Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_12044
- Subject:
- XM_006506886.2
- Aligned Length:
- 3187
- Identities:
- 2154
- Gaps:
- 632
Alignment
Query 1 ---------------------------------------------------------ATGCGGACCTATTATTT 17
|||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACTGCATTTCTTGATGTTGAGTCTGCTCCTGTCGGCATGGCAGCCCACCCAAACATGCGGACCTATTATTT 74
Query 18 CTGCACTGATACAGGAAAGGAAATGGAGTTGTGGATGAAAGCCATGTTAGATGCTGCCCTAGTACAGACAGAAC 91
||||||.||||||||||||||.||||||.||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||||
Sbjct 75 CTGCACCGATACAGGAAAGGAGATGGAGCTGTGGATGAAGGCCATGTTAGATGCTGCTCTGGTGCAGACAGAAC 148
Query 92 CTGTGAAAAGAGTGGACAAGATTACATCTGAAAATGCACCAACTAAAGAAACCAATAACATTCCCAACCATAGA 165
||||||||||||||||||||||||||.||||.|.||||.||||.||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 149 CTGTGAAAAGAGTGGACAAGATTACAACTGACAGTGCATCAACCAAAGAAACCAATAACATTCCCAACCACAGA 222
Query 166 GTGCTAATTAAACCAGAGATCCAAAACAATCAAAAAAACAAGGAAATGAGCAAAATTGAAGAAAAAAAGGCATT 239
||.||.||||.|||.|||.||||||||.||||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||||.|||.||
Sbjct 223 GTTCTCATTAGACCCGAGGTCCAAAACCATCAGAAGAATAAGGAAATCAGCAAAATTGAAGAAAAAAGGGCCTT 296
Query 240 AGAAGCTGAAAAATATGGATTTCAGAAGGATGGTCAAGATAGACCCTTAACAAAAATTAATAGTGTAAAGCTGA 313
|||||||||||.|||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||.|||
Sbjct 297 AGAAGCTGAAAGATACGGATTTCAGAAGGACGGGCAAGATAGACCATTAACAAAAATTAACAGTGTGAAGTTGA 370
Query 314 ATTCTCTGCCATCTGAATATGAGAGTGGGTCAGCATGCCCTGCTCAGACTGTGCACTACAGACCAATCAACTTG 387
|.||.||||.|||.||||||||.||.|||.|||..|||||..||||||.|||.|||||||||||.|||||..||
Sbjct 371 ACTCCCTGCTATCAGAATATGAAAGCGGGCCAGACTGCCCACCTCAGAATGTACACTACAGACCCATCAATGTG 444
Query 388 AGCAGTTCAGAGAACAAAATAGTCAATGTTAGCCTGGCAGATCTTAGAGGTGGAAATCGCCCCAATACAGGGCC 461
|..|||||.||...||||...||.|||||.|||.||||||||.|..|.|||||.|.||.|||.|||.|||||||
Sbjct 445 AATAGTTCTGACGGCAAAGCGGTGAATGTCAGCTTGGCAGATGTCCGGGGTGGGAGTCACCCAAATGCAGGGCC 518
Query 462 CTTATACACAGAGGCCGATCGAGTCATACAGAGAACAAATTCAATGCAGCAGTTGGAACAGTGGATTAAAATCC 535
|.||..||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||.|||.|.||.||||||||||||.|||
Sbjct 519 CCTAGCCACAGAGGCCGACCGAGTCATTCAGAGAACGAATTCAATGCAACAGCTAGAGCAGTGGATTAAAGTCC 592
Query 536 AGAAGGGGAGGGGTCATGAAGAAGAAACCAGGGGAGTAATTTCTTACCAAACATTACCAAGAAATATGCCAAGT 609
||||.||..||||||.|||||||||..||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.
Sbjct 593 AGAAAGGACGGGGTCTTGAAGAAGAGCCCAGAGGAGTAATTTCTTATCAAACATTGCCAAGAAATATGCCAAGC 666
Query 610 CACAGAGCCCAGATTATGGCCCGCTACCCTGAAGGTTATAGAACACTCCCAAGAAACAGCAAGACAAGGCCTGA 683
||||||||||||||..|||||||||.||||||||||||..|.||||||||.||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 667 CACAGAGCCCAGATCCTGGCCCGCTGCCCTGAAGGTTACCGGACACTCCCGAGAAACAGCAAGACCAGACCTGA 740
Query 684 AAGTATCTGCAGTGTAACCCCTTCCACTCATGACAAGACATTAGGACCCGGAGCGGAGGAGAAACGGAGGTCCA 757
.|||||||||||.||||||.||||...||||||.||||| |||.||.|||||.||.|||||.|||.|.||||
Sbjct 741 GAGTATCTGCAGCGTAACCTCTTCTGGTCATGAGAAGAC---AGGGCCGGGAGCAGAAGAGAAGCGGCGATCCA 811
Query 758 TGAGAGATGACACAATGTGGCAGCTCTACGAATGGCAGCAGCGTCAGTTTTATAACAAACAGAGCACCCTCCCT 831
|||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||..||||.|||||||||||||||
Sbjct 812 TGAGAGATGACACCATGTGGCAGCTGTACGAGTGGCAGCAGCGCCAGTTTTACCACAAGCAGAGCACCCTCCCT 885
Query 832 CGACACAGTACT--TTGAGTAGTCCCAAAACCATGGTAAATATTTCTGACCAGACAATGCACTCTATTCCCACA 903
||.|||.| || .||||.|||||||||.|||||||..|..|.|||||||||||.||||||||.||.|||||.
Sbjct 886 CGGCACGG--CTGCCTGAGCAGTCCCAAAGCCATGGTGCAGGTGTCTGACCAGACGATGCACTCCATCCCCACG 957
Query 904 TCACCTTCCCACGGGTCAATAGCTGCTTATCAGGGATACTCCCCTCAACGAACTTACAGATCGGAAGTGTCTTC 977
|||||||||||.||||||..|||||||||.|||||.|.|||||||||.||.||.|||||.||.||||||.|.||
Sbjct 958 TCACCTTCCCATGGGTCAGCAGCTGCTTACCAGGGCTTCTCCCCTCAGCGGACGTACAGGTCAGAAGTGACCTC 1031
Query 978 ACCAATTCAGAGAGGAGATGTGACAATAGACCGCAGACACAGGGCCCATCACCCTAAGCATGTCTATGTGCCTG 1051
.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||.|.|||||||||||||||||||||||..|||
Sbjct 1032 GCCCATCCAGAGAGGAGATGTGACGATAGACCGCAGGCACAGGCCTCATCACCCTAAGCATGTCTATGTAGCTG 1105
Query 1052 ACAGAAGGTCAGTGCCAGCTGGCCTGACTTTACAGTCTGTTAGTCCCCAGAGCCTCCAAGGGAAAACG------ 1119
|||||||||||.|||||||||||.|.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|.||||
Sbjct 1106 ACAGAAGGTCAATGCCAGCTGGCTTAACTTTACAGGCTGTTAGTCCCCAGAGCCTCCAAGGCAGAACGCCAGAG 1179
Query 1120 -------------------------------------------------------------------------- 1119
Sbjct 1180 GAGCTCACACTGCTGCTAATAAAGCTGAGACGGCAGCAGGCAGAGCTGAGTAGTGTCCGGGAGCACACCTTAGC 1253
Query 1120 -------------------------------------------------------------------------- 1119
Sbjct 1254 ACAGCTCATGCAGCTGAAACTTGAGGCCCACAGCCCAAAGAATGAGATTCTTTCACATCATCTCCAAAGGAACA 1327
Query 1120 -------------------------------------------------------------------------- 1119
Sbjct 1328 CCATATATTTGGATCATCAGATGAAAGAAAATGAACCTATTATCACCATGGTTCACACAATGATTGAGAACTCG 1401
Query 1120 ---------------------------------------------------------------CTGTCACAAGA 1130
|||||||||||
Sbjct 1402 GCGCTAAGACCACAACTGTACCAACAATTCTTAAGACAGAAGAACAAGATAAGTCTCTATTGTCTGTCACAAGA 1475
Query 1131 TGAAGGTAGAGGCACATTATACAAATACAGACCTGAAGAAGTAGATATTGATGCCAAGTTAAGCCGATTATGTG 1204
||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||.||||||.||||.||||
Sbjct 1476 TGAATGTAGAGGCACATTATACAAATACAGACCTGAAGAAGCAGGTATTGATGCCAAATTAAGCAGATTGTGTG 1549
Query 1205 AACAAGATAAAGTGGTGCATGCTCTGGAAGAGAAACTTCAGCAACTCCACAAGGAGAAATACACGCTTGAGCAA 1278
||||.|||||||||||.|..||.|||||.|||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1550 AACAGGATAAAGTGGTCCGAGCGCTGGAGGAGAAGCTGCAGCAGCTGCACAAGGAGAAATACACGCTTGAGCAA 1623
Query 1279 GCTTTGCTATCAGCCAGCCAAGAGATAGAAATGCATGCAGATAACCCAGCAGCCATTCAGACAGTGGTGTTACA 1352
||.|||||.||||||||||||||||||||.|||.||||.|||||||||||.||||||||.||.||||||||.||
Sbjct 1624 GCCTTGCTGTCAGCCAGCCAAGAGATAGAGATGAATGCTGATAACCCAGCTGCCATTCAAACTGTGGTGTTGCA 1697
Query 1353 AAGGGATGATTTACAAAATGGACTGCTTAGTACGTGTCGAGAACTTTCTCGAGCCACTGCCGAATTGGAACGAG 1426
.||||||||..|.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.||..|||||||||
Sbjct 1698 GAGGGATGACCTGCAAAACGGACTGCTGAGCACGTGTCGGGAACTCTCCCGAGCCACTGCTGAGCTGGAACGAG 1771
Query 1427 CATGGAGAGAATATGATAAGTTAGAATACGATGTAACTGTTACCAGGAACCAGATGCAAGAGCAGCTGGATCAC 1500
|.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||.||||||||||.|..|||||.||.|.|
Sbjct 1772 CCTGGAGAGAATATGACAAGTTGGAATATGATGTGACTGTTACCAGGGACCAGATGCAGGGTCAGCTCGACCGC 1845
Query 1501 CTTGGTGAAGTTCAGACGGAATCAGCAGGAATTCAGCGTGCACAGATTCAGAAAGAACTTTGGCGAATTCAGGA 1574
|||||.|||||.||||..||.||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.|||.|||||||.||
Sbjct 1846 CTTGGAGAAGTGCAGAGTGAGTCGGCAGGAATTCAACGGGCACAGATTCAAAAGGAGCTCTGGAGAATTCAAGA 1919
Query 1575 TGTCATGGAAGGGCTGAGTAAACATAAGCAGCAAAGAGGTACTACAGAAA---TAGGTATGATAGGATCAAAGC 1645
|||||||||.|||.||||.|||||.||.|||||||||||..||.|||||| |||||.||..|||||||||||
Sbjct 1920 TGTCATGGAGGGGTTGAGCAAACACAAACAGCAAAGAGGCTCTTCAGAAACAGTAGGTCTGGCAGGATCAAAGC 1993
Query 1646 CTTTCTCAACAGTTAAGTACAA---------------------------------------------------- 1667
||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1994 CTTTCTCATCAGTTAAGTACAAGAGCGAGGAAGAGGAAGTAGTCCCACCTCGGCCTCCACTTCCTCGGTCTTAT 2067
Query 1668 -------------------------------------------------------------------------- 1667
Sbjct 2068 GACTTTACAGAGCAGCCTCCCATAATCCCCCCTCTGCCCAGTGATAGCAGCTCCTTGCTCTGTTATAGCAGGGG 2141
Query 1668 ------------------------------------------------------AAATGAG----------GGT 1677
||||| | |||
Sbjct 2142 CCCCGTGCATCTGCCTGAAGACAAGAAGATTCATCAAGTTCAAGGATATCCAAGAAATG-GATCTCACTGTGGT 2214
Query 1678 CCAGATTATAGACTCTACAAGAGTGAACCAGAGTTAACAACAGTGGCAGAAGTTGATGAATCTAATGGAGAAGA 1751
||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct 2215 CCAGATTATAGACTCTACAAGAGTGAGCCAGAGTTAACCACAGTGGCAGAAGTCGATGAATCTAACGGAGAAGA 2288
Query 1752 AAAATCAGAACCTGTTTCAGAGATAGAAACTTCAGTTGTTAAAGGTTCCCACTTTCCTGTTGGAGTAGTCCCTC 1825
|||.|||||.||.|||||.||||.||||.||.||||.||||||||||||||.|||||.||.|| |||.||||
Sbjct 2289 AAAGTCAGAGCCAGTTTCTGAGACAGAAGCTCCAGTCGTTAAAGGTTCCCATTTTCCAGTCGG---AGTTCCTC 2359
Query 1826 CAAGAGCAAAATCACCAACACCCGAATCTTCGACAATAGCTTCCTATGTAACCTTGAGGAAAACTAAGAAGATG 1899
..|||.||||.|||||.||||||||.||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||
Sbjct 2360 TGAGAACAAAGTCACCCACACCCGAGTCCTCCACGATAGCTTCCTATGTGACCTTGAGGAAGACTAAGAAGATG 2433
Query 1900 ATGGATCTAAGAACGGAAAGACCAAGAAGTGCAGTGGAACAGCTCTGTTTGGCTGAAAGTACTCGACCAAGGAT 1973
.||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||.|||||||.|||.|||||||.||.||
Sbjct 2434 GTGGAGCTAAGAACGGAAAGACCAAGAAGTGCCGTGGAGCAGCTGTGTCTGGCTGAGAGTGCTCGACCTAGAAT 2507
Query 1974 GACTGTGGAAGAGCAAATGGAAAGAATAAGAAGACATCAACAAGCGTGCCTGAGGGAGAAGAAAAAAGGGTTAA 2047
|||||||||||||||..|.||.||.||.||.|||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||.|||.|.|
Sbjct 2508 GACTGTGGAAGAGCAGCTAGAGAGGATCAGGAGACACCAGCAGGCCTGCCTGAGGGAGAAGAAGAAGGGGCTGA 2581
Query 2048 ATGTTATCGGTGCTTCAGACCAGTCACCCTTACAAAGCCCTTCAAATTTAAGGGATAATCCATTTAGGACTACT 2121
.|||..||||||||||.|| |||.|||.|..|.|||||.|.||||.|.|||..||||
Sbjct 2582 GTGTCCTCGGTGCTTCCGA------------------CCCGTCAGACGTGAGGGACAGTCCACTCAGGCTTACT 2637
Query 2122 CAGACTCGAAGGAGGGATGA------TAAGGAACTGGACACTG-CCATTAGAGAAAATGATGTAAAGCCAGACC 2188
|||||||.|||||||||||| ||||||.||.|||||.| ||| .||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2638 CAGACTCTAAGGAGGGATGATAACGTTAAGGAGCTAGACACCGTCCA-CAGAGAAAATGATGTAAAGCCAGACT 2710
Query 2189 ATGAAACTCCTGCA--ACAGAAATTGT--TCAACTAAAAGAAACCGAACCCCAAAATGTGGACTTCAGCAAAGA 2258
|.||.|||||.||| |||| ||| |||.|||.||||..|.||||||||.||||..|||.||.|||.|.|
Sbjct 2711 ACGAGACTCCAGCAGCACAG----TGTGCTCACCTAGAAGACGCTGAACCCCAGAATGCAGACATCGGCAGAAA 2780
Query 2259 GTTAAAAAAAACTGAAAACATTTCATATGAAATGCTTTTTGAACCTGAGCCAAATGGAGTAAATTCTGTGGAAA 2332
|.|||||| .||.|||||||||||....||||||.|||||||||.|...|||||.||||.
Sbjct 2781 GCTAAAAA---------------GATCTGAAATGCTTTACACACCTGAACCAAATGGAATGGCTTCTGAGGAAG 2839
Query 2333 TGATGGATAAAGAAAGAAACAAAGACAAAATGCCTGAGGATGTTACATTCAGCCCTCAAGATGAAAC------- 2399
|||.|||.||.||||||.|.|||||..|..|||.||..||||...|||.|||||||||.||.||.||
Sbjct 2840 TGACGGAGAAGGAAAGACAGAAAGAGCAGGTGCATGCCGATGGGTCATGCAGCCCTCAGGAAGAGACGGCCATG 2913
Query 2400 ACAGACCGCAAATCATAAACCAGAAGAGCATCCTGAAGAAAATACAAAGAACAGTGTTGACGAACAGGAAGAAA 2473
|||||.| ||||.| ..||||..|..|||||.||| .||.|| |||.||.|.||..|||||||||
Sbjct 2914 ACAGAGC----ATCAGA---TGGAAGGCCCCCCTGAGGAA---GCAGAG---AGTCTTCATGAGGAGGAAGAAA 2974
Query 2474 CTGTTATTTCTTACGAATCAACTCCTGAGGTTTCTAGAGGA-AATCAAACAATGGCAGTGAAAAGTCTGTCCCC 2546
||.||..|||.|..||..||.||||||||.||.|||| ||| ||||||||.| ||||||.||||||||||||
Sbjct 2975 CTCTTGCTTCCTGTGAGCCAGCTCCTGAGATTCCTAG-GGAGAATCAAACCA---CAGTGAGAAGTCTGTCCCC 3044
Query 2547 ATCTCCTGAGTCCT---CGGCATCGCCAGTTCCATCCACTCAGCCGCAGCTCACAGAAGGATCACATTTCATGT 2617
.||||||||.|||| ||||| .|||.|||..||||||..||.|||||||..||||||||.||||||||||
Sbjct 3045 GTCTCCTGACTCCTCCACGGCA---GCAGATCCGCCCACTCCTCCACAGCTCAGGGAAGGATCGCATTTCATGT 3115
Query 2618 GTGTG 2622
|||||
Sbjct 3116 GTGTG 3120