Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_08597
• Subject: XM_006498397.3
• Aligned Length: 1479
• Identities: 1167
• Gaps: 159

Alignment

Query    1  ------------------------ATGCAGAAATCTACAAATTCTGATACTTCCGTGGAAACACTGAATTCTAC  50
                                    .||||||.|||||||||.|.|||.|..||..||||||.||||||||||.|
Sbjct    1  ATGGAGAAAAGGACAAGCTGCAGTGTGCAGACATCTACAAACTGTGACAACTCTCTGGAAATACTGAATTCTGC  74

Query   51  CCGCCAAGGCACAGGAGCTGTGCAAATGAGAATCAAAAATGCCAACAGCCACCATGACAGGCTCAGCCAAAGTA  124
            ||.|||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||..|||||||.||
Sbjct   75  CCACCAAGCTACAGGAGCTGTGCAAATGAGAATCAAAAATGCCAACAGCCACCAAGACAGGCAGAGCCAAACTA  148

Query  125  AATCCATGATCCTCACCGATGTCGGGAAGGTCACTGAACCTATATCCAGACACAGAAGGAATCATTCACAGCAT  198
            |||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AATCCATGATCCTCACCGATGCTGGGAAGGTCACTGAACCTATTTCCCGGCACAGAAGGAATCATTCACAGCAT  222

Query  199  ATCTTGAAAGATGTCATTCCTCCATTGGAACAACTGATGGTTGAAAAAGAAGGTTATCTGCAAAAAGCTAAAAT  272
            .|.|||||||||||||||||.|||.|.|||||.|..|||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||
Sbjct  223  GTGTTGAAAGATGTCATTCCACCACTAGAACATCCAATGGTTGAAAAAGAAGGGTATCTTCAAAAAGCCAAAAT  296

Query  273  TGCAGATGGAGGAAAGAAACTAAGGAAAAACTGGTCTACTTCCTGGATTGTTCTTTCTAGTCGAAGAATTGAAT  346
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||
Sbjct  297  TGCAGATGGAGGAAAGAAACTAAGGAAAAACTGGTCTACTTCCTGGATTGTTCTTTCTGGTCGAAAAATTGAAT  370

Query  347  TTTACAAAGAATCCAAGCAACAGGCTCTGTCC-AATATGAAAACTGGGCACAAACCAGAAAGTGTGGATTTGTG  419
            ||||||||||.||||||||.||.||||| ||| ||.||||||||..|||||||....|||||||||||||||||
Sbjct  371  TTTACAAAGACTCCAAGCAGCAAGCTCT-TCCTAACATGAAAACCAGGCACAACGTGGAAAGTGTGGATTTGTG  443

Query  420  TGGAGCACACATTGAATGGGCCAAGGAAAAATCGAGCAGAAAGAATGTCTTTCAGATCACAACAGTATCAGGAA  493
            |||.|||||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  444  TGGTGCACATATAGAATGGGCCAAAGAAAAATCAAGCAGAAAGAGTGTCTTTCAGATCACAACAGTGTCAGGAA  517

Query  494  ATGAGTTCCTTCTACAGTCAGATATTGACTTCATCATATTGGATTGGTTCCACGCTATCAAAAATGCAATTGAC  567
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  518  ATGAGTTCCTTCTACAGTCAGATATTGACTTCCTCATATTGGATTGGTTCCAAGCTATCAAAAATGCAATTGAC  591

Query  568  AGATTGCCAAAGGATTCAAGTTGTCCATCAAGAAACCTGGAATTATTCAAAATCCAAAGATCCTCTAGCACTGA  641
            ||||||||||||.||.||||||||...||      ||||||.||.|||||..|.||.||||||||.||..||||
Sbjct  592  AGATTGCCAAAGAATCCAAGTTGTGGGTC------CCTGGAGTTGTTCAATTTGCAGAGATCCTCAAGTTCTGA  659

Query  642  ATTGCTAAGTCACTACGACAGTGATATAAAAGAACAGAAACCAGAGCACAGAAAATCTTTAATGTTCAGACTGC  715
            |.|||..|||||||.|.|||..||||.||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.|||||..||||||
Sbjct  660  ACTGCCGAGTCACTGCCACATCGATAGAAAAGAACAGAAACCAGAACACAGGAAGTCCTTCATGTTTCGACTGC  733

Query  716  ATCACAGTGCTTCCGATACAAGCGACAAAAATCGAGTTAAAAGCAGATTAAAGAAGTTTATTACCCGAAGACCT  789
            |.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||.||.||||||.|.||||||||.||..||.||||||||
Sbjct  734  ACCACAGTGCTTCTGATACAAGTGACAAGAATCGCGTGAAGAGCAGACTGAAGAAGTTCATCTCCAGAAGACCT  807

Query  790  TCCCTGAAAACTCTGCAAGAAAAAGGACTTATTAAAGATCAAATTTTTGGCTCTCATCTGCACAAAGTGTGTGA  863
            ||.|||||||||.||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  808  TCTCTGAAAACTTTGCAGGAAAAGGGACTCATTAAAGATCAAATTTTTGGCTCTCATCTGCACACAGTGTGTGA  881

Query  864  ACGTGAAAATTCCACAGTTCCGTGGTTTGTAAAGCAATGCATTGAAGCTGTTGAGAAAAGAGGTCTAGATGTTG  937
            |||.|||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||
Sbjct  882  ACGAGAACATTCCACAGTTCCATGGTTTGTAAAGCAATGCATTGAAGCTGTTGAAAAAAGAGGCCTAGACGTTG  955

Query  938  ATGGAATATATCGAGTTAGTGGCAATCTGGCAACAATACAGAAGTTAAGATTTATTGTCAACCAAGAAGAGAAG  1011
            |||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  956  ATGGAATTTATCGAGTTAGTGGCAATCTTGCAACAATACAGAAGTTAAGATTTATTGTCAACCAAGAAGAGAAG  1029

Query 1012  CTGAATTTGGACGACAGCCAGTGGGAGGACATCCACGTTGTCACCGGAGCACTGAAGATGTTTTTCCGGGAGCT  1085
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030  CTGAATTTGGATGACAGCCAGTGGGAGGACATCCACGTCGTCACCGGAGCACTGAAGATGTTTTTCCGGGAGCT  1103

Query 1086  GCCTGAGCCGCTCTTCCCTTACAGTTTCTTTGAGCAGTTTGTGGAAGCGATCAAAAAGCAAGACAACAACACAA  1159
            |.||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||.|||||||.|||...||
Sbjct 1104  GTCTGAACCGCTCTTCCCTTACAGTTTCTTTGAGCGGTTTGTGGAGGCGATCAAAAAACAAGACAGCAATGAAA  1177

Query 1160  GAATTGAAGCTGTAAAATCTCTTGTACAAAAACTCCCTCCGCCAAATCGTGACACCATGAAAGTCCCCTTTGGA  1233
            .|||||||.||.|.|..|||||.|||.||...||||||||.|||||||.|||.|||||||||.|||.|||..||
Sbjct 1178  AAATTGAAACTATGAGGTCTCTGGTAAAACGTCTCCCTCCACCAAATCATGATACCATGAAAATCCTCTTCAGA  1251

Query 1234  CATCTAACTAAGATAGTGGCCAAA----GCCTCCAAGAAC-CT---------CATGTCCAC--GCAAAGCTT--  1289
            |||||||            |||||    ||||||  .||| ||         ||| |||||  |||||..||  
Sbjct 1252  CATCTAA------------CCAAACCCTGCCTCC--CAACTCTCCCTTTAAACAT-TCCACCAGCAAAATTTCA  1310

Query 1290  --GGGGATTGTATTTGGACCTACCCTTCTGCGAGCTGAAAATGAAACAGGAAACATGGCGATCCACATGGTCTA  1361
              |.|.||          ||||||||     |.|||.||                     ||||       ||.
Sbjct 1311  TAGAGCAT----------CCTACCCT-----GGGCTCAA---------------------ATCC-------CTT  1341

Query 1362  CCAGAAC--CAGATA-------GCTGAGCTCATGCTGAGTGAGTACAGTAAGATCTTCGGCTCAGAGGAAGAC  1425
            ||.|..|  ||| ||       |||..||   |||||                                    
Sbjct 1342  CCTGTCCTTCAG-TATCTCTTTGCTTGGC---TGCTG------------------------------------  1374