Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_09944
• Subject: NM_001099650.2
• Aligned Length: 1320
• Identities: 1226
• Gaps: 93

Alignment

Query    1  ATGCGGCGCTACCTGCGCGTCGTGGTGCTGTGTGTGGCCTGCGGCTTCTGCTCGCTCCTTTACGCTTTCAGCCA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCGGCGCTACCTGCGCGTCGTGGTGCTGTGTGTGGCCTGCGGCTTCTGCTCGCTCCTTTACGCTTTCAGCCA  74

Query   75  GCTCGCCGTGTCCCTGGAAGAAGGAACGGGCGGCGGTGGCGGGAAGCCGCAGGCCGCGGTGGCTTCCTGGCTCG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GCTCGCCGTGTCCCTGGAAGAAGGAACGGGCGGCGGTGGCGGGAAGCCGCAGGCCGCGGTGGCTTCCTGGCTCG  148

Query  149  CGGGCGGCGGACGCGGCGCCGTGAGAGGCGCCGGCGTCGCGGGCCCCGCAGCGCATCCCGGCGTGTCGGACAGG  222
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
Sbjct  149  CGGGCGGCGGACGCGGCGCCGTGAGAGGCGCCGGCGTCGCGGGCCCCGCAGCGCATCCCGGCGTGTCGGAC---  219

Query  223  TGTAAAGATTTCTCTCTGTGTTACTGGAATCCCTATTGGATGCTGCCCTCTGATGTTTGTGGAATGAACTGCTT  296
                                                                                      
Sbjct  220  --------------------------------------------------------------------------  219

Query  297  TTGGGAAGCGGCTTTTAGGTACAGTCTGAAAATACAGCCTGTTGAGAAAATGCATCTAGCTGTAGTTGCCTGTG  370
                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  220  ----------------AGGTACAGTCTGAAAATACAGCCTGTTGAGAAAATGCATCTAGCTGTAGTTGCCTGTG  277

Query  371  GTGAAAGACTGGAAGAAACTATGACCATGTTGAAGTCAGCTATCATTTTCAGCATCAAACCTCTTCAATTCCAT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  278  GTGAAAGACTGGAAGAAACTATGACCATGTTGAAGTCAGCTATCATTTTCAGCATCAAACCTCTTCAATTCCAT  351

Query  445  ATTTTTGCTGAAGATCAGCTACATCATAGCTTTAAAGGCAGACTTGACAACTGGTCATTTCTACAAACATTTAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  352  ATTTTTGCTGAAGATCAGCTACATCATAGCTTTAAAGGCAGACTTGACAACTGGTCATTTCTACAAACATTTAA  425

Query  519  TTATACGTTATACCCCATAACCTTTCCAAGTGAGAATGCAGCAGAGTGGAAAAAACTCTTTAAACCATGTGCTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  426  TTATACGTTATACCCCATAACCTTTCCAAGTGAGAATGCAGCAGAGTGGAAAAAACTCTTTAAACCATGTGCTT  499

Query  593  CGCAGAGATTGTTCTTGCCGTTAATCCTGAAAGAAGTTAACTCACTATTGTATGTCGACACTGATATCCTTTTT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  500  CGCAGAGATTGTTCTTGCCGTTAATCCTGAAAGAAGTTGACTCACTATTGTATGTCGACACTGATATCCTTTTT  573

Query  667  TTACGACCAGTTGATGATATTTGGTCTTTACTAAAGAAATTTAATTCCACACAAATTGCTGCAATGGCACCAGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  574  TTACGACCAGTTGATGATATTTGGTCTTTACTAAAGAAATTTAATTCCACACAAATTGCTGCAATGGCACCAGA  647

Query  741  ACATGAGGAACCTCGAATAGGATGGTATAATCGCTTTGCTAGGCATCCATATTATGGAAAAACTGGAGTAAACT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  648  ACATGAGGAACCTCGAATAGGATGGTATAATCGCTTTGCTAGGCATCCATATTATGGAAAAACTGGAGTAAACT  721

Query  815  CTGGAGTTATGTTGATGAACATGACTCGAATGAGAAGGAAGTATTTCAAGAATGATATGACAACTGTACGACTA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  722  CTGGAGTTATGTTGATGAACATGACTCGAATGAGAAGGAAGTATTTCAAGAATGATATGACAACTGTACGACTA  795

Query  889  CAATGGGGAGATATACTTATGCCATTGCTTAAAAAATACAAACTAAACATCACATGGGGTGATCAAGATCTATT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  796  CAATGGGGAGATATACTTATGCCATTGCTTAAAAAATACAAACTAAACATCACATGGGGTGATCAAGATCTATT  869

Query  963  GAATATCGTGTTTTTTCATAATCCAGAAAGCCTTTTTGTTTTTCCGTGTCAATGGAATTATCGACCAGATCATT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  870  GAATATCGTGTTTTTTCATAATCCAGAAAGCCTTTTTGTTTTTCCGTGTCAATGGAATTATCGACCAGATCATT  943

Query 1037  GTATATATGGAAGCAATTGCCAAGAAGCAGAAGAAGGAGGAATCTTTATTCTTCATGGGAACAGAGGTGTTTAC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  944  GTATATATGGAAGCAATTGCCAAGAAGCAGAAGAAGGAGGAATCTTTATTCTTCATGGGAACAGAGGTGTTTAC  1017

Query 1111  CATGACGATAAGCAACCAGCATTTAGAGCTGTTTATGAAGCACTGAGAAATTGTTCTTTTGAAGATGACAACAT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018  CATGACGATAAGCAACCAGCATTTAGAGCTGTTTATGAAGCACTGAGAAATTGTTCTTTTGAAGATGACAACAT  1091

Query 1185  CCGTTCCTTATTAAAACCTTTAGAACTGGAACTACAAAAAACAGTGCATACATACTGTGGAAAAATTTACAAAA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092  CCGTTCCTTATTAAAACCTTTAGAACTGGAACTACAAAAAACAGTGCATACATACTGTGGAAAAATTTACAAAA  1165

Query 1259  TATTTATCAAACAACTAGCAAAAAGTGTAAGAGATCGTTATGCCAGATCACCAAAGGAAAAG  1320
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166  TATTTATCAAACAACTAGCAAAAAGTGTAAGAGATCGTTATGCCAGATCACCAAAGGAAAAG  1227