Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_11459
- Subject:
- XR_001753580.2
- Aligned Length:
- 3778
- Identities:
- 2929
- Gaps:
- 819
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 GTTGGTTCATTTGCATGTCCCCGCCTCGCGCGGCGGCGGCGGCGGGGCAAAATAACATGGCAGCCAGACGAATT 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 ACACAGGAGACTTTTGATGCTGTATTACAAGAAAAAGCCAAACGATATCACATGGATGCCAGTGGTGAGGCTGT 148
Query 1 ----------------------------------------------------------------ATGTATGATG 10
||||||||||
Sbjct 149 AAGCGAAACTCTTCAGTTTAAAGCTCAAGATCTCTTAAGGGCAGTCCCAAGATCCAGAGCAGAGATGTATGATG 222
Query 11 ACGTCCACAGCGATGGCAGATACTCCCTCAGTGGATCTGTAGCTCACTCTAGAGATGCCGGAAGAGAAGGCCTG 84
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 ACGTCCACAGCGATGGCAGATACTCCCTCAGTGGATCTGTAGCTCACTCTAGAGATGCCGGAAGAGAAGGCCTG 296
Query 85 AGAAGTGACGTATTTCCAGGGCCTTCCTTCAGATCAAGCAACCCTTCCATCAGTGATGACAGCTACTTTCGCAA 158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 AGAAGTGACGTATTTCCAGGGCCTTCCTTCAGATCAAGCAACCCTTCCATCAGTGATGACAGCTACTTTCGCAA 370
Query 159 AGAATGTGGCCGGGATCTGGAATTTTCTCACTCTGATTCTCGGGACCAGGTCATTGGCCACCGGAAATTGGGGC 232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 AGAATGTGGCCGGGATCTGGAATTTTCTCACTCTGATTCTCGGGACCAGGTCATTGGCCACCGGAAATTGGGGC 444
Query 233 ATTTCCGTTCTCAGGACTGGAAATTTGCGCTCCGTGGTTCTTGGGAACAAGACTTTGGCCATCCAGTTTCTCAA 306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 ATTTCCGTTCTCAGGACTGGAAATTTGCGCTCCGTGGTTCTTGGGAACAAGACTTTGGCCATCCAGTTTCTCAA 518
Query 307 GAGTCCTCTTGGTCACAGGAGTATAGTTTTGGTCCCTCTGCAGTTTTGGGGGACTTTGGATCTTCCAGGCTGAT 380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 GAGTCCTCTTGGTCACAGGAGTATAGTTTTGGTCCCTCTGCAGTTTTGGGGGACTTTGGATCTTCCAGGCTGAT 592
Query 381 TGAGAAAGAGTGTTTGGAGAAGGAGAGTCGGGATTATGACGTGGACCATCCTGGGGAGGCTGACTCTGTGCTTA 454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 TGAGAAAGAGTGTTTGGAGAAGGAGAGTCGGGATTATGACGTGGACCATCCTGGGGAGGCTGACTCTGTGCTTA 666
Query 455 GGGGCAGCAGTCAAGTCCAGGCCAGAGGTCGAGCTCTAAACATCGTTGACCAGGAAGGTTCCCTCCTAGGAAAG 528
|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 GGGGCGGCAGTCAAGTCCAGGCCAGAGGTCGAGCTCTAAACATCGTTGACCAGGAAGGTTCCCTCCTAGGAAAG 740
Query 529 GGGGAGACTCAGGGCCTGCTCACAGCTAAGGGGGGTGTTGGGAAACTTGTCACATTGAGAAATGTGAGCACAAA 602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GGGGAGACTCAGGGCCTGCTCACAGCTAAGGGGGGTGTTGGGAAACTTGTCACATTGAGAAATGTGAGCACAAA 814
Query 603 AAAAATACCCACCGTGAATCGTATTACTCCCAAAACTCAGGGCACTAACCAAATCCAGAAAAACACTCCAAGTC 676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 AAAAATACCCACCGTGAATCGTATTACTCCCAAAACTCAGGGCACTAACCAAATCCAGAAAAACACTCCAAGTC 888
Query 677 CTGATGTGACCCTGGGGACAAACCCAGGGACAGAAGATATCCAGTTCCCCATTCAGAAGATCCCTCTGGGGCTG 750
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 CTGATGTGACCCTGGGGACAAACCCAGGGACAGAAGATATCCAGTTCCCCATTCAGAAGATCCCTCTGGGGCTG 962
Query 751 GATCTGAAGAATCTTCGGCTCCCCAGAAGAAAGATGAGCTTTGACATCATAGATAAGTCTGATGTTTTTTCAAG 824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 GATCTGAAGAATCTTCGGCTCCCCAGAAGAAAGATGAGCTTTGACATCATAGATAAGTCTGATGTTTTTTCAAG 1036
Query 825 ATTTGGGATAGAAATAATCAAATGGGCAGGATTCCACACCATAAAAGATGATATTAAATTTTCCCAACTTTTCC 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 ATTTGGGATAGAAATAATCAAATGGGCAGGATTCCACACCATAAAAGATGATATTAAATTTTCCCAACTTTTCC 1110
Query 899 AGACTCTCTTTGAACTTGAAACAGAAACCTGTGCTAAAATGCTTGCCTCATTCAAATGTTCCTTAAAACCAGAG 972
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 AGACTCTCTTTGAACTTGAAACAGAAACCTGTGCTAAAATGCTTGCCTCATTCAAATGTTCCTTAAAACCAGAG 1184
Query 973 CACAGAGATTTTTGCTTTTTTACTATCAAATTTTTAAAGCACTCTGCTTTGAAAACACCCAGAGTTGATAATGA 1046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 CACAGAGATTTTTGCTTTTTTACTATCAAATTTTTAAAGCACTCTGCTTTGAAAACACCCAGAGTTGATAATGA 1258
Query 1047 GTTTTTAAACATGCTTTTAGACAAAGGTGCTGTGAAGACCAAAAATTGCTTTTTTGAAATCATAAAGCCTTTTG 1120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GTTTTTAAACATGCTTTTAGACAAAGGTGCTGTGAAGACCAAAAATTGCTTTTTTGAAATCATAAAGCCTTTTG 1332
Query 1121 ACAAGTACATAATGAGACTTCAAGACCGGCTTCTGAAGAGTGTCACACCTTTGCTTATGGCCTGCAATGCCTAC 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 ACAAGTACATAATGAGACTTCAAGACCGGCTTCTGAAGAGTGTCACACCTTTGCTTATGGCCTGCAATGCCTAC 1406
Query 1195 GAGCTAAGTGTCAAGATGAAGACCCTCAGTAACCCCCTGGACTTGGCTCTTGCCCTAGAAACCACCAACTCTCT 1268
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 GAGCTAAGTGTCAAGATGAAGACCCTCAGTAACCCCCTGGACTTGGCTCTTGCCCTAGAAACCACCAACTCTCT 1480
Query 1269 CTGCCGGAAGTCTTTGGCCCTTTTGGGACAGACATTTTCCTTGGCCTCTTCTTTCCGGCAGGAGAAAATCTTAG 1342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 CTGCCGGAAGTCTTTGGCCCTTTTGGGACAGACATTTTCCTTGGCCTCTTCTTTCCGGCAGGAGAAAATCTTAG 1554
Query 1343 AAGCTGTCGGCCTGCAAGATATAGCTCCCTCACCTGCTGCGTTTCCAAACTTCGAAGACTCCACTTTGTTTGGG 1416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AAGCTGTCGGCCTGCAAGATATAGCTCCCTCACCTGCTGCGTTTCCAAACTTCGAAGACTCCACTTTGTTTGGG 1628
Query 1417 CGAGAGTACATAGACCACCTGAAGGCCTGGCTAGTCAGCAGCGGATGTCCCCTCCAGGTTAAGAAAGCCGAACC 1490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 CGAGAGTACATAGACCACCTGAAGGCCTGGCTAGTCAGCAGCGGATGTCCCCTCCAGGTTAAGAAAGCCGAACC 1702
Query 1491 AGAGCCGATGCGAGAGGAGGAGAAAATGATTCCTCCTACGAAACCTGAAATTCAGGCCAAGGCTCCAAGTAGTC 1564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 AGAGCCGATGCGAGAGGAGGAGAAAATGATTCCTCCTACGAAACCTGAAATTCAGGCCAAGGCTCCAAGTAGTC 1776
Query 1565 TGAGTGATGCTGTCCCCCAGCGAGCAGATCACAGGGTAGTGGGCACCATCGACCAGCTTGTGAAACGTGTCATC 1638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 TGAGTGATGCTGTCCCCCAGCGAGCAGATCACAGGGTAGTGGGCACCATCGACCAGCTTGTGAAACGTGTCATC 1850
Query 1639 GAAGGCAGCCTGTCTCCCAAAGAGAGAACTCTTCTCAAAGAGGACCCTGCTTACTGGTTTTTGTCTGATGAAAA 1712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 GAAGGCAGCCTGTCTCCCAAAGAGAGAACTCTTCTCAAAGAGGACCCTGCTTACTGGTTTTTGTCTGATGAAAA 1924
Query 1713 TAGTCTGGAGTATAAATATTACAAGCTGAAGTTGGCAGAAATGCAGCGGATGAGCGAGAACTTGCGAGGAGCCG 1786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 TAGTCTGGAGTATAAATATTACAAGCTGAAGTTGGCAGAAATGCAGCGGATGAGCGAGAACTTGCGAGGAGCCG 1998
Query 1787 ACCAGAAGCCGACCTCAGCAGACTGTGCAGTGAGGGCCATGCTGTACTCCCGGGCTGTCCGCAACCTCAAGAAG 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 ACCAGAAGCCGACCTCAGCAGACTGTGCAGTGAGGGCCATGCTGTACTCCCGGGCTGTCCGCAACCTCAAGAAG 2072
Query 1861 AAACTCCTTCCGTGGCAGCGGCGGGGGCTCCTCCGTGCTCAAGGGCTCCGGGGCTGGAAGGCGAGGAGAGCGAC 1934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 AAACTCCTTCCGTGGCAGCGGCGGGGGCTCCTCCGTGCTCAAGGGCTCCGGGGCTGGAAGGCGAGGAGAGCGAC 2146
Query 1935 CACCGGGACCCAGACCCTCCTATCCTCAGGCACCAGGCTGAAACACCACGGCCGGCAGGCTCCAGGCCTCTCAC 2008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 CACCGGGACCCAGACCCTCCTATCCTCAGGCACCAGGCTGAAACACCACGGCCGGCAGGCTCCAGGCCTCTCAC 2220
Query 2009 AGGCAAAACCATCCCTGCCAGACAGAAATGATGCTGCCAAGGACTGCCCGCCAGACCCAGTTGGACCTTCTCCT 2082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 AGGCAAAACCATCCCTGCCAGACAGAAATGATGCTGCCAAGGACTGCCCGCCAGACCCAGTTGGACCTTCTCCT 2294
Query 2083 CAGGACCCCAGCTTAGAAGCCTCAGGCCCATCCCCCAAGCCAGCAGGAGTGGACATCTCTGAAGCACCTCAGAC 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 CAGGACCCCAGCTTAGAAGCCTCAGGCCCATCCCCCAAGCCAGCAGGAGTGGACATCTCTGAAGCACCTCAGAC 2368
Query 2157 CTCTTCTCCCTGCCCATCTGCTGACATTGACATGAAGACAATGGAGACTGCAGAGAAACTGGCTAGATTTGTTG 2230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 CTCTTCTCCCTGCCCATCTGCTGACATTGACATGAAGACAATGGAGACTGCAGAGAAACTGGCTAGATTTGTTG 2442
Query 2231 CTCAGGTGGGACCAGAGATCGAACAATTCAGCATAGAAAACAGCACCGATAACCCTGACCTGTGGTTTCTACAT 2304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 CTCAGGTGGGACCAGAGATCGAACAATTCAGCATAGAAAACAGCACCGATAACCCTGACCTGTGGTTTCTACAT 2516
Query 2305 GACCAAAATAGTTCTGCTTTCAAATTCTATCGAAAGAAAGTGTTTGAACTATGTCCATCAATTTGTTTCACGTC 2378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 GACCAAAATAGTTCTGCTTTCAAATTCTATCGAAAGAAAGTGTTTGAACTATGTCCATCAATTTGTTTCACGTC 2590
Query 2379 ATCTCCGCACAACCTTCACACTGGTGGTGGTGACACCACGGGTTCTCAGGAGAGCCCCGTGGACCTCATGGAAG 2452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 ATCTCCGCACAACCTTCACACTGGTGGTGGTGACACCACGGGTTCTCAGGAGAGCCCCGTGGACCTCATGGAAG 2664
Query 2453 GGGAAGCAGAGTTTGAAGACGAGCCCCCTCCGCGGGAGGCTGAGCTGGAGAGCCCAG----------------- 2509
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 GGGAAGCAGAGTTTGAAGACGAGCCCCCTCCGCGGGAGGCTGAGCTGGAGAGCCCAGAGGTGATGCCTGAGGAG 2738
Query 2510 -------------------------------------------------------------------------- 2509
Sbjct 2739 GAGGACGAGGACGATGAGGATGGGGGAGAGGAGGCCCCCGCTCCTGGAGGGGCGGGCAAGTCTGAGGGCAGCAC 2812
Query 2510 -----------------------------------------------------------------AGGCCTCCT 2518
|||||||||
Sbjct 2813 CCCTGCCGACGGCCTTCCCGGCGAGGCTGCCGAGGACGACCTGGCTGGAGCACCTGCCTTGTCACAGGCCTCCT 2886
Query 2519 CAGGTACCTGCTTCCCTCGGAAGAGGATCAGCAGCAAGTCATTGAAGGTTGGCATGATTCCAGCTCCCAAGAGA 2592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 CAGGTACCTGCTTCCCTCGGAAGAGGATCAGCAGCAAGTCATTGAAGGTTGGCATGATTCCAGCTCCCAAGAGA 2960
Query 2593 GTGTGTCTCATCCAGGAGCCAAA--------------------------------------------------- 2615
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 GTGTGTCTCATCCAGGAGCCAAAAGAGGCGAGAACCCACCAGTACAGCAGAGCTGAAGCCTGTTCCCAGAACGG 3034
Query 2616 --------------------------------------------------------------AGTCCATGAACC 2627
||||||||||||
Sbjct 3035 GTCTCTTGTCCCATTGCAGTCCCCTGCCCGATTCAGCAACCACTGACTGTTTTCCAAGCCCCAGTCCATGAACC 3108
Query 2628 AGTTCGAATTGCCTATGACAGGCCTCGGGGTCGTCCCATGTCCAAAAAGAAGAAACCCAAGGACTTGGACTTCG 2701
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 AGTTCGAATTGCCTATGACAGGCCTCGGGGTCGTCCCATGTCCAAAAAGAAGAAACCCAAGGACTTGGACTTCG 3182
Query 2702 CCCAGCAGAAGCTGACCGATAAGAACCTGGGCTTCCAGATGCTGCAGAAGATGGGCTGGAAGGAGGGCCATGGC 2775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 CCCAGCAGAAGCTGACCGATAAGAACCTGGGCTTCCAGATGCTGCAGAAGATGGGCTGGAAGGAGGGCCATGGC 3256
Query 2776 CTGGGCTCCCTCGGAAAGGGCATCAGGGAGCCGGTCAGCGTG---------TACGCAGCAGGCAGCCTGGGGTG 2840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||.|...||.||..|.|||||
Sbjct 3257 CTGGGCTCCCTCGGAAAGGGCATCAGGGAGCCGGTCAGCGTGGGAACCCCCT-CGGAAGGGGAAGGGTTGGGTG 3329
Query 2841 ----------GGAG--------------------TGGGT----------------------------------- 2849
|||| ||.||
Sbjct 3330 CTGACGGGCAGGAGCACAAAGAAGACACATTCGATGTGTTCCGACAGAGGATGATGCAGATGTACAGACACAAG 3403
Query 2850 GGGGCC----------TCA-----------GT----------CCTTCCACCTGCA------------------- 2873
.||||| ||| || ||||..|.|.|||
Sbjct 3404 CGGGCCAACAAATAGATCAAAACCACTGATGTGAAAGATAAGCCTTGAAGCAGCAATTGCCCTTAAAACATCAT 3477
Query 2874 GCCTGCC--------GCTTGGCTCC---------TTCACAG--------CCAAGA------------------- 2903
.|||||| ||.|||..|| ||| ||| ||.|||
Sbjct 3478 CCCTGCCCTGGATCGGCCTGGAGCCAGTGCCCAATTC-CAGGGTCACCCCCGAGAGGACAACAGGCATCTGGAA 3550
Query 2904 ---------------------TGGCTTACAG---CTGGCAGTTGATT-----------------TT-------- 2928
||..||||.| ||||| |||.|| ||
Sbjct 3551 GTGCTCTCTCGCCACTCTGGGTGCTTTACTGTCTCTGGC--TTGTTTCCATCACTGGAAATCACTTAGAGAATT 3622
Query 2929 ----TGTTTTT---------TAAA---CAGAAGGCATCTTCAGATG---------AGAAGC------------- 2964
||||||| |||| .|||||.||| ||..|||| .||||.
Sbjct 3623 GTAGTGTTTTTGGTCCTTGATAAAGCCTAGAAGACAT-TTGTGATGTTACAAAATGGAAGTTTTCTTTTGTTTC 3695
Query 2965 -------------------------------------------------------------------------- 2964
Sbjct 3696 TGTTTTTTAAGATCTAAGAAGTTGTGAATGTTGTTAATCATTTAGCCGTTGCAATAAATGTAGAGGAAATGCAG 3769
Query 2965 ---- 2964
Sbjct 3770 TGTG 3773