Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_11249
- Subject:
- NR_161418.1
- Aligned Length:
- 2456
- Identities:
- 1605
- Gaps:
- 821
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 GTCTTACTGCTACAGCAGGGCTGGGGATTGCAGTATCCGCTGTTGCTGCTGCTCCCAGTCCTGCCCCTGCTGCT 74
Query 1 --------------------ATGGCTGAAGCGGCCACG--GGCTTTC----------TGG---------AGCAG 33
||..|.||||.|| |||| |||.||| ||| |||||
Sbjct 75 ACCTAGTCCAGCCTCACCGCATCCCAGAAGAGG-CACGTCGGCCTTCATTTGCCTAGTGGATTTTCAAAAGCAG 147
Query 34 CTC-------------------AAG---TCCTGCAT-------------------------AGTTTG------- 53
||| ||| .|.||||| ||.|.|
Sbjct 148 CTCTTCGGTTTTTGGTGCTGTTAAGAGACCTTGCATTTCAATCACACCGGGAGAAAACTGAAGCTCGTAACAGG 221
Query 54 ---GTCT------TGGACGTATCTGTGGAC-----CGTGTGGTTCTTCAT----CGTGCTAT---TCCTGGTC- 105
.||| |||||..|.|| ||||| .||.||| |||||| |.||||.| .||.|.||
Sbjct 222 AGAATCTGGCAGCTGGACACAGCT-TGGACTGCATTGTCTGG--CTTCATGACCCCTGCTGTGTAGCCGGCTCA 292
Query 106 ------------------TACA---TCCTGCGGGTGCC----------------------------------TT 124
|||| |||| ||..|..| ||
Sbjct 293 TCTCTTCACTCTCACATGTACACTCTCCT-CGCTTTTCTTTCTTTTTTTTTTCCCTTTTCTTTCTTCTAATTTT 365
Query 125 TGAAAATCAAC-------GACAAC-----TTGAGCA---------CAGTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACA 177
|.||||.||.| |.||.| ||| ||| ||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 TAAAAAGCAGCCTCTGGAGCCAGCCATGTTTG-GCACTGAATCTTCATTGAGCATGTTTTTGAACACATTAACA 438
Query 178 CCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCAGGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTA 251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 439 CCGAAGTTCTACGTGGCCCTAACAGGCACTTCCTCACTAATATCAGGGCTTATTTTGATATTTGAATGGTGGTA 512
Query 252 TTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAGCCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTG 325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 513 TTTTCGCAAATACGGAACTTCATTCATTGAACAAGTCTCAGTAAGCCACTTGCGCCCCCTTCTGGGAGGGGTTG 586
Query 326 ACAACAACTCTTCCAACA---------------------ACTCAGATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGC 378
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 ACAACAACTCTTCCAACAATTCTAATTCCAGTAACGGGGACTCAGATTCCAATAGGCAAAGTGTCTCAGAATGC 660
Query 379 AAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATACAATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGA 452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAAGTATGGCGAAATCCACTAAATTTATTTAGGGGTGCTGAATACAATCGGTATACTTGGGTGACAGGACGAGA 734
Query 453 GCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCAGACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATC 526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 GCCTCTTACTTACTATGACATGAATCTCTCTGCCCAAGACCACCAGACATTCTTTACTTGTGACTCGGACCATC 808
Query 527 TGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAAACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCAT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 809 TGCGTCCCGCAGATGCAATAATGCAGAAAGCCTGGAGAGAGAGAAACCCCCAAGCTAGGATTTCTGCAGCTCAT 882
Query 601 GAAGCCTTGGAGATAAATG------------------------------------------------------- 619
|||||||||||||||||||
Sbjct 883 GAAGCCTTGGAGATAAATGAAATTAGGTCCAGAGTTGAAGTTCCCCTAATTGCTTCCTCTACCATCTGGGAGAT 956
Query 620 --------------AGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGAAGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAG 679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 AAAATTGTTACCAAAGTGTGCAACTGCTTATATTCTCTTGGCTGAAGAGGAAGCAACAACCATTGCTGAAGCAG 1030
Query 680 AAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACCGACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGA 753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 AAAAATTATTTAAGCAGGCCCTGAAGGCTGGAGATGGCTGTTACCGACGCTCTCAGCAGCTACAACATCATGGA 1104
Query 754 TCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTGTACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGC 827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 TCCCAGTATGAAGCCCAACATAGACGAGACACCAATGTCTTGGTGTACATCAAAAGAAGGCTAGCAATGTGTGC 1178
Query 828 CAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGATTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTA 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 CAGAAGACTCGGGAGGACCAGGGAAGCAGTGAAAATGATGAGAGATTTAATGAAGGAGTTCCCCCTTCTGAGTA 1252
Query 902 TGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTACAAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTA 975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 TGTTCAATATCCATGAAAACCTTTTAGAAGCCCTTCTGGAACTACAAGCATATGCTGATGTTCAGGCAGTCTTA 1326
Query 976 GCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGCTACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGC 1049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 GCAAAGTATGATGATATAAGCTTACCAAAGTCAGCAACAATATGCTACACAGCTGCTTTGCTCAAAGCAAGAGC 1400
Query 1050 TGTCTCTGACAA-------------------------------------------------------------- 1061
||||||||||||
Sbjct 1401 TGTCTCTGACAAATCGCCAGTACCTACTGCAACATCTTTTCTCCCTACACAGCGACTCCAGCTTGGGAGGGCAG 1474
Query 1062 -------------------------------------------------------------------------- 1061
Sbjct 1475 GGCCAGGGTTGTCACAGCTTCCCCTGTGGTGTCTGCCTGCCAAGCACAGCTCTGGAGTTAGCCCTGGGTGTGAG 1548
Query 1062 ATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCTGAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAG 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 ATTCTCTCCTGAGGCTGCATCTCGGCGGGGGCTGAGCACAGCAGAGATGAATGCAGTAGAGGCCATTCATAGAG 1622
Query 1136 CTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACCTACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATC 1209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 CTGTGGAATTCAATCCTCATGTGCCAAAATACCTACTAGAAATGAAAAGCTTAATCCTACCCCCAGAACATATC 1696
Query 1210 CTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATATGCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGC 1283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697 CTGAAGAGAGGAGACAGTGAAGCAATAGCATATGCATTCTTTCATCTTGCACACTGGAAGAGAGTGGAAGGGGC 1770
Query 1284 TTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCACTTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTAT 1357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771 TTTGAATCTTTTGCATTGTACGTGGGAAGGCACTTTTCGGATGATCCCTTATCCCTTGGAAAAGGGGCACCTAT 1844
Query 1358 TTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAGACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTAC 1431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 TTTATCCTTACCCAATCTGTACAGAAACAGCAGACCGAGAGCTGCTTCCATCTTTCCATGAAGTCTCAGTTTAC 1918
Query 1432 CCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTTACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCT 1505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 CCAAAGAAGGAGCTTCCCTTCTTTATTCTCTTTACTGCTGGATTATGTTCCTTCACAGCCATGCTGGCCCTCCT 1992
Query 1506 GACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTTCGCAAAAGCTTTCCTCAGCACTTTGTTTGCCCCCTTAAACT 1579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1993 GACACATCAGTTCCCGGAACTTATGGGGGTCTTCGCAAAAGCTTTCCTCAGCACTTTGTTTGCCCCCTTAAACT 2066
Query 1580 TTGTCATGGAGAAAGTGGAGAGCATCCTCCCATCCAGTCTGTGGCACCAGCTAACACGGATC------------ 1641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2067 TTGTCATGGAGAAAGTGGAGAGCATCCTCCCATCCAGTCTGTGGCACCAGCTAACACGGATCTGAGAGAAGCCC 2140
Query 1642 -------------------------------------------------------------------------- 1641
Sbjct 2141 TGTCCTCCACTCACCTCACCCGCCGCTGCCACCATCTCCTCTGTGCCAACTCCTTGTGGACCGCAAGAAAGCAT 2214
Query 1642 -------------------------------------------------------------------------- 1641
Sbjct 2215 GACTTTGAAAAAGGGAAGCCATTCCGAGATTTTAAAATGTTCATGGACTATTCCATATTAAAAGCTGTTTTTGT 2288
Query 1642 -------------------------------------------------------------------------- 1641
Sbjct 2289 TGTACAAAATTCACTGATGTTCAGTTCTATTTTATTTTGCCTTCAGAAAAGAAGAAAGTCAAAAATAAAACTTT 2362
Query 1642 -------------------------------------------------------------------------- 1641
Sbjct 2363 TGTGTATTACAGCAATCATTTGTATCCTCCTGTGTCTTCCAACCCTAAAATTGTTGATGTCCCAAATAAACCTT 2436
Query 1642 -------------- 1641
Sbjct 2437 TGGATTTACCTTGA 2450