Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_11459
- Subject:
- NM_001017392.5
- Aligned Length:
- 3297
- Identities:
- 2885
- Gaps:
- 384
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCAGCCAGACGAATTACACAGGAGACTTTTGATGCTGTATTACAAGAAAAAGCCAAACGATATCACATGGA 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 TGCCAGTGGTGAGGCTGTAAGCGAAACTCTTCAGTTTAAAGCTCAAGATCTCTTAAGGGCAGTCCCAAGATCCA 148
Query 1 --------ATGTATGATGACGTCCACAGCGATGGCAGATACTCCCTCAGTGGATCTGTAGCTCACTCTAGAGAT 66
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 GAGCAGAGATGTATGATGACGTCCACAGCGATGGCAGATACTCCCTCAGTGGATCTGTAGCTCACTCTAGAGAT 222
Query 67 GCCGGAAGAGAAGGCCTGAGAAGTGACGTATTTCCAGGGCCTTCCTTCAGATCAAGCAACCCTTCCATCAGTGA 140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 GCCGGAAGAGAAGGCCTGAGAAGTGACGTATTTCCAGGGCCTTCCTTCAGATCAAGCAACCCTTCCATCAGTGA 296
Query 141 TGACAGCTACTTTCGCAAAGAATGTGGCCGGGATCTGGAATTTTCTCACTCTGATTCTCGGGACCAGGTCATTG 214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TGACAGCTACTTTCGCAAAGAATGTGGCCGGGATCTGGAATTTTCTCACTCTGATTCTCGGGACCAGGTCATTG 370
Query 215 GCCACCGGAAATTGGGGCATTTCCGTTCTCAGGACTGGAAATTTGCGCTCCGTGGTTCTTGGGAACAAGACTTT 288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 GCCACCGGAAATTGGGGCATTTCCGTTCTCAGGACTGGAAATTTGCGCTCCGTGGTTCTTGGGAACAAGACTTT 444
Query 289 GGCCATCCAGTTTCTCAAGAGTCCTCTTGGTCACAGGAGTATAGTTTTGGTCCCTCTGCAGTTTTGGGGGACTT 362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 GGCCATCCAGTTTCTCAAGAGTCCTCTTGGTCACAGGAGTATAGTTTTGGTCCCTCTGCAGTTTTGGGGGACTT 518
Query 363 TGGATCTTCCAGGCTGATTGAGAAAGAGTGTTTGGAGAAGGAGAGTCGGGATTATGACGTGGACCATCCTGGGG 436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 TGGATCTTCCAGGCTGATTGAGAAAGAGTGTTTGGAGAAGGAGAGTCGGGATTATGACGTGGACCATCCTGGGG 592
Query 437 AGGCTGACTCTGTGCTTAGGGGCAGCAGTCAAGTCCAGGCCAGAGGTCGAGCTCTAAACATCGTTGACCAGGAA 510
|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 AGGCTGACTCTGTGCTTAGGGGCGGCAGTCAAGTCCAGGCCAGAGGTCGAGCTCTAAACATCGTTGACCAGGAA 666
Query 511 GGTTCCCTCCTAGGAAAGGGGGAGACTCAGGGCCTGCTCACAGCTAAGGGGGGTGTTGGGAAACTTGTCACATT 584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 GGTTCCCTCCTAGGAAAGGGGGAGACTCAGGGCCTGCTCACAGCTAAGGGGGGTGTTGGGAAACTTGTCACATT 740
Query 585 GAGAAATGTGAGCACAAAAAAAATACCCACCGTGAATCGTATTACTCCCAAAACTCAGGGCACTAACCAAATCC 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GAGAAATGTGAGCACAAAAAAAATACCCACCGTGAATCGTATTACTCCCAAAACTCAGGGCACTAACCAAATCC 814
Query 659 AGAAAAACACTCCAAGTCCTGATGTGACCCTGGGGACAAACCCAGGGACAGAAGATATCCAGTTCCCCATTCAG 732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 AGAAAAACACTCCAAGTCCTGATGTGACCCTGGGGACAAACCCAGGGACAGAAGATATCCAGTTCCCCATTCAG 888
Query 733 AAGATCCCTCTGGGGCTGGATCTGAAGAATCTTCGGCTCCCCAGAAGAAAGATGAGCTTTGACATCATAGATAA 806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 AAGATCCCTCTGGGGCTGGATCTGAAGAATCTTCGGCTCCCCAGAAGAAAGATGAGCTTTGACATCATAGATAA 962
Query 807 GTCTGATGTTTTTTCAAGATTTGGGATAGAAATAATCAAATGGGCAGGATTCCACACCATAAAAGATGATATTA 880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 GTCTGATGTTTTTTCAAGATTTGGGATAGAAATAATCAAATGGGCAGGATTCCACACCATAAAAGATGATATTA 1036
Query 881 AATTTTCCCAACTTTTCCAGACTCTCTTTGAACTTGAAACAGAAACCTGTGCTAAAATGCTTGCCTCATTCAAA 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 AATTTTCCCAACTTTTCCAGACTCTCTTTGAACTTGAAACAGAAACCTGTGCTAAAATGCTTGCCTCATTCAAA 1110
Query 955 TGTTCCTTAAAACCAGAGCACAGAGATTTTTGCTTTTTTACTATCAAATTTTTAAAGCACTCTGCTTTGAAAAC 1028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 TGTTCCTTAAAACCAGAGCACAGAGATTTTTGCTTTTTTACTATCAAATTTTTAAAGCACTCTGCTTTGAAAAC 1184
Query 1029 ACCCAGAGTTGATAATGAGTTTTTAAACATGCTTTTAGACAAAGGTGCTGTGAAGACCAAAAATTGCTTTTTTG 1102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 ACCCAGAGTTGATAATGAGTTTTTAAACATGCTTTTAGACAAAGGTGCTGTGAAGACCAAAAATTGCTTTTTTG 1258
Query 1103 AAATCATAAAGCCTTTTGACAAGTACATAATGAGACTTCAAGACCGGCTTCTGAAGAGTGTCACACCTTTGCTT 1176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AAATCATAAAGCCTTTTGACAAGTACATAATGAGACTTCAAGACCGGCTTCTGAAGAGTGTCACACCTTTGCTT 1332
Query 1177 ATGGCCTGCAATGCCTACGAGCTAAGTGTCAAGATGAAGACCCTCAGTAACCCCCTGGACTTGGCTCTTGCCCT 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 ATGGCCTGCAATGCCTACGAGCTAAGTGTCAAGATGAAGACCCTCAGTAACCCCCTGGACTTGGCTCTTGCCCT 1406
Query 1251 AGAAACCACCAACTCTCTCTGCCGGAAGTCTTTGGCCCTTTTGGGACAGACATTTTCCTTGGCCTCTTCTTTCC 1324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 AGAAACCACCAACTCTCTCTGCCGGAAGTCTTTGGCCCTTTTGGGACAGACATTTTCCTTGGCCTCTTCTTTCC 1480
Query 1325 GGCAGGAGAAAATCTTAGAAGCTGTCGGCCTGCAAGATATAGCTCCCTCACCTGCTGCGTTTCCAAACTTCGAA 1398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 GGCAGGAGAAAATCTTAGAAGCTGTCGGCCTGCAAGATATAGCTCCCTCACCTGCTGCGTTTCCAAACTTCGAA 1554
Query 1399 GACTCCACTTTGTTTGGGCGAGAGTACATAGACCACCTGAAGGCCTGGCTAGTCAGCAGCGGATGTCCCCTCCA 1472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GACTCCACTTTGTTTGGGCGAGAGTACATAGACCACCTGAAGGCCTGGCTAGTCAGCAGCGGATGTCCCCTCCA 1628
Query 1473 GGTTAAGAAAGCCGAACCAGAGCCGATGCGAGAGGAGGAGAAAATGATTCCTCCTACGAAACCTGAAATTCAGG 1546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 GGTTAAGAAAGCCGAACCAGAGCCGATGCGAGAGGAGGAGAAAATGATTCCTCCTACGAAACCTGAAATTCAGG 1702
Query 1547 CCAAGGCTCCAAGTAGTCTGAGTGATGCTGTCCCCCAGCGAGCAGATCACAGGGTAGTGGGCACCATCGACCAG 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CCAAGGCTCCAAGTAGTCTGAGTGATGCTGTCCCCCAGCGAGCAGATCACAGGGTAGTGGGCACCATCGACCAG 1776
Query 1621 CTTGTGAAACGTGTCATCGAAGGCAGCCTGTCTCCCAAAGAGAGAACTCTTCTCAAAGAGGACCCTGCTTACTG 1694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 CTTGTGAAACGTGTCATCGAAGGCAGCCTGTCTCCCAAAGAGAGAACTCTTCTCAAAGAGGACCCTGCTTACTG 1850
Query 1695 GTTTTTGTCTGATGAAAATAGTCTGGAGTATAAATATTACAAGCTGAAGTTGGCAGAAATGCAGCGGATGAGCG 1768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 GTTTTTGTCTGATGAAAATAGTCTGGAGTATAAATATTACAAGCTGAAGTTGGCAGAAATGCAGCGGATGAGCG 1924
Query 1769 AGAACTTGCGAGGAGCCGACCAGAAGCCGACCTCAGCAGACTGTGCAGTGAGGGCCATGCTGTACTCCCGGGCT 1842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 AGAACTTGCGAGGAGCCGACCAGAAGCCGACCTCAGCAGACTGTGCAGTGAGGGCCATGCTGTACTCCCGGGCT 1998
Query 1843 GTCCGCAACCTCAAGAAGAAACTCCTTCCGTGGCAGCGGCGGGGGCTCCTCCGTGCTCAAGGGCTCCGGGGCTG 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 GTCCGCAACCTCAAGAAGAAACTCCTTCCGTGGCAGCGGCGGGGGCTCCTCCGTGCTCAAGGGCTCCGGGGCTG 2072
Query 1917 GAAGGCGAGGAGAGCGACCACCGGGACCCAGACCCTCCTATCCTCAGGCACCAGGCTGAAACACCACGGCCGGC 1990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 GAAGGCGAGGAGAGCGACCACCGGGACCCAGACCCTCCTATCCTCAGGCACCAGGCTGAAACACCACGGCCGGC 2146
Query 1991 AGGCTCCAGGCCTCTCACAGGCAAAACCATCCCTGCCAGACAGAAATGATGCTGCCAAGGACTGCCCGCCAGAC 2064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 AGGCTCCAGGCCTCTCACAGGCAAAACCATCCCTGCCAGACAGAAATGATGCTGCCAAGGACTGCCCGCCAGAC 2220
Query 2065 CCAGTTGGACCTTCTCCTCAGGACCCCAGCTTAGAAGCCTCAGGCCCATCCCCCAAGCCAGCAGGAGTGGACAT 2138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 CCAGTTGGACCTTCTCCTCAGGACCCCAGCTTAGAAGCCTCAGGCCCATCCCCCAAGCCAGCAGGAGTGGACAT 2294
Query 2139 CTCTGAAGCACCTCAGACCTCTTCTCCCTGCCCATCTGCTGACATTGACATGAAGACAATGGAGACTGCAGAGA 2212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 CTCTGAAGCACCTCAGACCTCTTCTCCCTGCCCATCTGCTGACATTGACATGAAGACAATGGAGACTGCAGAGA 2368
Query 2213 AACTGGCTAGATTTGTTGCTCAGGTGGGACCAGAGATCGAACAATTCAGCATAGAAAACAGCACCGATAACCCT 2286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 AACTGGCTAGATTTGTTGCTCAGGTGGGACCAGAGATCGAACAATTCAGCATAGAAAACAGCACCGATAACCCT 2442
Query 2287 GACCTGTGGTTTCTACATGACCAAAATAGTTCTGCTTTCAAATTCTATCGAAAGAAAGTGTTTGAACTATGTCC 2360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 GACCTGTGGTTTCTACATGACCAAAATAGTTCTGCTTTCAAATTCTATCGAAAGAAAGTGTTTGAACTATGTCC 2516
Query 2361 ATCAATTTGTTTCACGTCATCTCCGCACAACCTTCACACTGGTGGTGGTGACACCACGGGTTCTCAGGAGAGCC 2434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 ATCAATTTGTTTCACGTCATCTCCGCACAACCTTCACACTGGTGGTGGTGACACCACGGGTTCTCAGGAGAGCC 2590
Query 2435 CCGTGGACCTCATGGAAGGGGAAGCAGAGTTTGAAGACGAGCCCCCTCCGCGGGAGGCTGAGCTGGAGAGCCCA 2508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 CCGTGGACCTCATGGAAGGGGAAGCAGAGTTTGAAGACGAGCCCCCTCCGCGGGAGGCTGAGCTGGAGAGCCCA 2664
Query 2509 G------------------------------------------------------------------------- 2509
|
Sbjct 2665 GAGGTGATGCCTGAGGAGGAGGACGAGGACGATGAGGATGGGGGAGAGGAGGCCCCCGCTCCTGGAGGGGCGGG 2738
Query 2510 -------------------------------------------------------------------------- 2509
Sbjct 2739 CAAGTCTGAGGGCAGCACCCCTGCCGACGGCCTTCCCGGCGAGGCTGCCGAGGACGACCTGGCTGGAGCACCTG 2812
Query 2510 ---------AGGCCTCCTCAGGTACCTGCTTCCCTCGGAAGAGGATCAGCAGCAAGTCATTGAAGGTTGGCATG 2574
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 CCTTGTCACAGGCCTCCTCAGGTACCTGCTTCCCTCGGAAGAGGATCAGCAGCAAGTCATTGAAGGTTGGCATG 2886
Query 2575 ATTCCAGCTCCCAAGAGAGTGTGTCTCATCCAGGAGCCAAAAGTCCATGAACCAGTTCGAATTGCCTATGACAG 2648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 ATTCCAGCTCCCAAGAGAGTGTGTCTCATCCAGGAGCCAAAAGTCCATGAACCAGTTCGAATTGCCTATGACAG 2960
Query 2649 GCCTCGGGGTCGTCCCATGTCCAAAAAGAAGAAACCCAAGGACTTGGACTTCGCCCAGCAGAAGCTGACCGATA 2722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 GCCTCGGGGTCGTCCCATGTCCAAAAAGAAGAAACCCAAGGACTTGGACTTCGCCCAGCAGAAGCTGACCGATA 3034
Query 2723 AGAACCTGGGCTTCCAGATGCTGCAGAAGATGGGCTGGAAGGAGGGCCATGGCCTGGGCTCCCTCGGAAAGGGC 2796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 AGAACCTGGGCTTCCAGATGCTGCAGAAGATGGGCTGGAAGGAGGGCCATGGCCTGGGCTCCCTCGGAAAGGGC 3108
Query 2797 ATCAGGGAGCCGGTCAGCGTGTACGCAGCAGG--CAGCCTGGGGTGGGAGTGGGTGGGGCCTCAGTCCTTCCAC 2868
||||||||||||||||||||| || |..|||.||..|||...||||.|||
Sbjct 3109 ATCAGGGAGCCGGTCAGCGTG---------GGAACCCCCTCGGAAGGGGAAGGGTTGGG--------------- 3158
Query 2869 CTGCAGCCTGCCGCTTGGCTCCTTCACAGCCAAGATGGCTTACAGCTGGCAGTTGATTTTTGTTTTTTAAACAG 2942
|| |||.|| |||.....|||| ||||.| ||| ||.|.||| .|.||...||||
Sbjct 3159 -TG----CTGACG---GGCAGGAGCACA---AAGAAG----ACA-----CATTCGAT-----GTGTTCCGACAG 3207
Query 2943 AAGGCAT-CTTCAGATG-------AGAAGC----------- 2964
| |.|| .|.|||||| |.||||
Sbjct 3208 A--GGATGATGCAGATGTACAGACACAAGCGGGCCAACAAA 3246