Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_09099
• Subject: XR_921966.2
• Aligned Length: 2213
• Identities: 1682
• Gaps: 506

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AAAGCGGGCTGCGGCCCCCTCCCAAAACCCGGGGAAGTGGATTCTACTCTACGCTCCGCTCCGCTCCGCTCCGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  ACCACCAACCCCGGGCCGCAGTCCTGACGAGCGGGTCAGGGCTTGTCGGGCGGAAGCCTGGCCTGGAGCCTGGA  148

Query    1  ------------------------------------------------------------------ATGTTTGT  8
                                                                              ||||||||
Sbjct  149  AGGGGGAGACGGCCCGAGCGGGAGCGGGAGCGGACGCGGCCTCAGTCCTGCGCGGAATATTGAAGGATGTTTGT  222

Query    9  TCCAAGATCTCTAAAAATCAAGAGGAATGCTAATGATGATGGCAAAAGTTGTGTGGCTAAGATAATTAAACCAG  82
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCCAAGATCTCTAAAAATCAAGAGGAATGCTAATGATGATGGCAAAAGTTGTGTGGCTAAGATAATTAAACCAG  296

Query   83  ACCCAGAAGACCTTCAGTTGGACAAAAGCAGAGATGTTCCCGTTGATGCTGTAGCTACAGAAGCAGCCACAATA  156
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACCCAGAAGACCTTCAGTTGGACAAAAGCAGAGATGTTCCCGTTGATGCTGTAGCTACAGAAGCAGCCACAATA  370

Query  157  GACAGGCACATCAGCGAATCATGCCCTTTCCCCAGCCCAGGTGGCCAGTTGGCAGAGGTTCATTCAGTAAGTCC  230
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GACAGGCACATCAGCGAATCATGCCCTTTCCCCAGCCCAGGTGGCCAGTTGGCAGAGGTTCATTCAGTAAGTCC  444

Query  231  CGAGCAGGGTGCGAAGGACAGCCATCCTTCTGAAGAGCCCGTTAAGTCATTTTCCAAAACACAGCGCTGGGCAG  304
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CGAGCAGGGTGCGAAGGACAGCCATCCTTCTGAAGAGCCCGTTAAGTCATTTTCCAAAACACAGCGCTGGGCAG  518

Query  305  AACCAGGGGAACCCATCTGTGTTGTCTGTGGTCGTTATGGAGAGTATATCTGTGATAAGACAGATGAAGATGTG  378
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AACCAGGGGAACCCATCTGTGTTGTCTGTGGTCGTTATGGAGAGTATATCTGTGATAAGACAGATGAAGATGTG  592

Query  379  TGTAGTTTGGAGTGTAAAGCGAAACATCTTCTACAAGTTAAGGAAAAGGAAGAGAAATCAAAACTCAGCAATCC  452
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGTAGTTTGGAGTGTAAAGCGAAACATCTTCTACAAGTTAAGGAAAAGGAAGAGAAATCAAAACTCAGCAATCC  666

Query  453  ACAGAAGGCTGATTCTGAGCCAGAGTCTCCACTGAATGCTTCCTATGTCTACAAAGAGCACCCCTTTATTTTGA  526
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACAGAAGGCTGATTCTGAGCCAGAGTCTCCACTGAATGCTTCCTATGTCTACAAAGAGCACCCCTTTATTTTGA  740

Query  527  ACCTTCAGGAAGACCAGATTGAAAATCTTAAACAGCAGCTGGGAATTTTAGTTCAAGGGCAAGAAGTCACCAGG  600
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ACCTTCAGGAAGACCAGATTGAAAATCTTAAACAGCAGCTGGGAATTTTAGTTCAAGGGCAAGAAGTCACCAGG  814

Query  601  CCCATTATTGACTTTGAACATTGTAGTCTCCCTGAGGTCTTAAATCACAACTTGAAGAAATCGGGCTATGAGGT  674
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  815  CCCATTATTGACTTTGAACATTGTAGTCTCCCTGAGGTCTTAAATCACAACTTGAAGAAATCAGGCTATGAGGT  888

Query  675  GCCAACTCCCATTCAAATGCAGATGATTCCTGTGGGACTTCTGGGAAGAGACATTCTGGCCAGTGCAGATACTG  748
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GCCAACTCCCATTCAAATGCAGATGATTCCTGTGGGACTTCTGGGAAGAGACATTCTGGCCAGTGCAGATACTG  962

Query  749  GCTCAGGAAAAACAGCTGCTTTTCTTCTTCCTGTTATCATGCGAGCTTTATTCGAGAGCAAAACTCCATCTGCG  822
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GCTCAGGAAAAACAGCTGCTTTTCTTCTTCCTGTTATCATGCGAGCTTTATTCGAGAGCAAAACTCCATCTGCG  1036

Query  823  CTCATTCTTACACCAACCAGAGAGTTAGCCATTCAGATAGAGAGACAAGCTAAAGAATTGATGAGTGGCCTGCC  896
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTCATTCTTACACCAACCAGAGAGTTAGCCATTCAGATAGAGAGACAAGCTAAAGAATTGATGAGTGGCCTGCC  1110

Query  897  ACGCATGAAAACTGTGCTTCTTGTAGGGGGCTTACCCTTACCCCCACAGCTTTATCGTCTGCAACAACATGTTA  970
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  ACGCATGAAAACTGTGCTTCTTGTAGGGGGCTTACCCTTACCCCCACAGCTTTATCGTCTGCAACAACATGTTA  1184

Query  971  AGGTTATCATAGCAACCCCTGGGCGACTTCTGGATATAATAAAGCAGAGCTCTGTAGAACTCTGTGGTGTAAAG  1044
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AGGTTATCATAGCAACCCCTGGGCGACTTCTGGATATAATAAAGCAGAGCTCTGTAGAACTCTGTGGTGTAAAG  1258

Query 1045  ATTGTGGTAGTAGATGAAGCTGATACCATGTTAAAGATGGGTTTTCAACAACAAGT-GCTTGACATTTTGGAAA  1117
            |||||||||||||||||||               ||        |||.|      | |||||            
Sbjct 1259  ATTGTGGTAGTAGATGAAG---------------AG--------TCACC------TGGCTTG------------  1291

Query 1118  ACATTCCTAATGATTGTCAGACCATTTTGGTTTCAG-CCACAATTCCAACTAGCATAGAACAGCTAGCAAGCCA  1190
                 |.||.|||...||||||           .|| |||.|..||..|||.|.|||                 
Sbjct 1292  -----CTTAGTGACCATCAGAC-----------GAGACCAGACCTCTCACTTGGATA-----------------  1332

Query 1191  GCTTCTGCATAATCC------TGTGAGAATTATCACTGGAGAAAAGAACCTACCTTGTGCCAATGTACGTCAGA  1258
              |||||    ||.|      ||||||        .|||||..|.|||.||  ||    .|||   ||      
Sbjct 1333  --TTCTG----ATTCAGTAGGTGTGAG--------TTGGAGCCAGGAATCT--CT----ACAA---AC------  1377

Query 1259  TTATTTTGTGGGTAGAAGACCCAGCCAAAAAGAAAAAATTATTTGAAATTTTAAATGATAAGAAACTCTTTAAG  1332
            |.|||               ||||                                ||||||||||||||||||
Sbjct 1378  TCATT---------------CCAG--------------------------------GATAAGAAACTCTTTAAG  1404

Query 1333  CCTCCAGTGTTAGTATTTGTGGACTGCAAACTAGGAGCAGATCTTTTGAGTGAAGCCGTTCAGAAAATCACAGG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405  CCTCCAGTGTTAGTATTTGTGGACTGCAAACTAGGAGCAGATCTTTTGAGTGAAGCCGTTCAGAAAATCACAGG  1478

Query 1407  GCTGAAAAGAATATCTATACATTCGGAGAAGTCGCAAATAGAAAGGAAAAACATATTGAAGGGATTACTTGAAG  1480
            |||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479  GCTGAAAAGCATATCTATACATTCAGAGAAGTCGCAAATAGAAAGGAAAAACATATTGAAGGGATTACTTGAAG  1552

Query 1481  GAGACTATGAAGTTGTAGTGAGCACAGGAGTCTTGGGACGAGGCCTAGACTTGATCAGTGTCAGGCTGGTTGTC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553  GAGACTATGAAGTTGTAGTGAGCACAGGAGTCTTGGGACGAGGCCTAGACTTGATCAGTGTCAGGCTGGTTGTC  1626

Query 1555  AATTTTGATATGCCTTCAAGTATGGATGAGTATGTCCATCAGATTGGAAGAGTAGGAAGATTAGGTCAAAATGG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627  AATTTTGATATGCCTTCAAGTATGGATGAGTATGTCCATCAGATTGGAAGAGTAGGAAGATTAGGTCAAAATGG  1700

Query 1629  AACAGCGATTACTTTCATCAATAATAATTCAAAAAGACTCTTCTGGGATATTGCAAAACGAGTAAAGCCCACAG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701  AACAGCGATTACTTTCATCAATAATAATTCAAAAAGACTCTTCTGGGATATTGCAAAACGAGTAAAGCCCACAG  1774

Query 1703  GATCCATTCTTCCCCCTCAGTTATTAAATTCCCCATACCTTCATGACCAGAAGAGAAAGGAACAACAGAAAGAT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1775  GATCCATTCTTCCCCCTCAGTTATTAAATTCCCCATACCTTCATGACCAGAAGAGAAAGGAACAACAGAAAGAT  1848

Query 1777  AAACAGACACAGAATGATCTGGTTACAGGAGCTAATCTTATGGATATTATCAGAAAACATGATAAAAGTAATTC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849  AAACAGACACAGAATGATCTGGTTACAGGAGCTAATCTTATGGATATTATCAGAAAACATGATAAAAGTAATTC  1922

Query 1851  TCAGAAA-------------------------------------------------------------------  1857
            |||||||                                                                   
Sbjct 1923  TCAGAAATGATTTTCTCTGCCACTTGAATATTTTTTTTTATTGTATATAGTCAGCAAAAAATTATGGTTTGCAT  1996

Query 1858  -------------------------------------------------------------------  1857
                                                                               
Sbjct 1997  AAATGGAAATGTACATGAATTTTAAAAATTTTAAGATATTTTTAATTTAATAAAATTTATATAACTA  2063