Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_08894
• Subject: NM_001350161.2
• Aligned Length: 2106
• Identities: 2057
• Gaps: 48

Alignment

Query    1  ATGGAAGATCCATTTGAGGAAGCAGACCAGCCCACTACAGAGCCAGGCATGGTCCTGGACAGTGTGGAAGCAGG  74
                                                            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ------------------------------------------------ATGGTCCTGGACAGTGTGGAAGCAGG  26

Query   75  AGACACAACACCTCCTACCAAAAGGAAGAGCAAGTTCTCAGGCTTTGGCAAGATCTTCAAGCCCTGGAAATGGA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   27  AGACACAACACCTCCTACCAAAAGGAAGAGCAAGTTCTCAGGCTTTGGCAAGATCTTCAAGCCCTGGAAATGGA  100

Query  149  GGAAAAAAAAAAGTAGTGATAAATTTAAAGAGACTTCAGAAGTTTTAGAACGGAAAATATCTATGCGAAAGCCA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  101  GGAAAAAAAAAAGTAGTGATAAATTTAAAGAGACTTCAGAAGTTTTAGAACGGAAAATATCTATGCGAAAGCCA  174

Query  223  AGAGAAGAGCTGGTTAAAAGAGGGGTTCTGTTGGAAGACCCTGAGCAAGGTGGTGAGGATCCAGGAAAGCCAAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  175  AGAGAAGAGCTGGTTAAAAGAGGGGTTCTGTTGGAAGACCCTGAGCAAGGTGGTGAGGATCCAGGAAAGCCAAG  248

Query  297  CGATGCCATGTTAAAGAATGGCCATACCACCCCCATAGGGAATGCCAGATCATCTAGTCCAGTCCAAGTAGAGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  249  CGATGCCATGTTAAAGAATGGCCATACCACCCCCATAGGGAATGCCAGATCATCTAGTCCAGTCCAAGTAGAGG  322

Query  371  AAGAGCCAGTAAGATTAGCAAGTCTTAGGAAAGCTATTCCAGAAGAGGACCTAAAGAAACGACTAGGCTCAACT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  323  AAGAGCCAGTAAGATTAGCAAGTCTTAGGAAAGCTATTCCAGAAGAGGACCTAAAGAAACGACTAGGCTCAACT  396

Query  445  GGAAGCCAGCCTAATTCTGAAGCAGAGTCTGTTCCTGAGAATGTACCCAAACCACCTTTACTTCCTCCCAAAAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  397  GGAAGCCAGCCTAATTCTGAAGCAGAGTCTGTTCCTGAGAATGTACCCAAACCACCTTTACTTCCTCCCAAAAG  470

Query  519  ACCCTTGTCCTCTTCTCATGAAGCAAGTGAAGGGCAAGCAAAGGATGCCACTTCCTCTGGCGGCACGGCAAGGT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  471  ACCCTTGTCCTCTTCTCATGAAGCAAGTGAAGGGCAAGCAAAGGATGCCACTTCCTCTGGCGGCACGGCAAGGT  544

Query  593  TCATCATCTCCACCTCCATCACCACAGCACCCGCTGCCACCACTGCTGCCACAAGCCTTGCAAAGACTGTTAAT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  545  TCATCATCTCCACCTCCATCACCACAGCACCCGCTGCCACCACTGCTGCCACAAGCCTTGCAAAGACTGTTAAT  618

Query  667  CTCTCTGTCACCCCTTCCCCAGCACCCAGGACTCTGCCTGCTGCTCCTGCCAGCACTAACACTACTGCTACCCC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  619  CTCTCTGTCACCCCTTCCCCAGCACCCAGGACTCTGCCTGCTGCTCCTGCCAGCACTAACACTACTGCTACCCC  692

Query  741  AAGCCTCACTCATATGGTCCCTGCCAAGCAGCCCCCTATCCCTCCCCCTAAACCAGCTCACAGAAATAGCAACC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  693  AAGCCTCACTCATATGGTCCCTGCCAAGCAGCCCCCTATCCCTCCCCCTAAACCAGCTCACAGAAATAGCAACC  766

Query  815  CTGTCATTGCTGAACTGTCCCAAGCAATAAACAGTGGTACATTGTTATCAAAACCGTCCCCACCCTTACCACCT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  767  CTGTCATTGCTGAACTGTCCCAAGCAATAAACAGTGGTACATTGTTATCAAAACCGTCCCCACCCTTACCACCT  840

Query  889  AAGAGAGGCATTCCATCAACCTCAGTACCCACCTTGGAGTCTGCTGCTGCCATCACCACAAAAACACCAAGTGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  841  AAGAGAGGCATTCCATCAACCTCAGTACCCACCTTGGAGTCTGCTGCTGCCATCACCACAAAAACACCAAGTGA  914

Query  963  TGAAAGAGAGAAGAGCACGTGTTCTATGGGCTCGGAACTACTACCAATGATCTCACCTCGCTCTCCGTCCCCCC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  915  TGAAAGAGAGAAGAGCACGTGTTCTATGGGCTCGGAACTACTACCAATGATCTCACCTCGCTCTCCGTCCCCCC  988

Query 1037  CACTGCCTACTCATATACCTCCAGAGCCTCCACGCACCCCTCCATTCCCTGCTAAGACTTTTCAAGTTGTGCCA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  989  CACTGCCTACTCATATACCTCCAGAGCCTCCACGCACCCCTCCATTCCCTGCTAAGACTTTTCAAGTTGTGCCA  1062

Query 1111  GAAATTGAGTTTCCACCATCCTTAGATCTACACCAGGAGATTCCCCAGCAGGAAGATCAGAAAAAGGAAGTCCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063  GAAATTGAGTTTCCACCATCCTTAGATCTACACCAGGAGATTCCCCAGCAGGAAGATCAGAAAAAGGAAGTCCC  1136

Query 1185  CAAGAGGATACTGGACCAGAACTTTGGGGAGCCCCATATACCCTCTAGGCTGCCTCCACTCCCACTGCATATTC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137  CAAGAGGATACTGGACCAGAACTTTGGGGAGCCCCATATACCCTCTAGGCTGCCTCCACTCCCACTGCATATTC  1210

Query 1259  GAATCCAGCAGGCCCTCACCAGCCCACTTCCCATGACTCCTATTCTGGAGGGTTCTCACAGAGCTCATTCGTTG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1211  GAATCCAGCAGGCCCTCACCAGCCCACTTCCCATGACTCCTATTCTGGAGGGTTCTCACAGAGCTCATTCGTTG  1284

Query 1333  CTTTTTGAAAACAGTGACAGCTTTTCTGAGGACAGCAGTACGCTGGGTCGGACCAGGTCTCTTCCCATCACTAT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285  CTTTTTGAAAACAGTGACAGCTTTTCTGAGGACAGCAGTACGCTGGGTCGGACCAGGTCTCTTCCCATCACTAT  1358

Query 1407  TGAAATGCTAAAAGTTCCAGACGATGAAGAAGAAGAGGAGCAAACCTGTCCATCCACATTCAGTGAAGAAATGA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359  TGAAATGCTAAAAGTTCCAGACGATGAAGAAGAAGAGGAGCAAACCTGTCCATCCACATTCAGTGAAGAAATGA  1432

Query 1481  CACCTACCTCAGTCATTCCTAAATTACCACAGTGTCTACGGGAGGAAGAAGAGAAGGAGAGCGACTCTGATTCA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433  CACCTACCTCAGTCATTCCTAAATTACCACAGTGTCTACGGGAGGAAGAAGAGAAGGAGAGCGACTCTGATTCA  1506

Query 1555  GAAGGTCCCATTCAGTACCGAGATGAAGAAGATGAAGATGAAAGCTATCAGAGTGCTCTTGCCAACAAAGTGAA  1628
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1507  GAAGGTCCCATTCAGTACCGAGATGAAGAAGATGAAGATGAAAGCTATCAGAGTGCTCTCGCCAACAAAGTGAA  1580

Query 1629  GAGGAAAGACACACTGGCAATGAAGTTGAACCACAGACCCAGTGAACCAGAGTTGAACCTGAATTCTTGGCCTT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581  GAGGAAAGACACACTGGCAATGAAGTTGAACCACAGACCCAGTGAACCAGAGTTGAACCTGAATTCTTGGCCTT  1654

Query 1703  GTAAAAGCAAGGAGGAGTGGAATGAAATACGGCACCAGATTGGAAACACACTGATCCGGCGACTGAGTCAAAGA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1655  GTAAAAGCAAGGAGGAGTGGAATGAAATACGGCACCAGATTGGAAACACACTGATCCGGCGACTGAGTCAAAGA  1728

Query 1777  CCAACACCAGAAGAACTAGAACAACGCAATATATTGCAACCTAAAAATGAAGCTGATCGTCAGGCAGAAAAACG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729  CCAACACCAGAAGAACTAGAACAACGCAATATATTGCAACCTAAAAATGAAGCTGATCGTCAGGCAGAAAAACG  1802

Query 1851  AGAAATTAAACGTCGGCTCACTAGAAAGCTCAGTCAAAGGCCAACTGTCGCTGAACTCCTTGCCAGGAAGATTC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803  AGAAATTAAACGTCGGCTCACTAGAAAGCTCAGTCAAAGGCCAACTGTCGCTGAACTCCTTGCCAGGAAGATTC  1876

Query 1925  TGAGGTTTAATGAATATGTAGAGGTAACAGATGCTCAAGATTATGACCGGCGAGCCGACAAACCTTGGACCAAA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1877  TGAGGTTTAATGAATATGTAGAGGTAACAGATGCTCAAGATTATGACCGGCGAGCCGACAAACCTTGGACCAAA  1950

Query 1999  CTGACCCCTGCTGACAAGGCTGCCATAAGAAAAGAATTAAATGAATTTAAAAGCTCCGAGATGGAGGTTCATGA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1951  CTGACCCCTGCTGACAAGGCTGCCATAAGAAAAGAATTAAATGAATTTAAAAGCTCCGAGATGGAGGTTCATGA  2024

Query 2073  AGAGAGCAAACATTTTACACGCTACCATCGTCCA  2106
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025  AGAGAGCAAACATTTTACACGCTACCATCGTCCA  2058