||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||.|||||||.||.||||||||..|.|||||
Sbjct 1480  TCCTATGTCATAGATGAAGACGTAAAGAGCGGGCGCTATATGGAACTAGAGCAGCGCTACATGGATTTGGCTGA  1553

Query 1500  GAATGCCCGTTTTGAACGGGAGCAGCTTCTTGGTGTCCAGCAGCATTTAAGCAATACTTTGAAAATGGCAGAAC  1573
            |||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 1554  GAATGCCCGTTTTGAGCGAGAGCAGCTTCTAGGTGTGCAGCAGCATTTAAGCAACACTTTGAAGATGGCAGAAC  1627

Query 1574  AAGACAATAAGGAAGCTCAAGAAATGATAGGGGCACTCAAAGAACGCAGTCACCATATGGAGCGAATTATTGAG  1647
            ||||.||.||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||.|||||||||
Sbjct 1628  AAGATAACAAAGAAGCTCAAGAAATGATAGGTGCCCTCAAAGAGCGCAGCCACCACATGGAGCGGATTATTGAG  1701

Query 1648  TCTGAGCAGAAAGGAAAAGCAGCCTTGGCAGCCACGTTAGAGGAATACAAAGCCACAGTGGCCAGTGACCAGAT  1721
            |||||||||||.||.|||||.|||.||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1702  TCTGAGCAGAAGGGCAAAGCGGCCCTGGCAGCCACATTGGAGGAGTACAAAGCTACTGTGGCCAGTGACCAGAT  1775

Query 1722  AGAGATGAATCGCCTGAAGGCTCAGCTGGAGAATGAAAAGCAGAAAGTGGCAGAGCTGTATTCTATCCATAACT  1795
            |||||||||||||.|||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.|||.||||||||||||||||||
Sbjct 1776  AGAGATGAATCGCTTGAAGGCCCAGCTGGAGAACGAAAAGCAGAAGGTGGCTGAGTTGTATTCTATCCATAACT  1849

Query 1796  CTGGAGACAAATCTGATATTCAGGACCTCCTGGAGAGTGTCAGGCTGGACAAAGAAAAAGCAGAGACTTTGGCT  1869
            ||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.
Sbjct 1850  CTGGAGACAAGTCCGATATCCAGGATCTCCTGGAGAGTGTCAGGCTGGACAAGGAAAAGGCGGAGACTTTGGCC  1923

Query 1870  AGTAGCTTGCAGGAAGATCTGGCTCATACCCGAAATGATGCCAATCGATTACAGGATGCCATTGCTAAGGTAGA  1943
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||..||||||||||||||||
Sbjct 1924  AGTAGCCTGCAGGAAGATCTGGCTCATACCCGAAATGATGCCAATCGGTTACAGGACACCATTGCTAAGGTAGA  1997

Query 1944  GGATGAATACCGAGCCTTCCAAGAAGAAGCTAAGAAACAAATTGAAGATTTGAATATGACGTTAGAAAAATTAA  2017
            .||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||.|||
Sbjct 1998  AGATGAATACCGAGCTTTCCAGGAAGAGGCCAAGAAGCAGATTGAAGATTTGAATATGACATTAGAAAAACTAA  2071

Query 2018  GATCAGACCTGGATGAAAAAGAAACAGAAAGGAGTGACATGAAAGAAACCATCTTTGAACTTGAAGATGAAGTA  2091
            |||||||..||||.|||||.||.||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 2072  GATCAGAGTTGGAGGAAAAGGACACGGAGAGGAGTGACATGAAGGAAACCATCTTTGAACTTGAAGATGAGGTG  2145

Query 2092  GAACAACATCGTGCTGTGAAACTTCATGACAACCTCATTATTTCTGATCTAGAGAATACAGTTAAAAAACTCCA  2165
            ||.||.||.||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2146  GAGCAGCACCGCGCCGTGAAGCTGCATGACAACCTCATTATCTCTGATCTAGAGAATACAGTTAAGAAACTCCA  2219

Query 2166  GGACCAAAAGCACGACATGGAAAGAGAAATAAAGACACTCCACAGAAGACTTCGGGAAGAATCTGCGGAATGGC  2239
            .|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 2220  AGACCAAAAGCATGACATGGAAAGAGAAATCAAGACACTTCACAGGAGACTTCGGGAAGAGTCTGCAGAATGGC  2293

Query 2240  GGCAGTTTCAGGCTGATCTCCAGACTGCAGTAGTCATTGCAAATGACATTAAATCTGAAGCCCAAGAGGAGATT  2313
            ||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||.|||||.
Sbjct 2294  GGCAATTTCAGGCTGATCTCCAGACTGCAGTGGTCATTGCCAATGATATCAAGTCTGAAGCCCAAGAAGAGATC  2367

Query 2314  GGTGATCTAAAGCGCCGGTTACATGAGGCTCAAGAAAAAAATGAGAAACTCACAAAAGAATTGGAGGAAATAAA  2387
            ||||||||||||||.|||.||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2368  GGTGATCTAAAGCGACGGCTACATGAGGCCCAAGAGAAAAATGAGAAACTCACAAAAGAATTGGAGGAAATAAA  2441

Query 2388  GTCACGCAAGCAAGAGGAGGAGCGAGGCCGGGTATACAATTACATGAATGCCGTTGAGAGAGATTTGGCAGCCT  2461
            ||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct 2442  GTCACGCAAGCAAGAGGAAGAGCGTGGCCGGGTGTATAACTACATGAATGCTGTTGAAAGAGATTTGGCAGCCT  2515

Query 2462  TAAGGCAGGGAATGGGACTGAGTAGAAGGTCCTCGACTTCCTCAGAGCCAACTCCTACAGTAAAAACCCTCATC  2535
            |.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2516  TGAGGCAAGGGATGGGACTGAGTAGAAGGTCCTCCACTTCCTCAGAACCAACTCCCACAGTAAAAACCCTCATC  2589

Query 2536  AAGTCCTTTGACAGTGCATCTCAAGTACCAAACCCTGCTGCAGCTGCAATTCCTCGAACGCCCCTGAGCCCAAG  2609
            |||||.||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||.||||||||.||.|||||.|||||
Sbjct 2590  AAGTCTTTCGACAGTGCATCTCAAGTACCAAACGCTGCTGCAGCTGCGATCCCTCGAACACCTCTGAGTCCAAG  2663

Query 2610  TCCTATGAAAACCCCTCCTGCAGCAGCTGTGTCCCCTATGCAGAGACATTCCATAAGTGGACCAATCTCAACAT  2683
            |||.||||||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 2664  TCCCATGAAAACCCCTCCTGCAGCTGCCGTTTCTCCCATGCAGAGACATTCCATAAGTGGTCCAATCTCAACCT  2737

Query 2684  CCAAACCCCTGACAGCCCTGTCAGATAAGAGACCAAACTATGGGGAAATCCCTGTTCAAGAGCATCTGTTAAGA  2757
            ||||.||.|||||||||.||||||||||||||.||||||||||.||..|.|||||.|||||||||||..|||||
Sbjct 2738  CCAAGCCTCTGACAGCCTTGTCAGATAAGAGATCAAACTATGGAGAGCTTCCTGTACAAGAGCATCTACTAAGA  2811

Query 2758  ACATCTTCAGCCAGCCGGCCTGCTTCCCTGCCAAGAGTGCCTGCGATGGAAAGTGCCAAGACCCTCTCAGTGTC  2831
            |||||||||.||||||||||.||.||.||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 2812  ACATCTTCAACCAGCCGGCCCGCCTCTCTCCCAAGAGTCCCTGCTATGGAAAGTGCCAAGACCATCTCAGTGTC  2885

Query 2832  TCGACGAAGTAGTGAAGAAATGAAACGGGACATTTCTGCACAGGAGGGAGCGTCGCCAGCCTCTCTGATGGCTA  2905
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||...|||||.|||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 2886  TCGACGGAGTAGTGAAGAAATGAAACGGGACATCTCTGCATCTGAGGGCGCGTCACCAGCCTCTCTCATGGCTA  2959

Query 2906  TGGGAACCACGTCTCCACAGCTTTCCCTGTCCTCTTCTCCAACGGCATCTGTGACTCCCACCACCCGAAGCCGA  2979
            ||||.||||||||.||||||||.|||||.||.||.|||||.||.||||||||.|||||.|.||||||.||||||
Sbjct 2960  TGGGCACCACGTCACCACAGCTCTCCCTCTCTTCCTCTCCCACTGCATCTGTCACTCCAAGCACCCGGAGCCGA  3033

Query 2980  ATAAGAGAAGAAAGGAAAGACCCTCTCTCAGCATTGGCCAGAGAATATGGAGGATCAAAGAGGAACGCCTTGCT  3053
            |||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||.|
Sbjct 3034  ATAAGGGAAGAAAGGAAAGACCCCCTCTCAGCATTGGCAAGAGAATATGGAGGCTCCAAGAGGAACGCCTTGTT  3107

Query 3054  GAAGTGGTGTCAGAAGAAAACAGAAGGCTATCAGAATATTGACATTACAAACTTCAGCAGCAGCTGGAATGATG  3127
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 3108  GAAGTGGTGTCAGAAGAAAACAGAAGGCTATCAGAATATTGACATCACAAACTTCAGCAGCAGCTGGAACGACG  3181

Query 3128  GGCTGGCCTTCTGTGCCCTCCTGCATACATATCTCCCTGCCCACATTCCATATCAAGAACTGAACAGCCAGGAT  3201
            |||||||.|||||.||..|.||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 3182  GGCTGGCTTTCTGCGCATTGCTTCATACCTATCTCCCAGCCCACATACCATATCAAGAACTGAACAGTCAAGAT  3255

Query 3202  AAGAGAAGGAACTTCATGCTGGCTTTCCAGGCAGCTGAAAGTGTCGGCATCAAATCCACACTGGACATTAATGA  3275
            ||||.|||||||||||..||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||
Sbjct 3256  AAGAAAAGGAACTTCACCCTGGCTTTCCAGGCAGCTGAAAGTGTTGGAATCAAATCGACGCTGGACATCAATGA  3329

Query 3276  AATGGTACGGACTGAACGACCCGACTGGCAGAACGTGATGCTGTATGTGACGGCGATCTACAAGTACTTTGAGA  3349
            |||||..||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 3330  AATGGCGCGTACTGAACGGCCCGACTGGCAGAACGTCATGCTGTATGTTACAGCCATCTACAAGTACTTTGAAA  3403

Query 3350  CC  3351
            ||
Sbjct 3404  CC  3405