Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11428
• Subject: NM_001357772.1
• Aligned Length: 2610
• Identities: 1588
• Gaps: 855

Alignment

Query    1  ATGTCGGGACGAACGCTCACGGATCGGATCGCCGCCGCTCAGTACAGCGTTACAGGCTCTGCTGTAGCAAGAGC  74
            ||||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCGGGCCAAACGCTCACGGATCGGATCGCCGCCGCTCAGTACAGCGTGACTGGCTCTGCTGTAGCAAGAGC  74

Query   75  GGTCTGCAAAGCCACTACTCATGAAGTAATGGGCCCCAAGAAAAAGCACCTGGACTATTTGATCCAGGCTACCA  148
            .||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGTCTGCAAAGCCACCACTCATGAGGTGATGGGCCCCAAGAAGAAGCACCTGGACTATTTGATCCAGGCTACCA  148

Query  149  ACGAGACCAATGTTAATATTCCTCAGATGGCCGACACTCTCTTTGAGCGGGCAACAAACAGTAGCTGGGTGGTT  222
            |.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct  149  ATGAGACCAATGTCAATATCCCTCAGATGGCCGACACCCTCTTTGAGCGGGCGACAAACAGTAGCTGGGTGGTG  222

Query  223  GTGTTTAAGGCTTTAGTGACAACACATCATCTCATGGTGCATGGAAATGAGAGATTTATTCAATATTTGGCTTC  296
            ||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct  223  GTATTTAAAGCTTTAGTGACCACACACCATCTCATGGTGCATGGAAATGAGAGATTTATTCAGTATTTGGCCTC  296

Query  297  TAGAAATACACTATTCAATCTCAGCAATTTTTTGGACAAAAGTGGATCCCATGGTTATGATATGTCTACCTTCA  370
            |||.|||||.|||||||||||||||||.|||.|.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct  297  TAGGAATACGCTATTCAATCTCAGCAACTTTCTAGATAAAAGTGGATCCCACGGTTATGATATGTCTACGTTCA  370

Query  371  TAAGGCGCTATAGTAGATATTTGAATGAAAAGGCTTTTTCTTACAGACAGATGGCCTTTGATTTTGCCAGGGTG  444
            ||.||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||
Sbjct  371  TACGGCGTTACAGTAGATACTTGAATGAAAAGGCTTTCTCCTACAGACAGATGGCATTTGACTTTGCCAGAGTG  444

Query  445  AAGAAAGGGGCCGATGGTGTAATGAGGACAATGGCTCCCGAAAAGCTGCTAAAGAGTATGCCAATACTACAGGG  518
            |||||||||||.||.|||||.||||||||.||||.|||.||||||||.||.||||||||||||||.||.|||||
Sbjct  445  AAGAAAGGGGCTGACGGTGTCATGAGGACGATGGTTCCTGAAAAGCTCCTGAAGAGTATGCCAATCCTGCAGGG  518

Query  519  ACAAATTGATGCACTGCTTGAATTTGATGTGCATCCAAATGAACTAACAAATGGTGTCATAAATGCAGCATTTA  592
            .||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  519  GCAGATCGATGCACTGCTGGAGTTTGATGTGCATCCAAATGAACTAACCAATGGTGTCATAAATGCTGCATTTA  592

Query  593  TGCTTCTTTTCAAAGATCTTATCAAACTTTTTGCTTGCTACAATGATGGTGTTATTAACTTACTCGAAAAGTTT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||.|||
Sbjct  593  TGCTTCTTTTCAAAGATCTTATCAAACTGTTTGCTTGCTACAATGACGGCGTCATTAACTTACTTGAAAAATTT  666

Query  667  TTTGAAATGAAGAAAGGACAATGTAAAGATGCTCTAGAAATTTACAAACGATTTCTAACTAGAATGACACGAGT  740
            ||.||.|||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||..|.||
Sbjct  667  TTCGAGATGAAGAAAGGTCAATGCAAAGACGCGCTAGAAATTTACAAGCGATTTCTAACTAGAATGACGAGGGT  740

Query  741  GTCTGAATTTCTCAAGGTTG------------------------------------------CAGAGGCTCCCA  772
            |||||||||.||||||||.|                                          ||.|||||||||
Sbjct  741  GTCTGAATTCCTCAAGGTCGCCGAGCAAGTTGGTATTGATAAAGGTGACATTCCCGACCTCACACAGGCTCCCA  814

Query  773  GCAGTCTTATGGAGACGCTTGAACAGCATCTAAATACATTAGAAGGAAAGAAACCTGGAAACAA------ATCT  840
            ||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||..|||||||||||||||||||||||||      ||||
Sbjct  815  GCAGTCTTATGGAGACCCTTGAACAACATCTAAATACCCTAGAAGGAAAGAAACCTGGAAACAATGAAGGATCT  888

Query  841  GGTGCTCCCTCTCCATTAAGTAAGTCTTCTCCAGCCACAACTGTTACGTCTCCTAATTCTACACCAGCTAAAAC  914
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GGTGCTCCCTCTCCACTAAGTAAGTCTTCTCCAGCCACAACTGTTACATCTCCTAATTCTACACCAGCTAAAAC  962

Query  915  TATTGACACATCCCCACCGGTTGATTTATTTGCAACTGCATCTGCGGCTGTCCCAGTCAGCACTTCTAAACCAT  988
            |||.|||||||||||.||.|||||..||||||||||.|||||.|||||||.||||||||||.||.||||.||||
Sbjct  963  TATCGACACATCCCCGCCAGTTGACATATTTGCAACAGCATCCGCGGCTGCCCCAGTCAGCTCTGCTAAGCCAT  1036

Query  989  CTAGTGATCTCCTGGACCTCCAGCCAGACTTTTCCTCTGGA---------GGGGCAGCAGCA------------  1041
            |.||.||||||||.||.||.|||||.|||||   |||||||         ||||||||||||            
Sbjct 1037  CAAGCGATCTCCTTGATCTTCAGCCCGACTT---CTCTGGAGCAGCTGCGGGGGCAGCAGCACCTGTAGTGCCT  1107

Query 1042  ---------------------------------------------------GCCGCA-----------------  1047
                                                               ||.|||                 
Sbjct 1108  CCTTCTGGGGGTGCGACCGCCTGGGGAGACCTTTTGGGAGAGGATTCCTTGGCTGCACTTTCCTCTGTTCCCTG  1181

Query 1048  -------------------------GCACCAG------------------------------------------  1054
                                     |||||||                                          
Sbjct 1182  TGAAGCACCGATTTCAGACCCATTTGCACCAGAGCCTTCCCCTCCTACTACAACCACTGAGCCTGCTTCAGCCT  1255

Query 1055  -------CACCACCAC----------------------------------------------------------  1063
                   .||||||||                                                          
Sbjct 1256  CTGCCTCGACCACCACAGCTGTGACGGCTGTCACTACGGAAGTGGATCTCTTTGGAGACCCTTTTGCCCCATCT  1329

Query 1064  -------------------CACCT--GCTGGA------------------------------------------  1074
                               |||||  ||||||                                          
Sbjct 1330  GAAGGTAGCGCAGAGGCTGCACCTGAGCTGGACCTCTTTGCAATGAAGCCACCTGAGACCAGCGCTCCTGTAGT  1403

Query 1075  -------------------------------------------------------------------GGAGCCA  1081
                                                                               |.|||||
Sbjct 1404  TACCCCTACAGCTAGCACAGCCCCTCCAGTTCCCGCAACTGCTCCTTCTCCTGCTCCCACGGCTGTGGCAGCCA  1477

Query 1082  CTGC----------------------------------------------------------------------  1085
            ||||                                                                      
Sbjct 1478  CTGCTGCCACCACCACCGCCGCCGCTGCAGCTACCACCACTGCCACCACCTCTGCTGCTGCTGCCACCACCGCC  1551

Query 1086  --------------------------------------------------------------------------  1085
                                                                                      
Sbjct 1552  GCTGCTCCTCCTGCTCTAGATATCTTTGGTGATTTGTTTGATTCTGCTCCTGAAGTTGCTGCAGCACCTAAGCC  1625

Query 1086  --------------------------------------------------------------------------  1085
                                                                                      
Sbjct 1626  AGACGCGGCTCCTAGCATAGACCTGTTTGGCACAGATGCTTTCTCCTCCCCGCCACGAGGGGCCTCTCCGGTGC  1699

Query 1086  --------------------------------------------------------------------------  1085
                                                                                      
Sbjct 1700  CTGAGAGTTCTCTCACTGCTGACCTCTTATCTGTGGACGCATTTGCAGCGCCGTCTCCTGCATCCACTGCCTCT  1773

Query 1086  -------------------------------------ATGGGGA------------------------------  1092
                                                 .||||||                              
Sbjct 1774  CCTGCAAAGGCGGAGTCCTCGGGTGTCATAGACCTTTTTGGGGATGCGTTTGGAAGTGGTGCTTCTGAAACCCA  1847

Query 1093  ----------------------------------------------------GGATTTGGGGGTTCTTTCATGG  1114
                                                                ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848  GCCAGCACCACAGGCTGTTTCTAGTTCATCAGCATCGGCAGATCTACTAGCTGGATTTGGGGGTTCTTTCATGG  1921

Query 1115  CGCCTTCCCCATCTCCAGTGACTCCAGCTCAGAATAACCTGCTACAGCCCAATTTTGAGGCAGCTTTTGGGACA  1188
            |.|||||..||.|.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|||.||||||||||||||.||.
Sbjct 1922  CCCCTTCTACAACGCCAGTGACTCCAGCTCAGAATAACCTGCTGCAACCCAGTTTCGAGGCAGCTTTTGGAACG  1995

Query 1189  ACGCCTTCAACTTCCAGCAGCAGCTCCTTTGATCCATCAGTGTTTGATGGTCTAGGTGATCTTTTGATGCCAAC  1262
            ||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||               |||.||||||.||||||||||
Sbjct 1996  ACGCCTTCGACTTCAAGCAGCAGCTCTTTTGACCCATC---------------AGGCGATCTTCTGATGCCAAC  2054

Query 1263  CATGGCACCAGCTGGGCAGCCTGCACCTGTCTCAATGGTACCACCCAGTCCTGCAATGGCAGCCAGCAAAGCCC  1336
            ||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2055  CATGGCACCATCCGGGCAGCCTGCCCCTGTCTCAATGGTCCCACCCAGTCCTGCAATGGCAGCCAGCAAAGGCC  2128

Query 1337  TTGGAAGTGATCTTGATTCATCTCTTGCCAGCTTAGTAGGCAATCTTGGAATTTCTGGTACCACAACAAAAAAG  1410
            |.||||||||.|||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2129  TCGGAAGTGACCTTGACTCGTCTCTGGCCAGTTTAGTAGGCAATCTTGGGATTTCTGGTACCACATCAAAAAAG  2202

Query 1411  GGAGATCTTCAGTGGAATGCTGGAGAGAAAAAGTTGACTGGTGGAGCCAACTGGCAGCCTAAAGTAGCTCCAGC  1484
            ||||||||.||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||.||.|||||..|||||||
Sbjct 2203  GGAGATCTCCAGTGGAATGCTGGGGAGAAAAAGCTGACTGGTGGAGCCAACTGGCAACCGAAAGTCACTCCAGC  2276

Query 1485  AACCTGGTCAGCAGGCGTTCCACCAAGTGCACCTTTGCAAGGAGCTGTACCTCCAACCAGTTCAGTTCCTCCTG  1558
            .||.||||||||.||.|||||.||            ||||||..||||.||.||||||||.|||||.|||||.|
Sbjct 2277  CACATGGTCAGCGGGTGTTCCCCC------------GCAAGGCACTGTTCCACCAACCAGCTCAGTCCCTCCGG  2338

Query 1559  TTGCCGGGGCCCCATCGGTTGGACAACCTGGAGCAGGATTTGGAATGCCTCCTGCTGGGACAGGCATGCCCATG  1632
            .||||||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|.||||||||||||.|||||
Sbjct 2339  GTGCCGGGGCCCCGTCCGTTGGGCAACCTGGAGCAGGATTTGGAATGCCTCCTTCAGGGACAGGCATGACCATG  2412

Query 1633  ATGCCTCAGCAGCCGGTCATGTTTGCACAGCCCATGATGAGGCCCCCCTTTGGAGCTGCCGCTGTACCTGGCAC  1706
            |||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||
Sbjct 2413  ATGTCTCAGCAGCCAGTCATGTTTGCACAGCCCATGATGAGGCCACCCTTTGGAGCTGCAGCTGTGCCCGGCAC  2486

Query 1707  GCAGCTTTCTCCAAGCCCTACACCTGCCAGTCAGAGTCCCAAGAAACCTCCAGCAAAGGACCCATTAGCGGATC  1780
            .||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 2487  ACAGCTTTCTCCAAGCCCTACACCTGCCACTCAGAGTCCCAAGAAACCTCCAGCCAAGGACCCGTTAGCGGATC  2560

Query 1781  TTAAC---------------  1785
            |||||               
Sbjct 2561  TTAACATCAAGGATTTCTTG  2580