Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_09099
• Subject: NM_001349802.3
• Aligned Length: 1875
• Identities: 1638
• Gaps: 222

Alignment

Query    1  ATGTTTGTTCCAAGATCTCTAAAAATCAAGAGGAATGCTAATGATGATGGCAAAAGTTGTGTGGCTAAGATAAT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTTTGTTCCAAGATCTCTAAAAATCAAGAGGAATGCTAATGATGATGGCAAAAGTTGTGTGGCTAAGATAAT  74

Query   75  TAAACCAGACCCAGAAGACCTTCAGTTGGACAAAAGCAGAGATGTTCCCGTTGATGCTGTAGCTACAGAAGCAG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TAAACCAGACCCAGAAGACCTTCAGTTGGACAAAAGCAGAGATGTTCCCGTTGATGCTGTAGCTACAGAAGCAG  148

Query  149  CCACAATAGACAGGCACATCAGCGAATCATGCCCTTTCCCCAGCCCAGGTGGCCAGTTGGCAGAGGTTCATTCA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CCACAATAGACAGGCACATCAGCGAATCATGCCCTTTCCCCAGCCCAGGTGGCCAGTTGGCAGAGGTTCATTCA  222

Query  223  GTAAGTCCCGAGCAGGGTGCGAAGGACAGCCATCCTTCTGAAGAGCCCGTTAAGTCATTTTCCAAAACACAGCG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTAAGTCCCGAGCAGGGTGCGAAGGACAGCCATCCTTCTGAAGAGCCCGTTAAGTCATTTTCCAAAACACAGCG  296

Query  297  CTGGGCAGAACCAGGGGAACCCATCTGTGTTGTCTGTGGTCGTTATGGAGAGTATATCTGTGATAAGACAGATG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CTGGGCAGAACCAGGGGAACCCATCTGTGTTGTCTGTGGTCGTTATGGAGAGTATATCTGTGATAAGACAGATG  370

Query  371  AAGATGTGTGTAGTTTGGAGTGTAAAGCGAAACATCTTCTACAAGTTAAGGAAAAGGAAGAGAAATCAAAACTC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGATGTGTGTAGTTTGGAGTGTAAAGCGAAACATCTTCTACAAGTTAAGGAAAAGGAAGAGAAATCAAAACTC  444

Query  445  AGCAATCCACAGAAGGCTGATTCTGAGCCAGAGTCTCCACTGAATGCTTCCTATGTCTACAAAGAGCACCCCTT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGCAATCCACAGAAGGCTGATTCTGAGCCAGAGTCTCCACTGAATGCTTCCTATGTCTACAAAGAGCACCCCTT  518

Query  519  TATTTTGAACCTTCAGGAAGACCAGATTGAAAATCTTAAACAGCAGCTGGGAATTTTAGTTCAAGGGCAAGAAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TATTTTGAACCTTCAGGAAGACCAGATTGAAAATCTTAAACAGCAGCTGGGAATTTTAGTTCAAGGGCAAGAAG  592

Query  593  TCACCAGGCCCATTATTGACTTTGAACATTGTAGTCTCCCTGAGGTCTTAAATCACAACTTGAAGAAATCGGGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  593  TCACCAGGCCCATTATTGACTTTGAACATTGTAGTCTCCCTGAGGTCTTAAATCACAACTTGAAGAAATCAGGC  666

Query  667  TATGAGGTGCCAACTCCCATTCAAATGCAGATGATTCCTGTGGGACTTCTGGGAAGAGACATTCTGGCCAGTGC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TATGAGGTGCCAACTCCCATTCAAATGCAGATGATTCCTGTGGGACTTCTGGGAAGAGACATTCTGGCCAGTGC  740

Query  741  AGATACTGGCTCAGGAAAAACAGCTGCTTTTCTTCTTCCTGTTATCATGCGAGCTTTATTCGAGAGCAAAACTC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGATACTGGCTCAGGAAAAACAGCTGCTTTTCTTCTTCCTGTTATCATGCGAGCTTTATTCGAGAGCAAAACTC  814

Query  815  CATCTGCGCTCATTCTTACACCAACCAGAGAGTTAGCCATTCAGATAGAGAGACAAGCTAAAGAATTGATGAGT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CATCTGCGCTCATTCTTACACCAACCAGAGAGTTAGCCATTCAGATAGAGAGACAAGCTAAAGAATTGATGAGT  888

Query  889  GGCCTGCCACGCATGAAAACTGTGCTTCTTGTAGGGGGCTTACCCTTACCCCCACAGCTTTATCGTCTGCAACA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GGCCTGCCACGCATGAAAACTGTGCTTCTTGTAGGGGGCTTACCCTTACCCCCACAGCTTTATCGTCTGCAACA  962

Query  963  ACATGTTAAGGTTATCATAGCAACCCCTGGGCGACTTCTGGATATAATAAAGCAGAGCTCTGTAGAACTCTGTG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ACATGTTAAGGTTATCATAGCAACCCCTGGGCGACTTCTGGATATAATAAAGCAGAGCTCTGTAGAACTCTGTG  1036

Query 1037  GTGTAAAGATTGTGGTAGTAGATGAAGCTGATACCATGTTAAAGATGGGTTTTCAACAACAAGTGCTTGACATT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GTGTAAAGATTGTGGTAGTAGATGAAGCTGATACCATGTTAAAGATGGGTTTTCAACAACAAGTGCTTGACATT  1110

Query 1111  TTGGAAAACATTCCTAATGATTGTCAGACCATTTTGGTTTCAGCCACAATTCCAACTAGCATAGAACAGCTAGC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTGGAAAACATTCCTAATGATTGTCAGACCATTTTGGTTTCAGCCACAATTCCAACTAGCATAGAACAGCTAGC  1184

Query 1185  AAGCCAGCTTCTGCATAATCCTGTGAGAATTATCACTGGAGAAAAGAACCTACCTTGTGCCAATGTACGTCAGA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AAGCCAGCTTCTGCATAATCCTGTGAGAATTATCACTGGAGAAAAGAACCTACCTTGTGCCAATGTACGTCAGA  1258

Query 1259  TTATTTTGTGGGTAGAAGACCCAGCCAAAAAGAAAAAATTATTTGAAATTTTAAATGATAAGAAACTCTTTAAG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TTATTTTGTGGGTAGAAGACCCAGCCAAAAAGAAAAAATTATTTGAAATTTTAAATGATAAGAAACTCTTTAAG  1332

Query 1333  CCTCCAGTGTTAGTATTTGTGGACTGCAAACTAGGAGCAGATCTTTTGAGTGAAGCCGTTCAGAAAATCACAGG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CCTCCAGTGTTAGTATTTGTGGACTGCAAACTAGGAGCAGATCTTTTGAGTGAAGCCGTTCAGAAAATCACAGG  1406

Query 1407  GCTGAAAAGAATATCTATACATTCGGAGAAGTCGCAAATAGAAAGGAAAAACATATTGAAGGGATTACTTGAAG  1480
            |||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCTGAAAAGCATATCTATACATTCAGAGAAGTCGCAAATAGAAAGGAAAAACATATTGAAGGGATTACTTGAAG  1480

Query 1481  GAGACTATGAAGTTGTAGTGAGCACAGGAGTCTTGGGACGAGGCCTAGACTTGATCAGTGTCAGGCTGGTTGTC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GAGACTATGAAGTTGTAGTGAGCACAGGAGTCTTGGGACGAGGCCTAGACTTGATCAGTGTCAGGCTGGTTGTC  1554

Query 1555  AATTTTGATATGCCTTCAAGTATGGATGAGTATGTCCATCAG-------------ATTGGAAGAGTAGGAAGAT  1615
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |                  
Sbjct 1555  AATTTTGATATGCCTTCAAGTATGGATGAGTATGTCCATCAGTCTACTCACCACAA------------------  1610

Query 1616  TAGGTCAAAATGGAACAGCGATTACTTTCATCAATAATAATTCAAAAAGACTCTTCTGGGATATTGCAA-----  1684
                ||||.|||.|     |.|||| |.|||            |||.|||       ||.||..|.|||     
Sbjct 1611  ----TCAATATGAA-----GTTTAC-TCCAT------------AAACAGA-------GGTATGGTACAAGAGGT  1655

Query 1685  AACGAGTAAAGCCCACAGGATCCATTCTTCCCCCTCAGTTATTAAATTCCCCATACCTTCATGACCAGAAGAGA  1758
            ||||.||.|  .||| |||                                                       
Sbjct 1656  AACGTGTCA--TCCA-AGG-------------------------------------------------------  1671

Query 1759  AAGGAACAACAGAAAGATAAACAGACACAGAATGATCTGGTTACAGGAGCTAATCTTATGGATATTATCAGAAA  1832
                                                                                      
Sbjct 1672  --------------------------------------------------------------------------  1671

Query 1833  ACATGATAAAAGTAATTCTCAGAAA  1857
                                     
Sbjct 1672  -------------------------  1671