Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12044
• Subject: NM_001256787.1
• Aligned Length: 3294
• Identities: 2622
• Gaps: 672

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGACATCTGAAGAAAAGAAGGAACGGCCAATAAGTATGATAAATGAAGCTTCTAACTATAACGTGACTTCAGA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TTATGCAGTGCATCCAATGAGCCCTGTAGGCAGAACTTCACGAGCTTCAAAAAAAGTTCATAATTTTGGAAAGA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GGTCAAATTCAATTAAAAGGAATCCTAATGCACCGGTTGTCAGACGAGGTTGGCTTTATAAACAGGACAGTACT  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GGCATGAAATTGTGGAAGAAACGCTGGTTTGTGCTTTCTGACCTTTGCCTCTTTTATTATAGAGATGAGAAAGA  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  AGAGGGTATCCTGGGAAGCATACTGTTACCTAGTTTTCAGATAGCTTTGCTTACCTCTGAAGATCACATTAATC  370

Query    1  --------------------------------ATGCGGACCTATTATTTCTGCACTGATACAGGAAAGGAAATG  42
                                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GCAAATATGCTTTTAAGGCAGCCCATCCAAACATGCGGACCTATTATTTCTGCACTGATACAGGAAAGGAAATG  444

Query   43  GAGTTGTGGATGAAAGCCATGTTAGATGCTGCCCTAGTACAGACAGAACCTGTGAAAAGAGTGGACAAGATTAC  116
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAGTTGTGGATGAAAGCCATGTTAGATGCTGCCCTAGTACAGACAGAACCTGTGAAAAGAGTGGACAAGATTAC  518

Query  117  ATCTGAAAATGCACCAACTAAAGAAACCAATAACATTCCCAACCATAGAGTGCTAATTAAACCAGAGATCCAAA  190
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ATCTGAAAATGCACCAACTAAAGAAACCAATAACATTCCCAACCATAGAGTGCTAATTAAACCAGAGATCCAAA  592

Query  191  ACAATCAAAAAAACAAGGAAATGAGCAAAATTGAAGAAAAAAAGGCATTAGAAGCTGAAAAATATGGATTTCAG  264
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACAATCAAAAAAACAAGGAAATGAGCAAAATTGAAGAAAAAAAGGCATTAGAAGCTGAAAAATATGGATTTCAG  666

Query  265  AAGGATGGTCAAGATAGACCCTTAACAAAAATTAATAGTGTAAAGCTGAATTCTCTGCCATCTGAATATGAGAG  338
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAGGATGGTCAAGATAGACCCTTAACAAAAATTAATAGTGTAAAGCTGAATTCTCTGCCATCTGAATATGAGAG  740

Query  339  TGGGTCAGCATGCCCTGCTCAGACTGTGCACTACAGACCAATCAACTTGAGCAGTTCAGAGAACAAAATAGTCA  412
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGGGTCAGCATGCCCTGCTCAGACTGTGCACTACAGACCAATCAACTTGAGCAGTTCAGAGAACAAAATAGTCA  814

Query  413  ATGTTAGCCTGGCAGATCTTAGAGGTGGAAATCGCCCCAATACAGGGCCCTTATACACAGAGGCCGATCGAGTC  486
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATGTTAGCCTGGCAGATCTTAGAGGTGGAAATCGCCCCAATACAGGGCCCTTATACACAGAGGCCGATCGAGTC  888

Query  487  ATACAGAGAACAAATTCAATGCAGCAGTTGGAACAGTGGATTAAAATCCAGAAGGGGAGGGGTCATGAAGAAGA  560
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATACAGAGAACAAATTCAATGCAGCAGTTGGAACAGTGGATTAAAATCCAGAAGGGGAGGGGTCATGAAGAAGA  962

Query  561  AACCAGGGGAGTAATTTCTTACCAAACATTACCAAGAAATATGCCAAGTCACAGAGCCCAGATTATGGCCCGCT  634
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AACCAGGGGAGTAATTTCTTACCAAACATTACCAAGAAATATGCCAAGTCACAGAGCCCAGATTATGGCCCGCT  1036

Query  635  ACCCTGAAGGTTATAGAACACTCCCAAGAAACAGCAAGACAAGGCCTGAAAGTATCTGCAGTGTAACCCCTTCC  708
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ACCCTGAAGGTTATAGAACACTCCCAAGAAACAGCAAGACAAGGCCTGAAAGTATCTGCAGTGTAACCCCTTCC  1110

Query  709  ACTCATGACAAGACATTAGGACCCGGAGCGGAGGAGAAACGGAGGTCCATGAGAGATGACACAATGTGGCAGCT  782
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  ACTCATGACAAGACATTAGGACCCGGAGCGGAGGAGAAACGGAGGTCCATGAGAGATGACACAATGTGGCAGCT  1184

Query  783  CTACGAATGGCAGCAGCGTCAGTTTTATAACAAACAGAGCACCCTCCCTCGACACAGTACTTTGAGTAGTCCCA  856
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CTACGAATGGCAGCAGCGTCAGTTTTATAACAAACAGAGCACCCTCCCTCGACACAGTACTTTGAGTAGTCCCA  1258

Query  857  AAACCATGGTAAATATTTCTGACCAGACAATGCACTCTATTCCCACATCACCTTCCCACGGGTCAATAGCTGCT  930
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AAACCATGGTAAATATTTCTGACCAGACAATGCACTCTATTCCCACATCACCTTCCCACGGGTCAATAGCTGCT  1332

Query  931  TATCAGGGATACTCCCCTCAACGAACTTACAGATCGGAAGTGTCTTCACCAATTCAGAGAGGAGATGTGACAAT  1004
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TATCAGGGATACTCCCCTCAACGAACTTACAGATCGGAAGTGTCTTCACCAATTCAGAGAGGAGATGTGACAAT  1406

Query 1005  AGACCGCAGACACAGGGCCCATCACCCTAAGCATGTCTATGTGCCTGACAGAAGGTCAGTGCCAGCTGGCCTGA  1078
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AGACCGCAGACACAGGGCCCATCACCCTAAGCATGTCTATGTGCCTGACAGAAGGTCAGTGCCAGCTGGCCTGA  1480

Query 1079  CTTTACAGTCTGTTAGTCCCCAGAGCCTCCAAGGGAAAACG---------------------------------  1119
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                 
Sbjct 1481  CTTTACAGTCTGTTAGTCCCCAGAGCCTCCAAGGGAAAACGATGAAAGAAAATGAACCTATTATCACCATGGTT  1554

Query 1120  ------------------------------------------------CTGTCACAAGATGAAGGTAGAGGCAC  1145
                                                            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CACACAATGATTGAGAACTCGGCGCTAAGACCCCAACTGTACCAGCAACTGTCACAAGATGAAGGTAGAGGCAC  1628

Query 1146  ATTATACAAATACAGACCTGAAGAAGTAGATATTGATGCCAAGTTAAGCCGATTATGTGAACAAGATAAAGTGG  1219
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ATTATACAAATACAGACCTGAAGAAGTAGATATTGATGCCAAGTTAAGCCGATTATGTGAACAAGATAAAGTGG  1702

Query 1220  TGCATGCTCTGGAAGAGAAACTTCAGCAACTCCACAAGGAGAAATACACGCTTGAGCAAGCTTTGCTATCAGCC  1293
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TGCATGCTCTGGAAGAGAAACTTCAGCAACTCCACAAGGAGAAATACACGCTTGAGCAAGCTTTGCTATCAGCC  1776

Query 1294  AGCCAAGAGATAGAAATGCATGCAGATAACCCAGCAGCCATTCAGACAGTGGTGTTACAAAGGGATGATTTACA  1367
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AGCCAAGAGATAGAAATGCATGCAGATAACCCAGCAGCCATTCAGACAGTGGTGTTACAAAGGGATGATTTACA  1850

Query 1368  AAATGGACTGCTTAGTACGTGTCGAGAACTTTCTCGAGCCACTGCCGAATTGGAACGAGCATGGAGAGAATATG  1441
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AAATGGACTGCTTAGTACGTGTCGAGAACTTTCTCGAGCCACTGCCGAATTGGAACGAGCATGGAGAGAATATG  1924

Query 1442  ATAAGTTAGAATACGATGTAACTGTTACCAGGAACCAGATGCAAGAGCAGCTGGATCACCTTGGTGAAGTTCAG  1515
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ATAAGTTAGAATACGATGTAACTGTTACCAGGAACCAGATGCAAGAGCAGCTGGATCACCTTGGTGAAGTTCAG  1998

Query 1516  ACGGAATCAGCAGGAATTCAGCGTGCACAGATTCAGAAAGAACTTTGGCGAATTCAGGATGTCATGGAAGGGCT  1589
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ACGGAATCAGCAGGAATTCAGCGTGCACAGATTCAGAAAGAACTTTGGCGAATTCAGGATGTCATGGAAGGGCT  2072

Query 1590  GAGTAAACATAAGCAGCAAAGAGGTACTACAGAAATAGGTATGATAGGATCAAAGCCTTTCTCAACAGTTAAGT  1663
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GAGTAAACATAAGCAGCAAAGAGGTACTACAGAAATAGGTATGATAGGATCAAAGCCTTTCTCAACAGTTAAGT  2146

Query 1664  ACAAAAATGAG---------------------------------------------------------------  1674
            |||||||||||                                                               
Sbjct 2147  ACAAAAATGAGGAAGAGGAAGTAGTCCCACCTCGTCCTCCACTTCCTCGGTCCTATGACTTTACAGAGCAGCCT  2220

Query 1675  --------------------------------------------------------------------------  1674
                                                                                      
Sbjct 2221  CCCATAATCCCCCCTCTGCCCAGTGATAGCAGCTCCTTGCTCTGTTATAGCAGGGGCCCAGTTCATCTGCCTGA  2294

Query 1675  ----------------------------------------------------GGTCCAGATTATAGACTCTACA  1696
                                                                ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  AGAAAAGAAGATGTATCAAGTTCAAGGATATCCAAGAAATGGATCTCACTGTGGTCCAGATTATAGACTCTACA  2368

Query 1697  AGAGTGAACCAGAGTTAACAACAGTGGCAGAAGTTGATGAATCTAATGGAGAAGAAAAATCAGAACCTGTTTCA  1770
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AGAGTGAACCAGAGTTAACAACAGTGGCAGAAGTTGATGAATCTAATGGAGAAGAAAAATCAGAACCTGTTTCA  2442

Query 1771  GAGATAGAAACTTCAGTTGTTAAAGGTTCCCACTTTCCTGTTGGAGTAGTCCCTCCAAGAGCAAAATCACCAAC  1844
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GAGATAGAAACTTCAGTTGTTAAAGGTTCCCACTTTCCTGTTGGAGTAGTCCCTCCAAGAGCAAAATCACCAAC  2516

Query 1845  ACCCGAATCTTCGACAATAGCTTCCTATGTAACCTTGAGGAAAACTAAGAAGATGATGGATCTAAGAACGGAAA  1918
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  ACCCGAATCTTCGACAATAGCTTCCTATGTAACCTTGAGGAAAACTAAGAAGATGATGGATCTAAGAACGGAAA  2590

Query 1919  GACCAAGAAGTGCAGTGGAACAGCTCTGTTTGGCTGAAAGTACTCGACCAAGGATGACTGTGGAAGAGCAAATG  1992
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GACCAAGAAGTGCAGTGGAACAGCTCTGTTTGGCTGAAAGTACTCGACCAAGGATGACTGTGGAAGAGCAAATG  2664

Query 1993  GAAAGAATAAGAAGACATCAACAAGCGTGCCTGAGGGAGAAGAAAAAAGGGTTAAATGTTATCGGTGCTTCAGA  2066
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  GAAAGAATAAGAAGACATCAACAAGCGTGCCTGAGGGAGAAGAAAAAAGGGTTAAATGTTATCGGTGCTTCAGA  2738

Query 2067  CCAGTCACCCTTACAAAGCCCTTCAAATTTAAGGGATAATCCATTTAGGACTACTCAGACTCGAAGGAGGGATG  2140
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  CCAGTCACCCTTACAAAGCCCTTCAAATTTAAGGGATAATCCATTTAGGACTACTCAGACTCGAAGGAGGGATG  2812

Query 2141  ATAAGGAACTGGACACTGCCATTAGAGAAAATGATGTAAAGCCAGACCATGAAACTCCTGCAACAGAAATTGTT  2214
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  ATAAGGAACTGGACACTGCCATTAGAGAAAATGATGTAAAGCCAGACCATGAAACTCCTGCAACAGAAATTGTT  2886

Query 2215  CAACTAAAAGAAACCGAACCCCAAAATGTGGACTTCAGCAAAGAGTTAAAAAAAACTGAAAACATTTCATATGA  2288
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  CAACTAAAAGAAACCGAACCCCAAAATGTGGACTTCAGCAAAGAGTTAAAAAAAACTGAAAACATTTCATATGA  2960

Query 2289  AATGCTTTTTGAACCTGAGCCAAATGGAGTAAATTCTGTGGAAATGATGGATAAAGAAAGAAACAAAGACAAAA  2362
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  AATGCTTTTTGAACCTGAGCCAAATGGAGTAAATTCTGTGGAAATGATGGATAAAGAAAGAAACAAAGACAAAA  3034

Query 2363  TGCCTGAGGATGTTACATTCAGCCCTCAAGATGAAACACAGACCGCAAATCATAAACCAGAAGAGCATCCTGAA  2436
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  TGCCTGAGGATGTTACATTCAGCCCTCAAGATGAAACACAGACCGCAAATCATAAACCAGAAGAGCATCCTGAA  3108

Query 2437  GAAAATACAAAGAACAGTGTTGACGAACAGGAAGAAACTGTTATTTCTTACGAATCAACTCCTGAGGTTTCTAG  2510
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  GAAAATACAAAGAACAGTGTTGACGAACAGGAAGAAACTGTTATTTCTTACGAATCAACTCCTGAGGTTTCTAG  3182

Query 2511  AGGAAATCAAACAATGGCAGTGAAAAGTCTGTCCCCATCTCCTGAGTCCTCGGCATCGCCAGTTCCATCCACTC  2584
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  AGGAAATCAAACAATGGCAGTGAAAAGTCTGTCCCCATCTCCTGAGTCCTCGGCATCGCCAGTTCCATCCACTC  3256

Query 2585  AGCCGCAGCTCACAGAAGGATCACATTTCATGTGTGTG  2622
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  AGCCGCAGCTCACAGAAGGATCACATTTCATGTGTGTG  3294