Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_08215
• Subject: NM_015978.3
• Aligned Length: 2818
• Identities: 2182
• Gaps: 602

Alignment

Query    1  ATGGCAGCTGCTAGGGACCCTCCGGAAGTATCGCTGCGAGAAGCCACCCAGCGAAAATTGCGGAGGTTTTCCGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GCTAAGAGGCAAACTTGTAGCACGTGGAGAATTCTGGGACATAGTTGCAATAACAGCGGCTGATGAAAAACAGG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AACTTGCTTACAACCAACAGCTGTCAGAAAAGCTGAAAAGAAAGGAGTTACCCCTTGGAGTTCAATATCACGTT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TTTGTAGATCCTGCTGGAGCCAAAATTGGAAATGGAGGATCAACACTTTGTGCCCTTCAATGTTTGGAAAAGCT  296
                                                                       |||   |||||...|
Sbjct    1  -----------------------------------------------------------ATG---GGAAATTAT  12

Query  297  ATATGGAGATAAATGGAATTCTTTTACCATCTTATTAATTCACTCTGATGAATGGAAGAAAAAAGTCAGTGAAT  370
            |.||..|||..||...|| .|||.||                  ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   13  AAATCTAGACCAACCCAA-ACTTGTA------------------CTGATGAATGGAAGAAAAAAGTCAGTGAAT  67

Query  371  CATATGTTATCACAATAGAAAGATTAGAAGATGACCTGCAGATCAAGGAAAAAGAACTGACAGAACTAAGGAAT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   68  CATATGTTATCACAATAGAAAGATTAGAAGATGACCTGCAGATCAAGGAAAAAGAACTGACAGAACTAAGGAAT  141

Query  445  ATATTTGGCTCTGATGAAGCCTTCAGTAAAGTCAATTTAAATTACCGCACTGAAAATGGGCTGTCTCTACTTCA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  142  ATATTTGGCTCTGATGAAGCCTTCAGTAAAGTCAATTTAAATTACCGCACTGAAAATGGGCTGTCTCTACTTCA  215

Query  519  TTTATGTTGCATTTGTGGAGGCAAGAAATCACATATTCGAACTCTTATGTTGAAAGGGCTCCGCCCATCTCGAC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  216  TTTATGTTGCATTTGTGGAGGCAAGAAATCACATATTCGAACTCTTATGTTGAAAGGGCTCCGCCCATCTCGAC  289

Query  593  TGACAAGAAATGGATTTACAGCCTTGCATTTAGCAGTTTACAAGGATAATGCAGAATTGATCACTTCTCTGCTT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  290  TGACAAGAAATGGATTTACAGCCTTGCATTTAGCAGTTTACAAGGATAATGCAGAATTGATCACTTCTCTGCTT  363

Query  667  CACAGTGGAGCTGATGTACAGCAGGTTGGATACGGTGGCCTCACTGCCCTCCATATTGCTACAATAGCTGGCCA  740
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  364  CACAGTGGAGCTGATATACAGCAGGTTGGATACGGTGGCCTCACTGCCCTCCATATTGCTACAATAGCTGGCCA  437

Query  741  CCTAGAGGCTGCTGATGTGCTGTTGCAACATGGAGCTAATGTCAATATTCAAGATGCAGTTTTTTTCACTCCAT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  438  CCTAGAGGCTGCTGATGTGCTGTTGCAACATGGAGCTAATGTCAATATTCAAGATGCAGTTTTTTTCACTCCAT  511

Query  815  TGCATATTGCAGCGTACTATGGACATGAACAGGTAACTCGCCTTCTTTTGAAATTTGGTGCTGATGTAAATGTA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  512  TGCATATTGCAGCGTACTATGGACATGAACAGGTAACTCGCCTTCTTTTGAAATTTGGTGCTGATGTAAATGTA  585

Query  889  AGTGGTGAAGTTGGAGATAGACCCCTCCACCTAGCATCTGCAAAAGGATTCTTGAATATTGCAAAACTCTTGAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  586  AGTGGTGAAGTTGGAGATAGACCCCTCCACCTAGCATCTGCAAAAGGATTCTTGAATATTGCAAAACTCTTGAT  659

Query  963  GGAAGAAGGCAGCAAAGCAGATGTGAATGCTCAAGATAATGAAGACCATGTCCCACTCCATTTCTGTTCTCGAT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  660  GGAAGAAGGCAGCAAAGCAGATGTGAATGCTCAAGATAATGAAGACCATGTCCCACTCCATTTCTGTTCTCGAT  733

Query 1037  TTGGACACCATGATATAGTTAAGTATCTGCTGCAAAGTGATTTGGAAGTTCAACCTCATGTTGTTAATATCTAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  734  TTGGACACCATGATATAGTTAAGTATCTGCTGCAAAGTGATTTGGAAGTTCAACCTCATGTTGTTAATATCTAT  807

Query 1111  GGAGATACCCCCTTACACCTGGCATGCTACAATGGCAAATTTGAAGTTGCCAAGGAAATCATCCAAATATCAGG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  808  GGAGATACCCCCTTACACCTGGCATGCTACAATGGCAAATTTGAAGTTGCCAAGGAAATCATCCAAATATCAGG  881

Query 1185  AACAGAAAGTCTGACTAAGGAAAACATCTTCAGTGAAACAGCTTTTCATAGTGCTTGTACCTATGGCAAGAGCA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  882  AACAGAAAGTCTGACTAAGGAAAACATCTTCAGTGAAACAGCTTTTCATAGTGCTTGTACCTATGGCAAGAGCA  955

Query 1259  TTGACCTAGTCAAATTTCTTCTTGATCAGAATGTCATAAACATCAACCACCAAGGAAGGGATGGGCACACTGGA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  956  TTGACCTAGTCAAATTTCTTCTTGATCAGAATGTCATAAACATCAACCACCAAGGAAGGGATGGGCACACTGGA  1029

Query 1333  TTACACTCTGCTTGCTACCACGGTCACATTCGCCTGGTTCAGTTCTTACTGGATAATGGAGCTGATATGAATCT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030  TTACACTCTGCTTGCTACCACGGTCACATTCGCCTGGTTCAGTTCTTACTGGATAATGGAGCTGATATGAATCT  1103

Query 1407  AGTGGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAAAAGATGAGCAGACATGTTTGATGTGGGCTTATGAAAAAG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104  AGTGGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAAAAGATGAGCAGACATGTTTGATGTGGGCTTATGAAAAAG  1177

Query 1481  GGCATGATGCCATTGTCACACTCCTGAAGCATTATAAGAGACCACAAGGTGAATTGCCCTGTAATGAATATTCT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1178  GGCATGATGCCATTGTCACACTCCTGAAGCATTATAAGAGACCACAAGATGAATTGCCCTGTAATGAATATTCT  1251

Query 1555  CAGCCTGGAGGAGATGGCTCCTATGTGTCTGTTCCATCACCCTTGGGGAAGATTAAAAGCATGACAAAAGAGAA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252  CAGCCTGGAGGAGATGGCTCCTATGTGTCTGTTCCATCACCCTTGGGGAAGATTAAAAGCATGACAAAAGAGAA  1325

Query 1629  GGCAGATATTCTCCTCCTAAGAGCTGGATTGCCTTCACATTTCCATCTTCAGCTCTCAGAAATTGAGTTCCATG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326  GGCAGATATTCTCCTCCTAAGAGCTGGATTGCCTTCACATTTCCATCTTCAGCTCTCAGAAATTGAGTTCCATG  1399

Query 1703  AGATTATTGGCTCAGGTTCTTTTGGGAAAGTATATAAAGGACGATGCAGAAATAAAATAGTGGCTATAAAACGT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400  AGATTATTGGCTCAGGTTCTTTTGGGAAAGTATATAAAGGACGATGCAGAAATAAAATAGTGGCTATAAAACGT  1473

Query 1777  TATCGAGCCAATACCTACTGCTCCAAGTCAGATGTGGATATGTTTTGCCGAGAGGTGTCCATTCTCTGCCAGCT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1474  TATCGAGCCAATACCTACTGCTCCAAGTCAGATGTGGATATGTTTTGCCGAGAGGTGTCCATTCTCTGCCAGCT  1547

Query 1851  CAATCATCCCTGCGTAATTCAGTTTGTGGGTGCTTGCTTGAATGATCCCAGCCAGTTTGCCATTGTCACTCAAT  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548  CAATCATCCCTGCGTAATTCAGTTTGTGGGTGCTTGCTTGAATGATCCCAGCCAGTTTGCCATTGTCACTCAAT  1621

Query 1925  ACATATCAGGGGGTTCTCTGTTCTCCCTCCTTCATGAGCAGAAGAGGATTCTTGATTTGCAGTCTAAATTAATT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622  ACATATCAGGGGGTTCTCTGTTCTCCCTCCTTCATGAGCAGAAGAGGATTCTTGATTTGCAGTCTAAATTAATT  1695

Query 1999  ATTGCAGTAGATGTTGCCAAAGGCATGGAGTACCTTCACAACCTGACACAGCCAATTATACATCGTGACTTGAA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1696  ATTGCAGTAGATGTTGCCAAAGGCATGGAGTACCTTCACAACCTGACACAGCCAATTATACATCGTGACTTGAA  1769

Query 2073  CAGTCACAATATTCTTCTCTATGAGGATGGGCATGCTGTGGTGGCAGATTTTGGAGAATCAAGATTTCTACAGT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1770  CAGTCACAATATTCTTCTCTATGAGGATGGGCATGCTGTGGTGGCAGATTTTGGAGAATCAAGATTTCTACAGT  1843

Query 2147  CTCTGGATGAAGACAACATGACAAAACAACCTGGGAACCTCCTTTGGATGGCTCCTGAGGTGTTCACGCAGTGC  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844  CTCTGGATGAAGACAACATGACAAAACAACCTGGGAACCTCCGTTGGATGGCTCCTGAGGTGTTCACGCAGTGC  1917

Query 2221  ACTCGGTACACCATCAAAGCAGATGTCTTCAGCTATGCTCTGTGTCTGTGGGAAATTCTCACTGGCGAAATTCC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918  ACTCGGTACACCATCAAAGCAGATGTCTTCAGCTATGCTCTGTGTCTGTGGGAAATTCTCACTGGCGAAATTCC  1991

Query 2295  ATTCGCTCATCTCAAGCCAGCGGCTGCGGCAGCAGACATGGCTTACCACCACATCAGACCTCCCATTGGCTATT  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1992  ATTCGCTCATCTCAAGCCAGCGGCTGCGGCAGCAGACATGGCTTACCACCACATCAGACCTCCCATTGGCTATT  2065

Query 2369  CCATTCCCAAGCCCATATCATCTCTGCTGATACGAGGGTGGAACGCATGTCCTGAAGCAAAATCCAGACC----  2438
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|      |||||    
Sbjct 2066  CCATTCCCAAGCCCATATCATCTCTGCTGATACGAGGGTGGAACGCATGTCCTGAAGGA------AGACCCGAA  2133

Query 2439  -------AAGT------------------------------CATT-----------------ACCCAG------  2452
                   ||||                              ||||                 |.|.||      
Sbjct 2134  TTTTCTGAAGTTGTCATGAAGTTAGAAGAGTGTCTCTGCAACATTGAGCTGATGTCTCCTGCATCAAGTAACAG  2207

Query 2453  -----------TCTCATCT---------------------GTGTAC---------------------------A  2467
                       |||||.||                     |||.||                           .
Sbjct 2208  CAGTGGGTCTCTCTCACCTTCTTCTTCTTCTGATTGCCTGGTGAACCGGGGAGGACCTGGCCGGAGTCATGTGG  2281

Query 2468  CAGAAACTCTTAAGAA--------GAA--------------AAATG-AAGATC-------GTTTTG--------  2503
            |||.|    |||||||        |||              ||||| |||.||       |.||||        
Sbjct 2282  CAGCA----TTAAGAAGTCGTTTCGAATTGGAATATGCTCTAAATGCAAGGTCCTATGCTGCTTTGTCCCAAAG  2351

Query 2504  ----GGA-------------------TGTGGATTGAGTATCTCAGAAGA-------------------------  2529
                |||                   |||...|.|||.|..|.|.||||                         
Sbjct 2352  TGCTGGACAATATTCCTCTCAAGGTCTGTCTTTGGAGGAGATGAAAAGAAGTCTTCAATACACACCCATTGACA  2425

Query 2530  --------------------------------------------------------------------------  2529
                                                                                      
Sbjct 2426  AATATGGCTATGTATCCGATCCCATGAGCTCAATGCATTTTCATTCTTGCCGAAATAGTAGCAGCTTTGAGGAC  2499

Query 2530  ------  2529
                  
Sbjct 2500  AGCAGC  2505