Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11459
• Subject: XR_430122.4
• Aligned Length: 3674
• Identities: 2927
• Gaps: 714

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GTTGGTTCATTTGCATGTCCCCGCCTCGCGCGGCGGCGGCGGCGGGGCAAAATAACATGGCAGCCAGACGAATT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  ACACAGGAGACTTTTGATGCTGTATTACAAGAAAAAGCCAAACGATATCACATGGATGCCAGTGGTGAGGCTGT  148

Query    1  ----------------------------------------------------------------ATGTATGATG  10
                                                                            ||||||||||
Sbjct  149  AAGCGAAACTCTTCAGTTTAAAGCTCAAGATCTCTTAAGGGCAGTCCCAAGATCCAGAGCAGAGATGTATGATG  222

Query   11  ACGTCCACAGCGATGGCAGATACTCCCTCAGTGGATCTGTAGCTCACTCTAGAGATGCCGGAAGAGAAGGCCTG  84
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ACGTCCACAGCGATGGCAGATACTCCCTCAGTGGATCTGTAGCTCACTCTAGAGATGCCGGAAGAGAAGGCCTG  296

Query   85  AGAAGTGACGTATTTCCAGGGCCTTCCTTCAGATCAAGCAACCCTTCCATCAGTGATGACAGCTACTTTCGCAA  158
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGAAGTGACGTATTTCCAGGGCCTTCCTTCAGATCAAGCAACCCTTCCATCAGTGATGACAGCTACTTTCGCAA  370

Query  159  AGAATGTGGCCGGGATCTGGAATTTTCTCACTCTGATTCTCGGGACCAGGTCATTGGCCACCGGAAATTGGGGC  232
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGAATGTGGCCGGGATCTGGAATTTTCTCACTCTGATTCTCGGGACCAGGTCATTGGCCACCGGAAATTGGGGC  444

Query  233  ATTTCCGTTCTCAGGACTGGAAATTTGCGCTCCGTGGTTCTTGGGAACAAGACTTTGGCCATCCAGTTTCTCAA  306
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ATTTCCGTTCTCAGGACTGGAAATTTGCGCTCCGTGGTTCTTGGGAACAAGACTTTGGCCATCCAGTTTCTCAA  518

Query  307  GAGTCCTCTTGGTCACAGGAGTATAGTTTTGGTCCCTCTGCAGTTTTGGGGGACTTTGGATCTTCCAGGCTGAT  380
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAGTCCTCTTGGTCACAGGAGTATAGTTTTGGTCCCTCTGCAGTTTTGGGGGACTTTGGATCTTCCAGGCTGAT  592

Query  381  TGAGAAAGAGTGTTTGGAGAAGGAGAGTCGGGATTATGACGTGGACCATCCTGGGGAGGCTGACTCTGTGCTTA  454
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGAGAAAGAGTGTTTGGAGAAGGAGAGTCGGGATTATGACGTGGACCATCCTGGGGAGGCTGACTCTGTGCTTA  666

Query  455  GGGGCAGCAGTCAAGTCCAGGCCAGAGGTCGAGCTCTAAACATCGTTGACCAGGAAGGTTCCCTCCTAGGAAAG  528
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GGGGCGGCAGTCAAGTCCAGGCCAGAGGTCGAGCTCTAAACATCGTTGACCAGGAAGGTTCCCTCCTAGGAAAG  740

Query  529  GGGGAGACTCAGGGCCTGCTCACAGCTAAGGGGGGTGTTGGGAAACTTGTCACATTGAGAAATGTGAGCACAAA  602
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GGGGAGACTCAGGGCCTGCTCACAGCTAAGGGGGGTGTTGGGAAACTTGTCACATTGAGAAATGTGAGCACAAA  814

Query  603  AAAAATACCCACCGTGAATCGTATTACTCCCAAAACTCAGGGCACTAACCAAATCCAGAAAAACACTCCAAGTC  676
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAAAATACCCACCGTGAATCGTATTACTCCCAAAACTCAGGGCACTAACCAAATCCAGAAAAACACTCCAAGTC  888

Query  677  CTGATGTGACCCTGGGGACAAACCCAGGGACAGAAGATATCCAGTTCCCCATTCAGAAGATCCCTCTGGGGCTG  750
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTGATGTGACCCTGGGGACAAACCCAGGGACAGAAGATATCCAGTTCCCCATTCAGAAGATCCCTCTGGGGCTG  962

Query  751  GATCTGAAGAATCTTCGGCTCCCCAGAAGAAAGATGAGCTTTGACATCATAGATAAGTCTGATGTTTTTTCAAG  824
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GATCTGAAGAATCTTCGGCTCCCCAGAAGAAAGATGAGCTTTGACATCATAGATAAGTCTGATGTTTTTTCAAG  1036

Query  825  ATTTGGGATAGAAATAATCAAATGGGCAGGATTCCACACCATAAAAGATGATATTAAATTTTCCCAACTTTTCC  898
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATTTGGGATAGAAATAATCAAATGGGCAGGATTCCACACCATAAAAGATGATATTAAATTTTCCCAACTTTTCC  1110

Query  899  AGACTCTCTTTGAACTTGAAACAGAAACCTGTGCTAAAATGCTTGCCTCATTCAAATGTTCCTTAAAACCAGAG  972
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGACTCTCTTTGAACTTGAAACAGAAACCTGTGCTAAAATGCTTGCCTCATTCAAATGTTCCTTAAAACCAGAG  1184

Query  973  CACAGAGATTTTTGCTTTTTTACTATCAAATTTTTAAAGCACTCTGCTTTGAAAACACCCAGAGTTGATAATGA  1046
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CACAGAGATTTTTGCTTTTTTACTATCAAATTTTTAAAGCACTCTGCTTTGAAAACACCCAGAGTTGATAATGA  1258

Query 1047  GTTTTTAAACATGCTTTTAGACAAAGGTGCTGTGAAGACCAAAAATTGCTTTTTTGAAATCATAAAGCCTTTTG  1120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GTTTTTAAACATGCTTTTAGACAAAGGTGCTGTGAAGACCAAAAATTGCTTTTTTGAAATCATAAAGCCTTTTG  1332

Query 1121  ACAAGTACATAATGAGACTTCAAGACCGGCTTCTGAAGAGTGTCACACCTTTGCTTATGGCCTGCAATGCCTAC  1194
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ACAAGTACATAATGAGACTTCAAGACCGGCTTCTGAAGAGTGTCACACCTTTGCTTATGGCCTGCAATGCCTAC  1406

Query 1195  GAGCTAAGTGTCAAGATGAAGACCCTCAGTAACCCCCTGGACTTGGCTCTTGCCCTAGAAACCACCAACTCTCT  1268
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GAGCTAAGTGTCAAGATGAAGACCCTCAGTAACCCCCTGGACTTGGCTCTTGCCCTAGAAACCACCAACTCTCT  1480

Query 1269  CTGCCGGAAGTCTTTGGCCCTTTTGGGACAGACATTTTCCTTGGCCTCTTCTTTCCGGCAGGAGAAAATCTTAG  1342
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CTGCCGGAAGTCTTTGGCCCTTTTGGGACAGACATTTTCCTTGGCCTCTTCTTTCCGGCAGGAGAAAATCTTAG  1554

Query 1343  AAGCTGTCGGCCTGCAAGATATAGCTCCCTCACCTGCTGCGTTTCCAAACTTCGAAGACTCCACTTTGTTTGGG  1416
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAGCTGTCGGCCTGCAAGATATAGCTCCCTCACCTGCTGCGTTTCCAAACTTCGAAGACTCCACTTTGTTTGGG  1628

Query 1417  CGAGAGTACATAGACCACCTGAAGGCCTGGCTAGTCAGCAGCGGATGTCCCCTCCAGGTTAAGAAAGCCGAACC  1490
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CGAGAGTACATAGACCACCTGAAGGCCTGGCTAGTCAGCAGCGGATGTCCCCTCCAGGTTAAGAAAGCCGAACC  1702

Query 1491  AGAGCCGATGCGAGAGGAGGAGAAAATGATTCCTCCTACGAAACCTGAAATTCAGGCCAAGGCTCCAAGTAGTC  1564
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGAGCCGATGCGAGAGGAGGAGAAAATGATTCCTCCTACGAAACCTGAAATTCAGGCCAAGGCTCCAAGTAGTC  1776

Query 1565  TGAGTGATGCTGTCCCCCAGCGAGCAGATCACAGGGTAGTGGGCACCATCGACCAGCTTGTGAAACGTGTCATC  1638
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TGAGTGATGCTGTCCCCCAGCGAGCAGATCACAGGGTAGTGGGCACCATCGACCAGCTTGTGAAACGTGTCATC  1850

Query 1639  GAAGGCAGCCTGTCTCCCAAAGAGAGAACTCTTCTCAAAGAGGACCCTGCTTACTGGTTTTTGTCTGATGAAAA  1712
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GAAGGCAGCCTGTCTCCCAAAGAGAGAACTCTTCTCAAAGAGGACCCTGCTTACTGGTTTTTGTCTGATGAAAA  1924

Query 1713  TAGTCTGGAGTATAAATATTACAAGCTGAAGTTGGCAGAAATGCAGCGGATGAGCGAGAACTTGCGAGGAGCCG  1786
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TAGTCTGGAGTATAAATATTACAAGCTGAAGTTGGCAGAAATGCAGCGGATGAGCGAGAACTTGCGAGGAGCCG  1998

Query 1787  ACCAGAAGCCGACCTCAGCAGACTGTGCAGTGAGGGCCATGCTGTACTCCCGGGCTGTCCGCAACCTCAAGAAG  1860
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ACCAGAAGCCGACCTCAGCAGACTGTGCAGTGAGGGCCATGCTGTACTCCCGGGCTGTCCGCAACCTCAAGAAG  2072

Query 1861  AAACTCCTTCCGTGGCAGCGGCGGGGGCTCCTCCGTGCTCAAGGGCTCCGGGGCTGGAAGGCGAGGAGAGCGAC  1934
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AAACTCCTTCCGTGGCAGCGGCGGGGGCTCCTCCGTGCTCAAGGGCTCCGGGGCTGGAAGGCGAGGAGAGCGAC  2146

Query 1935  CACCGGGACCCAGACCCTCCTATCCTCAGGCACCAGGCTGAAACACCACGGCCGGCAGGCTCCAGGCCTCTCAC  2008
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CACCGGGACCCAGACCCTCCTATCCTCAGGCACCAGGCTGAAACACCACGGCCGGCAGGCTCCAGGCCTCTCAC  2220

Query 2009  AGGCAAAACCATCCCTGCCAGACAGAAATGATGCTGCCAAGGACTGCCCGCCAGACCCAGTTGGACCTTCTCCT  2082
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AGGCAAAACCATCCCTGCCAGACAGAAATGATGCTGCCAAGGACTGCCCGCCAGACCCAGTTGGACCTTCTCCT  2294

Query 2083  CAGGACCCCAGCTTAGAAGCCTCAGGCCCATCCCCCAAGCCAGCAGGAGTGGACATCTCTGAAGCACCTCAGAC  2156
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CAGGACCCCAGCTTAGAAGCCTCAGGCCCATCCCCCAAGCCAGCAGGAGTGGACATCTCTGAAGCACCTCAGAC  2368

Query 2157  CTCTTCTCCCTGCCCATCTGCTGACATTGACATGAAGACAATGGAGACTGCAGAGAAACTGGCTAGATTTGTTG  2230
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CTCTTCTCCCTGCCCATCTGCTGACATTGACATGAAGACAATGGAGACTGCAGAGAAACTGGCTAGATTTGTTG  2442

Query 2231  CTCAGGTGGGACCAGAGATCGAACAATTCAGCATAGAAAACAGCACCGATAACCCTGACCTGTGGTTTCTACAT  2304
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CTCAGGTGGGACCAGAGATCGAACAATTCAGCATAGAAAACAGCACCGATAACCCTGACCTGTGGTTTCTACAT  2516

Query 2305  GACCAAAATAGTTCTGCTTTCAAATTCTATCGAAAGAAAGTGTTTGAACTATGTCCATCAATTTGTTTCACGTC  2378
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GACCAAAATAGTTCTGCTTTCAAATTCTATCGAAAGAAAGTGTTTGAACTATGTCCATCAATTTGTTTCACGTC  2590

Query 2379  ATCTCCGCACAACCTTCACACTGGTGGTGGTGACACCACGGGTTCTCAGGAGAGCCCCGTGGACCTCATGGAAG  2452
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  ATCTCCGCACAACCTTCACACTGGTGGTGGTGACACCACGGGTTCTCAGGAGAGCCCCGTGGACCTCATGGAAG  2664

Query 2453  GGGAAGCAGAGTTTGAAGACGAGCCCCCTCCGCGGGAGGCTGAGCTGGAGAGCCCAG-----------------  2509
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
Sbjct 2665  GGGAAGCAGAGTTTGAAGACGAGCCCCCTCCGCGGGAGGCTGAGCTGGAGAGCCCAGAGGTGATGCCTGAGGAG  2738

Query 2510  --------------------------------------------------------------------------  2509
                                                                                      
Sbjct 2739  GAGGACGAGGACGATGAGGATGGGGGAGAGGAGGCCCCCGCTCCTGGAGGGGCGGGCAAGTCTGAGGGCAGCAC  2812

Query 2510  -----------------------------------------------------------------AGGCCTCCT  2518
                                                                             |||||||||
Sbjct 2813  CCCTGCCGACGGCCTTCCCGGCGAGGCTGCCGAGGACGACCTGGCTGGAGCACCTGCCTTGTCACAGGCCTCCT  2886

Query 2519  CAGGTACCTGCTTCCCTCGGAAGAGGATCAGCAGCAAGTCATTGAAGGTTGGCATGATTCCAGCTCCCAAGAGA  2592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  CAGGTACCTGCTTCCCTCGGAAGAGGATCAGCAGCAAGTCATTGAAGGTTGGCATGATTCCAGCTCCCAAGAGA  2960

Query 2593  GTGTGTCTCATCCAGGAGCCAAAAGTCCATGAACCAGTTCGAATTGCCTATGACAGGCCTCGGGGTCGTCCCAT  2666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  GTGTGTCTCATCCAGGAGCCAAAAGTCCATGAACCAGTTCGAATTGCCTATGACAGGCCTCGGGGTCGTCCCAT  3034

Query 2667  GTCCAAAAAGAAGAAACCCAAGGACTTGGACTTCGCCCAGCAGAAGCTGACCGATAAGAACCTGGGCTTCCAGA  2740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  GTCCAAAAAGAAGAAACCCAAGGACTTGGACTTCGCCCAGCAGAAGCTGACCGATAAGAACCTGGGCTTCCAGA  3108

Query 2741  TGCTGCAGAAGATGGGCTGGAAGGAGGGCCATGGCCTGGGCTCCCTCGGAAAGGGCATCAGGGAGCCGGTCAGC  2814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  TGCTGCAGAAGATGGGCTGGAAGGAGGGCCATGGCCTGGGCTCCCTCGGAAAGGGCATCAGGGAGCCGGTCAGC  3182

Query 2815  GTG---------TACGCAGCAGGCAGCCTGGGGTG----------GGAG--------------------TGGGT  2849
            |||         | ||.|...||.||..|.|||||          ||||                    ||.||
Sbjct 3183  GTGGGAACCCCCT-CGGAAGGGGAAGGGTTGGGTGCTGACGGGCAGGAGCACAAAGAAGACACATTCGATGTGT  3255

Query 2850  -----------------------------------GGGGCC---------------------------------  2855
                                               .|||||                                 
Sbjct 3256  TCCGACAGAGGATGATGCAGATGTACAGACACAAGCGGGCCAACAAATAGATCAAAACCACTGATGTGAAAGAT  3329

Query 2856  -------------------------------TCAGTCCT--------TCCACCTGCAGCC--TGC-------CG  2881
                                           |||..|||        ||..||||.||||  |||       ||
Sbjct 3330  AAGCCTTGAAGCAGCAATTGCCCTTAAAACATCATCCCTGCCCTGGATCGGCCTGGAGCCAGTGCCCAAGTACG  3403

Query 2882  CTTGGCTCC---TTCACAGCCAAGA----------------------------------------TGGCTTACA  2912
            .||.|.|||   .||||..||.|||                                        ||..||||.
Sbjct 3404  GTTTGTTCCAGGGTCACCCCCGAGAGGACAACAGGCATCTGGAAGTGCTCTCTCGCCACTCTGGGTGCTTTACT  3477

Query 2913  G---CTGGCAGTTGATT-----------------TT------------TGTTTTT---------TAAA---CAG  2942
            |   |||||  |||.||                 ||            |||||||         ||||   .||
Sbjct 3478  GTCTCTGGC--TTGTTTCCATCACTGGAAATCACTTAGAGAATTGTAGTGTTTTTGGTCCTTGATAAAGCCTAG  3549

Query 2943  AAGGCATCTTCAGATG---------AGAAGC-------------------------------------------  2964
            |||.||| ||..||||         .||||.                                           
Sbjct 3550  AAGACAT-TTGTGATGTTACAAAATGGAAGTTTTCTTTTGTTTCTGTTTTTTAAGATCTAAGAAGTTGTGAATG  3622

Query 2965  ------------------------------------------------  2964
                                                            
Sbjct 3623  TTGTTAATCATTTAGCCGTTGCAATAAATGTAGAGGAAATGCAGTGTG  3670