Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_10935
• Subject: NM_001098511.2
• Aligned Length: 2232
• Identities: 2037
• Gaps: 195

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCAACGGCCAACTTCGGCAAGATCCAGATCGGGATTTACGTGGAGATCAAGCGCAGCGATGGCCGAATACA  74

Query    1  -------ATGGTAACATCTTTAAATGAAGATAATGAAAGTGTAACTGTTGAATGGATAGAAAATGGAGATACAA  67
                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCAAGCAATGGTAACATCTTTAAATGAAGATAATGAAAGTGTAACTGTTGAATGGATAGAAAATGGAGATACAA  148

Query   68  AAGGCAAAGAGATTGACCTGGAGAGCATCTTTTCACTTAACCCTGACCTTGTTCCTGATGAAGAAATTGAACCC  141
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AAGGCAAAGAGATTGACCTGGAGAGCATCTTTTCACTTAACCCTGACCTTGTTCCTGATGAAGAAATTGAACCC  222

Query  142  AGTCCAGAAACACCTCCACCTCCAGCATCCTCAGCCAAAGTAAACAAAATTGTAAAGAATCGACGGACTGTAGC  215
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGTCCAGAAACACCTCCACCTCCAGCATCCTCAGCCAAAGTAAACAAAATTGTAAAGAATCGACGGACTGTAGC  296

Query  216  TTCTATTAAGAATGACCCTCCTTCAAGAGATAATAGAGTGGTTGGTTCAGCACGTGCACGGCCCAGTCAATTTC  289
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTCTATTAAGAATGACCCTCCTTCAAGAGATAATAGAGTGGTTGGTTCAGCACGTGCACGGCCCAGTCAATTTC  370

Query  290  CTGAACAGTCTTCCTCTGCACAACAGAATGGTAGTGTTTCAGATATATCTCCAGTTCAAGCTGCAAAAAAGGAA  363
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTGAACAGTCTTCCTCTGCACAACAGAATGGTAGTGTTTCAGATATATCTCCAGTTCAAGCTGCAAAAAAGGAA  444

Query  364  TTTGGACCCCCTTCACGTAGAAAATCTAATTGTGTGAAAGAAGTAGAAAAACTGCAAGAAAAACGAGAGAAAAG  437
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTTGGACCCCCTTCACGTAGAAAATCTAATTGTGTGAAAGAAGTAGAAAAACTGCAAGAAAAACGAGAGAAAAG  518

Query  438  GAGATTGCAACAGCAAGAACTTAGAGAAAAAAGAGCCCAGGACGTTGATGCTACAAACCCAAATTATGAAATTA  511
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAGATTGCAACAGCAAGAACTTAGAGAAAAAAGAGCCCAGGACGTTGATGCTACAAACCCAAATTATGAAATTA  592

Query  512  TGTGTATGATCAGAGACTTTAGAGGAAGTTTGGATTATAGACCATTAACAACAGCAGATCCTATTGATGAACAT  585
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGTGTATGATCAGAGACTTTAGAGGAAGTTTGGATTATAGACCATTAACAACAGCAGATCCTATTGATGAACAT  666

Query  586  AGGATATGTGTGTGTGTAAGAAAACGACCACTCAATAAAAAAGAAACTCAAATGAAAGATCTTGATGTAATCAC  659
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGGATATGTGTGTGTGTAAGAAAACGACCACTCAATAAAAAAGAAACTCAAATGAAAGATCTTGATGTAATCAC  740

Query  660  AATTCCTAGTAAAGATGTTGTGATGGTACATGAACCAAAACAAAAAGTAGATTTAACAAGGTACCTAGAAAACC  733
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AATTCCTAGTAAAGATGTTGTGATGGTACATGAACCAAAACAAAAAGTAGATTTAACAAGGTACCTAGAAAACC  814

Query  734  AAACATTTCGTTTTGATTATGCCTTTGATGACTCAGCTCCTAATGAAATGGTTTACAGGTTTACTGCTAGACCA  807
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAACATTTCGTTTTGATTATGCCTTTGATGACTCAGCTCCTAATGAAATGGTTTACAGGTTTACTGCTAGACCA  888

Query  808  CTAGTGGAAACTATATTTGAAAGGGGAATGGCTACATGCTTTGCTTATGGGCAGACTGGAAGTGGAAAAACTCA  881
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTAGTGGAAACTATATTTGAAAGGGGAATGGCTACATGCTTTGCTTATGGGCAGACTGGAAGTGGAAAAACTCA  962

Query  882  TACTATGGGTGGTGACTTTTCAGGAAAGAACCAAGATTGTTCTAAAGGAATTTATGCATTAGCAGCTCGAGATG  955
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TACTATGGGTGGTGACTTTTCAGGAAAGAACCAAGATTGTTCTAAAGGAATTTATGCATTAGCAGCTCGAGATG  1036

Query  956  TCTTTTTAATGCTAAAGAAGCCAAACTATAAGAAGCTAGAACTTCAAGTATATGCAACCTTCTTTGAAATTTAT  1029
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TCTTTTTAATGCTAAAGAAGCCAAACTATAAGAAGCTAGAACTTCAAGTATATGCAACCTTCTTTGAAATTTAT  1110

Query 1030  AGTGGAAAGGTGTTTGACTTGCTAAACAGGAAAACAAAATTAAGAGTTCTAGAAGATGGAAAACAGCAGGTTCA  1103
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGTGGAAAGGTGTTTGACTTGCTAAACAGGAAAACAAAATTAAGAGTTCTAGAAGATGGAAAACAGCAGGTTCA  1184

Query 1104  AGTGGTGGGATTACAGGAACGGGAGGTCAAATGTGTTGAAGATGTACTGAAACTCATTGACATAGGCAACAGTT  1177
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AGTGGTGGGATTACAGGAACGGGAGGTCAAATGTGTTGAAGATGTACTGAAACTCATTGACATAGGCAACAGTT  1258

Query 1178  GCAGAACATCCGGTCAAACATCTGCAAATGCACATTCATCTCGGAGCCATGCAGTGTTTCAGATTATTCTTAGA  1251
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GCAGAACATCCGGTCAAACATCTGCAAATGCACATTCATCTCGGAGCCATGCAGTGTTTCAGATTATTCTTAGA  1332

Query 1252  AGGAAAGGAAAACTACATGGCAAATTTTCTCTCATTGATTTGGCTGGAAATGAAAGAGGAGCTGATACTTCCAG  1325
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AGGAAAGGAAAACTACATGGCAAATTTTCTCTCATTGATTTGGCTGGAAATGAAAGAGGAGCTGATACTTCCAG  1406

Query 1326  TGCGGACAGGCAAACTAGGCTTGAAGGTGCTGAAATTAATAAAAGCCTTTTAGCACTCAAGGAGTGCATCAGAG  1399
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGCGGACAGGCAAACTAGGCTTGAAGGTGCTGAAATTAATAAAAGCCTTTTAGCACTCAAGGAGTGCATCAGAG  1480

Query 1400  CCTTAGGTAGAAATAAACCTCATACTCCTTTCCGTGCAAGTAAACTCACTCAGGTGTTAAGAGATTCTTTCATA  1473
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CCTTAGGTAGAAATAAACCTCATACTCCTTTCCGTGCAAGTAAACTCACTCAGGTGTTAAGAGATTCTTTCATA  1554

Query 1474  GGTGAAAACTCTCGTACCTGCATGATTGCCACAATCTCTCCAGGAATGGCATCCTGTGAAAATACTCTTAATAC  1547
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GGTGAAAACTCTCGTACCTGCATGATTGCCACAATCTCTCCAGGAATGGCATCCTGTGAAAATACTCTTAATAC  1628

Query 1548  ATTAAGATATGCAAAT----------------------------------------------------------  1563
            ||||||||||||||||                                                          
Sbjct 1629  ATTAAGATATGCAAATAGAGTAAAGGAGTTTGGAATTAGTCCATCAGACATTCCCTTCTCACAGGGTAGTGGCA  1702

Query 1564  --------------------------------------------------------AGGGTCAAAGAATTGACT  1581
                                                                    ||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GTCGCCCTGATCTCTCTCCTTCTTATGAATATGACGACTTTTCTCCTTCAGTTACCAGGGTCAAAGAATTGACT  1776

Query 1582  GTAGATCCAACTGCTGCTGGTGATGTTCGTCCAATAATGCACCATCCACCAAACCAGATTGATGACTTAGAGAC  1655
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GTAGATCCAACTGCTGCTGGTGATGTTCGTCCAATAATGCACCATCCACCAAACCAGATTGATGACTTAGAGAC  1850

Query 1656  ACAGTGGGGTGTGGGGAGTTCCCCTCAGAGAGATGATCTAAAACTTCTTTGTGAACAAAATGAAGAAGAAGTCT  1729
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ACAGTGGGGTGTGGGGAGTTCCCCTCAGAGAGATGATCTAAAACTTCTTTGTGAACAAAATGAAGAAGAAGTCT  1924

Query 1730  CTCCACAGTTGTTTACTTTCCACGAAGCTGTTTCACAAATGGTAGAAATGGAAGAACAAGTTGTAGAAGATCAC  1803
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CTCCACAGTTGTTTACTTTCCACGAAGCTGTTTCACAAATGGTAGAAATGGAAGAACAAGTTGTAGAAGATCAC  1998

Query 1804  AGGGCAGTGTTCCAGGAATCTATTCGGTGGTTAGAAGATGAAAAGGCCCTCTTAGAGATGACTGAAGAAGTAGA  1877
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AGGGCAGTGTTCCAGGAATCTATTCGGTGGTTAGAAGATGAAAAGGCCCTCTTAGAGATGACTGAAGAAGTAGA  2072

Query 1878  TTATGATGTCGATTCATATGCTACACAACTTGAAGCTATTCTTGAGCAAAAAATAGACATTTTAACTGAACTGC  1951
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TTATGATGTCGATTCATATGCTACACAACTTGAAGCTATTCTTGAGCAAAAAATAGACATTTTAACTGAACTGC  2146

Query 1952  GGGATAAAGTGAAATCTTTCCGTGCAGCTCTACAAGAGGAGGAACAAGCCAGCAAGCAAATCAACCCGAAGAGA  2025
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  GGGATAAAGTGAAATCTTTCCGTGCAGCTCTACAAGAGGAGGAACAAGCCAGCAAGCAAATCAACCCGAAGAGA  2220

Query 2026  CCCCGTGCCCTT  2037
            ||||||||||||
Sbjct 2221  CCCCGTGCCCTT  2232