Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11906
• Subject: XM_006520881.2
• Aligned Length: 2032
• Identities: 1666
• Gaps: 116

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAAAACCCCCTTAACTGCCGCCGTCTCCTTACCTGGCTCATCGCCTCTTGGATTCTGTGTCTTTACTAAAGC  74

Query    1  ----------------------ATGGATGATATTGCTGATAGGATGAGGATGGATGCTGGAGAAGTGACTTTAG  52
                                  ||||||||.|..||||||.||.|||.||||||.|||||.||.|||||.||||
Sbjct   75  CAGTGATGTGAAGAGACCTGAAATGGATGACACAGCTGATGGGGTGAAGATGGACGCTGGGGAGGTGACCTTAG  148

Query   53  TGAACCACAACTCCGTATTCAAAACCCACCTCCTGCCACAAACAGGTTTTCCAGAGGACCAGCTTTCGCTTTCT  126
            ||||||||..||||...||||.||||||||.||.||||||..||||.|||||||||||.||||||..|||||||
Sbjct  149  TGAACCACGGCTCCACTTTCAGAACCCACCGCCCGCCACAGTCAGGCTTTCCAGAGGAGCAGCTTCTGCTTTCT  222

Query  127  GACCAGCAGATTTTATCTTCCAGGCAAGG-ACATTTGGACCGATCTTTTACATGTTCCACAAGAAGTGCAGCTT  199
            ||||||||||..||..|||.||||||.|| || |||.||..|||||||.||.|||||.||||||||..||||.|
Sbjct  223  GACCAGCAGAGCTTGCCTTTCAGGCAGGGTAC-TTTAGATGGATCTTTCACGTGTTCTACAAGAAGCCCAGCCT  295

Query  200  ATAATCCAAGCTATTACTCAGATAATCCTTCCTCAGACAGTTTTCTTGGCTCAGGCGATTTAAGAACCTTTGGC  273
            ||..||||...|||.||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||..|||||||||||||.
Sbjct  296  ATCGTCCAGATTATCACTCAGATAACCCTTCCTCAGACAGTTTCCTTGGCTCAGGTGACGTAAGAACCTTTGGT  369

Query  274  CAGAGTGCAAATGGCCAATGGAGAAATTCTACCCCATCGTCAAGCTCATCTTTACAAAAATCAAGAAACAGCCG  347
            ||.|||||||||||.||||||||||||||.||.|||.|||||.|||||.|...|||||||.|||||||.|||||
Sbjct  370  CAAAGTGCAAATGGACAATGGAGAAATTCCACTCCAGCGTCAGGCTCAGCGCCACAAAAACCAAGAAATAGCCG  443

Query  348  AAGTCTTTACCTCGAAACCCGAAAGACCTCAAGTGGATTATCAAACAGTTTTGCGGGAAAGTCAAACCATCACT  421
            ||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||..||||.|||.|||||.||.||.||||
Sbjct  444  AAGTCTTTGCCTCGAAACCCGGAAGACCTCAAGTGGATTATCAAACACCTTTGTGGGCAAGTCCAATCACCACT  517

Query  422  GCCATGTATCTGCATATGAAAAATCTTTTCCTATTAAACCTGTTCCAAGTCCATCTTGGAGTGGTTCATGTCGT  495
            ||||..|.|||||.||||||||.||.|||||.|||||.||||..|||||||||||.||||||||.|||||||||
Sbjct  518  GCCACATGTCTGCGTATGAAAAGTCATTTCCCATTAAGCCTGCCCCAAGTCCATCCTGGAGTGGGTCATGTCGT  591

Query  496  CGAAGTCTCTTGAGCCCCAAGAAAACTCAGAGGCGACATGTTAGTACAGCAGAAGAGACAGTTCAAGAAGAAGA  569
            ||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||.|.||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  592  CGGAGTCTTTTAAGCCCTAAGAAAACTCAGAGGCGACATTTCAGCACAGCAGAAGAGACAGTTCAAGAAGAAGA  665

Query  570  -AAGAGAGGTTTACAGACAGCTGCTACAGATGGTCACAGGGAAACAGTTTACTATAGCCAAACCCACCACACAT  642
             ||| |||.|.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||...|.||||.|||||||||||||||
Sbjct  666  GAAG-GAGATCTACAGACAGCTGCTGCAGATGGTCACAGGGAAGCAGTTCTGTGTAGCGAAACCCACCACACAT  738

Query  643  TTTCCTTTACACCTGTCTCGATGTCTTAGTTCCAGTAAAAATACTTTGAAAGACTCACTGTTTAAAAATGGAAA  716
            |||||.||||.|||||||||.|||||||||||||.|||.||..|||||||||||||.|||||.|.|||.|||||
Sbjct  739  TTTCCGTTACGCCTGTCTCGGTGTCTTAGTTCCAATAAGAACTCTTTGAAAGACTCGCTGTTGAGAAACGGAAA  812

Query  717  CTCTTGTGCATCTCAGATCATTGGCTCTGATACTTCATCATCTGGATCTGCCAGCATTTTAACTAACCAGGAAC  790
            |||||||||||||||..|||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||...|||||.|
Sbjct  813  CTCTTGTGCATCTCATGTCATTGGTTCTGATACGTCATCCTCTGGATCTGCCAGCATTTTAACTGCACAGGAGC  886

Query  791  AGCTGTCCCACAGTGTATATTCCCTATCTTCTTATACCCCAGATGTTGCATTTGGATCCAAAGATTCTGGTACT  864
            ||.||||||||||||.|.|||||||.||.|||..|||||||||||||||.||||||||||||||.||||     
Sbjct  887  AGTTGTCCCACAGTGCACATTCCCTGTCATCTGGTACCCCAGATGTTGCCTTTGGATCCAAAGACTCTG-----  955

Query  865  CTTCATCATCCCCATCATCACCACTCTGTTCCACATCAGCCAGATAACTTAGCAGCTTCAAATACACAATCTGA  938
                   ||||.||.|||||||.|.|||..||.|||||||||.|||.||||.||||.|||||||||||.||.||
Sbjct  956  -------ATCCTCACCATCACCTCGCTGCACCTCATCAGCCAAATAGCTTACCAGCATCAAATACACAGTCCGA  1022

Query  939  AGGATCAGACTCTGTGATTTTACTGAAAGTGAAAGATTCCCAGACTCCAACTCCCAGTTCTACTTTCTTCCAGG  1012
            |||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||.||.||||..||||.||||||||||
Sbjct 1023  AGGGTCAGACTCTGTGATTTTACTTAAAGTGAAAGAATCTCAGACTCCAGCTTCCAGCCCTACGTTCTTCCAGG  1096

Query 1013  CAGAGCTGTGGATCAAAGAATTAACTAGTGTTTATGGTTCTCGAGCACGAGAAAGATTGCGCCAGATTGAAGAA  1086
            |||||||.||||||||||||||||||||.|||||||..||||||||.||.|||||||||||||.|||||||||.
Sbjct 1097  CAGAGCTATGGATCAAAGAATTAACTAGCGTTTATGACTCTCGAGCTCGGGAAAGATTGCGCCGGATTGAAGAG  1170

Query 1087  CAGAAGGCATTGGCCTTACAGCTTCAAAACCAGAGATTGCAGGAGCGGGAACATTCAGTACATGATTCAGTAGA  1160
            |||||.||||||||..|||||||||||||||||.||.|||||||||.|||||||.||||||.|||.||.|||||
Sbjct 1171  CAGAAAGCATTGGCACTACAGCTTCAAAACCAGCGACTGCAGGAGCAGGAACATGCAGTACTTGACTCCGTAGA  1244

Query 1161  ACTACATCTTCGTGTACCTCTTGAAAAGGAGATTCCTGTTACTGTTGTCCAAGAAACACA--AAAAAAAGGTCA  1232
            .||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|.||.||||||||| ||  ||||||| |.||
Sbjct 1245  GCTTCACCTTCGTGTGCCTCTTGAAAAGGAGATTCCTGTCACAGCTGCCCAAGAAAC-CAGGAAAAAAA-GCCA  1316

Query 1233  TAAATTAACTGATAGTGAAGATGAATTTCCTGAAATTACAGAGGAAATGGAGAAAGAAATAAAGAATGTATTTC  1306
            ..|..|.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317  CCAGCTGACTGACAGTGAAGACGAATTTCCTGAAATTACAGAGGAAATGGAAAAAGAAATAAAGAATGTATTTC  1390

Query 1307  GTAATGGGAATCAGGATGAAGTTCTCAGTGAAGCATTTCGCCTGACCATTACACGCAAAGATATTCAAACTCTA  1380
            ||||.||.||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||.|||||||||||||||||||.|||||.||||||
Sbjct 1391  GTAACGGTAACCAGGATGAAGTCCTCAGTGAGGCATTCCGCTTGACCATTACACGCAAAGACATTCAGACTCTA  1464

Query 1381  AACCATCTGAATTGGCTCAATGATGAGATCATCAATTTCTACATGAATATGCTGATGGAGCGAAGTAAAGAGAA  1454
            ||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||
Sbjct 1465  AACCATCTAAACTGGCTCAATGATGAGATCATCAATTTCTACATGAACATGCTAATGGAACGCAGTAAAGAGAA  1538

Query 1455  GGGCTTGCCAAGTGTGCATGCATTTAATACCTTTTTCTTCACTAAATTAAAAACGGCTGGTTATCAGGCAGTGA  1528
            |||.||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||..|||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1539  GGGGTTTCCAAGTGTACATGCGTTTAATACCTTCTTCTTCACTAAGCTAAAAACAGCTGGTTATCAGGCAGTGA  1612

Query 1529  AACGTTGGACAAAGAAAGTAGATGTATTTTCTGTTGACATTCTTTTGGTGCCCATTCACCTGGGAGTACACTGG  1602
            ||||.|||||||||||.||.||||||||.||.|||||.||||||.||||||||||||||.||||.||.||||||
Sbjct 1613  AACGCTGGACAAAGAAGGTGGATGTATTCTCCGTTGATATTCTTCTGGTGCCCATTCACTTGGGTGTGCACTGG  1686

Query 1603  TGTCTAGCTGTTGTGGACTTTAGAAAGAAGAATATTACCTATTACGACTCCATGGGTGGGATAAACAATGAAGC  1676
            ||||||||||||||.||||||||||.|||||.|||.|||||.||.||.||.||||||||.||||||||.||.||
Sbjct 1687  TGTCTAGCTGTTGTAGACTTTAGAAGGAAGAGTATCACCTACTATGATTCTATGGGTGGAATAAACAACGAGGC  1760

Query 1677  CTGCAGAATACTCTTGCAATACCTAAAGCAAGAAAGCATTGACAAGAAAAGGAAAGAGTTTGACACCAATGGCT  1750
            ||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1761  CTGCAGGATCCTCTTGCAATACCTAAAACAAGAAAGTGTTGACAAGAAAAGGAAAGAGTTTGACACCAACGGCT  1834

Query 1751  GGCAGCTTTTCAGCAAGAAAAGCCAGGAGATTCCTCAGCAGATGAATGGAAGTGACTGTGGGATGTTTGCCTGC  1824
            |||||||.|||||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 1835  GGCAGCTCTTCAGCAAGAAGAGCCAGGAAATCCCACAGCAGATGAATGGGAGTGACTGTGGAATGTTTGCTTGC  1908

Query 1825  AAATATGCTGACTGTATTACCAAAGACAGACCAATCAACTTCACACAGCAACACATGCCATACTTCCGGAAGCG  1898
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1909  AAATATGCTGACTGCATTACCAAAGACAGACCAATCAACTTCACACAGCAACACATGCCATATTTCCGAAAGCG  1982

Query 1899  GATGGTCTGGGAGATCCTCCACCGAAAACTCTTG  1932
            .|||||||||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct 1983  AATGGTCTGGGAGATCCTCCACCGGAAGCTCTTG  2016