Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_09266
• Subject: NM_001289431.1
• Aligned Length: 1207
• Identities: 872
• Gaps: 197

Alignment

Query    1  ATGGAGAGGAAAAACCCATCCAGAGAGAGCCCCAGAAGACTCTCTGCCAAAGTAGGCAAAGGCACAGAGATGAA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GAAAGTGGCTCGTCAGTTTGGGATGGCTGCTGCTGAGTCAGACAAGGACTCTGGCTTTTCAGATGGGAGCTCGG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AATGTCTGAGCTCTGCAGAGCAGATGGAGTCCGAGGACATGCTGAGCGCCTTAGGCTGGAGCAGAGAAGACAGG  222
                                   ||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|..||||||||||.|
Sbjct    1  -----------------------ATGGAGTCAGAGGACATGCTGAGCGCCTTGGGCTGCAAGAGAGAAGACAAG  51

Query  223  CCGAGGCAGAACTCCAAAACTGCAAAGAATGCCTTCCCTACCCTGTCTCCCATGGTCGTCATGAAGAATGTGCT  296
            |.|||||||..|||||||.||||..|.|.||||.||||.||.|||.|.||.||||||||||||||||..|||||
Sbjct   52  CGGAGGCAGCCCTCCAAAGCTGCGGACACTGCCCTCCCCACGCTGCCCCCTATGGTCGTCATGAAGAGCGTGCT  125

Query  297  TGTCAAACAGGGCAGCAGCTCATCCCAGCTCCAGTCGTGGACTGTCCAGCCCTCCTTTGAAGTGATCTCAGCAC  370
            .|||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  126  GGTCAAGCAGGGCAGCAGCTCCTCCCAGCTTCAGTCCTGGACTGTCCAGCCCTCCTTTGAAGTGATCTCAGCGC  199

Query  371  AGCCACAGCTCTTATTCCTTCATCCACCTGTACCATCTCCTGTCAGTCCATGTCACACTGGTGAGAAAAAGTCC  444
            |||||||||||||..||||||||||||||||.||||||||||||||..||||.||.|||||||||||||||||.
Sbjct  200  AGCCACAGCTCTTTGTCCTTCATCCACCTGTGCCATCTCCTGTCAGCTCATGCCAGACTGGTGAGAAAAAGTCA  273

Query  445  GACTCCAGGAACTACTTGCCCATTCTGAATTCTTACACCAAAATAGCCCCACATCCAGGCAAAAGGGGCCT---  515
            ||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||   
Sbjct  274  GAATCCAGAAACTACTTGCCCATTCTAAATTCTTATACCAAAATAGCCCCCCACCCAGGCAAGAGGGGCCTCAA  347

Query  516  TTCCCTTGGCCCAGAAGAAAAAGGAACAAGTGGAGTGCAGAAGAAAATCTGTACTGAGAGACTTGGGCCTAGCT  589
            ||         |||||||.|.||||||||||||.||...|||||||.||||.||.|||||||..|||||.|||.
Sbjct  348  TT---------CAGAAGACAGAGGAACAAGTGGGGTATCGAAGAAACTCTGCACGGAGAGACCGGGGCCAAGCC  412

Query  590  TGTCTTCCAGTGAGCCAACCAAGGCTGGTGCTGTCCC-------ATCCAGTCCCTCGACGCCAGCACCACCCAG  656
            |||||||||||||||||.|||||.||||       ||       |||||||||.||.||.|||||.||||||||
Sbjct  413  TGTCTTCCAGTGAGCCAGCCAAGACTGG-------CCGAGTATTATCCAGTCCTTCCACTCCAGCCCCACCCAG  479

Query  657  CGCCAAACTTGCCGAGGACTCAGCTCTGCAGGGTGTGCCCTCTCTGGTGGCAGGTGGAAGTCCACAGACTCTTC  730
            |.|||||||..|.||||||||..|||||||.||.||.|||||.||.|.|||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct  480  CTCCAAACTCACTGAGGACTCCACTCTGCAAGGAGTTCCCTCCCTTGGGGCTGGCGGAAGTCCACAGACTCTTC  553

Query  731  AGCCGGTATCCAGCAGTCACGTGGCTAAAGCTCCCAGTCTGACCTTCGCTTCCCCCGCCAGTCCTGTCTGCGCA  804
            ||||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.||.||.
Sbjct  554  AGCCTGTGTCCAGCAGCCATGTGGCTAAAGCTCCCAGTCTGACTTTGGCTTCGCCCGCCAGCCCTGTGTGTGCG  627

Query  805  TCAGACAGCACTCTCCATGGGTTAGAGAGCAACTCTCCCCTTTCACCACTGTCCGCTAATTATAGCTCACCTTT  878
            ||||||||||||||.|||||..|||||||||.|||.||.||.||.||||||||.||.|.|||.|..||||||.|
Sbjct  628  TCAGACAGCACTCTGCATGGCCTAGAGAGCAGCTCCCCTCTCTCCCCACTGTCAGCCAGTTACACTTCACCTCT  701

Query  879  ATGGGCTGCAGAGCACCTCTGCCGCAGCCCAGATATCTTTTCAGAGCAGCGGCAGAGCAAACATAGGCGCTTTC  952
            .||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||.||||||.|||.|||||||||||||
Sbjct  702  GTGGGCTGCGGAGCACCTCTGCCGCAGCCCAGACATCTTCTCCGAGCAGAGGCAGAACAAGCATAGGCGCTTTC  775

Query  953  AGAATACCCTAGTAGTCCTACATAAATCTGGTTTGCTGGAGATCACTTTGAAAACCAAGGAGTTGATTCGTCAG  1026
            ||||||||.||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  776  AGAATACCTTAGTGGTCCTCCACAAGTCTGGTTTGCTGGAGATCACTCTGAAAACCAAGGAGTTGATTCGTCAG  849

Query 1027  AATCAGGCAACTCAGGTAGAACTAGACCAGCTAAAGGAGCAAACCCAGCTGTTTATAGAAGCCACCAAGAGCAG  1100
            ||.||.||||||||||.|||.||.||||||||.|||||||||||||||.||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  850  AACCAAGCAACTCAGGCAGAGCTGGACCAGCTGAAGGAGCAAACCCAGATGTTTATAGAGGCCACCAAGAGCAG  923

Query 1101  GGCCCCTCAGGCTTGGGCCAAGCTGCAGGCATCTTTAACACCTGGGTCCAGTAATACAGGCAGTGACCTAGAAG  1174
            |||.||||||||.|||||||||.||||||||||..|||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||..
Sbjct  924  GGCTCCTCAGGCATGGGCCAAGTTGCAGGCATCACTAACATCTGGGTCCAGTCATTCAGGCAGTGACCTAGACA  997

Query 1175  CATTCTCTGATCACCCAGCCATA  1197
            |.||.|||||||||||||.|.||
Sbjct  998  CGTTGTCTGATCACCCAGACGTA  1020