Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_10427
- Subject:
- NM_001322219.2
- Aligned Length:
- 3661
- Identities:
- 3472
- Gaps:
- 173
Alignment
Query 1 ------------------ATGGCGGGAGCCTTAATCGGGTCGGAGCCAGGCCCCGCGGAAGAACTTGCCAAACT 56
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTGTGGCTGTAGCCATGGCGGGAGCCTTAATCGGGTCGGAGCCAGGCCCCGCGGAAGAACTTGCCAAACT 74
Query 57 CGAGTACCTGTCTTTGGTGTCAAAGGTTTGCACTGAGCTGGACAATCACTTGGGGATCAACGACAAGGACCTTG 130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 CGAGTACCTGTCTTTGGTGTCAAAGGTTTGCACTGAGCTGGACAATCACTTGGGGATCAACGACAAGGACCTTG 148
Query 131 CTGAATTTGTGATCAGTCTTGCTGAGAAAAATACCACCTTTGATACTTTTAAGGCTTCTCTCGTCAAAAATGGT 204
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 CTGAATTTGTGATCAGTCTTGCTGAGAAAAATACCACCTTTGATACTTTTAAGGCTTCTCTCGTCAAAAATGGT 222
Query 205 GCAGAATTTACGGATTCTCTTATTAGTAACTTGCTGCGTCTCATACAAACCATGCGGCCTCCAGCGAAGCCTTC 278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 GCAGAATTTACGGATTCTCTTATTAGTAACTTGCTGCGTCTCATACAAACCATGCGGCCTCCAGCGAAGCCTTC 296
Query 279 CACTAGCAAAGATCCAGTTGTTAAACCTAAAACAGAAAAAGAAAAGCTGAAGGAACTCTTCCCAGTCCTTTGCC 352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CACTAGCAAAGATCCAGTTGTTAAACCTAAAACAGAAAAAGAAAAGCTGAAGGAACTCTTCCCAGTCCTTTGCC 370
Query 353 AACCGGACAACCCTTCTGTTCGGACCATGTTGGATGAAGATGATGTGAAAGTTGCTGTGGATGTCCTGAAAGAA 426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 AACCGGACAACCCTTCTGTTCGGACCATGTTGGATGAAGATGATGTGAAAGTTGCTGTGGATGTCCTGAAAGAA 444
Query 427 CTGGAAGCTTTAATGCCCAGCGCAGCAGGCCAGGAGAAGCAAAGAGATGCTGAACACCGGGACAGGACAAAGAA 500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 CTGGAAGCTTTAATGCCCAGCGCAGCAGGCCAGGAGAAGCAAAGAGATGCTGAACACCGGGACAGGACAAAGAA 518
Query 501 GAAGAAGCGGAGTCGAAGCCGAGATCGAAACCGAGATCGAGACAGAGATAGGGAACGAAACCGAGATAGAGACC 574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 GAAGAAGCGGAGTCGAAGCCGAGATCGAAACCGAGATCGAGACAGAGATAGGGAACGAAACCGAGATAGAGACC 592
Query 575 ACAAGCGGAGACACCGATCCCGCTCTCGATCACGTTCCAGGACCCGGGAGAGGAATAAAGTGAAGTCTAGATAT 648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 ACAAGCGGAGACACCGATCCCGCTCTCGATCACGTTCCAGGACCCGGGAGAGGAATAAAGTGAAGTCTAGATAT 666
Query 649 CGGTCCAGGAGCAGGAGTCAGAGTCCCCCCAAAGACCGGAAGGACCGGGACAAATATGGAGAGCGGAATCTGGA 722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 CGGTCCAGGAGCAGGAGTCAGAGTCCCCCCAAAGACCGGAAGGACCGGGACAAATATGGAGAGCGGAATCTGGA 740
Query 723 TAGATGGCGGGATAAGCATGTGGACCGCCCTCCTCCAGAAGAGCCCACCATTGGTGACATTTATAATGGCAAAG 796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TAGATGGCGGGATAAGCATGTGGACCGCCCTCCTCCAGAAGAGCCCACCATTGGTGACATTTATAATGGCAAAG 814
Query 797 TTACCAGCATCATGCAGTTTGGTTGCTTTGTGCAGCTGGAAGGACTAAGGAAGCGGTGGGAAGGCCTGGTGCAC 870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 TTACCAGCATCATGCAGTTTGGTTGCTTTGTGCAGCTGGAAGGACTAAGGAAGCGGTGGGAAGGCCTGGTGCAC 888
Query 871 ATCTCTGAGCTCCGGCGGGAGGGTCGTGTGGCCAATGTAGCTGATGTCGTGAGCAAAGGCCAGAGGGTCAAAGT 944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 ATCTCTGAGCTCCGGCGGGAGGGTCGTGTGGCCAATGTAGCTGATGTCGTGAGCAAAGGCCAGAGGGTCAAAGT 962
Query 945 CAAAGTGCTGTCCTTCACTGGGACCAAGACCAGCCTGAGCATGAAGGATGTGGATCAAGAGACTGGAGAAGATC 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 CAAAGTGCTGTCCTTCACTGGGACCAAGACCAGCCTGAGCATGAAGGATGTGGATCAAGAGACTGGAGAAGATC 1036
Query 1019 TAAACCCAAATAGACGGCGAAATCTTGTCGGGGAGACCAATGAGGAGACCTCAATGCGGAATCCTGATAGACCC 1092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 TAAACCCAAATAGACGGCGAAATCTTGTCGGGGAGACCAATGAGGAGACCTCAATGCGGAATCCTGATAGACCC 1110
Query 1093 ACTCACTTGTCCCTTGTCAGTGCTCCTGAAGTAGAGGACGACTCACTGGAACGCAAGCGCCTCACCCGAATCTC 1166
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 ACTCACTTGTCCCTTGTCAGTGCTCCTGAAGTAGAGGACGACTCACTGGAACGCAAGCGCCTCACCCGAATCTC 1184
Query 1167 TGACCCAGAGAAGTGGGAGATCAAACAGATGATTGCTGCCAATGTCCTTTCCAAAGAAGAATTTCCAGACTTTG 1240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TGACCCAGAGAAGTGGGAGATCAAACAGATGATTGCTGCCAATGTCCTTTCCAAAGAAGAATTTCCAGACTTTG 1258
Query 1241 ATGAAGAGACTGGCATTCTCCCTAAGGTGGATGATGAAGAAGATGAGGACCTTGAGATTGAATTGGTTGAGGAA 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ATGAAGAGACTGGCATTCTCCCTAAGGTGGATGATGAAGAAGATGAGGACCTTGAGATTGAATTGGTTGAGGAA 1332
Query 1315 GAGCCTCCATTCCTGAGAGGGCACACTAAGCAAAGCATGGACATGAGCCCCATTAAAATTGTCAAGAACCCAGA 1388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 GAGCCTCCATTCCTGAGAGGGCACACTAAGCAAAGCATGGACATGAGCCCCATTAAAATTGTCAAGAACCCAGA 1406
Query 1389 CGGCTCCCTCTCCCAAGCAGCAATGATGCAGAGTGCCTTGGCCAAAGAAAGGCGGGAACTCAAACAGGCCCAGC 1462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 CGGCTCCCTCTCCCAAGCAGCAATGATGCAGAGTGCCTTGGCCAAAGAAAGGCGGGAACTCAAACAGGCCCAGC 1480
Query 1463 GGGAAGCTGAGATGGATTCTATTCCCATGGGACTCAACAAACACTGGGTTGACCCTCTGCCTGATGCGGAAGGC 1536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 GGGAAGCTGAGATGGATTCTATTCCCATGGGACTCAACAAACACTGGGTTGACCCTCTGCCTGATGCGGAAGGC 1554
Query 1537 AGACAGATTGCTGCCAACATGAGGGGTATTGGGATGATGCCCAATGATATTCCTGAGTGGAAGAAGCATGCCTT 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AGACAGATTGCTGCCAACATGAGGGGTATTGGGATGATGCCCAATGATATTCCTGAGTGGAAGAAGCATGCCTT 1628
Query 1611 TGGGGGCAACAAAGCCTCTTACGGAAAAAAGACCCAGATGTCAATCCTTGAGCAGAGGGAGAGCCTGCCCATCT 1684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 TGGGGGCAACAAAGCCTCTTACGGAAAAAAGACCCAGATGTCAATCCTTGAGCAGAGGGAGAGCCTGCCCATCT 1702
Query 1685 ACAAACTGAAGGAGCAATTGGTCCAGGCCGTCCATGACAATCAGATCCTGATTGTCATTGGTGAGACAGGATCT 1758
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 ACAAACTGAAGGAGCAATTGGTCCAGGCCGTCCATGACAATCAGATCCTGATTGTCATTGGTGAGACAGGATCT 1776
Query 1759 GGAAAGACAACACAGATCACCCAGTACCTGGCGGAGGCAGGCTACACTTCCAGGGGCAAGATTGGGTGTACCCA 1832
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 GGAAAGACAACACAGATCACCCAGTACCTGGCGGAGGCAGGCTACACTTCCAGGGGCAAGATTGGGTGTACCCA 1850
Query 1833 GCCCAGAAGAGTGGCAGCTATGTCGGTGGCCAAAAGAGTGTCAGAGGAGTTTGGTTGTTGCTTAGGCCAAGAGG 1906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 GCCCAGAAGAGTGGCAGCTATGTCGGTGGCCAAAAGAGTGTCAGAGGAGTTTGGTTGTTGCTTAGGCCAAGAGG 1924
Query 1907 TGGGCTACACCATTCGATTTGAGGACTGCACTAGCCCTGAAACAGTCATCAAGTACATGACAGATGGGATGTTG 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 TGGGCTACACCATTCGATTTGAGGACTGCACTAGCCCTGAAACAGTCATCAAGTACATGACAGATGGGATGTTG 1998
Query 1981 CTTAGAGAGTGCTTGATTGACCCTGACCTCACTCAGTACGCGATCATCATGTTGGACGAGGCACATGAGAGGAC 2054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 CTTAGAGAGTGCTTGATTGACCCTGACCTCACTCAGTACGCGATCATCATGTTGGACGAGGCACATGAGAGGAC 2072
Query 2055 AATTCACACTGATGTGCTCTTTGGATTGTTGAAAAAGACAGTTCAGAAACGGCAGGACATGAAGCTGATTGTCA 2128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 AATTCACACTGATGTGCTCTTTGGATTGTTGAAAAAGACAGTTCAGAAACGGCAGGACATGAAGCTGATTGTCA 2146
Query 2129 CCTCAGCCACCTTGGATGCAGTGAAGTTTTCTCAATACTTCTATGAAGCTCCCATTTTCACCATCCCAGGTCGA 2202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 CCTCAGCCACCTTGGATGCAGTGAAGTTTTCTCAATACTTCTATGAAGCTCCCATTTTCACCATCCCAGGTCGA 2220
Query 2203 ACATATCCAGTGGAAATACTGTACACAAAGGAACCTGAGACAGATTATCTGGATGCCAGCCTGATTACTGTTAT 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 ACATATCCAGTGGAAATACTGTACACAAAGGAACCTGAGACAGATTATCTGGATGCCAGCCTGATTACTGTTAT 2294
Query 2277 GCAGATTCATTTAACAGAACCACCAGGTGATATCCTGGTCTTCCTGACTGGTCAGGAAGAAATTGATACTGCTT 2350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 GCAGATTCATTTAACAGAACCACCAGGTGATATCCTGGTCTTCCTGACTGGTCAGGAAGAAATTGATACTGCTT 2368
Query 2351 GTGAGATCCTGTATGAAAGAATGAAATCCCTGGGACCTGATGTTCCAGAGTTAATTATCCTCCCAGTGTACTCT 2424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 GTGAGATCCTGTATGAAAGAATGAAATCCCTGGGACCTGATGTTCCAGAGTTAATTATCCTCCCAGTGTACTCT 2442
Query 2425 GCTCTTCCCAGTGAGATGCAGACCCGAATCTTTGACCCAGCTCCACCAGGCAGCAGAAAGGTTGTGATTGCCAC 2498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 GCTCTTCCCAGTGAGATGCAGACCCGAATCTTTGACCCAGCTCCACCAGGCAGCAGAAAGGTTGTGATTGCCAC 2516
Query 2499 CAATATCGCAGAGACATCGCTGACTATTGATGGTATCTACTATGTGGTGGACCCAGGATTCGTGAAACAGAAAG 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CAATATCGCAGAGACATCGCTGACTATTGATGGTATCTACTATGTGGTGGACCCAGGATTCGTGAAACAGAAAG 2590
Query 2573 TTTACAATTCCAAGACAGGGATTGACCAGCTCGTGGTGACGCCTATTTCTCAGGCTCAGGCAAAGCAACGAGCT 2646
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 TTTACAATTCCAAGACAGGGATTGACCAGCTCGTGGTGACGCCTATTTCTCAGGCTCAGGCAAAGCAACGAGCT 2664
Query 2647 GGCAGAGCTGGGAGAACAGGCCCAGGGAAGTGTTACAGGTTGTACACAGAACGTGCCTACCGAGATGAAATGCT 2720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 GGCAGAGCTGGGAGAACAGGCCCAGGGAAGTGTTACAGGTTGTACACAGAACGTGCCTACCGAGATGAAATGCT 2738
Query 2721 GACCACCAACGTGCCGGAAATCCAGAGAACCAACTTAGCAAGCACAGTGCTGTCACTCAAGGCCATGGGTATCA 2794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 GACCACCAACGTGCCGGAAATCCAGAGAACCAACTTAGCAAGCACAGTGCTGTCACTCAAGGCCATGGGTATCA 2812
Query 2795 ATGATCTGCTGTCCTTTGATTTCATGGATGCCCCACCTATGGAAACTTTGATCACAGCCATGGAGCAGCTGTAC 2868
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 ATGATCTGCTGTCCTTTGATTTCATGGATGCCCCACCTATGGAAACTTTGATCACAGCCATGGAGCAGCTGTAC 2886
Query 2869 ACACTGGGGGCCCTGGATGACGAGGGCCTGCTCACTCGCTTGGGCCGCCGGATGGCAGAGTTCCCTCTGGAGCC 2942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 ACACTGGGGGCCCTGGATGACGAGGGCCTGCTCACTCGCTTGGGCCGCCGGATGGCAGAGTTCCCTCTGGAGCC 2960
Query 2943 AATGCTATGCAAAATGCTCATCATGTCTGTGCATCTGGGCTGCAGTGAGGAAATGCTGACCATTGTATCCATGC 3016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 AATGCTATGCAAAATGCTCATCATGTCTGTGCATCTGGGCTGCAGTGAGGAAATGCTGACCATTGTATCCATGC 3034
Query 3017 TGTCTGTGCAGAACGTCTTCTATAGGCCCAAGGATAAACAAGCCCTTGCAGATCAGAAGAAGGCCAAGTTCCAC 3090
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 3035 TGTCTGTGCAGAACGTCTTCTATAGGCCCAAGGATAAACAAGCCCTTGCAGATCAGAAGAAGGCCAAATTCCAC 3108
Query 3091 CAGACTGAAGGGGACCACCTCACCCTGCTAGCTGTGTACAACTCCTGGAAGAACAACAAGTTCTCCAACCCATG 3164
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 CAGACTGAAGGGGACCACCTCACCCTGCTAGCTGTGTACAACTCCTGGAAGAACAACAAGTTCTCCAACCCATG 3182
Query 3165 GTGCTATGAGAACTTTATCAAGGCTCGTTCCCTGCGCCGGGCCCAGGACATTCGCAAGCAGATGTTAGGCATAA 3238
|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 GTGCTATGAGAACTTTATCCAGGCTCGTTCCCTGCGCCGGGCCCAGGACATTCGCAAGCAGATGTTAGGCATAA 3256
Query 3239 TGGACAGACACAAGCTGGATGTTGTTTCCTGTGGCAAGTCCACAGTCCGAGTGCAGAAGGCCATCTGCAGTGGG 3312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257 TGGACAGACACAAGCTGGATGTTGTTTCCTGTGGCAAGTCCACAGTCCGAGTGCAGAAGGCCATCTGCAGTGGG 3330
Query 3313 TTCTTCCGTAATGCTGCCAAGAAAGACCCGCAGGAGGGTTACCGGACACTGATCGACCAGCAGGTGGTCTATAT 3386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 TTCTTCCGTAATGCTGCCAAGAAAGACCCGCAGGAGGGTTACCGGACACTGATCGACCAGCAGGTGGTCTATAT 3404
Query 3387 CCATCCTTCCAGTGCCCTCTTCAACAGACAGCCAGAATGGGTGGTGTACCATGAGCTGGTGCTCACCACCAAGG 3460
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||...|.|| ||||| ||
Sbjct 3405 CCATCCTTCCAGTGCCCTCTTCAACAGACAGCCAGAATGGGACCTCTA-------------CTCAC------GG 3459
Query 3461 AATACATGCGTGAAGTTACCACCATCGACCCTCGGTGGCTTGTGGAGTTTGCCCCAGCCTTCTTCAAGGTCTCA 3534
..|.| |||| |||| || |||
Sbjct 3460 TTTTC-----TGAA----------------------------TGGA-------------------AA----TCA 3477
Query 3535 -GACCCAACTAAGCTAAGCAAACAGAAGAAGCAACAGCGTCTTGAACCCTTGTACAACCGCTATGAGGAACCCA 3607
||.|.|||| ||| ||.||..||||.|.|||
Sbjct 3478 GGAACAAACT--GCT----------------CATCACTGTCTGGTACC-------------------------- 3507
Query 3608 ATGCCTGGAGAATATCTCGAGCTTTCCGACGGCGC 3642
Sbjct 3508 ----------------------------------- 3507