Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_10814
• Subject: NM_001271963.1
• Aligned Length: 1627
• Identities: 1288
• Gaps: 116

Alignment

Query    1  ATGGTAGAACTAGTGATCTCACCCAGCCTCACTGTAAAC-AGCGATTGTCTGGATAAACTGAAGTTTAACCGTG  73
            |||.|||||.|.||||.|||||||||||||.|    ||| ||| |.||.||||               |.||.|
Sbjct    1  ATGTTAGAAGTGGTGACCTCACCCAGCCTCGC----AACAAGC-AGTGACTGG---------------AGCGAG  54

Query   74  CTGAC---GCTGCTGTGTGGACTCTGAGTGACAGACAAGGCATCACCAAATCGGCCCCCCTGAGAGTGTCCCAG  144
            |  ||   |||||.|||.||||.|||||||||||..||||||||.|||||||.||..|.|||||.|||.|.|||
Sbjct   55  C--ACGGTGCTGCCGTGGGGACGCTGAGTGACAGGGAAGGCATCGCCAAATCAGCGGCTCTGAGTGTGCCTCAG  126

Query  145  CTCT--------TCTCCAGATCTTGCCCACGTGTCCTCCCCCGCCAGCCTTCCACAGCCATGGCAGCCTACGGC  210
            ||||        ||||   ||     ||||||||||..||..|.|||.|.||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct  127  CTCTTTGTGAAGTCTC---AT-----CCACGTGTCCCTCCTGGTCAGTCCTCCACAGCCATGGCGGCCTATGGC  192

Query  211  CAGACGCAGTACAGTGCGGGGATCCAGCAGGCTACC-CCCTATACAGCTTACCCACCTCCAGCACAAGCCTATG  283
            |||||.||||||||..|.||.||.|||||||| ||| |||||||||||.||||||.||||.||.||||||||||
Sbjct  193  CAGACACAGTACAGCACAGGCATTCAGCAGGC-ACCACCCTATACAGCGTACCCAACTCCGGCGCAAGCCTATG  265

Query  284  GAATCCC-------------------------------------------------------TTC---------  293
            |||||||                                                       |||         
Sbjct  266  GAATCCCCCCTTACAGCATCAAGACAGAAGACAGTTTGAATCACTCCCCCAGCCAGAGCGGGTTCCTGAGCTAT  339

Query  294  --------CTTCAGCACCTCACCCACTGGACAGAGCCCATACACCTACCAGATGCACGGCACAACAGGGTTCTA  359
                    ||||||||||.|.||..|||||||||||||.||||||||||...|||||.||||..|.|||.||||
Sbjct  340  GGACCGAGCTTCAGCACCGCGCCTGCTGGACAGAGCCCCTACACCTACCCCGTGCACAGCACCGCTGGGCTCTA  413

Query  360  TCAAGGAGGAAATGGACTGGGCAACGCAGCCGGTTTCGGGAGTGTGCACCAGGACTATCCTTCCTACCCCGGCT  433
            ||||||.|..||.||||||..||||.|.||.||.||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||||||.|||
Sbjct  414  TCAAGGCGCCAACGGACTGACCAACACCGCTGGATTTGGGAGCGTGCACCAGGATTATCCGTCCTACCCCAGCT  487

Query  434  TCCCCCAGAGCCAGTACCCCCAGTATTACGGCTCATCCTACAACCCTCCCTACGTCCCGGCCAGCAGCATCTGC  507
            |..|.||||.|||||||||||||||||.|.||.||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||.|||||
Sbjct  488  TTTCACAGAACCAGTACCCCCAGTATTTCAGCCCATCATACAACCCGCCCTACGTCCCTGCCAGCAGCCTCTGC  561

Query  508  CCTTCGCCCCTCTCCACGTCCACCTACGTCCTCCAGGAGGCATCTCACAACGTCCCCAACCAGAGTTCCGAGTC  581
            .|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||.|||||||.|||||||||.|||||
Sbjct  562  TCCTCGCCCCTCTCCACGTCCACCTACGTCCTCCAGGAGGCTCCTCACAATGTCCCCAGCCAGAGTTCTGAGTC  635

Query  582  ACTTGCTGGTGAATACAACACACACAATGGACCTTCCACACCAGCGAAAGAGGGAGACACAGACAGGCCGCACC  655
            .||.||.||.||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.||.|
Sbjct  636  CCTGGCCGGAGACTACAACACACACAACGGACCCTCCACACCAGCAAAGGAGGGTGACACAGAGAGGCCACATC  709

Query  656  GGGCCTCCGACGGGAAGCTCCGAGGCCGGTCTAAGAGGAGCAGTGACCCGTCCCCGGCAGGGGACAATGAGATT  729
            |.|||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||.|..||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.
Sbjct  710  GAGCCTCGGATGGGAAGCTACGGGGCCGGTCAAAGAGAAATAGTGACCCTTCCCCAGCAGGAGACAATGAAATC  783

Query  730  GAGCGTGTGTTCGTGTGGGACTTGGATGAGACAATAATTATTTTTCACTCCTTACTCACGGGGACATTTGCATC  803
            |||||.||||||||.||||||.||||.||||||||.|||||.||.||||||.|.|||||.|||||.||||||||
Sbjct  784  GAGCGCGTGTTCGTCTGGGACCTGGACGAGACAATCATTATCTTCCACTCCCTGCTCACAGGGACGTTTGCATC  857

Query  804  CAGATACGGGAAGGACACCACGACGTCCGTGCGCATTGGCCTTATGATGGAAGAGATGATCTTCAACCTTGCAG  877
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|
Sbjct  858  CAGATACGGGAAGGACACCACGACGTCTGTGCGCATTGGCCTGATGATGGAGGAGATGATCTTCAACCTTGCTG  931

Query  878  ATACACATCTGTTCTTCAATGACCTGGAGGATTGTGACCAGATCCACGTTGATGACGTCTCATCAGATGACAAT  951
            |.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||||||
Sbjct  932  ACACACACCTGTTCTTCAATGACCTGGAGGACTGTGACCAAATCCACGTGGATGATGTCTCATCCGATGACAAT  1005

Query  952  GGCCAAGATTTAAGCACATACAACTTCTCCGCTGACGGCTTCCACAGTTCGGCCCCAGCAGCCAACCTGTGCCT  1025
            ||.||.||||||||||||||||||||||||.||||.|||||||||||..||||.||||.|||||.|.|||||||
Sbjct 1006  GGTCAGGATTTAAGCACATACAACTTCTCCACTGATGGCTTCCACAGCACGGCGCCAGGAGCCAGCTTGTGCCT  1079

Query 1026  GGGCTCTGGCGTGCACGGCGGCGTGGACTGGATGAGGAAGCTGGCCTTCCGCTACCGGCGGGTGAAGGAGATGT  1099
            |||..|.||.||.||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct 1080  GGGTACAGGTGTTCATGGCGGTGTGGACTGGATGAGGAAACTGGCCTTCCGCTACCGTCGTGTGAAGGAGATGT  1153

Query 1100  ACAATACCTACAAGAACAACGTTGGTGGGTTGATAGGCACTCCCAAAAGGGAGACCTGGCTACAGCTCCGAGCT  1173
            ||||.||||||...||||||||.|||||.||||||||..||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||.
Sbjct 1154  ACAACACCTACCGCAACAACGTGGGTGGCTTGATAGGTGCTCCCAAAAGAGAGACCTGGCTGCAGCTGCGCGCC  1227

Query 1174  GAGCTGGAAGCTCTCACAGACCTCTGGCTGACCCACTCCCTGAAGGCACTAAACCTCATCAACTCCCGGCCCAA  1247
            ||||||||.||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||.||.|||||
Sbjct 1228  GAGCTGGAGGCCCTGACTGACCTCTGGCTCACCCACTCCCTGAAAGCCCTCAATCTCATCAACTCTCGACCCAA  1301

Query 1248  CTGTGTCAATGTGCTGGTCACCACCACTCAACTAATTCCTGCCCTGGCCAAAGTCCTGCTATATGGCCTGGGGT  1321
            |||||||||||||.|||||||||||||.|||||.||.|||||..|||||||.||||||||.||.||.|||||.|
Sbjct 1302  CTGTGTCAATGTGTTGGTCACCACCACGCAACTGATCCCTGCATTGGCCAAGGTCCTGCTGTACGGTCTGGGCT  1375

Query 1322  CTGTGTTTCCTATTGAGAACATCTACAGTGCAACCAAGACAGGGAAGGAGAGCTGCTTCGAGAGGATAATGCAG  1395
            |.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||
Sbjct 1376  CCGTGTTCCCCATCGAGAACATCTACAGTGCGACCAAGACAGGCAAGGAGAGCTGCTTCGAAAGAATCATGCAG  1449

Query 1396  AGATTCGGCAGAAAAGCTGTCTACGTGGTGATCGGTGATGGTGTGGAAGAGGAGCAAGGAGCGAAAAAGCACAA  1469
            ||.||.|||.|.||||||||||||.|.|||||.||.||.||.||.||.||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1450  AGGTTTGGCCGCAAAGCTGTCTACATTGTGATAGGCGACGGGGTAGAGGAAGAGCAAGGAGCCAAAAAGCACAA  1523

Query 1470  CATGCCTTTCTGGCGGATATCCTGCCACGCAGACCTGGAGGCACTGAGGCACGCCCTGGAGCTGGAGTATTTA  1542
            |||||||||||||.||||||||||.||.||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||.||
Sbjct 1524  CATGCCTTTCTGGAGGATATCCTGTCATGCTGACCTGGAGGCTCTAAGGCATGCCCTGGAACTGGAGTATCTA  1596