Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_09043
• Subject: XR_001740290.2
• Aligned Length: 1993
• Identities: 1316
• Gaps: 676

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AGCGGTGTCCGCCCCACGGCCGGCGTTGCCGGGGTAACGGCGAGCGCGTGGGGCCAAGAAAGAATACCTCCTCT  74

Query    1  -----ATGGCAGAAGCTGTTTTCCATGCCCCAAAGAGGAAAAGAAGAGTGTATGAGACTTACGAGTCTCCATTG  69
                 |||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GAAAAATGGCAGAAGCAGTTTTCCATGCCCCAAAGAGGAAAAGAAGAGTGTATGAGACTTACGAGTCTCCATTG  148

Query   70  CCAATCCCTTTTGGTCAGGACCATGGTCCTCTGAAAGAATTCAAGATATTCCGTGCTGAAATGATTAACAACAA  143
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CCAATCCCTTTTGGTCAGGACCATGGTCCTCTGAAAGAATTCAAGATATTCCGTGCTGAAATGATTAACAACAA  222

Query  144  TGTGATTGTGAGGAATGCGGAGGACATTGAGCAGCTCTATGGGAAAGGTTATTTTGGAAAAGGTATTCTTTCAA  217
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TGTGATTGTGAGGAATGCGGAGGACATTGAGCAGCTCTATGGGAAAGGTTATTTTGGAAAAGGTATTCTTTCAA  296

Query  218  GAAGCCGTCCAAGCTTCACAATTTCAGATCCTAAACTGGTTGCTAAATGGAAAGATATGAAGACAAACATGCCT  291
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GAAGCCGTCCAAGCTTCACAATTTCAGATCCTAAACTGGTTGCTAAATGGAAAGATATGAAGACAAACATGCCT  370

Query  292  ATCATCACATCAAAGAGGTATCAGCATAGTGTTGAGTGGGCAGCAGAGCTGATGCGTAGACAGGGGCAGGATGA  365
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATCATCACATCAAAGAGGTATCAGCATAGTGTTGAGTGGGCAGCAGAGCTGATGCGTAGACAGGGGCAGGATGA  444

Query  366  GAGTACAGTGCGCAGAATCCTCAAGGATTACACGAAACCGCTTGAGCATCCTCCTGTGAAAAGGAATGAAGAGG  439
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAGTACAGTGCGCAGAATCCTCAAGGATTACACGAAACCGCTTGAGCATCCTCCTGTGAAAAGGAATGAAGAGG  518

Query  440  CTCAAGTGCATGACAAGCTTAACTCTGGAATGGTTTCCAACATGGAAGGCACAGCAGGGGGAGAGAGACCTTCT  513
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CTCAAGTGCATGACAAGCTTAACTCTGGAATGGTTTCCAACATGGAAGGCACAGCAGGGGGAGAGAGACCTTCT  592

Query  514  GTGGTAAACGGGGACTCTGGAAAGTCAGGTGGTGTGGGTGATCCCCGTGAGCCATTAGGCTGCCTGCAGGAGGG  587
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTGGTAAACGGGGACTCTGGAAAGTCAGGTGGTGTGGGTGATCCCCGTGAGCCATTAGGCTGCCTGCAGGAGGG  666

Query  588  CTCTGGCTGCCACCCAACAACAGAGAGCTTTGAGAAAAGCGTGCGAGAGGATGCCTCACCTCTGCCCCATGTCT  661
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTCTGGCTGCCACCCAACAACAGAGAGCTTTGAGAAAAGCGTGCGAGAGGATGCCTCACCTCTGCCCCATGTCT  740

Query  662  GTTGCTGCAAACAAGATGCTCTCATCCTCCAGCGTGGCCTTCATCATGAAGACGGCAGCCAGCACATCGGCCTC  735
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GTTGCTGCAAACAAGATGCTCTCATCCTCCAGCGTGGCCTTCATCATGAAGACGGCAGCCAGCACATCGGCCTC  814

Query  736  CTGCATCCTGGGGACAGAGGGCCTGACCATGAGTACGTGCTGGTCGAGGAAGCGGAGTGTGCCATGAGCGAGAG  809
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTGCATCCTGGGGACAGAGGGCCTGACCATGAGTACGTGCTGGTCGAGGAAGCGGAGTGTGCCATGAGCGAGAG  888

Query  810  GGAGGCTGCCCCAAATGAGGAATTGGTGCAAAGAAACAGGTTAATATGCAGAAGAAATCCATATAGGATCTTTG  883
            ||||||||||||||||||||||                                                    
Sbjct  889  GGAGGCTGCCCCAAATGAGGAA----------------------------------------------------  910

Query  884  AGTATTTGCAACTCAGCCTAGAAGAGGCCTTTTTCTTGGTCTATGCTCTGGGATGTTTAAGTATTTACTATGAG  957
                                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  911  --------------------------GCCTTTTTCTTGGTCTATGCTCTGGGATGTTTAAGTATTTACTATGAG  958

Query  958  AAGGAGCCTTTAACGATAGTGAAGCTCTGGAAAGCTTTCACTGTAGTTCAGCCCACGTTCAGAACCACCTACAT  1031
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  959  AAGGAGCCTTTAACGATAGTGAAGCTCTGGAAAGCTTTCACTGTAGTTCAGCCCACGTTCAGAACCACCTACAT  1032

Query 1032  GGCCTACCATTACTTTCGAAGCAAGGGCTGGGTGCCCAAAGTGGGACTCAAGTACGGGACAGATTTACTGCTAT  1105
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033  GGCCTACCATTACTTTCGAAGCAAGGGCTGGGTGCCCAAAGTGGGACTCAAGTACGGGACAGATTTACTGCTAT  1106

Query 1106  ATCGGAAAGGCCCTCCATTTTACCATGCAAGTTATTCTGTCATTATCGAGCTAGTTGATGACCATTTTGAAGGC  1179
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107  ATCGGAAAGGCCCTCCATTTTACCATGCAAGTTATTCTGTCATTATCGAGCTAGTTGATGACCATTTTGAAGGC  1180

Query 1180  TCTCTCCGCAGGCCTCTCAGTTGGAAGTCCCTGGCTGCCTTGAGCAGAGTTTCCGTTAATGTCTCTAAGGAACT  1253
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181  TCTCTCCGCAGGCCTCTCAGTTGGAAGTCCCTGGCTGCCTTGAGCAGAGTTTCCGTTAATGTCTCTAAGGAACT  1254

Query 1254  TATGCTGTGCTATTTGATTAAACCCTCTACTATGACTGACAAGGAAATGGAGTCACCAGAATGTATGAAAAGGA  1327
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255  TATGCTGTGCTATTTGATTAAACCCTCTACTATGACTGACAAGGAAATGGAGTCACCAGAATGTATGAAAAGGA  1328

Query 1328  TTAAAGTTCAGGAGGTGATTCTGAGTCGATGGGTTTCTTCACGAGAGAGGAGTGACCAAGACGATCTT------  1395
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
Sbjct 1329  TTAAAGTTCAGGAGGTGATTCTGAGTCGATGGGTTTCTTCACGAGAGAGGAGTGACCAAGACGATCTTTAACAA  1402

Query 1396  --------------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                      
Sbjct 1403  TTCAACCTCAAATTTCTAATTTCACCAACAACTATTTATTGAGGGCTAGTCTCGCTCTGTCGTCCAGGCTGGAG  1476

Query 1396  --------------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                      
Sbjct 1477  TCCAATGCTGCGATCTTGGATCACTGCAACCTCTGCCTGCTGGGTTTAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCTG  1550

Query 1396  --------------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                      
Sbjct 1551  AGTAGCTGGGATTACAGGCACGCACCACCACACACGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACT  1624

Query 1396  --------------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                      
Sbjct 1625  ATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGAGAGT  1698

Query 1396  --------------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                      
Sbjct 1699  ACAGGCGTGAGCCACTGCATCCAGCTCTTAGCATGTGCTTTTAAAGTAAAAACCACGAGGAGAAGGTACTCATT  1772

Query 1396  --------------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                      
Sbjct 1773  ACTTCATAACTTGTGTCTCACCCACCTTGCTGTCTTCACATCCCCACTTTCTGTATGCACATTGGAAGGTGAAT  1846

Query 1396  ---------------------------------------------------------------------  1395
                                                                                 
Sbjct 1847  TTGTTCAGCTCACATTAATTTATAGGAATAATTTTCATTGCTCTGTGAATAAAATGTGCTACCACTTTA  1915