Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_08875
• Subject: NM_001282807.2
• Aligned Length: 2120
• Identities: 1985
• Gaps: 130

Alignment

Query    1  ATGGAGTCTAAACCTTCAAGGATTCCAAGAAGAATTTCTGTTCAACCTTCCAGCTCCTTAAGTGCTAGGATGAT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GTCTGGAAGCAGAGGAAGTAGTTTAAATGAT----ACCTATCACTCAAGAGACTCTTCA----TTTAGATTGGA  140
                                      |||||    |.||||.| |||      |||| |    |||||      
Sbjct    1  --------------------------ATGATTGGCAACTATGA-TCA------TCTT-ATGTCTTTAG------  34

Query  141  TTCTGAATATCAGTCTACATCAGCATCAGCATCTGCGTCACCATTTCAATCTGCATGGTATAGTGAATCTGAGA  214
                   ||.|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   35  -------TAACA-TCTACATCAGCATCAGCATCTGCGTCACCATTTCAATCTGCATGGTATAGTGAATCTGAGA  100

Query  215  TAACTCAGGGAGCACGCTCAAGATCGCAGAACCAGCAACGGGATCATGATTCAAAAAGACCTAAACTTTCCTGT  288
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  101  TAACTCAGGGAGCACGCTCAAGATCGCAGAACCAGCAACGGGATCATGATTCAAAAAGACCTAAACTTTCCTGT  174

Query  289  ACAAACTGTACTACCTCAGCTGGGAGAAATGTTGGAAATGGTTTAAACACATTATCAGATTCATCTTGGAGGCA  362
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  175  ACAAACTGTACTACCTCAGCTGGGAGAAATGTTGGAAATGGTTTAAACACATTATCAGATTCATCTTGGAGGCA  248

Query  363  TAGTCAAGTTCCTAGATCTTCATCAATGGTACTTGGATCATTTGGAACAGACTTAATGAGAGAGAGGAGAGATT  436
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  249  TAGTCAAGTTCCTAGATCTTCATCAATGGTACTTGGATCATTTGGAACAGACTTAATGAGAGAGAGGAGAGATT  322

Query  437  TGGAGAGAAGAACAGATTCCTCTATTAGTAATCTTATGGATTATAGTCACCGAAGTGGTGATTTCACAACTTCA  510
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  323  TGGAGAGAAGAACAGATTCCTCTATTAGTAATCTTATGGATTATAGTCACCGAAGTGGTGATTTCACAACTTCA  396

Query  511  TCATATGTTCAAGACAGAGTTCCTTCATATTCACAAGGAGCAAGACCAAAAGAAAACTCAATGAGCACTTTACA  584
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  397  TCATATGTTCAAGACAGAGTTCCTTCATATTCACAAGGAGCAAGACCAAAAGAAAACTCAATGAGCACTTTACA  470

Query  585  GTTGAATACATCATCCACAAACCACCAATTGCCTTCTGAACATCAGACCATACTAAGTTCTAGGGATTCCAGAA  658
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  471  GTTGAATACATCATCCACAAACCACCAATTGCCTTCTGAACATCAGACCATACTAAGTTCTAGGGACTCCAGAA  544

Query  659  ATTCTTTAAGATCAAATTTTTCTTCAAGAGAATCAGAATCTTCCCGAAGCAATACGCAGCCTGGATTTTCTTAC  732
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  545  ATTCTTTAAGATCAAATTTTTCTTCAAGAGAATCAGAATCTTCCCGAAGCAATACGCAGCCTGGATTTTCTTAC  618

Query  733  AGTTCAAGTAGAGATGAAGCCCCAATCATAAGCAATTCAGAAAGGGTTGTTTCATCTCAAAGACCATTTCAAGA  806
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  619  AGTTCAAGTAGAGATGAAGCCCCAATCATAAGCAATTCAGAAAGGGTTGTTTCATCTCAAAGACCATTTCAAGA  692

Query  807  ATCTTCTGACAATGAAGGTAGGCGGACAACGAGGAGATTGCTGTCACGCATAGCTTCTAGCATGTCATCTACTT  880
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  693  ATCTTCTGACAATGAAGGTAGGCGGACAACGAGGAGATTGCTGTCACGCATAGCTTCTAGCATGTCATCTACTT  766

Query  881  TTTTTTCACGAAGATCTAGTCAGGATTCCTTGAATACAAGATCATTGAATTCTGAAAATTCTTACGTTTCTCCA  954
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  767  TTTTTTCACGAAGATCTAGTCAGGATTCCTTGAATACAAGATCATTGAATTCTGAAAATTCTTACGTTTCTCCA  840

Query  955  AGAATCTTGACAGCTTCACAGTCCCGTAGTAATGTACCATCAGCTTCTGAAGTTCCCGATAATAGGGCATCTGA  1028
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  841  AGAATCTTGACAGCTTCACAGTCCCGTAGTAATGTACCATCAGCTTCTGAAGTTCCCGATAATAGGGCATCTGA  914

Query 1029  AGCTTCTCAGGGATTTCGATTTCTTAGGCGAAGATGGGGTTTGTCATCTCTTAGCCACAATCATAGCTCTGAGT  1102
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  915  AGCTTCTCAGGGATTTCGATTTCTTAGGCGAAGATGGGGTTTGTCATCTCTTAGCCACAATCATAGCTCTGAGT  988

Query 1103  CAGATTCAGAAAATTTTAACCAAGAATCTGAAGGTAGAAATACAGGACCATGGTTATCTTCCTCACTTAGAAAT  1176
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  989  CAGATTCAGAAAATTTTAACCAAGAATCTGAAGGTAGAAATACAGGACCATGGTTATCTTCCTCACTTAGAAAT  1062

Query 1177  AGATGCACACCTTTGTTCTCTAGAAGGAGGCGAGAGGGAAGAGATGAATCTTCAAGGATACCTACCTCTGATAC  1250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063  AGATGCACACCTTTGTTCTCTAGAAGGAGGCGAGAGGGAAGAGATGAATCTTCAAGGATACCTACCTCTGATAC  1136

Query 1251  ATCATCTAGATCTCATATTTTTAGAAGAGAATCAAATGAAGTGGTTCACCTTGAAGCACAGAATGATCCTCTTG  1324
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137  ATCATCTAGATCTCATATTTTTAGAAGAGAATCAAATGAAGTGGTTCACCTTGAAGCACAGAATGATCCTCTTG  1210

Query 1325  GAGCTGCTGCCAACAGACCACAAGCATCTGCAGCATCAAGCAGTGCCACAACAGGTGGCTCTACATCAGATTCG  1398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1211  GAGCTGCTGCCAACAGACCACAAGCATCTGCAGCATCAAGCAGTGCCACAACAGGTGGCTCTACATCAGATTCG  1284

Query 1399  GCTCAAGGTGGAAGAAATACAGGAATATCAGGGATTCTTCCTGGTTCCTTATTCCGGTTTGCAGTCCCCCCAGC  1472
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1285  GCTCAAGGTGGAAGAAATACAGGAATATCAGGGATTCTTCCTGGTTCCTTATTCCGGTTTGCAGTCCCTCCAGC  1358

Query 1473  ACTTGGGAGTAATTTGACCGACAATGTCATGATCACAGTAGATATTATTCCTTCAGGTTGGAATTCAGCTGATG  1546
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359  ACTTGGGAGTAATTTGACCGACAATGTCATGATCACAGTAGATATTATTCCTTCAGGTTGGAATTCAGCTGATG  1432

Query 1547  GTAAAAGTGATAAAACTAAAAGTGCGCCTTCAAGAGATCCAGAAAGATTGCAGAAAATAAAAGAGAGCCTCCTT  1620
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433  GTAAAAGTGATAAAACTAAAAGTGCGCCTTCAAGAGATCCAGAAAGATTGCAGAAAATAAAAGAGAGCCTCCTT  1506

Query 1621  TTAGAGGACTCAGAAGAAGAAGAAGGTGACTTATGTAGAATTTGTCAAATGGCAGCTGCATCATCATCTAATTT  1694
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507  TTAGAGGACTCAGAAGAAGAAGAAGGTGACTTATGTAGAATTTGTCAAATGGCAGCTGCATCATCATCTAATTT  1580

Query 1695  GCTGATAGAGCCATGCAAGTGCACAGGAAGTTTGCAGTATGTCCACCAAGACTGTATGAAAAAGTGGTTACAGG  1768
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581  GCTGATAGAGCCATGCAAGTGCACAGGAAGTTTGCAGTATGTCCACCAAGACTGTATGAAAAAGTGGTTACAGG  1654

Query 1769  CCAAAATTAACTCTGGTTCTTCATTAGAAGCTGTAACCACCTGTGAACTATGTAAAGAGAAGTTGGAGCTTAAC  1842
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1655  CCAAAATTAACTCTGGTTCTTCATTAGAAGCTGTAACCACCTGTGAACTATGTAAAGAGAAGTTGGAGCTTAAC  1728

Query 1843  CTGGAGGATTTTGATATTCATGAACTACATAGAGCTCATGCAAATGAACAAGCTGAGTATGAGTTTATCAGCTC  1916
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729  CTGGAGGATTTTGATATTCATGAACTACATAGAGCTCATGCAAATGAACAAGCTGAGTATGAGTTTATCAGCTC  1802

Query 1917  TGGTCTCTACCTAGTGGTGTTATTGCACTTGTGCGAACAAAGCTTTTCTGATATGATGGGAAATACAAATGAAC  1990
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803  TGGTCTCTACCTAGTGGTGTTATTGCACTTGTGCGAACAAAGCTTTTCTGATATGATGGGAAATACAAATGAAC  1876

Query 1991  CAAGCACACGTGTCCGATTTATTAACCTTGCAAGAACTCTTCAGGCACATATGGAAGATCTCGAAACTTCAGAG  2064
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1877  CAAGCACACGTGTCCGATTTATTAACCTTGCAAGAACTCTTCAGGCACATATGGAAGATCTCGAAACTTCAGAG  1950

Query 2065  GATGATTCCGAAGAAGACGGAGACCATAACAGGACATTTGATATTGCC  2112
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1951  GATGATTCCGAAGAAGACGGAGACCATAACAGGACATTTGATATTGCC  1998