Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11546
• Subject: NM_001130722.3
• Aligned Length: 1538
• Identities: 1181
• Gaps: 52

Alignment

Query    1  -------------------------------ATGGCCACCGTC----ACCAAGGCGCCCAAGAAGCAAATCCAG  39
                                           |||||.||  ||    |..|||||         .||.||||||
Sbjct    1  ATGCTGGGCAGCAAGAAGAAATACATTGTTAATGGCAAC--TCTGGGATTAAGGC---------CCAGATCCAG  63

Query   40  TTTGCTGATGACATGCAGGAGTTCACCAAATTCCCCACCAAAACTGGCCGAAGATCTTTGTCTCGCTCGATCTC  113
            ||||||||..|.|.|||.||.||||.||||...||||||||||.|||.||..|.|||||||||||.||.||.||
Sbjct   64  TTTGCTGACCAGAAGCAAGAATTCAACAAACGTCCCACCAAAATTGGACGTCGCTCTTTGTCTCGTTCCATTTC  137

Query  114  ACAGTCCTCCACTGACAGCTACAGTTCAGCTGCATCCTACACAGATAGCTCTGATGATGAGGTTTCTCCCCGAG  187
            .|||||.||.||||||||||||||.|||||.||.||.||.|||||||||||||||||||||...||.|||.|.|
Sbjct  138  TCAGTCATCTACTGACAGCTACAGCTCAGCGGCTTCATATACAGATAGCTCTGATGATGAGACATCGCCCAGGG  211

Query  188  AGAAGCAGCAAACCAACTCCAAGGGCAGCAGCAATTTCTGTGTGAAGAACATCAAGCAGGCAGAATTTGGACGC  261
            |.||||||||||..|||||.|||||.|||||..|.||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.
Sbjct  212  ACAAGCAGCAAAAGAACTCTAAGGGAAGCAGTGACTTCTGTGTTAAGAACATCAAACAGGCAGAGTTTGGACGA  285

Query  262  CGGGAGATTGAGATTGCAGAGCAAGACATGTCTGCTCTGATTTCACTCAGGAAACGTGCTCAGGGGGAGAAGCC  335
            .|.||.|||||.|||||.||.|||||.|||.||||..||||..|..|.|||||..|.|||||.||.||.|||||
Sbjct  286  AGAGAAATTGAAATTGCTGAACAAGAAATGCCTGCATTGATGGCTTTGAGGAAGAGAGCTCAAGGAGAAAAGCC  359

Query  336  CTTGGCTGGTGCTAAAATAGTGGGCTGTACACACATCACAGCCCAGACAGCGGTGTTGATTGAGACACTCTGTG  409
            .||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||.|||||.||.|||.|.||.||.||.||..|||
Sbjct  360  TTTGGCTGGAGCCAAAATCGTGGGTTGCACACACATCACTGCTCAGACTGCTGTGCTTATGGAAACTCTGGGTG  433

Query  410  CCCTGGGGGCTCAGTGCCGCTGGTCTGCTTGTAACATCTACTCAACTCAGAATGAAGTAGCTGCAGCACTGGCT  483
            |.||||||||.||||||||.|||.||||.||.||||||||.||.||||..||||||||.|||||.||.||.||.
Sbjct  434  CTCTGGGGGCCCAGTGCCGATGGGCTGCCTGCAACATCTATTCCACTCTCAATGAAGTGGCTGCTGCTCTAGCA  507

Query  484  GAGGCTGGAGTTGCAGTGTTCGCTTGGAAGGGCGAGTCAGAAGATGACTTCTGGTGGTGTATTGACCGCTGTGT  557
            ||...||||.||.|.||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||..|.|||||
Sbjct  508  GAAAGTGGATTTCCTGTTTTTGCCTGGAAGGGAGAGTCAGAAGATGACTTTTGGTGGTGTATCGATAGATGTGT  581

Query  558  GAACATGGATGGGTGGCAGGCCAACATGATCCTGGATGATGGGGGAGA-CTTAACCCACTGGGTTTATAAGAAG  630
            |||..||||.||.||||||.|.|||||||||.||||||||||.||.|| ||| |||||||||.|||||||.|||
Sbjct  582  GAATGTGGAGGGCTGGCAGCCAAACATGATCTTGGATGATGGAGGGGATCTT-ACCCACTGGATTTATAAAAAG  654

Query  631  TATCCAAACGTGTTTAAGAAGATCCGAGGCATTGTGGAAGAGAGCGTGACTGGTGTTCACAGGCTGTATCAGCT  704
            |||||.|||.||||||||||.|||...|||||.||.||.|||||.||.|||||.||||||||||||||.||.||
Sbjct  655  TATCCCAACATGTTTAAGAAAATCAAGGGCATAGTAGAGGAGAGTGTTACTGGAGTTCACAGGCTGTACCAACT  728

Query  705  CTCCAAAGCTGGGAAGCTCTGTGTTCCGGCCATGAACGTCAATGATTCTGTTACCAAACAGAAGTTTGATAACT  778
            .|||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||.|||||.|||.
Sbjct  729  GTCCAAAGCTGGGAAGCTGTGTGTTCCAGCCATGAATGTCAATGACTCAGTCACCAAACAGAAATTTGACAACC  802

Query  779  TGTACTGCTGCCGAGAATCCATTTTGGATGGCCTGAAGAGGACCACAGATGTGATGTTTGGTGGGAAACAAGTG  852
            |.|||||.|||||.|||||.|||.|.|||||.||.||.|||||.|||||..|||||||||||||.||.||||||
Sbjct  803  TCTACTGTTGCCGTGAATCAATTCTTGATGGACTTAAAAGGACAACAGACATGATGTTTGGTGGAAAGCAAGTG  876

Query  853  GTGGTGTGTGGCTATGGTGAGGTAGGCAAGGGCTGCTGTGCTGCTCTCAAAGCTCTTGGAGCAATTGTCTACAT  926
            ||.||.|||||||||||.|||||.||.||.||.|||||||||||.||.|||||..|.||..|.|||||.||..|
Sbjct  877  GTAGTCTGTGGCTATGGAGAGGTGGGGAAAGGGTGCTGTGCTGCCCTGAAAGCCATGGGCTCCATTGTGTATGT  950

Query  927  TACCGAAATCGACCCCATCTGTGCTCTGCAGGCCTGCATGGATGGGTTCAGGGTGGTAAAGCTAAATGAAGTCA  1000
            .||.|||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||..|..||||.||..|||||||.||||
Sbjct  951  AACTGAAATTGACCCCATCTGTGCCCTGCAAGCCTGTATGGATGGATTTCGACTGGTGAAATTAAATGAGGTCA  1024

Query 1001  TCCGGCAAGTCGATGTCGTAATAACTTGCACAGGAAATAAGAATGTAGTGACACGGGAGCACTTGGATCGCATG  1074
            ||||.|||||.||..|.||.||.||.||.|||||.||.||||||||.||.||..|.|||||||||||.||.|||
Sbjct 1025  TCCGACAAGTGGACATTGTTATTACCTGTACAGGTAACAAGAATGTGGTAACCAGAGAGCACTTGGACCGTATG  1098

Query 1075  AAAAACAGTTGTATCGTATGCAATATGGGCCACTCCAACACAGAAATCGATGTGACCAGCCTCCGCACTCCGGA  1148
            ||.||.||.||.|||||.||.||.|||||.||.|||||||||||.||.||.|||.|.||.||.||.||.||.||
Sbjct 1099  AAGAATAGCTGCATCGTTTGTAACATGGGACATTCCAACACAGAGATTGACGTGGCGAGTCTGCGGACACCAGA  1172

Query 1149  GCTGACGTGGGAGCGAGTACGTTCTCAGGTGGACCATGTCATCTGGCCAGATGGCAAACGAG--TTGTCCTCCT  1220
            .|||||.|||||||||||..|.|||||.||.||||||||.||.|||||.||||||||  |||  |.||.||.||
Sbjct 1173  ACTGACCTGGGAGCGAGTGAGATCTCAAGTTGACCATGTGATATGGCCTGATGGCAA--GAGGATAGTACTGCT  1244

Query 1221  GGCAGAGGGTCGTCTACTCAATTTGAGCTGCTCCACAGTTCCCACCTTTGTTCTGTCCATCACAGCCACAACAC  1294
            |||||||||.||.||.||.||..|.||||||||||||||.||.||.|||||.||.||.|||||.||.||.||.|
Sbjct 1245  GGCAGAGGGCCGCCTGCTGAACCTTAGCTGCTCCACAGTGCCTACATTTGTGCTCTCAATCACTGCTACTACTC  1318

Query 1295  AGGCTTTGGCACTGATAGAACTCTATAATGCACCCGAGGGGCGATACAAGCAGGATGTGTACTTGCTTCCTAAG  1368
            |||||.|.||..|||||||.||.||.|||||.||.|||||.||.||.|||||||||||.|||.||.|.||.|||
Sbjct 1319  AGGCTCTTGCCTTGATAGAGCTTTACAATGCTCCTGAGGGTCGCTATAAGCAGGATGTCTACCTGTTGCCCAAG  1392

Query 1369  AAAATGGATGAATACGTTGCCAGCTTGCATCTGCCATCATTTGATGCCCACCTTACAGAGCTGACAGATGACCA  1442
            ||.||||||||.||.||.||||||.|.||.|||||..|.||||||||||||.|.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1393  AAGATGGATGAGTATGTGGCCAGCCTACACCTGCCTACCTTTGATGCCCACTTGACAGAGCTGACAGATGAACA  1466

Query 1443  AGCAAAATATCTGGGACTCAACAAAAATGGGCCATTCAAACCTAATTATTACAGATAC  1500
            .||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.||.
Sbjct 1467  GGCCAAGTATCTGGGACTCAACAAGAATGGGCCCTTCAAGCCTAATTACTACAGGTAT  1524