Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_10452
• Subject: XM_006498198.3
• Aligned Length: 1577
• Identities: 1275
• Gaps: 97

Alignment

Query    1  ATGCCTTTGTTCACCGCCAACCCCTTCGAGCAAGACGTGGAAAAAGCCACGAATGAGTACAACACTACAGAAGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TTGGAGTCTTATTATGGACATATGTGACAAAGTTGGAAGTACTCCTAATGGAGCGAAAGATTGCCTAAAAGCCA  148
                         ||||||||.|||||||..||||||||.|||||.|.||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct    1  -------------ATGGACATCTGTGACAGGGTTGGAAGCACTCCCAGTGGAGCAAAAGATTGCCTAAAAGCCA  61

Query  149  TAATGAAAAGGGTAAATCATAAGGTTCCACATGTTGCTCTGCAAGCACTAACTCTTCTTGGGGCTTGTGTGGCA  222
            ||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.||.||||||||.||||||||||||
Sbjct   62  TAATGAAAAGGGTAAACCATAAGGTCCCTCACGTTGCTCTGCAGGCATTGACCCTTCTTGGAGCTTGTGTGGCA  135

Query  223  AACTGTGGAAAGATATTTCATTTAGAAGTATGTTCCCGTGATTTTGCAACAGAAGTACGTGCTGTGATTAAAAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||.|||||
Sbjct  136  AACTGTGGAAAGATATTTCATTTAGAAGTATGTTCCCGTGATTTTGCAACGGAAGTACGTTCTGTGATAAAAAA  209

Query  297  TAAGGCACATCCTAAAGTATGTGAAAAACTGAAATCTTTAATGGTGGAGTGGTCAGAAGAATTTCAGAAGGACC  370
            ||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||.||||||||||||||.||||||||||
Sbjct  210  TAAGGCTCATCCTAAAGTATGTGAAAAACTAAAATCTCTAATGGTGGAATGGTCAGAAGAATTCCAGAAGGACC  283

Query  371  CTCAGTTTAGTCTGATATCTGCAACTATTAAATCTATGAAAGAAGAAGGAATTACTTTTCCTCCAGCAGGTTCT  444
            |.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||..|||||||||||.|.|||||.||.
Sbjct  284  CCCAATTTAGTCTGATATCTGCAACTATTAAGTCTATGAAAGAAGAAGGGGTTACTTTTCCTTCCGCAGGCTCC  357

Query  445  CAGACTGTCTCAGCTGCTGCCAAGAATGGTACGTCATCGAACAAAAACAAAGAGGATGAAGACATAGCTAAAGC  518
            |||||||||.|.|||||||||||.||.||.||.||||.|||||||||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct  358  CAGACTGTCGCGGCTGCTGCCAAAAACGGGACATCATTGAACAAAAACAAAGAAGATGAGGACATAGCTAAAGC  431

Query  519  TATTGAATTATCGCTGCAAGAACAGAAACAGCAACACACAGAAACAAAATCCTTATATCCATCTTCAGAAATTC  592
            ||||||.||||||.|||||||.|||||.|||||..||||.||.|||||..|.||.||.|||.|..||||.|.||
Sbjct  432  TATTGAGTTATCGTTGCAAGAGCAGAAGCAGCAGTACACGGAGACAAAGGCTTTGTACCCACCCGCAGAGAGTC  505

Query  593  AGTTAAATAATAAGGTTGCACGGAAAGTGAGAGCTTTATATGATTTTGAAGCTGTTGAGGACAATGAACTCACC  666
            ||.|.|||||.||||.||||||||.|||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct  506  AGCTCAATAACAAGGCTGCACGGAGAGTCAGAGCTTTATACGACTTTGAAGCTGTTGAGGACAACGAGCTCACC  579

Query  667  TTTAAACATGGTGAAATAATTATTGTTTTGGATGACAGTGATGCCAATTGGTGGAAAGGAGAAAATCACAGAGG  740
            ||||||||||||||..|.||||.||||||||||||||||||.|||||.||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  580  TTTAAACATGGTGAGCTCATTACTGTTTTGGATGACAGTGACGCCAACTGGTGGCAAGGAGAAAATCACAGAGG  653

Query  741  AATAGGACTTTTCCCATCCAATTTTGTAACAACTAATTTAAACATAGAGACTGAGGCAGCGGCTGTGGACAAAT  814
            ||.||||||.|||||.|||||.||||||||.|||.|.||||.||.||||..||||.||||..|.||||||||||
Sbjct  654  AACAGGACTCTTCCCCTCCAACTTTGTAACGACTGACTTAAGCACAGAGGTTGAGACAGCAACGGTGGACAAAT  727

Query  815  TGAATGTAATTGATGATGATGTGGAGGAAATTAAGAAATCAGAGCCTGAGCCTGTTTATATAGATGAGGATAAG  888
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||.
Sbjct  728  TGAATGTAATTGATGATGATGTGGAGGAAATTAAGAAATCAGAACCTGAGCCTGTTTATATAGATGAGGGTAAA  801

Query  889  ATGGATAGAGCCCTGCAGGTACTTCAGAGTATAGATCCAACAGATTCAAAACCAGACTCCCAAGACCTTTTGGA  962
            ||||||||||||||||||.|.||.|||||.||||||||||.|||.||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct  802  ATGGATAGAGCCCTGCAGATTCTCCAGAGCATAGATCCAAAAGAGTCAAAACCCGACTCCCAAGACCTCTTGGA  875

Query  963  TTTAGAAGATATCTGCCAACAGATGGGTCCAATGATAGATGAAAAACTTGAAGAAATTGATAGGAAGCATTCAG  1036
            .||.||||||.|.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  876  CTTGGAAGATGTTTGCCAACAGATGGGTCCGATGATAGATGAAAAACTTGAAGAGATTGATAGGAAGCATTCAG  949

Query 1037  AATTGTCTGAATTGAATGTTAAAGTCCTGGAAGCTCTGGAACTATATAACAAATTGGTGAATGAAGCACCAGTG  1110
            ||.|||||||.|||||.||.||.||.||||||||.|||||.||.||.||.||.||||||||||||||.||.|||
Sbjct  950  AACTGTCTGAGTTGAACGTAAAGGTGCTGGAAGCCCTGGACCTGTACAATAAGTTGGTGAATGAAGCGCCTGTG  1023

Query 1111  TACTCAGTCTATTCAAAGCTCCACCCTCCAGCACATTACCCACCTGCATCATCTGGGGTTCCAATGCAGACATA  1184
            |||||.||||||||||||||.||   |||.||||||||||||||.|||.||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct 1024  TACTCGGTCTATTCAAAGCTGCA---TCCCGCACATTACCCACCCGCAGCAGCTGGGGTTCCAGTGCAGACATA  1094

Query 1185  TCCAGTTCAATCACATGGTGGAAACTATATGGGTCAGAGCATTCACCAAGTAACTGTTGCCCAAAGCTATAGCC  1258
            ||||||.||.||.||||||||||||||..||||.||..||||||||||||||.||||||||||.|.|||||.||
Sbjct 1095  TCCAGTCCAGTCGCATGGTGGAAACTACCTGGGCCACGGCATTCACCAAGTATCTGTTGCCCAGAACTATAACC  1168

Query 1259  TAGGACCCGATCAAATTGGTCCACTGAGATCTCTGCCTCCAAATGTGAATTCCTCAGTGACAGCACAGCCTGCT  1332
            |||||||.||||..||.||..|.|||||||||||||||||||||.||||   |||.||.||||||||..|.|..
Sbjct 1169  TAGGACCTGATCCTATGGGCTCGCTGAGATCTCTGCCTCCAAATATGAA---CTCGGTAACAGCACACACCGTC  1239

Query 1333  CAAACTTCATATTTAAGCACTGGACAAGACACTGTTTCCAATCCTACTTATATGAACCAGAACTCTAACCTACA  1406
            |||.||.||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.|||.||||.||||||||||.||||...||.||
Sbjct 1240  CAACCTCCATACTTAAGCACTGGACAGGACACTGTCTCCAACCCTTCTTACATGAACCAGAGCTCTCGTCTTCA  1313

Query 1407  GTCAGCTACTGGTACAACTGCTTACACACAGCAAATGGGGATGTCTGTGGATATGTCATCTTATCAGAACACTA  1480
            |.|||||.||||||||.|||||||||||||||...|||||||||||...|||.||||.||||..||||||||..
Sbjct 1314  GGCAGCTGCTGGTACAGCTGCTTACACACAGCCTGTGGGGATGTCTACAGATGTGTCTTCTTTCCAGAACACAG  1387

Query 1481  CTTCCAATTTGCCTCAACTGGCAGGCTTTCCGGTGACAGTTCCAGCTCATCCAGTTGCACAGCAGCACA--CAA  1552
            |.|||..|||||||||.|||||.||||||||.|||.|||||||.||.|.|...|.||||||||  ||||  |||
Sbjct 1388  CATCCGGTTTGCCTCAGCTGGCTGGCTTTCCAGTGGCAGTTCCTGCACCTGTCGCTGCACAGC--CACAAGCAA  1459

Query 1553  ATTACCATCAGCCGCCTCTCATT  1575
            ..|||||.||||.|||||||.|.
Sbjct 1460  GCTACCACCAGCAGCCTCTCCTG  1482