Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_10962
• Subject: NM_001365208.1
• Aligned Length: 1491
• Identities: 1250
• Gaps: 237

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGGGCGGAAGAAAATACAAATCACACGCATAATGGATGAAAGGAACCGACAGGTCACTTTTACAAAGAGAAA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GTTTGGATTAATGAAGAAAGCCTATGAACTTAGTGTGCTCTGTGACTGTGAAATAGCACTCATCATTTTCAACA  148

Query    1  ---------------------------------------------------------------------ATG--  3
                                                                                 |||  
Sbjct  149  GCTCTAACAAACTGTTTCAATATGCTAGCACTGATATGGACAAAGTTCTTCTCAAGTATACAGAATATAATGAA  222

Query    4  ---GATGAAAG--GAACCGAC-------------AGACTTTAAGAAAGAAAGGCCTTAATGGTTGTGAGAGCCC  59
               .|||||||  |||||.||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCTCATGAAAGCAGAACCAACTCGGATATTGTTGAGACTTTAAGAAAGAAAGGCCTTAATGGTTGTGAGAGCCC  296

Query   60  TGATGCTGACGATTACTTTGAGCACAGTCCACTCTCGGAGGACAGATTCAGCAAACTAAATGAAGATAGTGATT  133
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGATGCTGACGATTACTTTGAGCACAGTCCACTCTCGGAGGACAGATTCAGCAAACTAAATGAAGATAGTGATT  370

Query  134  TTATTTTCAAACGAGGCCCTCCTGGTCTGCCACCTCAGAACTTTTCAATGTCTGTCACAGTTCCAGTGACCAGC  207
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TTATTTTCAAACGAGGCCCTCCTGGTCTGCCACCTCAGAACTTTTCAATGTCTGTCACAGTTCCAGTGACCAGC  444

Query  208  CCCAATGCTTTGTCCTACACTAACCCAGGGAGTTCACTGGTGTCCCCATCTTTGGCAGCCAGCTCAACGTTAAC  281
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CCCAATGCTTTGTCCTACACTAACCCAGGGAGTTCACTGGTGTCCCCATCTTTGGCAGCCAGCTCAACGTTAAC  518

Query  282  AGATTCAAGCATGCTCTCTCCACCTCAAACCACATTACATAGAAATGTGTCTCCTGGAGCTCCTCAGAGACCAC  355
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGATTCAAGCATGCTCTCTCCACCTCAAACCACATTACATAGAAATGTGTCTCCTGGAGCTCCTCAGAGACCAC  592

Query  356  CAAGTACTGGCAATGCAGGTGGGATGTTGAGCACTACAGACCTCACAGTGCCAAATGGAGCTGGAAGCAGTCCA  429
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CAAGTACTGGCAATGCAGGTGGGATGTTGAGCACTACAGACCTCACAGTGCCAAATGGAGCTGGAAGCAGTCCA  666

Query  430  GTGGGGAATGGATTTGTAAACTCAAGAGCTTCTCCAAATTTGATTGGAGCTACTGGTGCAAATAGCTTAGGCAA  503
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GTGGGGAATGGATTTGTAAACTCAAGAGCTTCTCCAAATTTGATTGGAGCTACTGGTGCAAATAGCTTAGGCAA  740

Query  504  AGTCATGCCTACAAAGTCTCCCCCTCCACCAGGTGGTGGTAATCTTGGAATGAACAGTAGGAAACCAGATCTTC  577
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGTCATGCCTACAAAGTCTCCCCCTCCACCAGGTGGTGGTAATCTTGGAATGAACAGTAGGAAACCAGATCTTC  814

Query  578  GAGTTGTCATCCCCCCTTCAAGCAAGGGCATGATGCCTCCACTAAACACCCAAAGGATCAGTAGTTCTCAAGCC  651
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GAGTTGTCATCCCCCCTTCAAGCAAGGGCATGATGCCTCCACTAAATACCCAGAGGATCAGTAGTTCTCAAGCC  888

Query  652  ACTCAACCTCTTGCTACCCCAGTCGTGTCTGTGACAACCCCAAGCTTGCCTCCGCAAGGACTTGTGTACTCAGC  725
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ACTCAACCTCTTGCTACCCCAGTCGTGTCTGTGACAACCCCAAGCTTGCCTCCGCAAGGACTTGTGTACTCAGC  962

Query  726  AATGCCGACTGCCTACAACACTGATTATTCACTGACCAGCGCTGACCTGTCAGCCCTTCAAGGCTTCAACTCGC  799
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AATGCCGACTGCCTACAACACTGATTATTCACTGACCAGCGCTGACCTGTCAGCCCTTCAAGGCTTCAACTCGC  1036

Query  800  CAGGAATGCTGTCGCTGGGACAGGTGTCGGCCTGGCAGCAGCACCACCTAGGACAAGCAGCCCTCAGCTCTCTT  873
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CAGGAATGCTGTCGCTGGGACAGGTGTCGGCCTGGCAGCAGCACCACCTAGGACAAGCAGCCCTCAGCTCTCTT  1110

Query  874  GTTGCTGGAGGGCAGTTATCTCAGGGTTCCAATTTATCCATTAATACCAACCAAAACATCAGCATCAAGTCCGA  947
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTTGCTGGAGGGCAGTTATCTCAGGGTTCCAATTTATCCATTAATACCAACCAAAACATCAGCATCAAGTCCGA  1184

Query  948  ACCGATTTCACCTCCTCGGGATCGTATGACCCCATCGGGCTTCCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC  1021
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ACCGATTTCACCTCCTCGGGATCGTATGACCCCATCGGGCTTCCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC  1258

Query 1022  AGCCGCCGCCACCACCGCAGCCCCAGCCACAACCCCCGCAGCCCCAGCCCCGACAGGAAATGGGGCGCTCCCCT  1095
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AGCCGCCGCCACCACCGCAGCCCCAGCCACAACCCCCGCAGCCCCAGCCCCGACAGGAAATGGGGCGCTCCCCT  1332

Query 1096  GTGGACAGTCTGAGCAGCTCTAGTAGCTCCTATGATGGCAGTGATCGGGAGGATCCACGGGGCGACTTCCATTC  1169
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GTGGACAGTCTGAGCAGCTCTAGTAGCTCCTATGATGGCAGTGATCGGGAGGATCCACGGGGCGACTTCCATTC  1406

Query 1170  TCCAATTGTGCTTGGCCGACCCCCAAACACTGAGGACAGAGAAAGCCCTTCTGTAAAGCGAATGAGGATGGACG  1243
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TCCAATTGTGCTTGGCCGACCCCCAAACACTGAGGACAGAGAAAGCCCTTCTGTAAAGCGAATGAGGATGGACG  1480

Query 1244  CGTGGGTGACC  1254
            |||||||||||
Sbjct 1481  CGTGGGTGACC  1491