Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_11710
- Subject:
- NM_001318326.2
- Aligned Length:
- 3627
- Identities:
- 2463
- Gaps:
- 1158
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGTGTGAAACCCAGAAGGCTAGAAAAGAAAGGGAAGTGGAGGAGAAAAGGCACTGGGACTCCAGCTGGGAGTA 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 TGAAGACTACGGGAGTGTACGGAAAAGGAACCTTACAGTGCTGGATGGACTCTACAGAGAAAATGACTTGGATC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CCAGGTACTGGGCCAAGGGACAGCATCAGCCCTACAGAAAAAGGGATTGTGGATACTGGGATTTTGAACAGAGT 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 GAACCAAGCTATATGGACTGTGGGGAAGCACATGAAAGTGGAAAGGGCTGTGTGTACCACGGAGGTCATGATGG 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 TTATAGGAGTCCAGAAAATGTAGATTATGAGAGTCTCAGCCCTGGGACGAAGGATAATTCACCTACGAGAAGCC 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 CAGATGTGACCTCGAAAGCTGGTGGATACGGGGAGGCAAATGGCTACTCAGACTGTAAGAATCTGAATTATAAT 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 CCTGAGGACTCTAAAAAAGCTGAACAGTTGACTGACTGTAGGGGTTTGGATGATTCTTCAGCGAATTTAGGTCA 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 ACCTCAGTTGTGGTATATAGACCATGAGAATGTTAACCATAATCTTGAGGATTGTTGGGCAACTAATTTTTATT 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 GTAGAGAACACAGCAATTTATATCATGTTCCTGGGAGTTATCCTGATGGTCAGCCTGTGAGCTTTTCAGATTCG 666
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 667 AATGGTGTCAATGAAGATAAGGAATTTATCAAATACCATGAAGGGGACAGGAATGTTCATCAAAATGACAACAT 740
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 741 GTATCCCAAAGCAAAGACTCATATTATGGATCAGGGTGATTTTGATACAGAAAATAAAGGCTATGATGCTTTAT 814
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 815 TTGCAAACTGTGCATATAAATCTCGTAATTCCAGAGGGACAGATTCTCTCCATCAAATGGAGAATTTGGAGTAT 888
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 889 AATGGCACTGACATACCAAGAACAAAGGCACATGGGGGCAGCAGGATCCTTCTGGATGGTCTGCAGACTCAGTG 962
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 963 TACCAGGGGAGAACAAGGAGGACATCATTTGGGGATTCCTCAGAGCTCGTCATTAGAGAAGAACATCTGGCATT 1036
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1037 TAGAGGAAGAGAAAAAATTAAATGGCCCAGAGACTTGGAGAAGGAATAGTTGCCTCCGCCGCACAGCACCCAGC 1110
Query 1 ------------------------------------------------ATGACGCTCCTCTCCTCCCAGTCTTC 26
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 ACCCTGAGGCGCTCAGAGTTCGTGCAAAACAGCAAGAAAACCCAAGAAATGACGCTCCTCTCCTCCCAGTCTTC 1184
Query 27 ATCACTGGTGGCCCCTTCTGGGTCTGTGTCTGCCGAAAATCCAGAGCAGAGGATGCTGGAGAAGAGAGCCAAGG 100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 ATCACTGGTGGCCCCTTCTGGGTCTGTGTCTGCCGAAAATCCAGAGCAGAGGATGCTGGAGAAGAGAGCCAAGG 1258
Query 101 TCATAGAAGAACTTCTTCAGACAGAAAGAGACTACATTCGGGATCTGGAAATGTGTATTGAGCGGATCATGGTA 174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TCATAGAAGAACTTCTTCAGACAGAAAGAGACTACATTCGGGATCTGGAAATGTGTATTGAGCGGATCATGGTA 1332
Query 175 CCCATGCAGCAGGCACAGGTACCAAACATTGATTTTGAGGGACTTTTTGGAAATACGCAGATGGTGATTAAGGT 248
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1333 CCCATGCAGCAGGCACAGGTACCAAACATTGATTTTGAGGGACTTTTTGGAAATATGCAGATGGTGATTAAGGT 1406
Query 249 CTCAAAGCAATTATTGGCTGCTCTGGAAATCAGCGATGCTGTAGGACCTGTGTTTCTTGGTCACCGGGATGAGC 322
|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 CTCGAAGCAATTATTGGCTGCTCTGGAAATCAGCGATGCTGTAGGACCTGTGTTTCTTGGTCACCGGGATGAGC 1480
Query 323 TTGAGGGAACATACAAGATTTACTGCCAGAATCATGATGAGGCCATTGCGCTGCTTGAAATCTACGAGAAGGAT 396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 TTGAGGGAACATACAAGATTTACTGCCAGAATCATGATGAGGCCATTGCGCTGCTTGAAATCTACGAGAAGGAT 1554
Query 397 GAGAAGATCCAGAAGCATCTTCAGGACTCCTTGGCAGATCTGAAGAGCCTATACAACGAATGGGGATGCACAAA 470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GAGAAGATCCAGAAGCATCTTCAGGACTCCTTGGCAGATCTGAAGAGCCTATACAACGAATGGGGATGCACAAA 1628
Query 471 TTATATTAACCTGGGCTCCTTCCTCATCAAACCAGTACAGAGAGTAATGCGTTACCCGCTGTTGCTAATGGAGT 544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 TTATATTAACCTGGGCTCCTTCCTCATCAAACCAGTACAGAGAGTAATGCGTTACCCGCTGTTGCTAATGGAGT 1702
Query 545 TGCTGAATTCCACCCCAGAATCCCACCCAGATAAAGTGCCTTTAACCAATGCAGTCCTTGCGGTCAAGGAAATC 618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 TGCTGAATTCCACCCCAGAATCCCACCCAGATAAAGTGCCTTTAACCAATGCAGTCCTTGCGGTCAAGGAAATC 1776
Query 619 AATGTTAACATTAATGAATATAAACGGCGAAAGGACCTGGTCCTCAAGTACCGTAAGGGTGATGAAGATAGCCT 692
||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 AACGTTAACATTAATGAATATAAACGGCGAAAGGACCTGGTCCTCAAGTACCGTAAGGGTGATGAAGATAGCCT 1850
Query 693 TATGGAGAAAATTTCCAAACTGAACATCCACTCCATCATCAAGAAATCCAACCGAGTTAGCAGTCACCTGAAGC 766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 TATGGAGAAAATTTCCAAACTGAACATCCACTCCATCATCAAGAAATCCAACCGAGTTAGCAGTCACCTGAAGC 1924
Query 767 ATCTCACTGGCTTTGCTCCTCAGATAAAAGATGAAGTATTTGAAGAAACAGAAAAAAACTTCCGAATGCAAGAA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 ATCTCACTGGCTTTGCTCCTCAGATAAAAGATGAAGTATTTGAAGAAACAGAAAAAAACTTCCGAATGCAAGAA 1998
Query 841 AGATTGATTAAGTCTTTTATCCGAGACCTGTCTCTCTACCTCCAGCACATCCGGGAGTCCGCATGTGTGAAAGT 914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 AGATTGATTAAGTCTTTTATCCGAGACCTGTCTCTCTACCTCCAGCACATCCGGGAGTCCGCATGTGTGAAAGT 2072
Query 915 GGTGGCTGCTGTGAGCATGTGGGATGTGTGCATGGAGAGAGGACACCGGGACCTGGAGCAGTTTGAGAGGGTGC 988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 GGTGGCTGCTGTGAGCATGTGGGATGTGTGCATGGAGAGAGGACACCGGGACCTGGAGCAGTTTGAGAGGGTGC 2146
Query 989 ATCGCTACATCAGTGACCAGCTCTTCACAAACTTTAAGGAGAGGACAGAGCGGCTTGTCATCTCCCCCTTAAAT 1062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 ATCGCTACATCAGTGACCAGCTCTTCACAAACTTTAAGGAGAGGACAGAGCGGCTTGTCATCTCCCCCTTAAAT 2220
Query 1063 CAGTTACTGAGCATGTTTACAGGGCCCCATAAGCTGGTACAGAAACGCTTTGACAAGCTCCTGGACTTCTATAA 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 CAGTTACTGAGCATGTTTACAGGGCCCCATAAGCTGGTACAGAAACGCTTTGACAAGCTCCTGGACTTCTATAA 2294
Query 1137 CTGTACAGAACGGGCAGAAAAGCTAAAGGACAAGAAGACCCTGGAGGAGCTGCAGTCGGCCCGGAACAACTATG 1210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 CTGTACAGAACGGGCAGAAAAGCTAAAGGACAAGAAGACCCTGGAGGAGCTGCAGTCGGCCCGGAACAACTATG 2368
Query 1211 AGGCCCTGAATGCACAGCTGCTGGATGAGCTGCCCAAGTTCCACCAGTACGCCCAGGGCCTCTTCACCAACTGT 1284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 AGGCCCTGAATGCACAGCTGCTGGATGAGCTGCCCAAGTTCCACCAGTACGCCCAGGGCCTCTTCACCAACTGT 2442
Query 1285 GTCCACGGCTATGCTGAAGCCCACTGTGACTTTGTGCACCAGGCTCTGGAGCAATTAAAGCCACTGCTTTCGTT 1358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 GTCCACGGCTATGCTGAAGCCCACTGTGACTTTGTGCACCAGGCTCTGGAGCAATTAAAGCCACTGCTTTCGTT 2516
Query 1359 ACTCAAAGTGGCTGGCAGAGAGGGAAACCTTATTGCCATCTTCCACGAAGAGCACAGCAGAGTTCTGCAGCAAC 1432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 ACTCAAAGTGGCTGGCAGAGAGGGAAACCTTATTGCCATCTTCCACGAAGAGCACAGCAGAGTTCTGCAGCAAC 2590
Query 1433 TCCAGGTTTTTACCTTCTTCCCGGAGTCTCTTCCAGCTACCAAGAAGCCGTTTGAGAGGAAAACCATTGACCGC 1506
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 TCCAGGTTTTTACCTTCTTCCCGGAGTCTCTTCCAGCTACCAAGAAGCCATTTGAGAGGAAAACCATTGACCGC 2664
Query 1507 CAGTCTGCTCGAAAGCCACTCCTGGGCCTGCCAAGTTACATGCTACAGTCAGAAGAACTCCGGGCCTCCCTCCT 1580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 CAGTCTGCTCGAAAGCCACTCCTGGGCCTGCCAAGTTACATGCTACAGTCAGAAGAACTCCGGGCCTCCCTCCT 2738
Query 1581 GGCCAGGTATCCCCCTGAAAAACTCTTCCAGGCAGAACGGAACTTCAATGCTGCTCAAGACTTGGATGTCTCAC 1654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 GGCCAGGTATCCCCCTGAAAAACTCTTCCAGGCAGAACGGAACTTCAATGCTGCTCAAGACTTGGATGTCTCAC 2812
Query 1655 TTTTGGAAGGTGACCTGGTGGGTGTGATTAAGAAAAAAGACCCCATGGGCAGCCAGAACCGCTGGCTGATTGAC 1728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 TTTTGGAAGGTGACCTGGTGGGTGTGATTAAGAAAAAAGACCCCATGGGCAGCCAGAACCGCTGGCTGATTGAC 2886
Query 1729 AATGGAGTCACCAAAGGCTTCGTGTACAGCTCTTTCCTAAAGCCCTACAATCCTCGCCGCAGCCACTCCGATGC 1802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 AATGGAGTCACCAAAGGCTTCGTGTACAGCTCTTTCCTAAAGCCCTACAATCCTCGCCGCAGCCACTCCGATGC 2960
Query 1803 CTCCGTGGGTAGCCACTCCTCCACAGAGTCTGAGCACGGCAGCTCCTCCCCCAGGTTCCCACGCCAGAACAGCG 1876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 CTCCGTGGGTAGCCACTCCTCCACAGAGTCTGAGCACGGCAGCTCCTCCCCCAGGTTCCCACGCCAGAACAGCG 3034
Query 1877 GCAGCACCCTGACCTTCAACCCCAGCAGCATGGCTGTATCCTTTACCTCGGGGTCTTGCCAGAAGCAGCCTCAA 1950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 GCAGCACCCTGACCTTCAACCCCAGCAGCATGGCTGTATCCTTTACCTCGGGGTCTTGCCAGAAGCAGCCTCAA 3108
Query 1951 GATGCATCTCCTCCGCCAAAAGAATGGGACCAAGGAACTCTCAGTGCATCCCTAAATCCGAGTAATTCAGAGAG 2024
||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 GATGCATCTCCTCCGCCAAAAGAATGTGACCAAGGAACTCTCAGTGCATCCCTAAATCCGAGTAATTCAGAGAG 3182
Query 2025 TAGTCCTTCCAGATGCCCTTCAGACCCAGACTCTACCTCCCAGCCAAGGTCAGGGGACTCTGCAGATGTAGCTA 2098
|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 TAGTCCTTCCAGATGCCCTTCAGACCCAGACTCCACCTCCCAGCCAAGGTCAGGGGACTCTGCAGATGTAGCTA 3256
Query 2099 GAGATGTAAAGCAACCCACTGCCACGCCGAGGAGCTACCGGAACTTCAGGCATCCAGAAATAGTTGGCTACTCC 2172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257 GAGATGTAAAGCAACCCACTGCCACGCCGAGGAGCTACCGGAACTTCAGGCATCCAGAAATAGTTGGCTACTCC 3330
Query 2173 GTACCAGGACGAAATGGGCAAAGTCAAGACCTCGTCAAAGGATGTGCAAGAACAGCCCAGGCTCCGGAAGACAG 2246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 GTACCAGGACGAAATGGGCAAAGTCAAGACCTCGTCAAAGGATGTGCAAGAACAGCCCAGGCTCCGGAAGACAG 3404
Query 2247 AAGTACAGAGCCAGATGGCAGTGAGGCAGAAGGCAACCAGGTCTATTTTGCTGTCTACACCTTCAAGGCACGAA 2320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 AAGTACAGAGCCAGATGGCAGTGAGGCAGAAGGCAACCAGGTCTATTTTGCTGTCTACACCTTCAAGGCACGAA 3478
Query 2321 ACCCAAATGAGCTGAGCGTGTCAGCCAATCAGAAACTCAAGATCCTCGAGTTTAAAGATGTTACAGGAAATACA 2394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 ACCCAAATGAGCTGAGCGTGTCAGCCAATCAGAAACTCAAGATCCTCGAGTTTAAAGATGTTACAGGAAATACA 3552
Query 2395 GAGTGGTGGTTAGCTGAGGTTAACGGGAAGAAGGGCTACGTTCCCTCCAATTATATCCGCAAAACCGAGTACAC 2468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553 GAGTGGTGGTTAGCTGAGGTTAACGGGAAGAAGGGCTACGTTCCCTCCAATTATATCCGCAAAACCGAGTACAC 3626
Query 2469 C 2469
|
Sbjct 3627 C 3627
