Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11207
• Subject: XR_001780034.1
• Aligned Length: 1915
• Identities: 1329
• Gaps: 463

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  TGCTCTACACCGTCTGCCTCCCACCCGGCTCTCTGGTCCCGGCGGTAAGATGGCGGCTACCGCGGAGTGCGATG  74

Query    1  -----ATGGCGGCGACCGAGCCGGAGCTGCTCGACGACCAAGAGGCGAAGAGGGAAGCAGAGACTTTCAAGGAA  69
                 |||||||||||||||||.||.|||||.||.|||.||||.||.||||||||||||||..|.|||||||||
Sbjct   75  TGGTAATGGCGGCGACCGAGCCTGAACTGCTGGAGGACGAAGACGCCAAGAGGGAAGCAGAATCCTTCAAGGAA  148

Query   70  CAAGGAAATGCATACTATGCCAAGAAAGATTACAATGAAGCTTATAATTATTATACAAAAGCCATAGATATGTG  143
            |||||.||||||||.|||||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAAGGGAATGCATATTATGCTAAGAAGGACTACAACGAAGCTTATAACTATTACACAAAAGCCATAGATATGTG  222

Query  144  TCCTAAAAATGCTAGCTATTATGGTAATCGAGCAGCCACCTTGATGATGCTTGGAAGGTTCCGGGAAGCTCTTG  217
            ||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||..||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCCTAACAATGCCAGCTATTACGGTAATCGAGCGGCCACACTGATGATGCTTGGACGGTTCCGGGAAGCTCTTG  296

Query  218  GAGATGCACAACAGTCAGTGAGGTTGGATGACAGTTTTGTCCGGGGACATCTACGAGAGGGCAAGTGCCACCTC  291
            |||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct  297  GAGATGCGCAGCAGTCTGTGAGGTTGGATGACAGTTTTGTCCGGGGACACCTCCGAGAAGGCAAGTGCCACCTC  370

Query  292  TCTCTGGGGAATGCCATGGCAGCATGTCGCAGCTTCCAGAGAGCCCTAGAACTGGATCATAAAAATGCTCAGGC  365
            ||.||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  371  TCACTTGGGAATGCAATGGCGGCATGTCGTAGTTTCCAAAGAGCCCTAGAACTGGATCATAAAAATGCCCAGGC  444

Query  366  ACAACAAGAGTTCAAGAATGCTAATGCAGTCATGGAATATGAGAAAATAGCAGAAACAGATTTTGAGAAGCGAG  439
            |||.||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||...||||||||.|||||||
Sbjct  445  ACAGCAGGAGTTCAAGAACGCCAATGCCGTCATGGAGTATGAGAAAATAGCAGAAGTGGATTTTGAAAAGCGAG  518

Query  440  ATTTTCGGAAGGTTGTTTTCTGCATGGACCGTGCCCTAGAATTTGCCCCTGCCTGCCATCGCTTCAAAATCCTC  513
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct  519  ATTTCCGGAAGGTTGTTTTCTGCATGGACCGTGCCCTAGAATTTGCCCCTGCCTGCCATCGATTCAAAATTCTC  592

Query  514  AAGGCAGAATGTTTAGCAATGCTGGGTCGTTATCCAGAAGCACAGTCTGTGGCTAGTGACATTCTACGAATGGA  587
            ||.||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||.||||||.|||||||||.||||||||||
Sbjct  593  AAAGCAGAATGTTTAGCAATGCTTGGTCGATACCCAGAAGCACAGTTTGTGGCCAGTGACATTTTACGAATGGA  666

Query  588  TTCCACCAATGCAGATGCTCTGTATGTACGAGGTCTTTGCCTTTATTACGAAGATTGTATTGAGAAGGCAGTTC  661
            ||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  667  TTCCACCAATGCTGATGCTCTGTATGTCCGGGGTCTTTGCCTTTATTACGAAGATTGTATTGAGAAGGCAGTGC  740

Query  662  AGTTTTTCGTACAGGCTCTCAGGATGGCTCCTGACCACGAGAAGGCCTGCATTGCCTGCAGAAATGCCAAAGCA  735
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||..|.||.||.||||||||||||||.
Sbjct  741  AGTTTTTTGTACAGGCTCTCAGGATGGCTCCTGACCACGAGAAGGCTTGTGTCGCTTGTAGAAATGCCAAAGCC  814

Query  736  CTCAAAGCAAAGAAAGAAGATGGGAATAAAGCATTTAAGGAAGGAAATTACAAACTAGCATATGAACTGTACAC  809
            ||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTTAAAGCCAAGAAGGAAGATGGGAATAAAGCCTTTAAGGAAGGAAATTACAAGCTAGCATATGAACTGTACAC  888

Query  810  AGAAGCCCTGGGGATAGACCCCAACAATATAAAAACAAATGCTAAACTCTACTGTAATCGGGGTACGGTTAATT  883
            |||||||.||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGAAGCCTTGGGGATAGATCCCAACAACATAAAAACAAATGCTAAACTCTACTGTAATCGGGGTACGGTTAATT  962

Query  884  CCAAGCTTAGGAAACTAGATGATGCAATAGAAGACTGCACAAATGCAGTGAAGCTTGATGACACTTACATAAAA  957
            |||||||||||.||||.||.|||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||
Sbjct  963  CCAAGCTTAGGCAACTGGAAGATGCCATAGAAGACTGTACAAATGCGGTGAAGCTCGATGACACTTACATCAAA  1036

Query  958  GCCTACTTGAGAAGAGCTCAGT----------------------------------------------------  979
            ||||||.|||||||||||||||                                                    
Sbjct 1037  GCCTACCTGAGAAGAGCTCAGTGGTGGGATTGTTCCAGTCCTAGACTATCTTTATAGACCTCCAGCGGAGGAGA  1110

Query  980  ------------------------------------------------GTTACATGGACACAGAACAGTATGAA  1005
                                                            ||||||||||||||||.||||.||||
Sbjct 1111  TTGCACACGCTCCCTCAGTCTCCCATGCCTGTGTCTAACGCCCCTCACGTTACATGGACACAGAGCAGTTTGAA  1184

Query 1006  GAAGCAGTACGAGACTATGAAAAAGTATACCAGACAGAGAAAACAAAAGAACACAAACAGCTCCTAAAAAATGC  1079
            |||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1185  GAAGCCGTGCGGGACTATGAAAAAGTGTATCAGACGGAGAAAACAAAAGAACACAAACAGCTCCTTAAGAATGC  1258

Query 1080  GCAGCTGGAACTGAAGAAGAGTAAGAGGAAAGATTACTACAAGATTCTAGGAGTGGACAAGAATGCCTCTGAGG  1153
            .||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ACAGCTGGAACTGAAGAAGAGCAAGAGGAAAGATTACTACAAGATCCTGGGAGTGGACAAGAATGCCTCTGAGG  1332

Query 1154  ACGAGATCAAGAAAGCTTATCGGAAACGGGCCTTGATGCACCATCCAGATCGGCATAGTGGAGCCAGTGCTGAG  1227
            |||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.
Sbjct 1333  ACGAGATCAAGAAAGCTTACCGGAAACGGGCCTTGATGCACCATCCAGATCGGCACAGTGGGGCCAGTGCCGAA  1406

Query 1228  GTTCAGAAGGAGGAGGAGAAGAAGTTCAAGGAAGTTGGAGAGGCCTTTACTATCCTCTCTGATCCCAAGAAAAA  1301
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GTTCAGAAGGAGGAGGAGAAGAAGTTTAAGGAAGTGGGAGAGGCCTTTACCATCCTCTCTGATCCCAAGAAAAA  1480

Query 1302  GACTCGCTATGACAGTGGACAGGACCTAGATGAGGAGGGCATGAATATGGGTGATTTTGATCCAAACAATATCT  1375
            ||||||.||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||.||||
Sbjct 1481  GACTCGTTATGACAGTGGACAGGACTTGGATGAGGAGGGCATGAATATGGGCGATTTTGATGCAAACAACATCT  1554

Query 1376  TCAAGGCATTCTTTGGCGGTCCTGGCGGCTTCAGCTTTGAAGCATCTGGTCCAGGGAATTTCTTTTTTCAATTT  1449
            |||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||..|||||.|||
Sbjct 1555  TCAAGGCATTCTTCGGTGGTCCTGGGGGCTTCAGCTTTGAAGCATCTGGCCCAGGGAATTTCTACTTTCAGTTT  1628

Query 1450  GGC-----------------------------------------------------------------------  1452
            |||                                                                       
Sbjct 1629  GGCTAATGAAGGCCAACTACTTAAAACCCAGAAAATGCAGACTTGCTTGGTTTAACCATGAGTGTGGACAGTTC  1702

Query 1453  --------------------------------------------------------------------------  1452
                                                                                      
Sbjct 1703  ACTTCCTCCATCATGTCCCTGTGTACTTAGAGCAGTTTCGTTTTCTCAGTCGGGTGCCCTGTGTCTGTATGAGG  1776

Query 1453  --------------------------------------------------------------------------  1452
                                                                                      
Sbjct 1777  GGTGAAGGAAAGGGGGCCAGTGCTGAGGACTAGGGAGGGAGGGAAGCCAGGGGTAGACAGGGAAGCAGGCAGCT  1850

Query 1453  -----------------------------------------------------------------  1452
                                                                             
Sbjct 1851  TGTGAATTTTTGTTGTATTGTTTAACTTTATTAAAAAAGAAAAAGAATAAAATGTTTTGACCGTT  1915