Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_09779
• Subject: NM_001042413.2
• Aligned Length: 2790
• Identities: 2321
• Gaps: 465

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAATGGAAGATCATGCAGCATGAGTCTCCACCGGACATCGGGAACCCCACAGGGGCCTAGGATGGTCAGTGG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TCATCACATTCCTGCCATCCGAGCCCACTCCGGGACTCCTGGCCCCTCGCCCTGTGGCAGCACATCGAGTCCCA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CTATGGCAAGCCTTGCTAACAACCTCCATCTCAAGATGCCCTCAGGAGGAGGGATGGCTCCTCAGAACAACGTG  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GCTGAGAGCCGCATCCATCTGCCTGCCTTAAGCCCCAGGAGACAAATGCTCACCAATGGGAAGCCGCGATTCCA  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  GGTCACCCAGGCTGGAGGCATGTCAGGGTCACATACTTTAAAGCCAAAGCAGCAGGAGTTTGGAAGCCCTTTTC  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  CTCCAAATCCTGGGAAAGGGGCTCTTGGCTTTGGGCCTCAGTGCAAGTCCATTGGAAAAGGCAGCTGCAACAAT  444

Query    1  ---------------------ATGATGGTTCAGCGACTGGGACTCATTTCACCTCCAGCAAGCCAGGTCTCTAC  53
                                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTAGTGGTCACCAGCAGTCCCATGATGGTTCAGCGACTGGGACTCATTTCACCTCCAGCAAGCCAGGTCTCTAC  518

Query   54  AGCATGCAACCAGATCAGTCCTAGCTTACAGAGGGCAATGAATGCAGCCAACCTGAATATACCTCCTTCAGATA  127
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGCATGCAACCAGATCAGTCCTAGCTTACAGAGGGCAATGAATGCAGCCAACCTGAATATACCTCCTTCAGATA  592

Query  128  CCAGGTCCCTTATTTCGCGTGAGTCTTTGGCGTCCACGACCTTGAGTCTGACGGAAAGTCAGTCGGCCTCAAGC  201
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCAGGTCCCTTATTTCGCGTGAGTCTTTGGCGTCCACGACCTTGAGTCTGACGGAAAGTCAGTCGGCCTCAAGC  666

Query  202  ATGAAGCAGGAGTGGTCCCAGGGCTACAGGGCCCTCCCTTCGCTCTCCAACCACGGCTCTCAGAATGGCCTTGA  275
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATGAAGCAGGAGTGGTCCCAGGGCTACAGGGCCCTCCCTTCGCTCTCCAACCACGGCTCTCAGAATGGCCTTGA  740

Query  276  TCTAGGGGATCTCCTTAGCCTTCCTCCCGGGACATCCATGTCCAGCAATAGTGTCTCTAACTCATTACCATCCT  349
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TCTAGGGGATCTCCTTAGCCTTCCTCCCGGGACATCCATGTCCAGCAATAGTGTCTCTAACTCATTACCATCCT  814

Query  350  ACCTTTTTGGCACGGAAAGTAGCCACTCTCCTTACCCTAGTCCTCGGCACTCATCCACCAGGTCCCACTCGGCC  423
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ACCTTTTTGGCACGGAAAGTAGCCACTCTCCTTACCCTAGTCCTCGGCACTCATCCACCAGGTCCCACTCGGCC  888

Query  424  CGCTCCAAGAAGAGAGCGCTGTCCTTGTCCCCGCTGTCCGATGGCATCGGGATAGATTTCAATACCATCATCCG  497
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CGCTCCAAGAAGAGAGCGCTGTCCTTGTCCCCGCTGTCCGATGGCATCGGGATAGATTTCAATACCATCATCCG  962

Query  498  CACGTCGCCCACGTCCTTGGTGGCCTACATCAACGGGTCGAGGGCTTCGCCGGCCAACCTGTCCCCGCAGCCGG  571
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CACGTCGCCCACGTCCTTGGTGGCCTACATCAACGGGTCGAGGGCTTCGCCGGCCAACCTGTCCCCGCAGCCGG  1036

Query  572  AGGTCTACGGGCATTTCCTGGGCGTGCGCGGCAGCTGCATTCCCCAGCCGCGCCCGGTGCCCGGCAGCCAGAAG  645
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGGTCTACGGGCATTTCCTGGGCGTGCGCGGCAGCTGCATTCCCCAGCCGCGCCCGGTGCCCGGCAGCCAGAAG  1110

Query  646  GGCGTGCTGGTGGCCCCTGGAGGCCTGGCGCTGCCGGCCTACGGCGAGGACGGGGCCCTGGAGCACGAGCGCAT  719
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GGCGTGCTGGTGGCCCCTGGAGGCCTGGCGCTGCCGGCCTACGGCGAGGACGGGGCCCTGGAGCACGAGCGCAT  1184

Query  720  GCAACAGCTGGAGCACGGCGGCCTGCAGCCAGGCCTGGTCAACCACATGGTGGTGCAGCATGGCCTGCCGGGCC  793
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCAACAGCTGGAGCACGGCGGCCTGCAGCCAGGCCTGGTCAACCACATGGTGGTGCAGCATGGCCTGCCGGGCC  1258

Query  794  CCGACAGCCAGCCGGCCGGCCTGTTCAAGACCGAACGCCTGGAGGAGTTCCCGGGCAGCACCGTAGACCTACCC  867
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCGACAGCCAGTCGGCCGGCCTGTTCAAGACCGAACGCCTGGAGGAGTTCCCGGGCAGCACCGTAGACCTACCC  1332

Query  868  CCCGCGCCTCCGCTCCCTCCTCTGCCGCCGCCCCAAGGCCCCCCACCCCCTTACCATGCCCATGCGCACCTTCA  941
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CCCGCGCCTCCGCTCCCTCCTCTGCCGCCGCCCCCAGGCCCCCCACCCCCTTACCATGCCCATGCGCACCTTCA  1406

Query  942  CCACCCGGAGCTCGGGCCCCACGCCCAGCAGCTGGCCTTGCCCCAGGCCACCCTGGACGACGACGGGGAGATGG  1015
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CCACCCGGAGCTCGGGCCCCACGCCCAGCAGCTGGCCTTGCCCCAGGCCACCCTGGACGACGACGGGGAGATGG  1480

Query 1016  ACGGCATCGGGGGCAAGCATTGCTACCGCTGGATCGACTGCAGCGCCCTGTACGACCAGCAGGAGGAGCTCGTG  1089
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ACGGCATCGGGGGCAAGCATTGCTGCCGCTGGATCGACTGCAGCGCCCTGTACGACCAGCAGGAGGAGCTCGTG  1554

Query 1090  CGGCACATCGAGAAGGTCCACATCGACCAGCGCAAAGGGGAGGACTTCACTTGCTTCTGGGCCGGTTGCCCTCG  1163
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CGGCACATCGAGAAGGTCCACATCGACCAGCGCAAAGGGGAGGACTTCACTTGCTTCTGGGCCGGTTGCCCTCG  1628

Query 1164  AAGATACAAGCCCTTCAACGCCCGCTATAAACTGCTGATCCACATGAGAGTCCACTCTGGGGAGAAGCCCAACA  1237
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AAGATACAAGCCCTTCAACGCCCGCTATAAACTGCTGATCCACATGAGAGTCCACTCTGGGGAGAAGCCCAACA  1702

Query 1238  AGTGTACGTTTGAAGGTTGCGAGAAGGCCTTTTCAAGGCTTGAAAATCTCAAGATCCACTTGCGGAGCCACACA  1311
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGTGTACGTTTGAAGGTTGCGAGAAGGCCTTTTCAAGGCTTGAAAATCTCAAGATCCACTTGCGGAGCCACACA  1776

Query 1312  GGCGAGAAGCCGTATTTGTGCCAGCATCCGGGTTGTCAGAAGGCCTTCAGTAACTCCAGTGACCGCGCCAAACA  1385
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GGCGAGAAGCCGTATTTGTGCCAGCATCCGGGTTGTCAGAAGGCCTTCAGTAACTCCAGTGACCGCGCCAAACA  1850

Query 1386  CCAGCGGACGCATCTGGACACCAAACCTTATGCTTGTCAAATTCCAGGATGTACCAAACGCTACACAGACCCAA  1459
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CCAGCGGACGCATCTGGACACCAAACCTTATGCTTGTCAAATTCCAGGATGTACCAAACGCTACACAGACCCAA  1924

Query 1460  GTTCCCTAAGAAAGCATGTGAAGGCACATTCTTCCAAAGAGCAACAAGCAAGGAAAAAGTTGCGGTCCAGCACA  1533
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GTTCCCTAAGAAAGCATGTGAAGGCACATTCTTCCAAAGAGCAACAAGCAAGGAAAAAGTTGCGGTCCAGCACA  1998

Query 1534  GAGCTCCATCCAGACCTGCTCACAGATTGCCTCACCGTGCAGTCCCTGCAGCCGGCCACTTCCCCTAGAGATGC  1607
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GAGCTCCATCCAGACCTGCTCACAGATTGCCTCACCGTGCAGTCCCTGCAGCCGGCCACTTCCCCTAGAGATGC  2072

Query 1608  TGCTGCTGAAGGGACCGTGGGACGCTCCCCTGGACCCGGGCCTGACCTCTATTCAGCTCCCATTTTCTCCAGCA  1681
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TGCTGCTGAAGGGACCGTGGGACGCTCCCCTGGACCCGGGCCTGACCTCTATTCAGCTCCCATTTTCTCCAGCA  2146

Query 1682  ATTATTCAAGCCGAAGTGGAACAGCTGCTGGGGCCGTACCACCCCCACATCCTGTCAGTCACCCTTCTCCAGGA  1755
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  ATTATTCAAGCCGAAGTGGAACAGCTGCTGGGGCCGTACCACCCCCACATCCTGTCAGTCACCCTTCTCCAGGA  2220

Query 1756  CATAATGTACAGGGGAGCCCTCACAACCCCTCCTCCCAGTTACCTCCACTCACAGCTGTGGACGCAGGAGCTGA  1829
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  CATAATGTACAGGGGAGCCCTCACAACCCCTCCTCCCAGTTACCTCCACTCACAGCTGTGGACGCAGGAGCTGA  2294

Query 1830  GAGGTTTGCACCTTCTGCTCCATCTCCTCACCACATCAGCCCCCGGAGAGTTCCAGCTCCTTCTTCAATACTGC  1903
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GAGGTTTGCACCTTCTGCTCCATCTCCTCACCACATCAGCCCCCGGAGAGTTCCAGCTCCTTCTTCAATACTGC  2368

Query 1904  AAAGAACACAGCCTCCCTATACCCAGCAGCCATCAGGTTCACACCTGAAGTCCTATCAGCCAGAAACAAACTCT  1977
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AAAGAACACAGCCTCCCTATACCCAGCAGCCATCAGGTTCACACCTGAAGTCCTATCAGCCAGAAACAAACTCT  2442

Query 1978  TCTTTTCAACCAAATGGTATCCATGTCCATGGATTTTATGGGCAGCTGCAGAAGTTCTGTCCCCCACACTACCC  2051
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  TCTTTTCAACCAAATGGTATCCATGTCCATGGATTTTATGGGCAGCTGCAGAAGTTCTGTCCCCCACACTACCC  2516

Query 2052  CGATTCCCAGAGAATTGTGCCGCCTGTCAGCTCCTGCAGTGTGGTGCCTTCGTTTGAGGACTGCCTAGTCCCTA  2125
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CGATTCCCAGAGAATTGTGCCGCCTGTCAGCTCCTGCAGTGTGGTGCCTTCGTTTGAGGACTGCCTAGTCCCTA  2590

Query 2126  CATCCATGGGCCAGGCCAGTTTTGATGTTTTCCACAGAGCCTTCTCGACTCACTCGGGCATTACAGTGTATGAT  2199
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CATCCATGGGCCAGGCCAGTTTTGATGTTTTCCACAGAGCCTTCTCGACTCACTCGGGCATTACAGTGTATGAT  2664

Query 2200  TTACCTTCAAGTTCCTCGAGCCTCTTTGGGGAGTCTCTCCGCAGCGGGGCTGAAGATGCTACCTTCTTGCAGAT  2273
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  TTACCTTCAAGTTCCTCGAGCCTCTTTGGGGAGTCTCTCCGCAGCGGGGCTGAAGATGCTACCTTCTTGCAGAT  2738

Query 2274  CAGCACCGTGGACCGCTGTCCTAGCCAGCTCTCCTCTGTCTGCACCGAAGGC  2325
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 2739  CAGCACCGTGGACCGCTGTCCTAGCCAGCTCTCCTCTGTCTACACCGAAGGC  2790