Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_08070
• Subject: NM_001164540.2
• Aligned Length: 2562
• Identities: 2129
• Gaps: 432

Alignment

Query    1  ATGCCAGGCGGGGGTCCTCAGGGCGCCCCAGCCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGTGAGCCACCGCGCAGGCAGCCG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCAGGCGGGGGTCCTCAGGGCGCCCCAGCCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGTGAGCCACCGCGCAGGCAGCCG  74

Query   75  GGATTGCTTACCACCTGCAGCGTGCTTTCGGAGGCGGCGGCTGGCACGGAGGCCGGGCTACATGAGAAGCTCGA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGATTGCTTACCACCTGCAGCGTGCTTTCGGAGGCGGCGGCTGGCACGGAGGCCGGGCTACATGAGAAGCTCGA  148

Query  149  CAGGGCCTGGGATCGGGTTCCTTTCCCCAGCAGTGGGCACACTGTTCCGGTTCCCAGGAGGGGTGTCTGGCGAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGGGCCTGGGATCGGGTTCCTTTCCCCAGCAGTGGGCACACTGTTCCGGTTCCCAGGAGGGGTGTCTGGCGAG  222

Query  223  GAGTCCCACCACTCGGAGTCCAGGGCCAGACAGTGTGGCCTTGACTCGAGAGGCCTCTTGGTCCGGAGCCCTGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAGTCCCACCACTCGGAGTCCAGGGCCAGACAGTGTGGCCTTGACTCGAGAGGCCTCTTGGTCCGGAGCCCTGT  296

Query  297  TTCCAAGAGTGCAGCAGCCCCTACTGTGACCTCTGTGAGAGGAACCTCGGCGCACTTTGGGATTCAGCTCAGAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTCCAAGAGTGCAGCAGCCCCTACTGTGACCTCTGTGAGAGGAACCTCGGCGCACTTTGGGATTCAGCTCAGAG  370

Query  371  GTGGCACCAGATTGCCTGACAGGCTTAGCTGGCCGTGTGGCCCTGGGAGTGCTGGGTGGCAGCAAGAGTTTGCA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GTGGCACCAGATTGCCTGACAGGCTTAGCTGGCCGTGTGGCCCTGGGAGTGCTGGGTGGCAGCAAGAGTTTGCA  444

Query  445  GCCATGGATAGTTCTGAGACCCTGGACGCCAGCTGGGAGGCAGCCTGCAGCGATGGAGCAAGGCGTGTCCGGGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCCATGGATAGTTCTGAGACCCTGGACGCCAGCTGGGAGGCAGCCTGCAGCGATGGAGCAAGGCGTGTCCGGGC  518

Query  519  AGCAGGCTCTCTGCCATCAGCAGAGTTGAGTAGCAACAGCTGCAGCCCTGGCTGTGGCCCTGAGGTCCCCCCAA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGCAGGCTCTCTGCCATCAGCAGAGTTGAGTAGCAACAGCTGCAGCCCTGGCTGTGGCCCTGAGGTCCCCCCAA  592

Query  593  CCCCTCCTGGCTCTCACAGTGCCTTTACCTCAAGCTTTAGCTTTATTCGGCTCTCGCTTGGCTCTGCCGGGGAA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCCCTCCTGGCTCTCACAGTGCCTTTACCTCAAGCTTTAGCTTTATTCGGCTCTCGCTTGGCTCTGCCGGGGAA  666

Query  667  CGTGGAGAAGCAGAAGGCTGCCCACCATCCAGAGAGGCTGAGTCCCATTGCCAGAGCCCCCAGGAGATGGGAGC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CGTGGAGAAGCAGAAGGCTGCCCACCATCCAGAGAGGCTGAGTCCCATTGCCAGAGCCCCCAGGAGATGGGAGC  740

Query  741  CAAAGCTGCCAGCTTGGACGGGCCTCACGAGGACCCGCGATGTCTCTCTCAGCCCTTCAGTCTCTTGGCTACAC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CAAAGCTGCCAGCTTGGACGGGCCTCACGAGGACCCGCGATGTCTCTCTCGGCCCTTCAGTCTCTTGGCTACAC  814

Query  815  GGGTCTCTGCAGACTTGGCCCAGGCCGCAAGGAACAGCTCCAGGCCAGAGCGTGACATGCATTCTTTACCAGAC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGGTCTCTGCAGACTTGGCCCAGGCCGCAAGGAACAGCTCCAGGCCAGAGCGTGACATGCATTCTTTACCAGAC  888

Query  889  ATGGACCCTGGCTCCTCCAGTTCTCTGGATCCCTCACTGGCTGGCTGTGGTGGTGATGGGAGCAGCGGCTCAGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATGGACCCTGGCTCCTCCAGTTCTCTGGATCCCTCACTGGCTGGCTGTGGTGGTGATGGGAGCAGCGGCTCAGG  962

Query  963  GGATGCCCACTCTTGGGACACCCTGCTCAGGAAATGGGAGCCAGTGCTGCGGGACTGCCTGCTGAGAAACCGGA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GGATGCCCACTCTTGGGACACCCTGCTCAGGAAATGGGAGCCAGTGCTGCGGGACTGCCTGCTGAGAAACCGGA  1036

Query 1037  GGCAGATGGAGGTAATATCCTTAAGATTAAAACTTCAGAAACTTCAGGAAGATGCAGTTGAGAATGATGATTAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GGCAGATGGAGGTAATATCCTTAAGATTAAAACTTCAGAAACTTCAGGAAGATGCAGTTGAGAATGATGATTAT  1110

Query 1111  GATAAAGCTGAGACGTTACAACAAAGATTAGAAGACCTGGAACAAGAGAAAATCAGCCTGCACTTTCAACTTCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GATAAAGCTGAGACGTTACAACAAAGATTAGAAGACCTGGAACAAGAGAAAATCAGCCTGCACTTTCAACTTCC  1184

Query 1185  TTCAAGGCAGCCAGCTCTTAGCAGTTTCCTGGGTCACCTGGCAGCACAAGTCCAGGCTGCCTTGCGCCGTGGGG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TTCAAGGCAGCCAGCTCTTAGCAGTTTCCTGGGTCACCTGGCAGCACAAGTCCAGGCTGCCTTGCGCCGTGGGG  1258

Query 1259  CCACTCAGCAGGCCAGCGGAGATGACACCCACACCCCACTGAGAATGGAGCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCT  1332
            ||||||||||                                                                
Sbjct 1259  CCACTCAGCA----------------------------------------------------------------  1268

Query 1333  CAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAAT  1406
                                                                                      
Sbjct 1269  --------------------------------------------------------------------------  1268

Query 1407  CGAAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAG  1480
                                                                                      
Sbjct 1269  --------------------------------------------------------------------------  1268

Query 1481  AGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGACCTGACCCCACTGGTGGGCCAGCTGTCCCTGGGTCAGCTGCAGGAG  1554
                                                                                      
Sbjct 1269  --------------------------------------------------------------------------  1268

Query 1555  GTCAGCAAGGCCTTGCAGGACACCCTGGCCTCAGCCGGTCAGATTCCCTTCCATGCAGAGCCACCGGAAACCAT  1628
                                                                                      
Sbjct 1269  --------------------------------------------------------------------------  1268

Query 1629  AAGGAGCCTCCAGGAAAGAATAAAATCCCTCAACTTGTCACTTAAAGAAATCACTACTAAGGTGTGTATGAGTG  1702
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269  ------CCTCCAGGAAAGAATAAAATCCCTCAACTTGTCACTTAAAGAAATCACTACTAAGGTGTGTATGAGTG  1336

Query 1703  AGAAATTCTGCAGCACCCTGAGGAAGAAAGTTAACGATATTGAAACCCAACTACCAGCCTTGCTTGAAGCCAAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1337  AGAAATTCTGCAGCACCCTGAGGAAGAAAGTTAACGATATTGAAACCCAACTACCAGCCTTGCTTGAAGCCAAA  1410

Query 1777  ATGCATGCCATATCAGGAAACCATTTCTGGACGGCTAAAGACCTCACCGAGGAGATTAGATCATTAACATCAGA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411  ATGCATGCCATATCAGGAAACCATTTCTGGACGGCTAAAGACCTCACCGAGGAGATTAGATCATTAACATCAGA  1484

Query 1851  GAGAGAAGGGCTGGAGGGACTCCTCAGCAAGCTGTTGGTGTTGAGTTCCAGGAATGTCAAAAAGCTGGGAAGTG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485  GAGAGAAGGGCTGGAGGGACTCCTCAGCAAGCTGTTGGTGTTGAGTTCCAGGAATGTCAAAAAGCTGGGAAGTG  1558

Query 1925  TTAAAGAAGATTACAACAGACTGAGAAGAGAAGTGGAGCACCAGGAGACTGCCTATGAAACAAGTGTGAAGGAA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559  TTAAAGAAGATTACAACAGACTGAGAAGAGAAGTGGAGCACCAGGAGACTGCCTATGAAACAAGTGTGAAGGAA  1632

Query 1999  AATACTATGAAGTACATGGAAACACTTAAGAATAAACTGTGCAGCTGCAAGTGTCCACTGCTTGGGAAAGTGTG  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1633  AATACTATGAAGTACATGGAAACACTTAAGAATAAACTGTGCAGCTGCAAGTGTCCACTGCTTGGGAAAGTGTG  1706

Query 2073  GGAAGCTGACTTGGAAGCTTGTCGATTGCTTATCCAGAGCCTACAGCTCCAGGAAGCCAGGGGAAGCCTGTCTG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1707  GGAAGCTGACTTGGAAGCTTGTCGATTGCTTATCCAGAGCCTACAGCTCCAGGAAGCCAGGGGAAGCCTGTCTG  1780

Query 2147  TAGAAGATGAGAGGCAGATGGATGACTTAGAGGGAGCTGCTCCTCCTATTCCCCCCAGGCTCCACTCCGAGGAT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781  TAGAAGATGAGAGGCAGATGGATGACTTAGAGGGAGCTGCTCCTCCTATTCCCCCCAGGCTCCACTCCGAGGAT  1854

Query 2221  AAAAGGAAGACCCCTTTGA-------------------------------------------------------  2239
            |||||||||||||||||||                                                       
Sbjct 1855  AAAAGGAAGACCCCTTTGAAGGTATTGGAAGAATGGAAGACTCACCTCATCCCCTCTCTGCACTGTGCTGGAGG  1928

Query 2240  -----------AGGAATCTTACATCCTTTCTGCAGAACTTGGAGAAAAGTGTGAAGACATAGGCAAGAAGCTAT  2302
                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1929  TGAACAGAAAGAGGAATCTTACATCCTTTCTGCAGAACTTGGAGAAAAGTGTGAAGACATAGGCAAGAAGCTAT  2002

Query 2303  TGTACTTGGAAGATCAACTTCACACAGCAATCCACAGTCATGATGAAGATCTCATTCAGTCTCTCAGGAGGGAG  2376
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2003  TGTACTTGGAAGATCAACTTCACACAGCAATCCACAGTCATGATGAAGATCTCATTCAGTCTCTCAGGAGGGAG  2076

Query 2377  CTCCAGATGGTGAAGGAAACTCTGCAGGCCATGATCCTGCAGCTCCAGCCAGCAAAGGAGGCGGGAGAAAGAGA  2450
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2077  CTCCAGATGGTGAAGGAAACTCTGCAGGCCATGATCCTGCAGCTCCAGCCAGCAAAGGAGGCGGGAGAAAGAGA  2150

Query 2451  AGCTGCAGCTTCCTGCATGACAGCTGGTGTCCACGAAGCACAAGCC  2496
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151  AGCTGCAGCTTCCTGCATGACAGCTGGTGTCCACGAAGCACAAGCC  2196