Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07887
• Subject: NM_001161712.1
• Aligned Length: 1271
• Identities: 985
• Gaps: 139

Alignment

Query    1  ATGTGGCCTGGGAACGCC---------TGGCGCGCCGCACTCTTCTGGGTGCCCCGCGGCCGCCGCGCACAGTC  65
            ||||||         |||         ||||.||..||         |.||.|||..||||||||||||||.||
Sbjct    1  ATGTGG---------GCCAGCTTCATGTGGCACGGGGC---------GCTGTCCCCTGGCCGCCGCGCACATTC  56

Query   66  AGCGCTGGCCCAGCTGCGTGGCATTCTGGAGGGGGAGCTGGAAGGCATCTGCGGAGCTGGCACTTGGAAGAGTG  139
            |||||||||.|||.||||..||||.|||||..|.||.||||||||.|||.|||||||.|||||.||||||||||
Sbjct   57  AGCGCTGGCTCAGTTGCGCTGCATCCTGGACAGCGAACTGGAAGGGATCCGCGGAGCCGGCACCTGGAAGAGTG  130

Query  140  AGCGGGTCATCACGTCCCGTCAGGGGCCGCACATCCGCGTGGACGGCGTCTCCGGAGGAATCCTTAACTTCTGT  213
            ||||.||.|||||||||||.|||||.|||..||||||||||||||||.||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct  131  AGCGTGTGATCACGTCCCGCCAGGGACCGAGCATCCGCGTGGACGGCATCTCGGGAGGAATCCTCAACTTCTGT  204

Query  214  GCCAACAACTACCTGGGCCTGAGCAGCCACCCTGAGGTGATCCAGGCAGGTCTGCAGGCTCTGGAGGAGTTTGG  287
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  205  GCCAATAACTACCTGGGCCTGAGCAGCCACCCTGCAGTGATCCAGGCAGGTCTGCAGACTCTGGAGGAGTTTGG  278

Query  288  AGCTGGCCTCAGCTCTGTCCGCTTTATCTGTGGAACCCAGAGCATCCACAAGAATCTAGAAGCAAAAATAGCCC  361
            ||||||.|||||.|||...||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct  279  AGCTGGACTCAGTTCTACTCGATTTATCTGTGGGACCCAGAGCATCCATAAGAATCTAGAAGCCAAGATAGCCC  352

Query  362  GCTTCCACCAGCGGGAGGATGCCATCCTCTATCCCAGCTGTTATGACGCCAACGCCGGCCTCTTTGAGGCCCTG  435
            .||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||..||.||||||||.|||||.||||||||..||
Sbjct  353  ACTTCCACCAGCGTGAGGACGCCATCCTCTATCCCAGCTGTTTCGATGCCAACGCTGGCCTATTTGAGGCTTTG  426

Query  436  CTGACCCCAGAGGACGCAGTCCTGTCGGACGAGCTGAACCATGCCTCCATCATCGACGGCATCCGGCTGTGCAA  509
            ||||||||||||||.||.||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct  427  CTGACCCCAGAGGATGCGGTTCTGTCAGATGAGCTGAACCATGCTTCCATCATTGACGGCATCCGACTGTGCAA  500

Query  510  GGCCCACAAGTACCGCTATCGCCACCTGGACATGGCCGACCTAGAAGCCAAGCTGCAGGAGGCCCAGAAGCATC  583
            |||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||.|||||||.||||||||..
Sbjct  501  GGCCCACAAGTACCGTTACCGCCACCTGGACATGGCTGACCTGGAAGCCAAGCTGAAGGAGGCTCAGAAGCACA  574

Query  584  GGCTGCGCCTGGTGGCCACTGATGGGGCCTTTTCCATGGATGGCGACATCGCACCCCTGCAGGAGATCTGCTGC  657
            |||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||.||
Sbjct  575  GGCTGCGCCTGGTGGCCACAGATGGAGCTTTCTCCATGGATGGTGACATCGCTCCCCTACAGGACATCTGCCGC  648

Query  658  CTCGCCTCTAGATATGGTGCCCTGGTCTTCATGGATGAATGCCATGCCACTGGCTTCCTGGGGCCCACAGGACG  731
            ||.|||.|...||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct  649  CTTGCCGCCCAATATGGTGCCCTGGTCTTTGTGGATGAATGCCATGCCACTGGCTTTCTTGGGCCCACAGGACG  722

Query  732  GGGCACAGATGAGCTGCTGGGTGTGATGGACCAGGTCACCATCATCAACTCCACCCTGGGGAAGGCCCTGGGTG  805
            ||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  723  GGGCACAGATGAGCTGCTAGGTGTCATGGACCAGGTCACCATCATCAACTCCACCCTGGGGAAGGCGCTGGGTG  796

Query  806  GAGCATCAGGGGGCTACACGACAGGGCCTGGGCCCCTGGTGTCCCTGCTGCGGCAGCGCGCCCGGCCATACCTC  879
            |||||||||||||.||.||.||.|||||||.|||.||||||||||||||.||||||||..|.|||||.||||||
Sbjct  797  GAGCATCAGGGGGATATACCACCGGGCCTGAGCCACTGGTGTCCCTGCTACGGCAGCGTTCTCGGCCCTACCTC  870

Query  880  TTCTCCAACAGTCTGCCACCTGCTGTCGTTGGCTGCGCCTCCAAGGCCCTAGATCTGCTGATGGGGAGTAACAC  953
            |||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||.||.||||||||.||.|||||.||||.|||.||..|
Sbjct  871  TTCTCCAACAGCCTGCCCCCTGCTGTAGTCGGCTGTGCTTCTAAGGCCCTGGACCTGCTCATGGAGAGCAATGC  944

Query  954  CATTGTCCAGTCTATGGCTGCCAAGACCCAGAGGTTCCGTAGTAAGATGGAAGCTGCTGGCTTCACTATCTCGG  1027
            |||..||||||||||||||||||||||||.|.|||||||.||||||||||||||||||||.||.|||.||||.|
Sbjct  945  CATCATCCAGTCTATGGCTGCCAAGACCCGGCGGTTCCGCAGTAAGATGGAAGCTGCTGGTTTTACTGTCTCAG  1018

Query 1028  GAGCCAGTCACCCCATCTGCCCTGTGATGCTGGGTGATGCCCGGCTGGCCTCTCGCATGGCGGATGACATGCTG  1101
            |||||..|||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||.||.|.||||..|||||.|||||||||.|.
Sbjct 1019  GAGCCGATCACCCCATCTGCCCTGTGATGCTGGGAGATGCACGGTTGTCTTCTCAAATGGCAGATGACATGTTA  1092

Query 1102  AAGAGAGG--CATCTTTGTCATCGGGTTCAGCTACCCCGTGGTCCCCAAGGGCAAGGC-CTGGATCCGGGTACA  1172
            ||||.|||  .||...||.||||     |||                ||   ||...| |||||          
Sbjct 1093  AAGAAAGGAAAATGGCTGACATC-----CAG----------------AA---CATTTCGCTGGA----------  1132

Query 1173  GATCTCAG--CAGTGCATAGCGAGGAAGACATTGACCGCTGCGTGGAGGCCTTCGTGGAAGTGGGGCGACTGCA  1244
                 |||  |||.|   ||||                                                    
Sbjct 1133  -----CAGCCCAGGG---AGCG----------------------------------------------------  1146

Query 1245  CGGGGCACTGCCC  1257
                         
Sbjct 1147  -------------  1146