Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_12376
- Subject:
- NM_172298.2
- Aligned Length:
- 3249
- Identities:
- 2390
- Gaps:
- 561
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGCCGAGGAGGAAGCAGCAGGCGCCCCGGCGCGCAGCAGCCTATGTTTCCGATGAGTTAAAGGCAGCTGCCTT 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GGTAGAAGATGACGTAGAGCCGGAGGAACAAGCGGCAGATGGAGAGCCCTCAGCCAAGTACATGTGTCCAGAGA 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 AGGAACTCAGCAAGGCCTGCCCTAGCTACCAGAACTCACCGGCCGCTGAGTTCTCCAGCCATGAAATGGACAGC 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 GAGTCTCACATCAGTGAGACGAGTGACCGGATGGCTGACTTTGAAAGCAGTTCCATCAAGAATGAGGAGGAGAC 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 CAAGGAGGTCCAGGTGCCCCTGGAGGACACCATCGTGTCTGATAGCCTGGAGCAGATGAAGGCCGTGTACAACA 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 ACTTCCTGTCCAATTCCTATTGGTCCAACCTCAACCTGAACCTGCACCAGCCCTCCTCCGAGAACAATGGTGGC 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 AGCAGTAGCAGCAGCAGCAGTAGCAGCAGCAGCTGTGGCAGCGGGAGCTTTGACTGGCACCAGAGTGCCATGGC 518
Query 1 -------------------------------ATGCTCCCGGAGCCCAGCCTCTTCAGCACCGTGCAGCTGTACC 43
|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 GAAGACCCTGCAGCAGGTGTCCCAGAACCGAATGCTGCCGGAGCCCAGCCTGTTCAGCACCGTGCAGCTGTACC 592
Query 44 GGCAGAGCAGCAAGCTCTATGGCTCCATCTTCACGGGGGCCAGCAAGTTCCGCTGTAAGGACTGCAGCGCTGCC 117
|.||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||.|||
Sbjct 593 GCCAGAGCAGCAAGCTGTACGGCTCCATTTTCACCGGGGCCAGCAAGTTCCGTTGCAAAGACTGTAGCGCCGCC 666
Query 118 TACGACACCCTGGTGGAGTTGACGGTGCACATGAACGAGACGGGGCATTACCGCGACGACAACCATGAGACCGA 191
||||||||||||||.|||.||||.|||||||||||.|||||.||.||.||.|||||.||||||||.||||||||
Sbjct 667 TACGACACCCTGGTAGAGCTGACCGTGCACATGAATGAGACAGGTCACTATCGCGATGACAACCACGAGACCGA 740
Query 192 TAACAACAACCCCAAGCGCTGGTCCAAGCCTCGCAAACGCTCCTTGCTGGAAATGGAAGGGAAGGAAGACGCCC 265
.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||.||||.|||||.||||||||.||.||.|
Sbjct 741 CAACAACAACCCCAAGCGCTGGTCCAAGCCTCGCAAACGGTCTTTGTTGGAGATGGAGGGGAAGGAGGATGCTC 814
Query 266 AGAAGGTGCTGAAGTGCATGTACTGTGGCCACTCCTTTGAGTCCCTGCAGGATTTGAGTGTCCATATGATCAAA 339
||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||..||||.|||||||||||||||
Sbjct 815 AGAAGGTGCTCAAGTGTATGTACTGTGGCCACTCCTTTGAGTCCCTCCAAGACCTGAGCGTCCATATGATCAAA 888
Query 340 ACAAAACACTACCAAAAAGTGCCTCTGAAGGAACCCGTCACTCCTGTCGCCGCCAAAATCATCCCTGCCACTCG 413
||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||.||.|||||||||||||||||..||||
Sbjct 889 ACTAAACACTACCAAAAAGTGCCTCTCAAGGAACCTGTCACACCCGTTGCAGCCAAAATCATCCCTGCTGCTCG 962
Query 414 GAAGAAAGCTTCCCTGGAGCTGGAGCTCCCCAGCTCCCCAGATTCCACAGGTGGAACCCCCAAAGCCACCATCT 487
|||||||.||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|.|
Sbjct 963 GAAGAAACCTTCTCTGGAGCTGGAGCTGCCTAGCTCCCCTGATTCCACAGGTGGAACCCCCAAAGCCACCCTGT 1036
Query 488 CAGACACCAACGATGCACTTCAGAAGAACTCCAACCCTTACATCACGCCAAATAATCGGTACGGCCACCAGAAT 561
|.||..|||.|||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1037 CTGATGCCAGCGACGCCCTGCAGAAGAACTCCAACCCTTACATCACGCCAAATAATCGGTACGGCCACCAGAAC 1110
Query 562 GGGGCCAGCTATGCATGGCACTTTGAGGCCCGGAAGTCGCAGATCCTGAAGTGCATGGAGTGTGGGAGCTCGCA 635
|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1111 GGGGCCAGCTATGCATGGCACTTCGAGGCCCGAAAGTCTCAGATCCTCAAATGCATGGAGTGTGGAAGCTCCCA 1184
Query 636 TGACACCCTGCAGGAGCTCACTGCCCACATGATGGTCACTGGCCACTTCATCAAGGTCACCAACTCTGCTATGA 709
||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||||
Sbjct 1185 TGACACGCTCCAGGAGCTCACAGCTCACATGATGGTCACTGGCCACTTTATCAAGGTCACAAACTCGGCCATGA 1258
Query 710 AAAAGGGGAAGCCCATTGTGGAGACGCCTGTCACACCTACCATCACAACCCTGCTGGATGAGAAGGTCCAGTCC 783
|.||||||||||||||..|||||||.||.|||||.||.||||||||.|||.|||||||.||||||||.|||||.
Sbjct 1259 AGAAGGGGAAGCCCATCATGGAGACACCGGTCACGCCCACCATCACCACCTTGCTGGACGAGAAGGTGCAGTCT 1332
Query 784 GTGCCCCTGGCAGCCACCACCTTCACGTCCCCCTCCAATACACCTGCCAGCATCTCCCCAAAACTGAATGTGGA 857
|||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.||.||..|||||||.||.|||...|||||
Sbjct 1333 GTGCCACTGGCAGCCACCACATTCACGTCTCCCTCCAATACGCCCGCGAGTGTCTCCCCGAAGCTGGCGGTGGA 1406
Query 858 GGTCAAGAAGGAAGTCGACAAGGAGAAAGCGGTCACTGACGAGAAACCTAAGCAAAAAGACAAGCCTGGCGAAG 931
|.||||.||||||||.||||||||||||||.|||.|.||.||||||||.|||.|.|.|||.|||||..|.||||
Sbjct 1407 GATCAAAAAGGAAGTGGACAAGGAGAAAGCAGTCCCGGATGAGAAACCCAAGGAGAGAGAGAAGCCCAGTGAAG 1480
Query 932 AAGAGGAGAAGTGTGACATCTCTTCCAAATACCATTACTTGACTGAAAATGACTTAGAAGAGAGTCCCAAGGGG 1005
|.||||||||||.|||.||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||.||||||||||.||.||.||.
Sbjct 1481 AGGAGGAGAAGTATGATATTTCTTCCAAGTACCACTATTTGACTGAAAACGACCTAGAAGAGAGCCCTAAAGGT 1554
Query 1006 GGGCTTGATATCCTCAAATCCTTGGAAAACACAGTGACATCCGCAATCAACAAGGCCCAGAACGGCACTCCTAG 1079
||.||.|||||||||||||||.|.||.||||||||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||||||||.||
Sbjct 1555 GGACTAGATATCCTCAAATCCCTTGAGAACACAGTAACGTCTGCCATCAACAAGGCTCAGAATGGCACTCCCAG 1628
Query 1080 CTGGGGGGGCTATCCCAGCATCCATGCCGCCTACCAACTTCCCAACATGATGAAGTTGTCCCTGGGCTCGTCGG 1153
||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 1629 CTGGGGCGGCTATCCCAGCATCCACGCTGCCTACCAGCTCCCCAACATGATGAAGTTGTCCCTGGGTTCCTCGG 1702
Query 1154 GGAAGAGCACGCCCCTGAAACCCATGTTTGGCAACAGTGAGAT--TGTCTCCCCGACGAAAAACCAGACCCTGG 1225
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|| |||||||| ||.||||.|||||||||||
Sbjct 1703 GGAAGAGCACGCCCCTGAAACCCATGTTTGGCAACAGCGAAATCGTGTCTCCC--ACAAAAACCCAGACCCTGG 1774
Query 1226 TCTCTCCACCCAGCAGCCAGACGTCCCCCATGCCCAAGACAAACTTTCATGCCATGGAGGAGCTGGTGAAAAAG 1299
||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1775 TCTCTCCACCCAGCAGCCAGACCTCTCCCATGCCCAAGACAAACTTTCACGCCATGGAGGAACTGGTGAAAAAA 1848
Query 1300 GTCACTGAGAAAGTTGCCAAAGTGGAGGAGAAGATGAAGGAGCCGGATGGGAAGCTTTCCCCGCCCAAGCGGGC 1373
|||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1849 GTCACGGAGAAAGTTGCCAAAGTTGAGGAGAAAATGAAAGAGCCAGAAGGCAAGCTCTCGCCACCCAAGCGGGC 1922
Query 1374 CACTCCCTCCCCATGTAGCAGCGA--AGTCGGGGAACCCATCAAGATGGAGGCATCCAGCGATGGGGGCTTCCG 1445
|||.||.|||||.||.|||||||| || .|.||||||||||||||||||||.||||||||.||..|||||..
Sbjct 1923 CACGCCGTCCCCGTGCAGCAGCGAGCAG--AGCGAACCCATCAAGATGGAGGCCTCCAGCGACGGCAGCTTCAA 1994
Query 1446 CAGCCAGGAGAACAGCCCCAGCCCCCCGCGGGATGGGTGCAAGGATGGGAGCCCCCTCGCTGAGCCGGTGGAGA 1519
.||.||||||||.|||||||||||.||..|.||||.|||||||||.|.|||||||..|||.|||||.||.||||
Sbjct 1995 AAGTCAGGAGAATAGCCCCAGCCCACCAAGAGATGCGTGCAAGGAGGCGAGCCCCTCCGCAGAGCCCGTAGAGA 2068
Query 1520 ATGGCAAGGAGCTGGTGAAGCCCCT-AGCCAGCA-GTTTGAGTGGCAGCACGGCCATCATCACCGACCACCCGC 1591
||||||||||||||||||||||||| ||| |.| ||.|.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||.|
Sbjct 2069 ATGGCAAGGAGCTGGTGAAGCCCCTGAGC--GGAGGTCTCAGCGGCAGCACAGCCATTATCACGGACCACCCAC 2140
Query 1592 CTGAACAGCCTTTTGTTAACCCTTTGAGCGCCCTGCAGTCAGTCATGAACATTCACCTGGGCAAGGCCGCCAAG 1665
|.||||||||||||||.|||||..||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 2141 CAGAACAGCCTTTTGTGAACCCCCTGAGTGCCCTGCAGTCGGTCATGAACATCCACCTGGGCAAGGCCGCCAAG 2214
Query 1666 CCCTCCCTGCCTGCCCTGGACCCCATGAGCATGCTTTTCAAGATGAGCAACAGCCTGGCGGAGAAGGCTGCTGT 1739
|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||
Sbjct 2215 CCCTCGCTGCCTGCGCTGGACCCCATGAGCATGCTTTTCAAGATGAGCAACAGTCTGGCCGAGAAGGCAGCTGT 2288
Query 1740 GGCCACCCCGCCGCCCCTGCAGTCCAAGAAGGCAGACCACCTCGACCGCTATTTCTACCACGTCAACAACGACC 1813
|||||||||.||.|||||.|||.||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 2289 GGCCACCCCACCACCCCTTCAGGCCAAGAAGGCGGAGCATCTGGACCGCTATTTCTACCACGTCAACAATGACC 2362
Query 1814 AGCCCATAGACTTGACAAAAGGGAAGAGTGACAAAGGCTGCTCCTTGGGTTCAGTGCTTCTGTCACCCACGTCC 1887
||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.|||||||.||||.||||.|||||||||
Sbjct 2363 AGCCCATAGACTTGACAAAAGGGAAGAGCGACAAAGGTTGCTCTTTAGGTTCAGGGCTTTTGTCCCCCACGTCC 2436
Query 1888 ACAGCCCCGGCAACCTCCTCATCCACGGTGACAACGGCAAAGACATCTGCCGTCGTATCATTCATGTCAAACTC 1961
|||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2437 ACATCCCCGGCAACTTCCTCATCCACGGTGACAACGGCAAAGACATCTGCCGTCGTATCATTCATGTCAAACTC 2510
Query 1962 GCCGCTACGCGAGAATGCCTTGTCAGATATATCCGATATGCTGAAGAACTTGACAGAGAGCCACACGTCAAAAT 2035
||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2511 GCCGCTGCGTGAGAATGCCTTGTCAGATATATCCGATATGTTGAAGAACTTGACAGAGAGCCACACGTCAAAAT 2584
Query 2036 CCTCCACTCCTTCCAGCATCTCCGAGAAGTCTGACATTGACGGGGCCACTCTGGAGGAGGCTGAGGAGTCGACG 2109
||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.
Sbjct 2585 CCTCCACTCCTTCCAGCATCTCTGAGAAGTCTGACATTGACGGGGCCACCCTGGAAGAGGCCGAGGAGTCGACT 2658
Query 2110 CCCGCCCAGAAGAGGAAGGGCCGCCAGTCAAACTGGAACCCCCAGCACCTCCTGATCCTCCAGGCCCAGTTTGC 2183
||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.|||||.|||||.||||||||
Sbjct 2659 CCGGCGCAGAAGAGGAAAGGCCGCCAGTCAAACTGGAATCCTCAGCACCTGCTAATCCTGCAGGCGCAGTTTGC 2732
Query 2184 CGCCAGCCTCCGGCAGACCTCAGAAGGGAAGTACATCATGTCAGACCTGAGCCCCCAGGAGCGGATGCATATCT 2257
.||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||
Sbjct 2733 AGCTAGCCTGCGGCAGACTTCAGAAGGGAAGTACATCATGTCCGATCTGAGCCCCCAGGAGCGCATGCACATCT 2806
Query 2258 CCAGGTTCACCGGGCTGTCCATGACCACCATCAGCCACTGGCTGGCCAACGTGAAATACCAGCTTCGAAGGACA 2331
|||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 2807 CCAGGTTCACCGGTCTCTCCATGACCACCATCAGCCATTGGCTGGCCAATGTGAAGTACCAACTTCGAAGGACA 2880
Query 2332 GGTGGAACAAAGTTCCTCAAAAACTTGGACACTGGCCACCCCGTCTTCTTTTGTAACGATTGTGCGTCCCAAAT 2405
|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct 2881 GGTGGAACAAAGTTCCTCAAAAACTTGGACACTGGACACCCAGTGTTCTTTTGTAACGACTGTGCGTCACAAAT 2954
Query 2406 CAGGACTCCTTCCACGTACATCAGTCACCTAGAGTCACACTTAGGCTTCCGGCTACGGGACTTATCCAAACTGT 2479
||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||..|.|||||||||||||||||||||||.|||.|||
Sbjct 2955 CAGGACTCCTTCCACGTACATCAGCCACCTAGAGTCACATCTGGGCTTCCGGCTACGGGACTTATCAAAATTGT 3028
Query 2480 CCACCGAACAGATTAACAGTCAGATAGCACAAACCAAGTCACCGTCAGAAAAAATGGTGACGTCCTCCCCCGAG 2553
||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||.|||||.||||||.|||||||.||||||||.|||
Sbjct 3029 CCACCGAACAGATTAACAATCAAATAGCACAAACCAAGTCGCCGTCTGAAAAACTGGTGACATCCTCCCCGGAG 3102
Query 2554 GAAGACCTGGGGACTTCCTATCAGTGCAAACTTTGCAATCGGACCTTTGCCAGCAAGCACGCTGTTAAACTTCA 2627
||.||.||||||||..||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||
Sbjct 3103 GAGGATCTGGGGACCACCTACCAGTGCAAACTTTGTAATCGGACCTTTGCGAGCAAGCATGCTGTTAAACTTCA 3176
Query 2628 CCTTAGCAAAACACACGGGAAATCTCCGGAAGACCACCTTCTGTATGTCTCTGAGTTAGAGAAGCAG 2694
||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||..||.|||||.||.|||||||||
Sbjct 3177 CCTTAGCAAAACCCACGGGAAATCACCGGAAGACCACCTCCTGTTCGTTTCTGAATTGGAGAAGCAG 3243