Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_08733
• Subject: NM_001164597.1
• Aligned Length: 2684
• Identities: 2237
• Gaps: 85

Alignment

Query    1  ATGAC-GGATCCTTTCTGCGTT---GGAGGCCGTCGGCTCCCGGGGTCCAGCAAGAGTGGTCCCGGGAAGGATG  70
            ||||| |.||||||| ||.|||   ||||||||||||||.|..||.||||||||.|||||.||.||.||||..|
Sbjct    1  ATGACTGAATCCTTT-TGTGTTGGAGGAGGCCGTCGGCTTCAAGGATCCAGCAAAAGTGGACCTGGAAAGGGAG  73

Query   71  GCAGCCGAAAGGAGGTCCGACTTCCAATGCTGCATGACCCACCGAAGATGGGGATGCCGGTGGTCCGTGGTGGA  144
            |||||||.|||||||.||.||||||..||.||||.||||||||.|||.|.||||||||.|||||||...|||||
Sbjct   74  GCAGCCGGAAGGAGGCCCAACTTCCCTTGTTGCAGGACCCACCAAAGCTAGGGATGCCAGTGGTCCACAGTGGA  147

Query  145  CAGACAGTGCCCGGCCAGGCCCCTCTCTGCTTTGACCCGGGAAGTCCAGCCAGTGACAAGACAGAAGGGAAGAA  218
            ||.||||||||..||||||||||.||||||||||||||.||||...||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  148  CATACAGTGCCTAGCCAGGCCCCACTCTGCTTTGACCCTGGAAACTCAGCCAGTGACAAGACAGAAGGGAAGAA  221

Query  219  AAAGGGGCGGCCAAAAGCCGAGAACCAGGCCCTCCGAGACATTCCTCTCTCCCTGATGAACGACTGGAAGGATG  292
            |||.|||.||||.||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||.|.|||||.||||
Sbjct  222  AAAAGGGAGGCCGAAAGCCGAGAACCAAGCTCTCCGAGATATTCCTCTCTCTCTGATGAACCAGTGGAAAGATG  295

Query  293  AGTTCAAGGCACACTCGAGGGTGAAGTGTCCAAACTCAGGGTGCTGGCTGGAGTTCCCCAGCATCTACGGGCTC  366
            |.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct  296  AATTCAAGGCACACTCAAGGGTGAAGTGTCCAAACTCAGGGTGCTGGCTAGAGTTCCCCAGCATCTATGGGCTC  369

Query  367  AAGTACCATTACCAGCGGTGCCAAGGGGGTGCCATCTCAGATCGCCTGGCCTTCCCCTGCCCCTTCTGCGAGGC  440
            ||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||.|.|||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  370  AAGTACCACTATCAGCGGTGCCAAGGGGGTGCTATCTCAGATAGGCTGGCCTTCCCTTGCCCCTTCTGCGAGGC  443

Query  441  CGCATTCACCTCTAAGACCCAGCTGGAGAAACACCGGATCTGGAACCACATGGACCGACCCCTGCCTGCCTCCA  514
            |||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||..|||||.||||||.|||
Sbjct  444  CGCATTCACTTCCAAGACCCAGCTGGAGAAGCACCGGATATGGAATCACATGGACCACCCCCTACCTGCCCCCA  517

Query  515  AGCCTGGGCCCA-TCAGCAGGCCGGTCACCATCAGCCGGCCTGTTGGGGTCAGCAAGCCCATCGGAGTGAGCAA  587
            ||||| |||||| |||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  518  AGCCT-GGCCCAGTCAGCCGGCCGGTCACCATCAGCCGGCCTGTTGGGGTCAGCAAGCCCATCGGAGTGAGCAA  590

Query  588  ACCTGTCACTATTGGCAAACCTGTGGGTGTCAGCAAACCCATTGGCATCAGCAAGCCAGTCTCGGTCGGCAGAC  661
            ||||||.|||.||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||               
Sbjct  591  ACCTGTTACTGTTGGCAAACCAGTGGGTGTCAGCAAGCCCATTGGCATCAGTAAGCCAG---------------  649

Query  662  CAATGCCAGTCACCAAGGCCATCCCGGTCACTAGGCCCGTGCCAGTCACCAAACCTGTCACAGTCAGCAGGCCC  735
                                 ||.|.||||.||||||..|.||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  650  ---------------------TCACAGTCAGTAGGCCTATACCAGTCACCAAACCTGTCACAGTCAGTAGGCCC  702

Query  736  ATGCCCGTCACCAAGGCC-ATGCCGGTCACCAAACCCATCACAGTCACCAAGTCTGTGCCGGTCACCAAACCCG  808
            ||||..||| .|.||||| .||||.||||||||.||||||.||.|.|||||..|||||||..|||||||||...
Sbjct  703  ATGCAAGTC-TCTAGGCCTGTGCCAGTCACCAAGCCCATCCCAATTACCAAACCTGTGCCACTCACCAAACATA  775

Query  809  TACCTGTCACCAAACCCATTACGGTCACAAAGCTTGTGACAGTTACGAAACCCGTGCCGGTCACCAAGCCAGTG  882
            |.||.||.|||                  |||||||||||||||.|.|||||.|||||..|||||||||||||.
Sbjct  776  TGCCAGTTACC------------------AAGCTTGTGACAGTTTCAAAACCTGTGCCACTCACCAAGCCAGTA  831

Query  883  ACAGTCAGCAGGCCCATTGTGGTCAGCAAGCCGGTGACAGTCAGCAGGCCCATTGCTATCAGCAGACACACACC  956
            .|||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||.||.|||||||||||||.|||
Sbjct  832  CCAGTCAGCAGGCCCATTGTGGTCAGCAAGCCTGTGCCGGTCAGCAGGCCCATCGCCATCAGCAGACACATACC  905

Query  957  GCCCTGCAAAATGGTGCTGCTGACCAGGTCGGAGAACAAAGCACCTCGTGCCACAGGGAGGAACAGTGGTAAGA  1030
            .|||||||||||||||.|||||.|||..||.|||||||||.|||.||||||.|||||.|.||||||...|||||
Sbjct  906  ACCCTGCAAAATGGTGTTGCTGTCCAAATCTGAGAACAAAACACTTCGTGCTACAGGCAAGAACAGCAATAAGA  979

Query 1031  AAAGGGCTGCGGACAGCCTGGACACCTGCCCAATTCCACCCAAGCAGGCCAGGCCAGAGAATGGGGAGTACGGC  1104
            ||||||||||.|||||..|||||||||||||.||.|...||||||||||.||||||||||||||.|..||||||
Sbjct  980  AAAGGGCTGCAGACAGTTTGGACACCTGCCCCATCCTGTCCAAGCAGGCAAGGCCAGAGAATGGAGCATACGGC  1053

Query 1105  CCCTCCTCCATGGGCCAGAGCTCGGCCTTCCAGCTGAGTGCAGACACCAGCAGTGGCTCCTTGTCGCCAGGCAG  1178
            ||.|||..|||||.||||||...|.||||||..||||||.||||..|.|||                  |||||
Sbjct 1054  CCATCCAGCATGGACCAGAGTGTGACCTTCCCACTGAGTACAGATCCTAGC------------------GGCAG  1109

Query 1179  CAGGCCGTCAGG--GGGCATGGAGGCACTGAAGGCTGCAGGCCCTGCGTCCCCGCCTGAGGAGGACCCGGAGCG  1250
            ||||||  |..|  |||||..|||||||||..|.||..||||||.|.|||||.|||.|||||.|||||.|||||
Sbjct 1110  CAGGCC--CCTGATGGGCAAAGAGGCACTGCGGCCTATAGGCCCAGTGTCCCAGCCCGAGGAAGACCCTGAGCG  1181

Query 1251  CACAAAGCACAGAAGGAAACAGAAAACACCCAAAAAGTTTACAGGGGAGCAGCCATCCATCTCAGGGACCTTTG  1324
            ||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct 1182  CACAAAGCACAGAAGGAAACAGAAAACACCGAAGAAATTCACAGGGGAGCAACCATCTATCTCAGGGACCTTTG  1255

Query 1325  GGCTCAAAGGCCTGGTCAAAGCTGAGGACAAGGCCCGAGTTCACCGCTCCAAGAAGCAGGAGGGGCCAGGCCCT  1398
            |||||||||||||||.|||||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||..|||||.||
Sbjct 1256  GGCTCAAAGGCCTGGCCAAAGCTGAAGACAAGGCTCGAGTTCATCGCTCCAAGAAGCAAGAGGGATCAGGCTCT  1329

Query 1399  GAGGACGCCCGGAAGAAGGTGCCAGCTGCCCCAATCACTGTCAGCAAGGAGGCACCGGCCCCTGTGGCCCACCC  1472
            |||||.|..|||||||||||||..||..||||..||||||||||||||||||||||..|.||||||||.|||||
Sbjct 1330  GAGGAAGTGCGGAAGAAGGTGCTGGCCACCCCTGTCACTGTCAGCAAGGAGGCACCAACTCCTGTGGCTCACCC  1403

Query 1473  AGCTCCAGGTGGCCCTGAAGAGCAGTGGCAGAGGGCCATCCATGAGCGCGGGGAAGCCGTCTGCCCCACCTGCA  1546
            |||.|||||||||||.||.||||||||||||.|.|||||||||||.||.|||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1404  AGCCCCAGGTGGCCCGGAGGAGCAGTGGCAGCGAGCCATCCATGAACGGGGGGAGGCTGTCTGCCCCACCTGCA  1477

Query 1547  ACGTGGTCACCCGGAAGACTCTCGTGGGGCTCAAGAAGCACATGGAGGTGTGTCAGAAGCTTCAGGATGCACTC  1620
            |||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||.|.|||||.||||||
Sbjct 1478  ACGTGGTTACCCGGAAGACCCTCGTGGGACTCAAAAAGCACATGGAAGTATGTCACAAGTTGCAGGAAGCACTC  1551

Query 1621  AAGTGCCAGCACTGCCGGAAGCAGTTCAAGTCCAAAGCCGGCCTCAACTACCACACTATGGCCGAGCACAGTGC  1694
            ||.||.|||||||||||.||.||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||.||||||||
Sbjct 1552  AAATGTCAGCACTGCCGAAAACAATTCAAGTCCAAGGCTGGCCTCAACTACCACACCATGGCTGAACACAGTGC  1625

Query 1695  CAAGCCCTCTGACGCCGAGGCCTCCGAAGGGGGCGAGCAGGAGGAGCGCGAGAGGCTGCGCAAGGTGCTGAAGC  1768
            |||||||.|.||.||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct 1626  CAAGCCCACGGATGCTGAGGCCTCTGAAGGGGGAGAACAGGAGGAGCGGGAGAGGCTTCGAAAGGTGCTGAAGC  1699

Query 1769  AGATGGGACGGCTGCGCTGCCCCCAGGAGGGTTGCGGGGCTGCCTTCTCCAGCCTCATGGGCTACCAGTACCAC  1842
            ||||||||.||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||
Sbjct 1700  AGATGGGAAGGCTGCGCTGCCCCCAAGAGGGCTGTGGGGCTGCCTTCTCCAGCCTCATGGGTTATCAATACCAC  1773

Query 1843  CAGCGGCGCTGCGGGAAGCCGCCCTGCGAGGTGGACAGCCCCTCCTTCCCCTGCACCCACTGTGGCAAGACGTA  1916
            |||||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1774  CAGCGGCGCTGTGGGAAGCCACCCTGTGAGGTAGACAGTCCCTCCTTCCCCTGTACCCACTGTGGCAAGACTTA  1847

Query 1917  CCGATCCAAGGCTGGCCACGACTACCACGTGCGCTCGGAGCACACGGCCCCCCCCCCTGAGGAGCCCACAGACA  1990
            ||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.||||||||.|||||.||.||||||||.||||||||||
Sbjct 1848  CCGATCCAAGGCTGGCCACGACTATCATGTGCGTTCAGAGCACACAGCCCCGCCTCCTGAGGATCCCACAGACA  1921

Query 1991  AGTCCCCTGAGGCTGAGGACCCGCTGGGTGTGGAGCGGACCCCAAGCGGGCGTGTCCGCCGCACGTCGGCCCAG  2064
            ||..|||||||||||||||||.|||.||.||.||.|||||||||||.||.||..||||.||.||||||||||||
Sbjct 1922  AGATCCCTGAGGCTGAGGACCTGCTTGGGGTAGAACGGACCCCAAGTGGTCGCATCCGACGTACGTCGGCCCAG  1995

Query 2065  GTGGCGGTGTTCCACCTGCAGGAGATAGCGGAGGACGAGCTGGCCCGCGACTGGACCAAGCGGCGCATGAAGGA  2138
            ||.||.||||||||.||.||||||||.||.|||||.||.||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct 1996  GTTGCCGTGTTCCATCTACAGGAGATTGCAGAGGATGAACTGGCCCGTGACTGGACCAAACGACGCATGAAGGA  2069

Query 2139  TGACCTTGTGCCCGAGACCGCACGGCTCAACTACACTCGACCAGGGCTCCCCACGCTGAACCCCCAGCTGCTAG  2212
            ||||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||||.|
Sbjct 2070  TGACCTTGTGCCTGAGACTGCACGACTCAACTACACTCGGCCAGGTCTCCCCACACTTAACCCTCAGCTGCTGG  2143

Query 2213  AGGCATGGAAGAATGAAGTGAAGGAGAAAGGCCACGTCAACTGTCCCAACGACTGCTGTGAAGCCATCTACTCC  2286
            |.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||.||
Sbjct 2144  AAGCATGGAAGAATGAAGTCAAGGAGAAGGGCCATGTGAACTGTCCCAATGATTGCTGTGAAGCCATCTACGCC  2217

Query 2287  AGCGTGTCCGGACTCAAGGCTCATCTCGCCAGCTGCAGTAAGGGGGCCCACCTGGCAGGGAAGTACCGCTGTCT  2360
            ||.||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||.||||||||..||.|||||||||||.||
Sbjct 2218  AGTGTGTCCGGCCTCAAGGCCCATCTTGCCAGCTGCAGCAAGGGGGACCACCTGGTGGGAAAGTACCGCTGCCT  2291

Query 2361  GCTGTGTCCGAAGGAGTTCAGTTCTGAGAGTGGCGTCAAATACCACATCCTGAAGACCCACGCAGAGAACTGGT  2434
            |||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||||.||||||.||||
Sbjct 2292  GCTGTGTCCCAAAGAGTTCAGCTCTGAGAGCGGCGTGAAGTACCACATCCTTAAGACCCACGGAGAGAATTGGT  2365

Query 2435  TCCGAACATCAGCAGACCCACCTCCCAAACACAGGAGCCAGGACTCATTGGTGCCCAAGAAGGAAAAGAAGAAA  2508
            ||||.||.|||||.|||||..||.|||||||||.||||||||||||.|||.||||.|.|||.||.|||||||||
Sbjct 2366  TCCGGACCTCAGCTGACCCGTCTTCCAAACACAAGAGCCAGGACTCCTTGATGCCTAGGAAAGAGAAGAAGAAA  2439

Query 2509  AATCTGGCAGGTGGAAAGAAGCGGGGCCGAAAGCCCAAGGAGCGGACCCCAGAGGAGCCTGTGGCCAAGCTGCC  2582
            |.||||.||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||..||.|.||||||||.|...|.|||||.||
Sbjct 2440  AGTCTGTCAGGAGGAAAGAAGCGGGGCCGCAAACCCAAGGAACGATCCTCCGAGGAGCCAGCATCTAAGCTCCC  2513

Query 2583  CCCGCGCCGGGACGACTGGCCTCCAGGATGCAGAGACAAGGGGGCCCGGGGCTCCACCGGCCGGAAGGTGGGAG  2656
            |||...|.||||.||||||||.||||||.|||||||||.||||.|||||.|||||||.||...|||||..||||
Sbjct 2514  CCCTAACAGGGATGACTGGCCCCCAGGAGGCAGAGACAGGGGGTCCCGGAGCTCCACTGGGAAGAAGGCTGGAG  2587

Query 2657  TCAGCAAGGCGCCTGAAAAG  2676
            ...|.|||||.|||||||||
Sbjct 2588  CTGGGAAGGCACCTGAAAAG  2607