Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11046
• Subject: NM_001365849.1
• Aligned Length: 2242
• Identities: 2199
• Gaps: 32

Alignment

Query    1  ATGA--ACAA-----------TCCGTCAGAAACCAGTAAACCATCTATGGAGAGTGGAGATGGCAACACAGGCA  61
            ||||  ||||           |..||.|..|.|||.|  .|||..||            |||  ||.|   |||
Sbjct    1  ATGAAGACAAGGATGAAGATCTTTGTGATGATCCACT--TCCACTTA------------ATG--AATA---GCA  55

Query   62  CACAAACCAATGGTCTGGACTTTCAGAAGCAGCCTGTGCCTGTAGGAGGAGCAATCTCAACAGCCCAGGCGCAG  135
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   56  CACAAACCAATGGTCTGGACTTTCAGAAGCAGCCTGTGCCTGTAGGAGGAGCAATCTCAACAGCCCAGGCGCAG  129

Query  136  GCTTTCCTTGGACATCTCCATCAGGTCCAACTCGCTGGAACAAGTTTACAGGCTGCTGCTCAGTCTTTAAATGT  209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  130  GCTTTCCTTGGACATCTCCATCAGGTCCAACTCGCTGGAACAAGTTTACAGGCTGCTGCTCAGTCTTTAAATGT  203

Query  210  ACAGTCTAAATCTAATGAAGAATCGGGGGATTCGCAGCAGCCAAGCCAGCCTTCCCAGCAGCCTTCAGTGCAGG  283
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  204  ACAGTCTAAATCTAATGAAGAATCGGGGGATTCGCAGCAGCCAAGCCAGCCTTCCCAGCAGCCTTCAGTGCAGG  277

Query  284  CAGCCATTCCCCAGACCCAGCTTATGCTAGCTGGAGGACAGATAACTGGGCTTACTTTGACGCCTGCCCAGCAA  357
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  278  CAGCCATTCCCCAGACCCAGCTTATGCTAGCTGGAGGACAGATAACTGGGCTTACTTTGACGCCTGCCCAGCAA  351

Query  358  CAGTTACTACTCCAGCAGGCACAGGCACAGGCACAGCTGCTGGCTGCTGCAGTGCAGCAGCACTCCGCCAGCCA  431
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  352  CAGTTACTACTCCAGCAGGCACAGGCACAGGCACAGCTGCTGGCTGCTGCAGTGCAGCAGCACTCCGCCAGCCA  425

Query  432  GCAGCACAGTGCTGCTGGAGCCACCATCTCCGCCTCTGCTGCCACGCCCATGACGCAGATCCCCCTGTCTCAGC  505
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  426  GCAGCACAGTGCTGCTGGAGCCACCATCTCCGCCTCTGCTGCCACGCCCATGACGCAGATCCCCCTGTCTCAGC  499

Query  506  CCATACAGATCGCACAGGATCTTCAACAACTGCAACAGCTTCAACAGCAGAATCTCAACCTGCAACAGTTTGTG  579
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  500  CCATACAGATCGCACAGGATCTTCAACAACTGCAACAGCTTCAACAGCAGAATCTCAACCTGCAACAGTTTGTG  573

Query  580  TTGGTGCATCCAACCACCAATTTGCAGCCAGCGCAGTTTATCATCTCACAGACGCCCCAGGGCCAGCAGGGTCT  653
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  574  TTGGTGCATCCAACCACCAATTTGCAGCCAGCGCAGTTTATCATCTCACAGACGCCCCAGGGCCAGCAGGGTCT  647

Query  654  CCTGCAAGCGCAAAATCTTCTAACGCAACTACCTCAGCAAAGCCAAGCCAACCTCCTACAGTCGCAGCCAAGCA  727
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  648  CCTGCAAGCGCAAAATCTTCTAACGCAACTACCTCAGCAAAGCCAAGCCAACCTCCTACAGTCGCAGCCAAGCA  721

Query  728  TCACCCTCACCTCCCAGCCAGCAACCCCAACACGCACAATAGCAGCAACCCCAATTCAGACACTTCCACAGAGC  801
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  722  TCACCCTCACCTCCCAGCCAGCAACCCCAACACGCACAATAGCAGCAACCCCAATTCAGACACTTCCACAGAGC  795

Query  802  CAGTCAACACCAAAGCGAATTGATACTCCCAGCTTGGAGGAGCCCAGTGACCTTGAGGAGCTTGAGCAGTTTGC  875
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  796  CAGTCAACACCAAAGCGAATTGATACTCCCAGCTTGGAGGAGCCCAGTGACCTTGAGGAGCTTGAGCAGTTTGC  869

Query  876  CAAGACCTTCAAACAAAGACGAATCAAACTTGGATTCACTCAGGGTGATGTTGGGCTCGCTATGGGGAAACTAT  949
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  870  CAAGACCTTCAAACAAAGACGAATCAAACTTGGATTCACTCAGGGTGATGTTGGGCTCGCTATGGGGAAACTAT  943

Query  950  ATGGAAATGACTTCAGCCAAACTACCATCTCTCGATTTGAAGCCTTGAACCTCAGCTTTAAGAACATGTGCAAG  1023
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  944  ATGGAAATGACTTCAGCCAAACTACCATCTCTCGATTTGAAGCCTTGAACCTCAGCTTTAAGAACATGTGCAAG  1017

Query 1024  TTGAAGCCACTTTTAGAGAAGTGGCTAAATGATGCAGAGAACCTCTCATCTGATTCGTCCCTCTCCAGCCCAAG  1097
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018  TTGAAGCCACTTTTAGAGAAGTGGCTAAATGATGCAGAGAACCTCTCATCTGATTCGTCCCTCTCCAGCCCAAG  1091

Query 1098  TGCCCTGAATTCTCCAGGAATTGAGGGCTTGAGCCGTAGGAGGAAGAAACGCACCAGCATAGAGACCAACATCC  1171
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092  TGCCCTGAATTCTCCAGGAATTGAGGGCTTGAGCCGTAGGAGGAAGAAACGCACCAGCATAGAGACCAACATCC  1165

Query 1172  GTGTGGCCTTAGAGAAGAGTTTCTTGGAGAATCAAAAGCCTACCTCGGAAGAGATCACTATGATTGCTGATCAG  1245
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166  GTGTGGCCTTAGAGAAGAGTTTCTTGGAGAATCAAAAGCCTACCTCGGAAGAGATCACTATGATTGCTGATCAG  1239

Query 1246  CTCAATATGGAAAAAGAGGTGATTCGTGTTTGGTTCTGTAACCGCCGCCAGAAAGAAAAAAGAATCAACCCACC  1319
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240  CTCAATATGGAAAAAGAGGTGATTCGTGTTTGGTTCTGTAACCGCCGCCAGAAAGAAAAAAGAATCAACCCACC  1313

Query 1320  AAGCAGTGGTGGGACCAGCAGCTCACCTATTAAAGCAATTTTCCCCAGCCCAACTTCACTGGTGGCGACCACAC  1393
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314  AAGCAGTGGTGGGACCAGCAGCTCACCTATTAAAGCAATTTTCCCCAGCCCAACTTCACTGGTGGCGACCACAC  1387

Query 1394  CAAGCCTTGTGACTAGCAGTGCAGCAACTACCCTCACAGTCAGCCCTGTCCTCCCTCTGACCAGTGCTGCTGTG  1467
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388  CAAGCCTTGTGACTAGCAGTGCAGCAACTACCCTCACAGTCAGCCCTGTCCTCCCTCTGACCAGTGCTGCTGTG  1461

Query 1468  ACGAATCTTTCAGTTACAGGCACTTCAGACACCACCTCCAACAACACAGCAACCGTGATTTCCACAGCGCCTCC  1541
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462  ACGAATCTTTCAGTTACAGGCACTTCAGACACCACCTCCAACAACACAGCAACCGTGATTTCCACAGCGCCTCC  1535

Query 1542  AGCTTCCTCAGCAGTCACGTCCCCCTCTCTGAGTCCCTCCCCTTCTGCCTCAGCCTCCACCTCCGAGGCATCCA  1615
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536  AGCTTCCTCAGCAGTCACGTCCCCCTCTCTGAGTCCCTCCCCTTCTGCCTCAGCCTCCACCTCCGAGGCATCCA  1609

Query 1616  GTGCCAGTGAGACCAGCACAACACAGACCACCTCCACTCCTTTGTCCTCCCCTCTTGGGACCAGCCAGGTGATG  1689
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610  GTGCCAGTGAGACCAGCACAACACAGACCACCTCCACTCCTTTGTCCTCCCCTCTTGGGACCAGCCAGGTGATG  1683

Query 1690  GTGACAGCATCAGGTTTGCAAACAGCAGCAGCTGCTGCCCTTCAAGGAGCTGCACAGTTGCCAGCAAATGCCAG  1763
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684  GTGACAGCATCAGGTTTGCAAACAGCAGCAGCTGCTGCCCTTCAAGGAGCTGCACAGTTGCCAGCAAATGCCAG  1757

Query 1764  TCTTGCTGCCATGGCAGCTGCTGCAGGACTAAACCCAAGCCTGATGGCACCCTCACAGTTTGCGGCTGGAGGTG  1837
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758  TCTTGCTGCCATGGCAGCTGCTGCAGGACTAAACCCAAGCCTGATGGCACCCTCACAGTTTGCGGCTGGAGGTG  1831

Query 1838  CCTTACTCAGTCTGAATCCAGGGACCCTGAGCGGTGCTCTCAGCCCAGCTCTAATGAGCAACAGTACACTGGCA  1911
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832  CCTTACTCAGTCTGAATCCAGGGACCCTGAGCGGTGCTCTCAGCCCAGCTCTAATGAGCAACAGTACACTGGCA  1905

Query 1912  ACTATTCAAGCTCTTGCTTCTGGTGGCTCTCTTCCAATAACATCACTTGATGCAACTGGGAACCTGGTATTTGC  1985
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906  ACTATTCAAGCTCTTGCTTCTGGTGGCTCTCTTCCAATAACATCACTTGATGCAACTGGGAACCTGGTATTTGC  1979

Query 1986  CAATGCGGGAGGAGCCCCCAACATCGTGACTGCCCCTCTGTTCCTGAACCCTCAGAACCTCTCTCTGCTCACCA  2059
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980  CAATGCGGGAGGAGCCCCCAACATCGTGACTGCCCCTCTGTTCCTGAACCCTCAGAACCTCTCTCTGCTCACCA  2053

Query 2060  GCAACCCTGTTAGCTTGGTCTCTGCCGCCGCAGCATCTGCAGGGAACTCTGCACCTGTAGCCAGCCTTCACGCC  2133
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2054  GCAACCCTGTTAGCTTGGTCTCTGCCGCCGCAGCATCTGCAGGGAACTCTGCACCTGTAGCCAGCCTTCACGCC  2127

Query 2134  ACCTCCACCTCTGCTGAGTCCATCCAGAACTCTCTCTTCACAGTGGCCTCTGCCAGCGGGGCTGCGTCCACCAC  2207
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2128  ACCTCCACCTCTGCTGAGTCCATCCAGAACTCTCTCTTCACAGTGGCCTCTGCCAGCGGGGCTGCGTCCACCAC  2201

Query 2208  CACCACCGCCTCCAAGGCACAG  2229
            ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202  CACCACCGCCTCCAAGGCACAG  2223