Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_08580
• Subject: NM_001286032.1
• Aligned Length: 2237
• Identities: 1535
• Gaps: 412

Alignment

Query    1  ATGGAAGAAGAAGGGCTGGAGTGTCCAAACTCTTCCTCTGAAAAACGCTATTTTCCTGAATCCCTGGATTCCAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CGATGGGGATGAGGAAGAGGTTTTGGCCTGTGAGGATTTGGAACTTAACCCCTTTGATGGATTGCCATATTCAT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CACGTTATTATAAACTTCTGAAAGAAAGAGAAGATCTTCCTATATGGAAAGAAAAATACTCCTTTATGGAGAAC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CTGCTTCAAAATCAAATCGTGATTGTTTCAGGAGATGCTAAATGTGGTAAGAGCGCTCAGGTTCCTCAGTGGTG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TGCTGAATATTGTCTTTCCATCCACTACCAGCACGGGGGCGTGATATGCACACAGGTCCACAAGCAGACTGTGG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TCCAGCTCGCCCTGCGGGTGGCGGATGAAATGGATGTTAACATTGGTCATGAGGTTGGCTACGTGATCCCTTTC  444
                                         ||||||||.||.||.||.||.||.||.|||||.|||||.|||||.
Sbjct    1  -----------------------------ATGGATGTGAATATCGGGCACGAAGTCGGCTATGTGATTCCTTTT  45

Query  445  GAGAACTGCTGTACCAACGAAACAATCCTGAGGTATTGTACTGATGATATGCTGCAAAGAGAAATGATGTCCAA  518
            |||||||||||.||||..|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||
Sbjct   46  GAGAACTGCTGCACCACTGAAACAATCCTGAGGTACTGTACTGATGACATGCTGCAGAGAGAGATGATGTCCAA  119

Query  519  TCCTTTTTTGGGTAGCTATGGGGTCATCATCTTAGATGATATTCATGAAAGAAGCATTGCAACTGATGTGTTAC  592
            .|||||..|||||||||||||.|||||||||||.||.|||.|.||.||.||||||.|.||.|||||.|||.|.|
Sbjct  120  CCCTTTCCTGGGTAGCTATGGCGTCATCATCTTGGACGATGTCCACGAGAGAAGCCTGGCGACTGACGTGCTGC  193

Query  593  TTGGACTTCTTAAAGATGTTTTACTAGCAAGACCAGAACTGAAGCTCATAATTAACTCCTCACCTCACCTGATC  666
            |.|||||.|||||||||||..|.||.|||||||||||.||||||||||||.||||||.|||.||||.|||.|.|
Sbjct  194  TCGGACTCCTTAAAGATGTGCTGCTGGCAAGACCAGAGCTGAAGCTCATAGTTAACTGCTCGCCTCTCCTCACC  267

Query  667  AGCAAACTCAATTCTTATTATGGAAACGTGCCTGTCATAGAAGTGAAAAATAAACACCCTGTGGAGGTTGTGTA  740
            ||.|||||||.|||.||.||||||.|||||||||||||||||||||.||||||.|||||.||||||||.|||||
Sbjct  268  AGTAAACTCAGTTCCTACTATGGAGACGTGCCTGTCATAGAAGTGAGAAATAAGCACCCGGTGGAGGTGGTGTA  341

Query  741  CCTTAGTGAGGCTCAAAAGGATTCTTTTGAGTCTATTTTACGCCTTATCTTTGAAATTCACCACTCGGGTGAGA  814
            ||||||||.||||||.||||||||.||.||||||.|..|||||||||||||||||||.||||.|||||||||||
Sbjct  342  CCTTAGTGGGGCTCAGAAGGATTCCTTCGAGTCTGTCATACGCCTTATCTTTGAAATCCACCGCTCGGGTGAGA  415

Query  815  AAGGTGACATTGTAGTCTTTCTGGCCTGTGAACAAGATATTGAGAAAGTCTGTGAAACTGTCTATC---AAGGA  885
            |.||||||.||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||..||.||||..|||.|.||   |||||
Sbjct  416  AGGGTGACGTTGTGGTCTTCCTGGCCTGTGAACAAGATATTGAAAAAACCTATGAACTTGTGTGTCAGGAAGGA  489

Query  886  TCTAACCTAAACCCAGATCTTGGAGAACTGGTGGTTGTTCCTTTGTATCCAAAAGAGAAATGTTCA--TTGTTC  957
            ||.|||.|||||||||||.|.||.||.||||||||..|.|||||||||||.||||||||  ||.||  .|||||
Sbjct  490  TCCAACTTAAACCCAGATGTGGGCGACCTGGTGGTCATCCCTTTGTATCCCAAAGAGAA--GTGCAGCCTGTTC  561

Query  958  AAGCCACTCGATGAAACAGAAAAAAGATGCCAAGTTTATCAAAGAAGAGTGGTGTTAACTACTAGCTCTGGAGA  1031
            |.||||.|.||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.|||.|.||||||.|.||.||.||||..||.||
Sbjct  562  AGGCCAGTGGACGAAACCGAGAAAAGATGCCAAGTGTATCAGAGACGGGTGGTGCTGACCACCAGCTGCGGGGA  635

Query 1032  GTTTTTGATCTGGAGCAACTCAGTCAGATTTGTTATCGATGTGGGTGTGGAAAGAAGAAAGGTGTACAACCCGA  1105
            ||.|.|||||||||||.||.|.||||.||||||.||.|||||.|||.|||||||||||.||||.||.|||||..
Sbjct  636  GTCTCTGATCTGGAGCCACACGGTCAAATTTGTCATTGATGTTGGTCTGGAAAGAAGACAGGTATATAACCCCC  709

Query 1106  GAATAAGAGCAAACTCGCTCGTCATGCAGCCCATCAGCCAGAGCCAGGCAGAGATACGCAAGCAGATTCTTGGC  1179
            |.||.|||||.|||||.||||||.||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||||||.|.||.||.
Sbjct  710  GGATCAGAGCCAACTCCCTCGTCCTGCAGCCCATCAGCCAAAGCCAAGCAGAGATCCGGAAGCAGCTCCTCGGG  783

Query 1180  TCATCTTCTTCAGGAAAATTTTTCTGCCTGTACACTGAAGAATTTGCCTCCAAAGACATGACGCCACTGAAGCC  1253
            ||.|||.|.|||||||||.|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.||.|||||
Sbjct  784  TCTTCTCCCTCAGGAAAACTTTTCTGTCTGTACACTGAAGAATTTGCCTCCAAAGACATGAGGCCCCTTAAGCC  857

Query 1254  AGCAGAAATGCAGGAAGCCAACCTAACAAGCATGGTGCTTTTTATGAAGAGGATAGACATTGCGGGCCTAGGCC  1327
            |||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||.|.||||||||.|||||.||||
Sbjct  858  AGCGGAAATGCAGGAAGCCAACCTGACTAGCATGGTGCTCTTCATGAAGAGGGTGGACATTGCAGGCCTGGGCC  931

Query 1328  ACTGTGACTTCATGAACAGACCAGCACCAGAAAGTTTGATGCAGGCATTGGAAGACTTAGATTATCTGGCAGCA  1401
            .|||.||||||||||||||.|||||.||||||||..|||||||||||.|||||||.||||||||.||||||||.
Sbjct  932  GCTGCGACTTCATGAACAGGCCAGCTCCAGAAAGCCTGATGCAGGCACTGGAAGATTTAGATTACCTGGCAGCC  1005

Query 1402  CTGGATAATGATGGAAATCTTTCTGAATTTGGAATCATCATGTCAGAGTTTCCTCTTGATCCACAACTCTCGAA  1475
            |||||.||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||
Sbjct 1006  CTGGACAACGATGGGAATCTCTCTGAGTTTGGAATCATCATGTCTGAGTTTCCTCTGGATCCACAGCTCTCAAA  1079

Query 1476  GTCTATCTTAGCGTCCTGTGAATTTGACTGTGTAGATGAAGTGCTAACAATCGCGGCCATGGTAACAGCTCCAA  1549
            ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||.|||||||.|||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 1080  GTCTATCTTAGCATCCTGTGAATTTGACTGTGTAGACGAAATGCTAACCATCGCTGCCATGGTAACAGCTCCCA  1153

Query 1550  ATTGCTTTTCACATGTGCCACATGGAGCTGAAGAGGCTGCCTTGACTTGTTGGAAGACATTTTTACATCCCGAA  1623
            .||||||||..||.|||||.|||||.|||||.||||||||..|||||||.|||||.||.||.||.||.||.|||
Sbjct 1154  GTTGCTTTTTGCACGTGCCTCATGGTGCTGAGGAGGCTGCAGTGACTTGCTGGAAAACGTTCTTGCACCCTGAA  1227

Query 1624  GGAGATCACTTTACCCTCATCAGCATTTACAAGGCTTACCAAGACACAACTCTGAATTCTAGCAGTGAGTACTG  1697
            ||.|||||||||||.|||||||...|.|||||.||.||||||||.|||..||||||.|||..||.|||..||||
Sbjct 1228  GGTGATCACTTTACGCTCATCAATGTCTACAATGCCTACCAAGATACAGTTCTGAACTCTGCCAATGAACACTG  1301

Query 1698  TGTGGAAAAGTGGTGTCGTGATTACTTCCTCAACTGTTCAGCACTCAGAATGGCAGATGTTATTCGAGCTGAAC  1771
            ||||||.|.||||||||..||||.||||||||.|||.||.||.|||||.||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct 1302  TGTGGAGATGTGGTGTCACGATTGCTTCCTCAGCTGCTCTGCTCTCAGGATGGCAGACGTTATCCGAGCAGAAC  1375

Query 1772  TCTTAGAAATTATCAAGCGAATCGAGCTTCCCTATGCAGAACCTGCTTTTGGCTCCAAGGAAAACACTCTAAAC  1845
            |||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||....|.|||
Sbjct 1376  TCTTAGAGATCATCAAGCGGATCGAGCTTCCCTATGCAGAGCCTGCCTTTGGCTCCAAGGAAAACGGGTTGAAC  1449

Query 1846  ATAAAGAAAGCTCTTCTGTCCGGTTACTTTATGCAGATTGCTCGGGATGTTGATGGATCAGGTAACTACTTAAT  1919
            ||.||||||||.||.||.||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||
Sbjct 1450  ATCAAGAAAGCGCTGCTCTCTGGGTACTTCATGCAGATTGCTCGGGATGTTGACGGGTCAGGTAACTACTTGAT  1523

Query 1920  GCTGACACATAAGCAGGTTGCTCAGCTGCATCCCCTGTCTGGTTACTCAATCACCAAGAAGATGCCAGAGTGGG  1993
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||.|.||..|.||.||.|||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1524  GCTTACACATAAGCAGGTTGCTCAGCTGCATCCCTTATCAAGCTATTCCATCACCAAGAAGATGCCCGAGTGGG  1597

Query 1994  TCCTCTTCCATAAATTCAGCATTTCTGAGAACAACTACATCAGGATTACCTCAGAAATCTCTCCTGAACTATTT  2067
            ||||||||||..|.||||||||.|||||||||||||||||||||.|..||||.|.|.||||.|||||.||||||
Sbjct 1598  TCCTCTTCCACCAGTTCAGCATATCTGAGAACAACTACATCAGGGTCGCCTCCGCAGTCTCCCCTGAGCTATTT  1671

Query 2068  ATGCAGCTGGTACCACAATACTATTTCAGTAATCTGCCTCCTAGTGAAAGTAAGGACATTCTACAGCAAGTAGT  2141
            |||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||..|.
Sbjct 1672  ATGCAGCTGGTACCACAGTACTATTTCAGTAACCTGCCTCCTAGTGAAAGCAAGGACATCCTACAGCAAGCTGC  1745

Query 2142  GGATCACCTATCCCCTGTGTCAACAATGAATAAGGAACAGCAAATGTGTGAGACGTGCCC---TGAAACTGAAC  2212
            .|..||||||.||.|.|   .|||..||||.|||||.|||.|..|||||||.|.||||||   ||..|||||.|
Sbjct 1746  AGGCCACCTACCCACAG---AAACTGTGAACAAGGACCAGGATGTGTGTGACAAGTGCCCAGATGCTACTGAGC  1816

Query 2213  AGAGATGCACTCTCCAG  2229
            ||||||||||..|||||
Sbjct 1817  AGAGATGCACAATCCAG  1833