Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_08070
- Subject:
- NM_001164539.2
- Aligned Length:
- 2523
- Identities:
- 2174
- Gaps:
- 285
Alignment
Query 1 ATGCCAGGCGGGGGTCCTCAGGGCGCCCCAGCCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGTGAGCCACCGCGCAGGCAGCCG 74
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCCAGGCGGGGGTCCTCAGGGCGCCCCAGCCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGTGAGCCACCGCGCAGGCAGCCG 74
Query 75 GGATTGCTTACCACCTGCAGCGTGCTTTCGGAGGCGGCGGCTGGCACGGAGGCCGGGCTACATGAGAAGCTCGA 148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 GGATTGCTTACCACCTGCAGCGTGCTTTCGGAGGCGGCGGCTGGCACGGAGGCCGGGCTACATGAGAAGCTCGA 148
Query 149 CAGGGCCTGGGATCGGGTTCCTTTCCCCAGCAGTGGGCACACTGTTCCGGTTCCCAGGAGGGGTGTCTGGCGAG 222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 CAGGGCCTGGGATCGGGTTCCTTTCCCCAGCAGTGGGCACACTGTTCCGGTTCCCAGGAGGGGTGTCTGGCGAG 222
Query 223 GAGTCCCACCACTCGGAGTCCAGGGCCAGACAGTGTGGCCTTGACTCGAGAGGCCTCTTGGTCCGGAGCCCTGT 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 GAGTCCCACCACTCGGAGTCCAGGGCCAGACAGTGTGGCCTTGACTCGAGAGGCCTCTTGGTCCGGAGCCCTGT 296
Query 297 TTCCAAGAGTGCAGCAGCCCCTACTGTGACCTCTGTGAGAGGAACCTCGGCGCACTTTGGGATTCAGCTCAGAG 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TTCCAAGAGTGCAGCAGCCCCTACTGTGACCTCTGTGAGAGGAACCTCGGCGCACTTTGGGATTCAGCTCAGAG 370
Query 371 GTGGCACCAGATTGCCTGACAGGCTTAGCTGGCCGTGTGGCCCTGGGAGTGCTGGGTGGCAGCAAGAGTTTGCA 444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 GTGGCACCAGATTGCCTGACAGGCTTAGCTGGCCGTGTGGCCCTGGGAGTGCTGGGTGGCAGCAAGAGTTTGCA 444
Query 445 GCCATGGATAGTTCTGAGACCCTGGACGCCAGCTGGGAGGCAGCCTGCAGCGATGGAGCAAGGCGTGTCCGGGC 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 GCCATGGATAGTTCTGAGACCCTGGACGCCAGCTGGGAGGCAGCCTGCAGCGATGGAGCAAGGCGTGTCCGGGC 518
Query 519 AGCAGGCTCTCTGCCATCAGCAGAGTTGAGTAGCAACAGCTGCAGCCCTGGCTGTGGCCCTGAGGTCCCCCCAA 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 AGCAGGCTCTCTGCCATCAGCAGAGTTGAGTAGCAACAGCTGCAGCCCTGGCTGTGGCCCTGAGGTCCCCCCAA 592
Query 593 CCCCTCCTGGCTCTCACAGTGCCTTTACCTCAAGCTTTAGCTTTATTCGGCTCTCGCTTGGCTCTGCCGGGGAA 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 CCCCTCCTGGCTCTCACAGTGCCTTTACCTCAAGCTTTAGCTTTATTCGGCTCTCGCTTGGCTCTGCCGGGGAA 666
Query 667 CGTGGAGAAGCAGAAGGCTGCCCACCATCCAGAGAGGCTGAGTCCCATTGCCAGAGCCCCCAGGAGATGGGAGC 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 CGTGGAGAAGCAGAAGGCTGCCCACCATCCAGAGAGGCTGAGTCCCATTGCCAGAGCCCCCAGGAGATGGGAGC 740
Query 741 CAAAGCTGCCAGCTTGGACGGGCCTCACGAGGACCCGCGATGTCTCTCTCAGCCCTTCAGTCTCTTGGCTACAC 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 CAAAGCTGCCAGCTTGGACGGGCCTCACGAGGACCCGCGATGTCTCTCTCGGCCCTTCAGTCTCTTGGCTACAC 814
Query 815 GGGTCTCTGCAGACTTGGCCCAGGCCGCAAGGAACAGCTCCAGGCCAGAGCGTGACATGCATTCTTTACCAGAC 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 GGGTCTCTGCAGACTTGGCCCAGGCCGCAAGGAACAGCTCCAGGCCAGAGCGTGACATGCATTCTTTACCAGAC 888
Query 889 ATGGACCCTGGCTCCTCCAGTTCTCTGGATCCCTCACTGGCTGGCTGTGGTGGTGATGGGAGCAGCGGCTCAGG 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 ATGGACCCTGGCTCCTCCAGTTCTCTGGATCCCTCACTGGCTGGCTGTGGTGGTGATGGGAGCAGCGGCTCAGG 962
Query 963 GGATGCCCACTCTTGGGACACCCTGCTCAGGAAATGGGAGCCAGTGCTGCGGGACTGCCTGCTGAGAAACCGGA 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 GGATGCCCACTCTTGGGACACCCTGCTCAGGAAATGGGAGCCAGTGCTGCGGGACTGCCTGCTGAGAAACCGGA 1036
Query 1037 GGCAGATGGAGGTAATATCCTTAAGATTAAAACTTCAGAAACTTCAGGAAGATGCAGTTGAGAATGATGATTAT 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 GGCAGATGGAGGTAATATCCTTAAGATTAAAACTTCAGAAACTTCAGGAAGATGCAGTTGAGAATGATGATTAT 1110
Query 1111 GATAAAGCTGAGACGTTACAACAAAGATTAGAAGACCTGGAACAAGAGAAAATCAGCCTGCACTTTCAACTTCC 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 GATAAAGCTGAGACGTTACAACAAAGATTAGAAGACCTGGAACAAGAGAAAATCAGCCTGCACTTTCAACTTCC 1184
Query 1185 TTCAAGGCAGCCAGCTCTTAGCAGTTTCCTGGGTCACCTGGCAGCACAAGTCCAGGCTGCCTTGCGCCGTGGGG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TTCAAGGCAGCCAGCTCTTAGCAGTTTCCTGGGTCACCTGGCAGCACAAGTCCAGGCTGCCTTGCGCCGTGGGG 1258
Query 1259 CCACTCAGCAGGCCAGCGGAGATGACACCCACACCCCACTGAGAATGGAGCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCT 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CCACTCAGCAGGCCAGCGGAGATGACACCCACACCCCACTGAGAATGGAGCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCT 1332
Query 1333 CAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAAT 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 CAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAAT 1406
Query 1407 CGAAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAG 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 CGAAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAG 1480
Query 1481 AGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGACCTGACCCCACTGGTGGGCCAGCTGTCCCTGGGTCAGCTGCAGGAG 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 AGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGACCTGACCCCACTGGTGGGCCAGCTGTCCCTGGGTCAGCTGCAGGAG 1554
Query 1555 GTCAGCAAGGCCTTGCAGGACACCCTGGCCTCAGCCGGTCAGATTCCCTTCCATGCAGAGCCACCGGAAACCAT 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GTCAGCAAGGCCTTGCAGGACACCCTGGCCTCAGCCGGTCAGATTCCCTTCCATGCAGAGCCACCGGAAACCAT 1628
Query 1629 AAGGAGCCTCCAGGAAAGAATAAAATCCCTCAACTTGTCACTTAAAGAAATCACTACTAAGGTGTGTATGAGTG 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 AAGGAGCCTCCAGGAAAGAATAAAATCCCTCAACTTGTCACTTAAAGAAATCACTACTAAGGTGTGTATGAGTG 1702
Query 1703 AGAAATTCTGCAGCACCCTGAGGAAGAAAGTTAACGATATTGAAACCCAACTACCAGCCTTGCTTGAAGCCAAA 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 AGAAATTCTGCAGCACCCTGAGGAAGAAAGTTAACGATATTGAAACCCAACTACCAGCCTTGCTTGAAGCCAAA 1776
Query 1777 ATGCATGCCATATCAGGAAACCATTTCTGGACGGCTAAAGACCTCACCGAGGAGATTAGATCATTAACATCAGA 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 ATGCATGCCATATCAGGAAACCATTTCTGGACGGCTAAAGACCTCACCGAGGAGATTAGATCATTAACATCAGA 1850
Query 1851 GAGAGAAGGGCTGGAGGGACTCCTCAGCAAGCTGTTGGTGTTGAGTTCCAGGAATGTCAAAAAGCTGGGAAGTG 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 GAGAGAAGGGCTGGAGGGACTCCTCAGCAAGCTGTTGGTGTTGAGTTCCAGGAATGTCAAAAAGCTGGGAAGTG 1924
Query 1925 TTAAAGAAGATTACAACAGACTGAGAAGAGAAGTGGAGCACCAGGAGACTGCCTATGAAACAAGTGTGAAGGAA 1998
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||.||
Sbjct 1925 TTAAAGAAGATTACAACAGACTGAGAAGAGAAGTGGAGCACCAGGAGACTGCCTATGA--------TGGAG--- 1987
Query 1999 AAT---ACTATGAAGTACA---TGGAAACACTTAAGAATAAACTGTGCAGCTGCAAGTGTCCACTGCTTGGGAA 2066
| |||.||..|..|| |||| |||||| || ||.|..| |||
Sbjct 1988 --TCTCACTCTGTCGCCCAGTCTGGA------------------GTGCAG-TG-----GTACGAT-CTT----- 2029
Query 2067 AGTGTGGGAAGCTGACTTGGAAGCTTGTCGATTGCTTATCCAGAGCCTAC--AGCTCCAGGAA-------GCCA 2131
|||.|| ||.||.|| || ||||.| ||.||.||.|| |||
Sbjct 2030 ----------GCTCAC-TGCAACCT---------CT--------GCCTCCCGAGTTCAAGCAATTCTCCTGCC- 2074
Query 2132 GGGGAAGCCTGTCTGTAGAAGATGAGAGGCAGATGGATGACTTAGAGGGAGCTGCTCCTCCTATTCCCCCCAGG 2205
..|||| ||.|.||.||.||.|| |||.||| |.|||.|||
Sbjct 2075 ---TCAGCC--TCCGGAGTAGCTGGGA--------------TTACAGG---------------TGCCCGCCA-- 2112
Query 2206 CTCCACTCCGAGGATAAAAGGAAGACCCCTTTGAAGGAATCTTACATCCTTTCTGCAGAACTTGGAGAAAAGTG 2279
||| |.|..||.||| ||| .|.|.|||||
Sbjct 2113 --CCA-TGCCTGGCTAA------------TTT--TGTATTCTTA------------------------------ 2139
Query 2280 TGAAGACATAGGCAAGAAGCTATTGTACTTGGAAGATCAACTTCACACAGCAATCCACAGTCATGATGAAGATC 2353
|.|||.||.|| .||.||| ||||.|||
Sbjct 2140 -GTAGAGATGGG---------GTTTTAC---------------------------------CATGTTGA----- 2165
Query 2354 TCATTCAGTCTCTCAGGAGGGAGCTCCAGA-TGGTGAAGGAAACT-CTG----CAGGCCATGATCCTGCAGCTC 2421
||||| ||||..| ||||| ||| ||.| ||||||..|..|..
Sbjct 2166 -------------------------CCAGACTGGTCTA--AAACTCCTGACCTCAAG---TGATCCACCTTCCT 2209
Query 2422 CAGCCAGCAAAGGAGGCGGG-----AGA-AAGAGAAGCTGCAGCTTCCTGCATGACAGCTGGTGTCCACGAAGC 2489
|||||..|.||.|.|..||| ||| |.|||...||| |||.||.|..||
Sbjct 2210 CAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGACATGAGCCACTG--------TGCCTGGCCCCT-------------- 2261
Query 2490 ACAAGCC 2496
||||
Sbjct 2262 ACAA--- 2265