Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11798
• Subject: NM_001164566.1
• Aligned Length: 1674
• Identities: 1279
• Gaps: 213

Alignment

Query    1  ATGGCTGAACTCAATACTCATGTGAATGTCAAGGAAAAGATCTATGCAGTTAGATCAGTTGTTCCCAACAAAAG  74
            ||||||||||||||.|||||||||||..||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct    1  ATGGCTGAACTCAACACTCATGTGAACATCAAAGAGAAGATCTACGCAGTTAGATCAGTTGTTCCGAACAAAAG  74

Query   75  CAATAATGAAATAGTCCTGGTGCTCCAACAGTTTGATTTTAATGTGGATAAAGCCGTGCAAGCCTTTGTGGATG  148
            ||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct   75  CAATAATGAAATCGTGCTGGTACTCCAACAGTTTGATTTTAATGTGGATAAAGCCGTACAGGCCTTTGTGGATG  148

Query  149  GCAGTGCAATTCAAGTTCTAAAAGAATGGAATATGACAGGA---AAGAAGAACAATAAAAGAAAAAGAAGCAAG  219
            |||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.|||   ||||||||.||||||||.||.||||||||.
Sbjct  149  GCAGTGCTATTCAAGTTCTTAAAGAATGGAACATGACGGGAAAGAAGAAGAATAATAAAAGGAAGAGAAGCAAA  222

Query  220  TCCAAGCAGCATCAAGGCAACAAAGATGCTAAAGACAAGGTGGAGAGGCCTGAGGCAGGGCCCCTGCAGCCGCA  293
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||..||||||||||||||.||
Sbjct  223  TCCAAGCAGCATCAAGGCAACAAAGATGCTAAGGACAAGGTGGAGAGGCCAGAGGTGGGGCCCCTGCAGCCCCA  296

Query  294  GCCACCACAGATTCAAAACGGCCCCATGAATGGCTGCGAGAAGGACAGCTCGTCCACAGATTCTGCTAACGAAA  367
            |.||||||.|.|.|||||.||.|.|||||||||||||||.|||||||||||.|||.|.||.|||.|.|..||||
Sbjct  297  GGCACCACTGGTACAAAATGGTCACATGAATGGCTGCGAAAAGGACAGCTCATCCCCTGACTCTACCAGAGAAA  370

Query  368  AACCAGCCCTTATCCCTCGTGAGAAAAAGATCTCGATACTTGAGGAACCTTCAAAGGCACTTCGTGGGGTCAC-  440
            |||..|||||.|..||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||.|||.|..||||||||||| 
Sbjct  371  AACTGGCCCTCACACCACGTGAGAAAAAGATCTCGATACTGGAGGAACCTCCAAGGGCTCAGCGTGGGGTCACA  444

Query  441  --------------------------------------------------------------------------  440
                                                                                      
Sbjct  445  GAAGGCGGCAGACTACTGCAGCAGAAAATGTCCTTAGATGGGAACCCCAGAGCGATTCATGGACCATCAGAGAG  518

Query  441  --------------------------------------------------------------------------  440
                                                                                      
Sbjct  519  GTCAGATGGCCCACAGTGGTCAGCTGGGCAGCCTTGTAACCCAAGCAAGCCTAAGGCAAAAACATCTCCTGTTA  592

Query  441  ----------------------------------------------------------AGGCCCAAATATTGAG  456
                                                                      ||||||||||||||||
Sbjct  593  AGTCCAATGCCCCTGCAGCTCATCTTGAAATAAAGCCAGATGAGCTGGCAAAGAAAAGAGGCCCAAATATTGAG  666

Query  457  AAATCAGTGAAGGATTTGCAACGCTGCACCGTTTCTCTAACTAGATATCGCGTCATGATTAAGGAAGAAGTGGA  530
            |||||.|||||||||.||||.||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  667  AAATCGGTGAAGGATCTGCAGCGCTGCACTGTTTCTCTGACGAGATACCGCGTCATGATCAAGGAAGAAGTGGA  740

Query  531  TAGTTCCGTGAAGAAGATCAAAGCTGCCTTTGCTGAATTACACAACTGCATCATTGACAAAGAAGTTTCATTAA  604
            .|||||||||||||||||||||||.||.||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|
Sbjct  741  CAGTTCCGTGAAGAAGATCAAAGCAGCATTTGCTGAGCTACACAACTGCATCATTGACAAAGAAGTTTCACTGA  814

Query  605  TGGCAGAAATGGATAAAGTTAAAGAAGAAGCCATGGAAATCCTGACTGCTCGTCAGAAGAAAGCAGAAGAACTA  678
            |||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.
Sbjct  815  TGGCAGAAATGGACAAAGTTAAAGAAGAAGCCATGGACATCCTGACTGCCCGTCAGAAGAAAGCAGAGGAGCTG  888

Query  679  AAGAGACTCACTGACCTTGCCAGTCAGATGGCAGAGATGCAGCTGGCCGAACTCAGGGCAGAAATTAAGCACTT  752
            ||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct  889  AAGAGACTGACTGACCTAGCCAGTCAGATGGCAGAGATGCAGCTGGCCGAACTCAGAGCTGAAATTAAGCACTT  962

Query  753  TGTCAGCGAGCGTAAATATGACGAGGAGCTCGGGAAAGCTGCCCGGTTTTCCTGTGACATCGAACAGCTGAAGG  826
            |||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||.|
Sbjct  963  TGTCAGCGAACGCAAGTATGACGAGGAGCTGGGGAAGGCTGCCCGCTTCTCCTGTGACATTGAACAACTGAAAG  1036

Query  827  CCCAAATCATGCTCTGCGGAGAAATTACACATCCAAAGAACAACTATTCCTCAAGAACTCCCTGCAGCTCCCTG  900
            ||||||||.||.||||.|||||||||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCCAAATCCTGATCTGTGGAGAAATTACACATCCAAAGAACAGCTACTCCTCAAGAACTCCCTGCAGCTCCCTG  1110

Query  901  CTGCCTCTGCTGAATGCGCACGCAGCAACCTCTGGGAAACAGAGTAACTTTTCCCGAAAATCATCCACTCACAA  974
            ||||||||||||||..|.||.||.|.|.|.||.|||||||||.|.||.|||.||||.||.||||||..||||||
Sbjct 1111  CTGCCTCTGCTGAACACTCATGCGGTAGCTTCCGGGAAACAGGGGAATTTTGCCCGGAAGTCATCCGGTCACAA  1184

Query  975  TAAGCCCTCTGAAGGCAAAGCGGCAAACCCCAAAATGGTGAGCAGTCTCCCCAGCACCGCCGACCCCTCTCACC  1048
            .|||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||.|.||..|||.|||.|||||..|.|.|||||
Sbjct 1185  CAAGCCCTCTGAGGGGAAAGCAGCAAACCCCAAAATGGTGAGCGGACTTGCCAACACTGCCGATGCGTGTCACC  1258

Query 1049  AGACCATGCCGGCCAACAAGCAGAATGGATCTTCTAACCAAAGACGGAGATTTAATCCACAGTATCATAACAAC  1122
            ||||||||||..|.|||||||||||||||.||||.|.|||||||||.|||||||||||||||||||   |||||
Sbjct 1259  AGACCATGCCCACTAACAAGCAGAATGGACCTTCCAGCCAAAGACGAAGATTTAATCCACAGTATC---ACAAC  1329

Query 1123  AGGCTAAATGGGCCTGCCAAGTCGCAGGGCAGTGGGAATGAAGCCGAGCCACTGGGAAAGGGCAACAGCCGCCA  1196
            |||||||||||.||.||||||||.|||||..||||.||||||||.||.||..|||..|||.|||||||||||||
Sbjct 1330  AGGCTAAATGGTCCAGCCAAGTCACAGGGTGGTGGTAATGAAGCGGATCCCATGGCGAAGAGCAACAGCCGCCA  1403

Query 1197  CGAACACAGAAGACAGCCGCACAACGGCTTCCGGCCCAAAAACAAAGGCGGTGCCAAAAATCAAGAGGCTTCCT  1270
            .|||||||||||||||||.||.||.||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||..|||
Sbjct 1404  TGAACACAGAAGACAGCCACATAATGGTTTCCGTCCCAAAAACAAAGGTGGTGCCAAAAACCAAGAGGCCCCCT  1477

Query 1271  TGGGGATGAAGACCCCCGAGGCCCCGGCCCATTCTGAAAAGCCCCGGCGAAGGCAGCACGCTGCAGACACCTCG  1344
            ||||||..|||.||||.||||||||..|.||||||||||||.||||.|||||||||||.||||||||||.||..
Sbjct 1478  TGGGGACAAAGGCCCCAGAGGCCCCCCCACATTCTGAAAAGGCCCGTCGAAGGCAGCATGCTGCAGACAACTTA  1551

Query 1345  GAGGCCAGGCCCTTCCGGGGTAGTGTCGGTAGGGTTTCACAGTGCAATCTCTGCCCCACGAGAATAGAAGTTTC  1418
            |||||||||||.||||||||||.|||..||||||||||||||||||||||.||.|||.|.||||||||||||||
Sbjct 1552  GAGGCCAGGCCTTTCCGGGGTAATGTTAGTAGGGTTTCACAGTGCAATCTTTGTCCCTCTAGAATAGAAGTTTC  1625

Query 1419  CACAGATGCAGCAGTTCTCTCAGTCCCGGCTGTGACGTTGGTGGCC  1464
            |||.||.||..|.||.|||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1626  CACGGAGGCCACGGTCCTCTCAGTCCCCGCTGTGACGTTGGTGGCC  1671