Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11459
• Subject: XR_001753576.2
• Aligned Length: 3887
• Identities: 2915
• Gaps: 949

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GTTGGTTCATTTGCATGTCCCCGCCTCGCGCGGCGGCGGCGGCGGGGCAAAATAACATGGCAGCCAGACGAATT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  ACACAGGAGACTTTTGATGCTGTATTACAAGAAAAAGCCAAACGATATCACATGGATGCCAGTGGTGAGGCTGT  148

Query    1  ----------------------------------------------------------------ATGTATGATG  10
                                                                            ||||||||||
Sbjct  149  AAGCGAAACTCTTCAGTTTAAAGCTCAAGATCTCTTAAGGGCAGTCCCAAGATCCAGAGCAGAGATGTATGATG  222

Query   11  ACGTCCACAGCGATGGCAGATACTCCCTCAGTGGATCTGTAGCTCACTCTAGAGATGCCGGAAGAGAAGGCCTG  84
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ACGTCCACAGCGATGGCAGATACTCCCTCAGTGGATCTGTAGCTCACTCTAGAGATGCCGGAAGAGAAGGCCTG  296

Query   85  AGAAGTGACGTATTTCCAGGGCCTTCCTTCAGATCAAGCAACCCTTCCATCAGTGATGACAGCTACTTTCGCAA  158
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGAAGTGACGTATTTCCAGGGCCTTCCTTCAGATCAAGCAACCCTTCCATCAGTGATGACAGCTACTTTCGCAA  370

Query  159  AGAATGTGGCCGGGATCTGGAATTTTCTCACTCTGATTCTCGGGACCAGGTCATTGGCCACCGGAAATTGGGGC  232
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGAATGTGGCCGGGATCTGGAATTTTCTCACTCTGATTCTCGGGACCAGGTCATTGGCCACCGGAAATTGGGGC  444

Query  233  ATTTCCGTTCTCAGGACTGGAAATTTGCGCTCCGTGGTTCTTGGGAACAAGACTTTGGCCATCCAGTTTCTCAA  306
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ATTTCCGTTCTCAGGACTGGAAATTTGCGCTCCGTGGTTCTTGGGAACAAGACTTTGGCCATCCAGTTTCTCAA  518

Query  307  GAGTCCTCTTGGTCACAGGAGTATAGTTTTGGTCCCTCTGCAGTTTTGGGGGACTTTGGATCTTCCAGGCTGAT  380
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAGTCCTCTTGGTCACAGGAGTATAGTTTTGGTCCCTCTGCAGTTTTGGGGGACTTTGGATCTTCCAGGCTGAT  592

Query  381  TGAGAAAGAGTGTTTGGAGAAGGAGAGTCGGGATTATGACGTGGACCATCCTGGGGAGGCTGACTCTGTGCTTA  454
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGAGAAAGAGTGTTTGGAGAAGGAGAGTCGGGATTATGACGTGGACCATCCTGGGGAGGCTGACTCTGTGCTTA  666

Query  455  GGGGCAGCAGTCAAGTCCAGGCCAGAGGTCGAGCTCTAAACATCGTTGACCAGGAAGGTTCCCTCCTAGGAAAG  528
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GGGGCGGCAGTCAAGTCCAGGCCAGAGGTCGAGCTCTAAACATCGTTGACCAGGAAGGTTCCCTCCTAGGAAAG  740

Query  529  GGGGAGACTCAGGGCCTGCTCACAGCTAAGGGGGGTGTTGGGAAACTTGTCACATTGAGAAATGTGAGCACAAA  602
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GGGGAGACTCAGGGCCTGCTCACAGCTAAGGGGGGTGTTGGGAAACTTGTCACATTGAGAAATGTGAGCACAAA  814

Query  603  AAAAATACCCACCGTGAATCGTATTACTCCCAAAACTCAGGGCACTAACCAAATCCAGAAAAACACTCCAAGTC  676
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAAAATACCCACCGTGAATCGTATTACTCCCAAAACTCAGGGCACTAACCAAATCCAGAAAAACACTCCAAGTC  888

Query  677  CTGATGTGACCCTGGGGACAAACCCAGGGACAGAAGATATCCAGTTCCCCATTCAGAAGATCCCTCTGGGGCTG  750
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTGATGTGACCCTGGGGACAAACCCAGGGACAGAAGATATCCAGTTCCCCATTCAGAAGATCCCTCTGGGGCTG  962

Query  751  GATCTGAAGAATCTTCGGCTCCCCAGAAGAAAGATGAGCTTTGACATCATAGATAAGTCTGATGTTTTTTCAAG  824
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GATCTGAAGAATCTTCGGCTCCCCAGAAGAAAGATGAGCTTTGACATCATAGATAAGTCTGATGTTTTTTCAAG  1036

Query  825  ATTTGGGATAGAAATAATCAAATGGGCAGGATTCCACACCATAAAAGATGATATTAAATTTTCCCAACTTTTCC  898
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATTTGGGATAGAAATAATCAAATGGGCAGGATTCCACACCATAAAAGATGATATTAAATTTTCCCAACTTTTCC  1110

Query  899  AGACTCTCTTTGAACTTGAAACAGAAACCTGTGCTAAAATGCTTGCCTCATTCAAATGTTCCTTAAAACCAGAG  972
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGACTCTCTTTGAACTTGAAACAGAAACCTGTGCTAAAATGCTTGCCTCATTCAAATGTTCCTTAAAACCAGAG  1184

Query  973  CACAGAGATTTTTGCTTTTTTACTATCAAATTTTTAAAGCACTCTGCTTTGAAAACACCCAGAGTTGATAATGA  1046
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CACAGAGATTTTTGCTTTTTTACTATCAAATTTTTAAAGCACTCTGCTTTGAAAACACCCAGAGTTGATAATGA  1258

Query 1047  GTTTTTAAACATGCTTTTAGACAAAGGTGCTGTGAAGACCAAAAATTGCTTTTTTGAAATCATAAAGCCTTTTG  1120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GTTTTTAAACATGCTTTTAGACAAAGGTGCTGTGAAGACCAAAAATTGCTTTTTTGAAATCATAAAGCCTTTTG  1332

Query 1121  ACAAGTACATAATGAGACTTCAAGACCGGCTTCTGAAGAGTGTCACACCTTTGCTTATGGCCTGCAATGCCTAC  1194
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ACAAGTACATAATGAGACTTCAAGACCGGCTTCTGAAGAGTGTCACACCTTTGCTTATGGCCTGCAATGCCTAC  1406

Query 1195  GAGCTAAGTGTCAAGATGAAGACCCTCAGTAACCCCCTGGACTTGGCTCTTGCCCTAGAAACCACCAACTCTCT  1268
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GAGCTAAGTGTCAAGATGAAGACCCTCAGTAACCCCCTGGACTTGGCTCTTGCCCTAGAAACCACCAACTCTCT  1480

Query 1269  CTGCCGGAAGTCTTTGGCCCTTTTGGGACAGACATTTTCCTTGGCCTCTTCTTTCCGGCAGGAGAAAATCTTAG  1342
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CTGCCGGAAGTCTTTGGCCCTTTTGGGACAGACATTTTCCTTGGCCTCTTCTTTCCGGCAGGAGAAAATCTTAG  1554

Query 1343  AAGCTGTCGGCCTGCAAGATATAGCTCCCTCACCTGCTGCGTTTCCAAACTTCGAAGACTCCACTTTGTTTGGG  1416
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAGCTGTCGGCCTGCAAGATATAGCTCCCTCACCTGCTGCGTTTCCAAACTTCGAAGACTCCACTTTGTTTGGG  1628

Query 1417  CGAGAGTACATAGACCACCTGAAGGCCTGGCTAGTCAGCAGCGGATGTCCCCTCCAGGTTAAGAAAGCCGAACC  1490
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CGAGAGTACATAGACCACCTGAAGGCCTGGCTAGTCAGCAGCGGATGTCCCCTCCAGGTTAAGAAAGCCGAACC  1702

Query 1491  AGAGCCGATGCGAGAGGAGGAGAAAATGATTCCTCCTACGAAACCTGAAATTCAGGCCAAGGCTCCAAGTAGTC  1564
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGAGCCGATGCGAGAGGAGGAGAAAATGATTCCTCCTACGAAACCTGAAATTCAGGCCAAGGCTCCAAGTAGTC  1776

Query 1565  TGAGTGATGCTGTCCCCCAGCGAGCAGATCACAGGGTAGTGGGCACCATCGACCAGCTTGTGAAACGTGTCATC  1638
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TGAGTGATGCTGTCCCCCAGCGAGCAGATCACAGGGTAGTGGGCACCATCGACCAGCTTGTGAAACGTGTCATC  1850

Query 1639  GAAGGCAGCCTGTCTCCCAAAGAGAGAACTCTTCTCAAAGAGGACCCTGCTTACTGGTTTTTGTCTGATGAAAA  1712
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GAAGGCAGCCTGTCTCCCAAAGAGAGAACTCTTCTCAAAGAGGACCCTGCTTACTGGTTTTTGTCTGATGAAAA  1924

Query 1713  TAGTCTGGAGTATAAATATTACAAGCTGAAGTTGGCAGAAATGCAGCGGATGAGCGAGAACTTGCGAGGAGCCG  1786
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TAGTCTGGAGTATAAATATTACAAGCTGAAGTTGGCAGAAATGCAGCGGATGAGCGAGAACTTGCGAGGAGCCG  1998

Query 1787  ACCAGAAGCCGACCTCAGCAGACTGTGCAGTGAGGGCCATGCTGTACTCCCGGGCTGTCCGCAACCTCAAGAAG  1860
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ACCAGAAGCCGACCTCAGCAGACTGTGCAGTGAGGGCCATGCTGTACTCCCGGGCTGTCCGCAACCTCAAGAAG  2072

Query 1861  AAACTCCTTCCGTGGCAGCGGCGGGGGCTCCTCCGTGCTCAAGGGCTCCGGGGCTGGAAGGCGAGGAGAGCGAC  1934
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AAACTCCTTCCGTGGCAGCGGCGGGGGCTCCTCCGTGCTCAAGGGCTCCGGGGCTGGAAGGCGAGGAGAGCGAC  2146

Query 1935  CACCGGGACCCAGACCCTCCTATCCTCAGGCACCAGGCTGAAACACCACGGCCGGCAGGCTCCAGGCCTCTCAC  2008
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CACCGGGACCCAGACCCTCCTATCCTCAGGCACCAGGCTGAAACACCACGGCCGGCAGGCTCCAGGCCTCTCAC  2220

Query 2009  AGGCAAAACCATCCCTGCCAGACAGAAATGATGCTGCCAAGGACTGCCCGCCAGACCCAGTTGGACCTTCTCCT  2082
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AGGCAAAACCATCCCTGCCAGACAGAAATGATGCTGCCAAGGACTGCCCGCCAGACCCAGTTGGACCTTCTCCT  2294

Query 2083  CAGGACCCCAGCTTAGAAGCCTCAGGCCCATCCCCCAAGCCAGCAGGAGTGGACATCTCTGAAGCACCTCAGAC  2156
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CAGGACCCCAGCTTAGAAGCCTCAGGCCCATCCCCCAAGCCAGCAGGAGTGGACATCTCTGAAGCACCTCAGAC  2368

Query 2157  CTCTTCTCCCTGCCCATCTGCTGACATTGACATGAAGACAATGGAGACTGCAGAGAAACTGGCTAGATTTGTTG  2230
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CTCTTCTCCCTGCCCATCTGCTGACATTGACATGAAGACAATGGAGACTGCAGAGAAACTGGCTAGATTTGTTG  2442

Query 2231  CTCAGGTGGGACCAGAGATCGAACAATTCAGCATAGAAAACAGCACCGATAACCCTGACCTGTGGTTTCTACAT  2304
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CTCAGGTGGGACCAGAGATCGAACAATTCAGCATAGAAAACAGCACCGATAACCCTGACCTGTGGTTTCTACAT  2516

Query 2305  GACCAAAATAGTTCTGCTTTCAAATTCTATCGAAAGAAAGTGTTTGAACTATGTCCATCAATTTGTTTCACGTC  2378
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GACCAAAATAGTTCTGCTTTCAAATTCTATCGAAAGAAAGTGTTTGAACTATGTCCATCAATTTGTTTCACGTC  2590

Query 2379  ATCTCCGCACAACCTTCACACTGGTGGTGGTGACACCACGGGTTCTCAGGAGAGCCCCGTGGACCTCATGGAAG  2452
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  ATCTCCGCACAACCTTCACACTGGTGGTGGTGACACCACGGGTTCTCAGGAGAGCCCCGTGGACCTCATGGAAG  2664

Query 2453  GGGAAGCAGAGTTTGAAGACGAGCCCCCTCCGCGGGAGGCTGAGCTGGAGAGCCCAG-----------------  2509
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
Sbjct 2665  GGGAAGCAGAGTTTGAAGACGAGCCCCCTCCGCGGGAGGCTGAGCTGGAGAGCCCAGAGGTGATGCCTGAGGAG  2738

Query 2510  --------------------------------------------------------------------------  2509
                                                                                      
Sbjct 2739  GAGGACGAGGACGATGAGGATGGGGGAGAGGAGGCCCCCGCTCCTGGAGGGGCGGGCAAGTCTGAGGGCAGCAC  2812

Query 2510  -----------------------------------------------------------------AGGCCTCCT  2518
                                                                             |||||||||
Sbjct 2813  CCCTGCCGACGGCCTTCCCGGCGAGGCTGCCGAGGACGACCTGGCTGGAGCACCTGCCTTGTCACAGGCCTCCT  2886

Query 2519  CAGGTACCTGCTTCCCTCGGAAGAGGATCAGCAGCAAGTCATTGAAGGTTGGCATGATTCCAGCTCCCAAGAGA  2592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  CAGGTACCTGCTTCCCTCGGAAGAGGATCAGCAGCAAGTCATTGAAGGTTGGCATGATTCCAGCTCCCAAGAGA  2960

Query 2593  GTGTGTCTCATCCAGGAGCCAAAAGTCCATGAACCAGTTCGAATTGCCTATGACAGGCCTCGGGGTCGTCCCAT  2666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  GTGTGTCTCATCCAGGAGCCAAAAGTCCATGAACCAGTTCGAATTGCCTATGACAGGCCTCGGGGTCGTCCCAT  3034

Query 2667  GTCCAAAAAGAAGAAACCCAAGGACTTGGACTTCGCCCAGCAGAAGCTGACCGATAAGAACCTGGGCTTCCAGA  2740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  GTCCAAAAAGAAGAAACCCAAGGACTTGGACTTCGCCCAGCAGAAGCTGACCGATAAGAACCTGGGCTTCCAGA  3108

Query 2741  TGCTGCAGAAGATGGGCTGGAAGGAGGGCCATGGCCTGGGCTCCCTCGGAAAGGGCATCAGGGAGCCGGTCAGC  2814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  TGCTGCAGAAGATGGGCTGGAAGGAGGGCCATGGCCTGGGCTCCCTCGGAAAGGGCATCAGGGAGCCGGTCAGC  3182

Query 2815  G-------------------------------------------------------------------------  2815
            |                                                                         
Sbjct 3183  GTGGGAACCCCCTCGGAAGGGGAAGGGTTGGGTGCTGACGGGCAGGAGCACAAAGAAGACACATTCGATGTGTT  3256

Query 2816  --------------------TGTAC-------------------------------------------------  2820
                                |||||                                                 
Sbjct 3257  CCGACAGAGGATGATGCAGATGTACAGACACAAGCGGGCCAACAAATAGATCAAAACCACTGATGTGAAAGATA  3330

Query 2821  ---------GCAGCA----------------------------GG--CAGCCTGG----GGTG----GGA----  2843
                     ||||||                            ||  |.||||||    .|||    .||    
Sbjct 3331  AGCCTTGAAGCAGCAATTGCCCTTAAAACATCATCCCTGCCCTGGATCGGCCTGGAGCCAGTGCCCAAGAATCT  3404

Query 2844  GTGG-GTGGGGCCTCAG---TCCTTCCACCTGCAGCCTGCCGCTTGGCTCCTTCACAGCCAAGATGGCTTACAG  2913
            |||| |||.||||.|.|   .||..||||||    ||||||     ||||||      |||||     ||..||
Sbjct 3405  GTGGCGTGTGGCCACTGACCGCCCCCCACCT----CCTGCC-----GCTCCT------CCAAG-----TTTGAG  3458

Query 2914  CTGGCAGTTGATT-TTTGTTTTTTAAACAG------AAGG---CATCTTC--------AGATGAGAAGC-----  2964
            |||  ||.||.|| |.||..|..|...|||      ||||   |||||.|        |||    ||||     
Sbjct 3459  CTG--AGATGGTTCTGTGAGTCCTTGGCAGGGGTCAAAGGGCACATCTCCTTGAACCTAGA----AAGCCCCCT  3526

Query 2965  --------------------------------------------------------------------------  2964
                                                                                      
Sbjct 3527  ACACTCTCAGAGGACACCTCTCCTGTGGATTCAGCGCTGGGGCAGTGAAGGTGTCGGGAGCCAGCAGAGCATGT  3600

Query 2965  --------------------------------------------------------------------------  2964
                                                                                      
Sbjct 3601  TCCAGGGTCACCCCCGAGAGGACAACAGGCATCTGGAAGTGCTCTCTCGCCACTCTGGGTGCTTTACTGTCTCT  3674

Query 2965  --------------------------------------------------------------------------  2964
                                                                                      
Sbjct 3675  GGCTTGTTTCCATCACTGGAAATCACTTAGAGAATTGTAGTGTTTTTGGTCCTTGATAAAGCCTAGAAGACATT  3748

Query 2965  --------------------------------------------------------------------------  2964
                                                                                      
Sbjct 3749  TGTGATGTTACAAAATGGAAGTTTTCTTTTGTTTCTGTTTTTTAAGATCTAAGAAGTTGTGAATGTTGTTAATC  3822

Query 2965  ---------------------------------------  2964
                                                   
Sbjct 3823  ATTTAGCCGTTGCAATAAATGTAGAGGAAATGCAGTGTG  3861