Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07882
• Subject: XM_006514239.2
• Aligned Length: 3448
• Identities: 2804
• Gaps: 287

Alignment

Query    1  ATGATAGCTGTCTCTTTTAAATG--CCG-----------TTGTCAA----ATTCTGAGGCGACTTA-CTA-AAG  55
                                |||  |||           |||||||    ||||.|||       | ||| .||
Sbjct    1  --------------------ATGGACCGCTTCCTGGGATTTGTCAAGCAGATTCGGAG-------ATCTAGGAG  47

Query   56  ATGAGAGTCCCTACACTAAATCCGCCAGCCAGACAAAG---CCGCCTGA-----------TGGAGCGTTGGCTG  115
            |.||.||                      ..||.||||   |.|||.||           .||||    ||||.
Sbjct   48  AAGAAAG----------------------GGGAAAAAGTACCGGCCGGAAGAGGACTACCAGGAG----GGCTA  95

Query  116  TGAGGA---------------GACAGAGCA--TCCCAGAGGAATTCAAGGGCTCCACAGTCGTCGAGCTGATGA  172
            .|||||               ..|.|||||  |.|.|.||||||||||||||||||||||.||.|||.||||||
Sbjct   96  CGAGGATGTCTATTACTATGCTTCGGAGCATTTTCGAAAGGAATTCAAGGGCTCCACAGTGGTGGAGTTGATGA  169

Query  173  AGAAGGAAGGCACTACCCTGGGTCTGACGGTATCGGGAGGAATTGATAAGGATGGCAAGCCAAGAGTATCTAAT  246
            |||||||.||.||.||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||.
Sbjct  170  AGAAGGAGGGAACCACTCTTGGCCTGACGGTATCGGGAGGCATTGATAAAGATGGCAAGCCAAGAGTGTCCAAC  243

Query  247  CTGCGGCAAGGAGGAATTGCTGCTAGAAGTGACCAGCTGGATGTGGGTGACTACATCAAAGCAGTGAATGGAAT  320
            ||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.||
Sbjct  244  CTGCGGCAGGGAGGAATCGCTGCCAGAAGTGACCAGCTGGATGTGGGCGACTACATCAAGGCGGTGAATGGGAT  317

Query  321  CAACCTGGCCAAATTCCGCCATGACGAGATCATCAGCTTGCTGAAGAATGTGGGAGAAAGAGTGGTTCTTGAAG  394
            ||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||.|||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.|
Sbjct  318  CAACCTGGCCAAGTTCCGCCACGATGAGATCATCAGCCTGCTGAAAAATGTCGGGGAAAGAGTGGTCCTGGAGG  391

Query  395  TAGAGTACGAGCTTCCACCGGTCTCTGTGCAAGGATCAAGTGTTATTTTCCGAACAGTGGAGGTCACATTACAT  468
            |.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||..|.||.
Sbjct  392  TCGAGTACGAGCTTCCACCGGTCTCTGTACAAGGATCCAGTGTTATGTTCCGAACTGTGGAGGTCACGCTGCAC  465

Query  469  AAAGAAGGCAATACCTTTGGTTTTGTAATTCGAGGGGGAGCACATGATGATAGAAATAAATCTCGTCCAGTTGT  542
            |||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||.||.||.||.|||||.|||||
Sbjct  466  AAAGAAGGCAACACCTTTGGTTTTGTCATCCGAGGGGGAGCGCATGATGACAGGAACAAGTCCCGTCCGGTTGT  539

Query  543  GATAACATGTGTTCGTCCTGGAGGGCCTGCTGACAGAGAGGGCACGATCAAACCCGGTGACAGGTTGCTCAGTG  616
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||.|
Sbjct  540  GATAACCTGTGTTCGTCCTGGAGGGCCTGCTGACAGAGAGGGCACCATCAAACCTGGAGACAGGTTGCTCAGCG  613

Query  617  TGGATGGAATTCGGCTTCTTGGAACTACGCATGCTGAAGCCATGAGTATTCTTAAACAATGTGGACAAGAAGCA  690
            ||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||.||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||.
Sbjct  614  TGGATGGAATTCGGCTCCTGGGAACCACCCATGCCGAGGCCATGAGCATCCTTAAACAGTGCGGACAAGAAGCC  687

Query  691  GCACTGCTGATAGAATATGATGTCTCAGTAATGGACTCTGTGGCAACAGCATCCGGGCCACTACTAGTCGAAGT  764
            .|.||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  688  ACGCTGCTGATAGAATACGATGTCTCTGTGATGGATTCTGTGGCGACAGCATCCGGGCCACTACTAGTTGAAGT  761

Query  765  TGCCAAAACTCCTGGTGCCAGCCTTGGGGTTGCCCTAACTACCTCGATGTGCTGTAACAAACAAGTCATTGTCA  838
            ||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||.||.||||||||||
Sbjct  762  TGCCAAAACTCCAGGTGCCAGCCTTGGGGTTGCCCTAACTACCTCCGTGTGCTGTAACAAGCAGGTCATTGTCA  835

Query  839  TAGACAAAATCAAATCTGCAAGTATTGCAGACAGATGTGGCGCATTGCATGTGGGAGATCACATCCTCTCCATC  912
            ||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||..|.||.||||||||.||||||||||||||.
Sbjct  836  TAGACAAAATCAAATCTGCAAGCATTGCGGACAGATGTGGCGCGCTACACGTGGGAGACCACATCCTCTCCATT  909

Query  913  GATGGAACCAGCATGGAGTACTGTACACTTGCAGAAGCAACCCAGTTCCTGGCCAACACCACTGACCAGGTCAA  986
            ||.||.||.||.||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  910  GACGGCACGAGTATGGAGTACTGTACCCTCGCAGAAGCGACCCAGTTCCTGGCCAATACCACTGACCAGGTCAA  983

Query  987  GCTTGAGATCCTTCCCCATCATCAGACCCGGCTGGCCCTAAAGGGGCCCGACCATG------------------  1042
            |||.|||||.||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||                  
Sbjct  984  GCTGGAGATTCTCCCACACCATCAGACCCGCCTGGCCCTAAAGGGCCCTGACCATGTGAAAATTCAGAGGAGCG  1057

Query 1043  --------------------------------------------------------------------------  1042
                                                                                      
Sbjct 1058  ACAGACAACATCCCTGGGATGCCTGGGCCAGCAACCAGTGCGGCGTTCATACCAACCATCACCATAACACGTAC  1131

Query 1043  ----------------------------------------------------------------CAGCTTTGGT  1052
                                                                            |.|||.||||
Sbjct 1132  CACCCAGACCATTGCAGAGTGCCAGCCCTGACTTTCCCGAAAGCGCTTCCTCCAAACAGCCCTCCGGCTATGGT  1205

Query 1053  GTCTTCATCCTTCTCTCCTACCTCCATGAGTGCATACAGCCTGAGTTCCCTGAACATGGGGACTCTACCTCGAA  1126
            |.|.|||||   .||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1206  GCCCTCATC---TTCTCCTACCTCCATGAGTGCGTACAGTCTGAGTTCCCTGAACATGGGGACTTTACCTCGAA  1276

Query 1127  GCCTCTACTCCACCAGCCCACGTGGAACCATGATGAGGAGGAGACTGAAAAAGAAAGACTTCAAAAGCTCATTG  1200
            ||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1277  GCCTCTACTCCACCAGCCCACGAGGAACCATGATGAGGAGGAGACTGAAAAAGAAAGACTTCAAAAGCTCACTG  1350

Query 1201  TCCTTAGCCTCCAGCACAGTAGGATTGGCTGGGCAGGTTGTTCACACAGAAACCACAGAGGTTGTGCTGACGGC  1274
            ||.||||||||||||||.||.||.||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1351  TCTTTAGCCTCCAGCACTGTGGGGTTGGCTGGCCAGGTCGTTCACACTGAAACCACAGAGGTTGTGCTGACGGC  1424

Query 1275  AGATCCTGTCACAGGATTTGGGATCCAACTGCAGGGCAGTGTGTTTGCCACAGAAACTCTCTCTTCTCCACCTC  1348
            .||.||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||
Sbjct 1425  TGACCCTGTCACGGGCTTCGGAATCCAACTGCAGGGCAGCGTGTTTGCCACAGAGACGCTCTCCTCTCCGCCTC  1498

Query 1349  TGATTTCCTATATCGAAGCTGACAGCCCAGCAGAGAGATGTGGGGTGCTACAGATTGGAGACAGAGTGATGGCC  1422
            |||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1499  TGATTTCCTATATTGAAGCTGACAGCCCAGCAGAGAGATGTGGTGTGCTACAGATTGGAGACAGAGTCATGGCC  1572

Query 1423  ATCAATGGAATTCCAACAGAAGACAGCACCTTCGAAGAAGCCAGTCAGCTCCTCCGAGACTCTTCAATCACGAG  1496
            ||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||.|||.|||||..||||||||||.||||||||
Sbjct 1573  ATTAATGGAATCCCAACAGAAGACAGCACCTTCGAGGAAGCCAATCAACTCCTGAGAGACTCTTCCATCACGAG  1646

Query 1497  CAAGGTCACACTGGAAATCGAGTTTGATGTTGCAGAGTCTGTCATCCCAAGTAGTGGAACATTTCATGTAAAGC  1570
            |||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1647  CAAAGTCACACTAGAAATCGAGTTTGATGTTGCAGAGTCTGTCATCCCAAGTAGTGGAACATTTCATGTAAAAC  1720

Query 1571  TGCCTAAGAAGCACAATGTGGAACTTGGAATAACCATAAGTTCACCATCCAGTAGAAAACCAGGAGACCCCCTC  1644
            ||||.||||||||||..||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.
Sbjct 1721  TGCCCAAGAAGCACAGCGTGGAACTTGGAATAACCATCAGTTCGCCATCCAGTAGAAAACCGGGGGACCCCCTT  1794

Query 1645  GTCATTTCAGATATCAAGAAAGGGAGTGTGGCACACAGAACTGGGACCCTGGAACTTGGGGATAAATTGCTCGC  1718
            |||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.||.||.|||.||||.||
Sbjct 1795  GTCATTTCAGATATCAAGAAAGGCAGTGTGGCACACAGAACCGGAACTCTGGAACTGGGAGACAAACTGCTTGC  1868

Query 1719  AATAGATAATATCCGGCTGGACAACTGTTCCATGGAAGATGCAGTTCAGATCCTCCAGCAATGTGAAGACCTGG  1792
            .||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1869  GATAGATAACATCCGGCTGGATAACTGTTCCATGGAAGATGCGGTCCAGATCCTCCAGCAGTGTGAAGACCTGG  1942

Query 1793  TGAAGCTCAAAATCCGCAAAGATGAAGATAATTCAGATGAGCAAGAAAGTTCCGGAGCAATTATTTACACCGTG  1866
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct 1943  TGAAGCTCAAAATCCGCAAAGATGAAGATAACTCAGACGAGCAAGAGAGTTCCGGAGCGATTATTTACACGGTG  2016

Query 1867  GAGCTTAAACGCTACGGGGGGCCCCTTGGCATCACAATTTCAGGAACTGAAGAGCCGTTTGATCCTATAATCAT  1940
            |||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2017  GAGCTGAAGCGCTATGGGGGGCCCCTTGGCATCACAATTTCTGGAACTGAAGAGCCGTTTGATCCTATTATCAT  2090

Query 1941  TTCAAGCCTCACTAAAGGGGGATTAGCTGAAAGAACTGGCGCAATCCACATAGGAGACCGAATCCTAGCCATCA  2014
            .||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||..|||||||||||||||
Sbjct 2091  CTCGAGCCTCACTAAAGGGGGATTAGCTGAAAGGACTGGAGCGATCCACATCGGAGATAGAATCCTAGCCATCA  2164

Query 2015  ATAGCAGCAGCTTGAAAGGGAAGCCTCTGAGTGAAGCCATCCATTTGTTACAGATGGCAGGAGAGACTGTCACC  2088
            ||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2165  ATAGCAGCAGCTTGAAGGGGAAGCCTCTGAGTGAAGCCATCCACTTGCTCCAGATGGCAGGAGAGACTGTCACC  2238

Query 2089  TTGAAAATTAAGAAACAGACAGATGCCCAGTCAGCATCGAGCCCCAAGAAGTTCCCTATTTCTAGCCATTTGAG  2162
            .||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.||||||||||||||.||..||.||||.|.|.|
Sbjct 2239  CTGAAAATTAAGAAACAGACAGATGCCCAATCTGCATCAAGTCCCAAGAAGTTCCCCATCCCTGGCCACTCGGG  2312

Query 2163  TGACCTGGGGGATGTGGAGGAGGACTCCTCACCAGCACAGAAGCCAGGCAAGCTCTCCGACATGTACCCCTCCA  2236
            .|||||.||.||||..|||||||||.||||.|||..||||||.||.||||||||||||||...|||||||||||
Sbjct 2313  GGACCTAGGAGATGGTGAGGAGGACCCCTCCCCAATACAGAAACCTGGCAAGCTCTCCGATGCGTACCCCTCCA  2386

Query 2237  CGGTGCCCAGTGTGGACAGTGCTGTGGATTCATGGGATGGGTCTGCAATAGACACCAGCTATGGAACTGAAGGC  2310
            ||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||.||||||..||||||||||.|.|.|||||
Sbjct 2387  CGGTGCCCAGCGTGGACAGTGCTGTGGACTCCTGGGATGGGTCTGGAATAGATGCCAGCTATGGGAGTCAAGGC  2460

Query 2311  ACTAGTTTTCAGGCCTCAGGATACAATTTCAACACCTATGACTGGAGGAGTCCAAAACAGAGAGGCAGCTTGTC  2384
            .|.|.|||||||.|.|||||||||||||.||||||||||||.||||||||||||||.||.|||..||||.||||
Sbjct 2461  TCAACTTTTCAGACTTCAGGATACAATTACAACACCTATGATTGGAGGAGTCCAAAGCAAAGAACCAGCCTGTC  2534

Query 2385  CCCAGTCACTAAGCCTCGAAGCCAGACTTACCCAGATGTGGGGCTGAGTTATGAAGACTGGGACCGGTCCACAG  2458
            |||||||.|.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||.|||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 2535  CCCAGTCCCCAAGCCTCGAAGCCAGACGTACCCAGATGTGGGCCTGAGTAATGAAGACTGGGATCGATCCACAG  2608

Query 2459  CCAGTGGTTTTGCAGGGGCTGCCGATAGTGCAGAGACAGAACAAGAGGAGAACTTCTGGTCTCAAGCGCTGGAG  2532
            |||||||.||||.|||||||.|.||.||||||||..|.|||||||||||.|||||||||||||||||..|||||
Sbjct 2609  CCAGTGGCTTTGTAGGGGCTTCTGACAGTGCAGATGCTGAACAAGAGGAAAACTTCTGGTCTCAAGCATTGGAG  2682

Query 2533  GATTTGGAAACCTGCGGACAGTCAGGAATTCTGAGAGAACTGGAGGAGAAAGCTGACAGGCGTGTGTCTTTGAG  2606
            ||..||||.||||||||.|||||.||.||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2683  GACCTGGAGACCTGCGGCCAGTCGGGGATCCTGAGAGAGCTTGAGGAGAAAGCTGACAGGCGTGTGTCATTGAG  2756

Query 2607  AAACATGACTCTCTTGGCAACAATCATGTCGGGGAGCACGATGAGTTTGAATCATGAGGCTCCAACACCTCGCA  2680
            |||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||...||||||
Sbjct 2757  AAACATGACCCTCTTGGCAACAATCATGTCGGGGAGTACTATGAGTTTGAATCATGAGGCTCCAATGGCTCGCA  2830

Query 2681  GTCAGCTGGGGCGACAGGCCAGCTTCCAGGAGCGCAGCAGCTCGCGGCCGCACTACAGCCAAACAACTCGGAGC  2754
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||
Sbjct 2831  GTCAGCTGGGGCGACAGGCCAGCTTCCAGGAACGGAGCAGTTCACGGCCACACTATAGCCAAACAACTCGCAGC  2904

Query 2755  AACACCCTGCCTTCAGATGTGGGTAGGAAGTCAGTAACCCTGAGAAAAATGAAACAAGAAATAAAGGAGATCAT  2828
            |||||||||||.|||||.|||||.||.|||||.|||||||||.|.||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2905  AACACCCTGCCCTCAGACGTGGGCAGAAAGTCTGTAACCCTGCGGAAAATGAAGCAAGAAATAAAGGAGATCAT  2978

Query 2829  GTCTCCAACTCCTGTGGAGCTGCACAAGGTGACCTTGTACAAGGACTCTGACATGGAGGACTTTGGGTTCAGTG  2902
            |||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||.||||||||||
Sbjct 2979  GTCCCCAACTCCGGTGGAGCTACACAAGGTGACCTTATACAAGGACTCTGGCATGGAGGACTTCGGGTTCAGTG  3052

Query 2903  TAGCAGATGGCTTACTGGAGAAAGGAGTGTATGTCAAAAATATTCGCCCAGCTGGGCCAGGAGATCTTGGTGGC  2976
            |.|||||||||.|.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||.|||
Sbjct 3053  TGGCAGATGGCCTGCTGGAGAAAGGCGTGTATGTCAAAAATATCCGCCCAGCTGGGCCAGGTGATGTTGGGGGC  3126

Query 2977  TTAAAGCCCTATGACAGGCTCTTACAGGTGAATCATGTCCGAACCAGAGACTTTGACTGCTGCCTTGTTGTGCC  3050
            ||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 3127  TTGAAGCCCTACGACAGGCTCTTACAGGTAAATCACGTGCGGACGAGAGACTTTGACTGCTGCCTGGTGGTGCC  3200

Query 3051  CCTCATAGCAGAATCCGGGAATAAGCTGGACCTGGTTATTAGTAGAAACCCACTGGCTTCACAGAAGTCTATAG  3124
            .||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||.||||
Sbjct 3201  TCTCATAGCTGAATCTGGCAACAAGCTGGACCTGGTTATTAGCAGAAATCCACTGGCCTCCCAGAAGTCGATAG  3274

Query 3125  ACCAACAGAGTCTACCAGGAGATTGGAGTGAACAGAACAGTGCTTTTTTCCAGCAGCCTAGCCACGGTGGTAAT  3198
            |.||.|.|..|||.||..|.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||||| .||
Sbjct 3275  AACAGCCGGCTCTGCCCAGCGACTGGAGCGAACAGAACAGCGCTTTCTTCCAGCAACCCAGCCACGGTGG-GAT  3347

Query 3199  T--TGGAGACACGAGAACCCACT-AATACATTA-----------  3228
            |  ||||||          .||| .||||.||.           
Sbjct 3348  TCCTGGAGA----------TACTGTATACTTTTGGCAAAGCCTC  3381