Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_12376
Subject:
NM_172298.2
Aligned Length:
3249
Identities:
2390
Gaps:
561

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCCGAGGAGGAAGCAGCAGGCGCCCCGGCGCGCAGCAGCCTATGTTTCCGATGAGTTAAAGGCAGCTGCCTT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGTAGAAGATGACGTAGAGCCGGAGGAACAAGCGGCAGATGGAGAGCCCTCAGCCAAGTACATGTGTCCAGAGA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  AGGAACTCAGCAAGGCCTGCCCTAGCTACCAGAACTCACCGGCCGCTGAGTTCTCCAGCCATGAAATGGACAGC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GAGTCTCACATCAGTGAGACGAGTGACCGGATGGCTGACTTTGAAAGCAGTTCCATCAAGAATGAGGAGGAGAC  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  CAAGGAGGTCCAGGTGCCCCTGGAGGACACCATCGTGTCTGATAGCCTGGAGCAGATGAAGGCCGTGTACAACA  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  ACTTCCTGTCCAATTCCTATTGGTCCAACCTCAACCTGAACCTGCACCAGCCCTCCTCCGAGAACAATGGTGGC  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  AGCAGTAGCAGCAGCAGCAGTAGCAGCAGCAGCTGTGGCAGCGGGAGCTTTGACTGGCACCAGAGTGCCATGGC  518

Query    1  -------------------------------ATGCTCCCGGAGCCCAGCCTCTTCAGCACCGTGCAGCTGTACC  43
                                           |||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAAGACCCTGCAGCAGGTGTCCCAGAACCGAATGCTGCCGGAGCCCAGCCTGTTCAGCACCGTGCAGCTGTACC  592

Query   44  GGCAGAGCAGCAAGCTCTATGGCTCCATCTTCACGGGGGCCAGCAAGTTCCGCTGTAAGGACTGCAGCGCTGCC  117
            |.||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||.|||
Sbjct  593  GCCAGAGCAGCAAGCTGTACGGCTCCATTTTCACCGGGGCCAGCAAGTTCCGTTGCAAAGACTGTAGCGCCGCC  666

Query  118  TACGACACCCTGGTGGAGTTGACGGTGCACATGAACGAGACGGGGCATTACCGCGACGACAACCATGAGACCGA  191
            ||||||||||||||.|||.||||.|||||||||||.|||||.||.||.||.|||||.||||||||.||||||||
Sbjct  667  TACGACACCCTGGTAGAGCTGACCGTGCACATGAATGAGACAGGTCACTATCGCGATGACAACCACGAGACCGA  740

Query  192  TAACAACAACCCCAAGCGCTGGTCCAAGCCTCGCAAACGCTCCTTGCTGGAAATGGAAGGGAAGGAAGACGCCC  265
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||.||||.|||||.||||||||.||.||.|
Sbjct  741  CAACAACAACCCCAAGCGCTGGTCCAAGCCTCGCAAACGGTCTTTGTTGGAGATGGAGGGGAAGGAGGATGCTC  814

Query  266  AGAAGGTGCTGAAGTGCATGTACTGTGGCCACTCCTTTGAGTCCCTGCAGGATTTGAGTGTCCATATGATCAAA  339
            ||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||..||||.|||||||||||||||
Sbjct  815  AGAAGGTGCTCAAGTGTATGTACTGTGGCCACTCCTTTGAGTCCCTCCAAGACCTGAGCGTCCATATGATCAAA  888

Query  340  ACAAAACACTACCAAAAAGTGCCTCTGAAGGAACCCGTCACTCCTGTCGCCGCCAAAATCATCCCTGCCACTCG  413
            ||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||.||.|||||||||||||||||..||||
Sbjct  889  ACTAAACACTACCAAAAAGTGCCTCTCAAGGAACCTGTCACACCCGTTGCAGCCAAAATCATCCCTGCTGCTCG  962

Query  414  GAAGAAAGCTTCCCTGGAGCTGGAGCTCCCCAGCTCCCCAGATTCCACAGGTGGAACCCCCAAAGCCACCATCT  487
            |||||||.||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|.|
Sbjct  963  GAAGAAACCTTCTCTGGAGCTGGAGCTGCCTAGCTCCCCTGATTCCACAGGTGGAACCCCCAAAGCCACCCTGT  1036

Query  488  CAGACACCAACGATGCACTTCAGAAGAACTCCAACCCTTACATCACGCCAAATAATCGGTACGGCCACCAGAAT  561
            |.||..|||.|||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1037  CTGATGCCAGCGACGCCCTGCAGAAGAACTCCAACCCTTACATCACGCCAAATAATCGGTACGGCCACCAGAAC  1110

Query  562  GGGGCCAGCTATGCATGGCACTTTGAGGCCCGGAAGTCGCAGATCCTGAAGTGCATGGAGTGTGGGAGCTCGCA  635
            |||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1111  GGGGCCAGCTATGCATGGCACTTCGAGGCCCGAAAGTCTCAGATCCTCAAATGCATGGAGTGTGGAAGCTCCCA  1184

Query  636  TGACACCCTGCAGGAGCTCACTGCCCACATGATGGTCACTGGCCACTTCATCAAGGTCACCAACTCTGCTATGA  709
            ||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||||
Sbjct 1185  TGACACGCTCCAGGAGCTCACAGCTCACATGATGGTCACTGGCCACTTTATCAAGGTCACAAACTCGGCCATGA  1258

Query  710  AAAAGGGGAAGCCCATTGTGGAGACGCCTGTCACACCTACCATCACAACCCTGCTGGATGAGAAGGTCCAGTCC  783
            |.||||||||||||||..|||||||.||.|||||.||.||||||||.|||.|||||||.||||||||.|||||.
Sbjct 1259  AGAAGGGGAAGCCCATCATGGAGACACCGGTCACGCCCACCATCACCACCTTGCTGGACGAGAAGGTGCAGTCT  1332

Query  784  GTGCCCCTGGCAGCCACCACCTTCACGTCCCCCTCCAATACACCTGCCAGCATCTCCCCAAAACTGAATGTGGA  857
            |||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.||.||..|||||||.||.|||...|||||
Sbjct 1333  GTGCCACTGGCAGCCACCACATTCACGTCTCCCTCCAATACGCCCGCGAGTGTCTCCCCGAAGCTGGCGGTGGA  1406

Query  858  GGTCAAGAAGGAAGTCGACAAGGAGAAAGCGGTCACTGACGAGAAACCTAAGCAAAAAGACAAGCCTGGCGAAG  931
            |.||||.||||||||.||||||||||||||.|||.|.||.||||||||.|||.|.|.|||.|||||..|.||||
Sbjct 1407  GATCAAAAAGGAAGTGGACAAGGAGAAAGCAGTCCCGGATGAGAAACCCAAGGAGAGAGAGAAGCCCAGTGAAG  1480

Query  932  AAGAGGAGAAGTGTGACATCTCTTCCAAATACCATTACTTGACTGAAAATGACTTAGAAGAGAGTCCCAAGGGG  1005
            |.||||||||||.|||.||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||.||||||||||.||.||.||.
Sbjct 1481  AGGAGGAGAAGTATGATATTTCTTCCAAGTACCACTATTTGACTGAAAACGACCTAGAAGAGAGCCCTAAAGGT  1554

Query 1006  GGGCTTGATATCCTCAAATCCTTGGAAAACACAGTGACATCCGCAATCAACAAGGCCCAGAACGGCACTCCTAG  1079
            ||.||.|||||||||||||||.|.||.||||||||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||||||||.||
Sbjct 1555  GGACTAGATATCCTCAAATCCCTTGAGAACACAGTAACGTCTGCCATCAACAAGGCTCAGAATGGCACTCCCAG  1628

Query 1080  CTGGGGGGGCTATCCCAGCATCCATGCCGCCTACCAACTTCCCAACATGATGAAGTTGTCCCTGGGCTCGTCGG  1153
            ||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 1629  CTGGGGCGGCTATCCCAGCATCCACGCTGCCTACCAGCTCCCCAACATGATGAAGTTGTCCCTGGGTTCCTCGG  1702

Query 1154  GGAAGAGCACGCCCCTGAAACCCATGTTTGGCAACAGTGAGAT--TGTCTCCCCGACGAAAAACCAGACCCTGG  1225
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||  ||||||||  ||.||||.|||||||||||
Sbjct 1703  GGAAGAGCACGCCCCTGAAACCCATGTTTGGCAACAGCGAAATCGTGTCTCCC--ACAAAAACCCAGACCCTGG  1774

Query 1226  TCTCTCCACCCAGCAGCCAGACGTCCCCCATGCCCAAGACAAACTTTCATGCCATGGAGGAGCTGGTGAAAAAG  1299
            ||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1775  TCTCTCCACCCAGCAGCCAGACCTCTCCCATGCCCAAGACAAACTTTCACGCCATGGAGGAACTGGTGAAAAAA  1848

Query 1300  GTCACTGAGAAAGTTGCCAAAGTGGAGGAGAAGATGAAGGAGCCGGATGGGAAGCTTTCCCCGCCCAAGCGGGC  1373
            |||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1849  GTCACGGAGAAAGTTGCCAAAGTTGAGGAGAAAATGAAAGAGCCAGAAGGCAAGCTCTCGCCACCCAAGCGGGC  1922

Query 1374  CACTCCCTCCCCATGTAGCAGCGA--AGTCGGGGAACCCATCAAGATGGAGGCATCCAGCGATGGGGGCTTCCG  1445
            |||.||.|||||.||.||||||||  ||  .|.||||||||||||||||||||.||||||||.||..|||||..
Sbjct 1923  CACGCCGTCCCCGTGCAGCAGCGAGCAG--AGCGAACCCATCAAGATGGAGGCCTCCAGCGACGGCAGCTTCAA  1994

Query 1446  CAGCCAGGAGAACAGCCCCAGCCCCCCGCGGGATGGGTGCAAGGATGGGAGCCCCCTCGCTGAGCCGGTGGAGA  1519
            .||.||||||||.|||||||||||.||..|.||||.|||||||||.|.|||||||..|||.|||||.||.||||
Sbjct 1995  AAGTCAGGAGAATAGCCCCAGCCCACCAAGAGATGCGTGCAAGGAGGCGAGCCCCTCCGCAGAGCCCGTAGAGA  2068

Query 1520  ATGGCAAGGAGCTGGTGAAGCCCCT-AGCCAGCA-GTTTGAGTGGCAGCACGGCCATCATCACCGACCACCCGC  1591
            ||||||||||||||||||||||||| |||  |.| ||.|.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||.|
Sbjct 2069  ATGGCAAGGAGCTGGTGAAGCCCCTGAGC--GGAGGTCTCAGCGGCAGCACAGCCATTATCACGGACCACCCAC  2140

Query 1592  CTGAACAGCCTTTTGTTAACCCTTTGAGCGCCCTGCAGTCAGTCATGAACATTCACCTGGGCAAGGCCGCCAAG  1665
            |.||||||||||||||.|||||..||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 2141  CAGAACAGCCTTTTGTGAACCCCCTGAGTGCCCTGCAGTCGGTCATGAACATCCACCTGGGCAAGGCCGCCAAG  2214

Query 1666  CCCTCCCTGCCTGCCCTGGACCCCATGAGCATGCTTTTCAAGATGAGCAACAGCCTGGCGGAGAAGGCTGCTGT  1739
            |||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||
Sbjct 2215  CCCTCGCTGCCTGCGCTGGACCCCATGAGCATGCTTTTCAAGATGAGCAACAGTCTGGCCGAGAAGGCAGCTGT  2288

Query 1740  GGCCACCCCGCCGCCCCTGCAGTCCAAGAAGGCAGACCACCTCGACCGCTATTTCTACCACGTCAACAACGACC  1813
            |||||||||.||.|||||.|||.||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 2289  GGCCACCCCACCACCCCTTCAGGCCAAGAAGGCGGAGCATCTGGACCGCTATTTCTACCACGTCAACAATGACC  2362

Query 1814  AGCCCATAGACTTGACAAAAGGGAAGAGTGACAAAGGCTGCTCCTTGGGTTCAGTGCTTCTGTCACCCACGTCC  1887
            ||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.|||||||.||||.||||.|||||||||
Sbjct 2363  AGCCCATAGACTTGACAAAAGGGAAGAGCGACAAAGGTTGCTCTTTAGGTTCAGGGCTTTTGTCCCCCACGTCC  2436

Query 1888  ACAGCCCCGGCAACCTCCTCATCCACGGTGACAACGGCAAAGACATCTGCCGTCGTATCATTCATGTCAAACTC  1961
            |||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2437  ACATCCCCGGCAACTTCCTCATCCACGGTGACAACGGCAAAGACATCTGCCGTCGTATCATTCATGTCAAACTC  2510

Query 1962  GCCGCTACGCGAGAATGCCTTGTCAGATATATCCGATATGCTGAAGAACTTGACAGAGAGCCACACGTCAAAAT  2035
            ||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2511  GCCGCTGCGTGAGAATGCCTTGTCAGATATATCCGATATGTTGAAGAACTTGACAGAGAGCCACACGTCAAAAT  2584

Query 2036  CCTCCACTCCTTCCAGCATCTCCGAGAAGTCTGACATTGACGGGGCCACTCTGGAGGAGGCTGAGGAGTCGACG  2109
            ||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.
Sbjct 2585  CCTCCACTCCTTCCAGCATCTCTGAGAAGTCTGACATTGACGGGGCCACCCTGGAAGAGGCCGAGGAGTCGACT  2658

Query 2110  CCCGCCCAGAAGAGGAAGGGCCGCCAGTCAAACTGGAACCCCCAGCACCTCCTGATCCTCCAGGCCCAGTTTGC  2183
            ||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.|||||.|||||.||||||||
Sbjct 2659  CCGGCGCAGAAGAGGAAAGGCCGCCAGTCAAACTGGAATCCTCAGCACCTGCTAATCCTGCAGGCGCAGTTTGC  2732

Query 2184  CGCCAGCCTCCGGCAGACCTCAGAAGGGAAGTACATCATGTCAGACCTGAGCCCCCAGGAGCGGATGCATATCT  2257
            .||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||
Sbjct 2733  AGCTAGCCTGCGGCAGACTTCAGAAGGGAAGTACATCATGTCCGATCTGAGCCCCCAGGAGCGCATGCACATCT  2806

Query 2258  CCAGGTTCACCGGGCTGTCCATGACCACCATCAGCCACTGGCTGGCCAACGTGAAATACCAGCTTCGAAGGACA  2331
            |||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 2807  CCAGGTTCACCGGTCTCTCCATGACCACCATCAGCCATTGGCTGGCCAATGTGAAGTACCAACTTCGAAGGACA  2880

Query 2332  GGTGGAACAAAGTTCCTCAAAAACTTGGACACTGGCCACCCCGTCTTCTTTTGTAACGATTGTGCGTCCCAAAT  2405
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct 2881  GGTGGAACAAAGTTCCTCAAAAACTTGGACACTGGACACCCAGTGTTCTTTTGTAACGACTGTGCGTCACAAAT  2954

Query 2406  CAGGACTCCTTCCACGTACATCAGTCACCTAGAGTCACACTTAGGCTTCCGGCTACGGGACTTATCCAAACTGT  2479
            ||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||..|.|||||||||||||||||||||||.|||.|||
Sbjct 2955  CAGGACTCCTTCCACGTACATCAGCCACCTAGAGTCACATCTGGGCTTCCGGCTACGGGACTTATCAAAATTGT  3028

Query 2480  CCACCGAACAGATTAACAGTCAGATAGCACAAACCAAGTCACCGTCAGAAAAAATGGTGACGTCCTCCCCCGAG  2553
            ||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||.|||||.||||||.|||||||.||||||||.|||
Sbjct 3029  CCACCGAACAGATTAACAATCAAATAGCACAAACCAAGTCGCCGTCTGAAAAACTGGTGACATCCTCCCCGGAG  3102

Query 2554  GAAGACCTGGGGACTTCCTATCAGTGCAAACTTTGCAATCGGACCTTTGCCAGCAAGCACGCTGTTAAACTTCA  2627
            ||.||.||||||||..||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||
Sbjct 3103  GAGGATCTGGGGACCACCTACCAGTGCAAACTTTGTAATCGGACCTTTGCGAGCAAGCATGCTGTTAAACTTCA  3176

Query 2628  CCTTAGCAAAACACACGGGAAATCTCCGGAAGACCACCTTCTGTATGTCTCTGAGTTAGAGAAGCAG  2694
            ||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||..||.|||||.||.|||||||||
Sbjct 3177  CCTTAGCAAAACCCACGGGAAATCACCGGAAGACCACCTCCTGTTCGTTTCTGAATTGGAGAAGCAG  3243