Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12492
• Subject: NM_001045807.1
• Aligned Length: 2913
• Identities: 2603
• Gaps: 33

Alignment

Query    1  ATGAGGACTGCGGGGCGGGACCCTGTGCCGCGGCGGAGTCCAAGATGGCGGCGTGCGGTTCCGCTGTGTGAAAC  74
            ||||||.|||||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGGTCTGCGGGGCGGGAGCCTTTGCCGCGGCGGAGTCCAAGATGGCGGCGTGCGAGTCCGCTGTGTGAAAC  74

Query   75  GAGCGCGGGGCGGCGGGTTACTCAGCTCCGCGGAGACGACCTCCGACGACCCGCAACAATGAAGGGAAAAGAGC  148
            ||||||||||.|||||||||.||||||||||.|||||||||||||.||||||.||||||||||.|||||.||||
Sbjct   75  GAGCGCGGGGTGGCGGGTTAGTCAGCTCCGCAGAGACGACCTCCGGCGACCCTCAACAATGAAAGGAAAGGAGC  148

Query  149  GCTCGCCAGTGAAGGCCAAACGCTCCCGTGGTGGTGAGGACTCGACTTCCCGCGGTGAGCGGAGCAAGAAGTTA  222
            |||||||.||.|||.||||.|||||||||||.|||||||||||.|.|||.||.||.||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCTCGCCGGTCAAGCCCAAGCGCTCCCGTGGCGGTGAGGACTCCAGTTCTCGTGGGGAGCGGAGCAAGAAGTTA  222

Query  223  GGGGGCTCTGGTGGCAGCAATGGGAGCAGCAGCGGAAAGACCGATAGCGGCGGTGGGTCGCGGCGGAGTCTCCA  296
            ||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||   ||||||||||||||.||.||
Sbjct  223  GGGGGCTCCGGCGGCAGCAATGGGAGCAGCAGCGGGAAGACGGACAGCGGC---GGGTCGCGGCGGAGCCTTCA  293

Query  297  CCTGGACAAGTCCAGCAGTCGAGGTGGCAGCCGCGAGTATGATACCGGTGGGGGCAGCTCCAGTAGCCGCTTGC  370
            .|||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  294  TCTGGACAAGTCCAGCAGCCGGGGCGGCAGCCGCGAGTACGAGACCGGCGGGGGCAGCTCCAGTAGCCGCTTGC  367

Query  371  ATAGTTATAGCTCCCCGAGCACCAAAAATTCTTCGGGCGGGGGCGAGTCGCGCAGCAGCTCCCGGGGTGGAGGC  444
            |.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  368  ACAGTTACAGCTCCCCGAGCACCAAAAATTCCTCAGGCGGGGGCGAGTCGCGCAGCAGCTCCCGGGGTGGAGGC  441

Query  445  GGGGAGTCACGTTCCTCTGGGGCCGCCTCCTCAGCTCCCGGCGGCGGGGACGGCGCGGAATACAAGACTCTGAA  518
            |||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||.|||.||||||||.|||||
Sbjct  442  GGGGAGTCACGTTCCTCCGGGGCCGCCTCCTCCGCGCCCGGCGGCGGGGACGGCGTGGAGTACAAGACCCTGAA  515

Query  519  GATAAGCGAGTTGGGGTCCCAGCTTAGTGACGAAGCGGTGGAGGACGGCCTGTTTCATGAGTTCAAACGCTTCG  592
            |||.||||||.|||||||||||||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  516  GATCAGCGAGCTGGGGTCCCAGCTGAGCGACGAGGCGGTGGAGGACGGGCTGTTTCACGAGTTCAAACGCTTCG  589

Query  593  GTGATGTAAGTGTGAAAATCAGTCATCTGTCGGGTTCTGGCAGCGGGGATGAGCGGGTAGCCTTTGTGAACTTC  666
            |||||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  590  GTGATGTAAGTGTCAAAATCAGTCACCTCTCAGGTTCTGGCAGCGGGGATGAGCGGGTAGCCTTTGTGAACTTC  663

Query  667  CGGCGGCCAGAGAACGCGCGGGCGGCCAAGCATGCCAGAGGCCGCCTGGTGCTCTATGACCGGCCTCTGAAGAT  740
            |||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  664  CGGAGGCCAGAGGACGCGAGGGCGGCCAAGCATGCCAGAGGCCGCCTGGTGCTCTATGACCGGCCTCTGAAGAT  737

Query  741  AGAAGCTGTGTATGTGAGCCGGCGCCGCAGCCGCTCCCCTTTAGACAAAGATACTTATCCTCCATCAGCCAGTG  814
            ||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||..|.||.|||.||||.|
Sbjct  738  AGAAGCCGTGTACGTGAGCCGGCGCCGCAGCCGCTCCCCGTTAGACAAAGATGCTTACGCCCCGTCATCCAGCG  811

Query  815  TGGTCGGGGCCTCTGTAGGTGGTCACCGGCACCCCCCTGGAGGTGGTGGAGGCCAGAGATCACTTTCCCCTGGT  888
            ||||||||.||||.||.|||.|.|||||||||.||||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||.
Sbjct  812  TGGTCGGGACCTCAGTCGGTAGCCACCGGCACGCCCCTGGAGGAGGGGGAGGTCAGAGGTCGCTTTCCCCTGGA  885

Query  889  GGCGCTGCTTTGGGATACAGAGACTACCGGCTGCAGCAGTTGGCTCTTGGCCGCCTGCCCCCTCCACCTCCGCC  962
            ||.||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct  886  GGTGCTGCTCTGGGATACAGAGACTACCGGTTGCAGCAGTTGGCCCTGGGCCGCCTGCCTCCTCCACCCCCGCC  959

Query  963  ACCATTGCCTCGAGACCTGGAGAGAGAAAGAGACTACCCGTTCTATGAGAGAGTGCGCCCTGCATACAGTCTTG  1036
            |||||||||.|||||.|||||.||||||.|||||||.|||||||||||..|.||||||||.||.|||||.||.|
Sbjct  960  ACCATTGCCCCGAGAGCTGGAAAGAGAACGAGACTATCCGTTCTATGACCGGGTGCGCCCGGCCTACAGCCTGG  1033

Query 1037  AGCCAAGGGTGGGAGCTGGAGCAGGTGCTGCTCCTTTCAGAGAAGTGGATGAGATTTCACCCGAGGATGATCAG  1110
            ||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct 1034  AGCCGAGGGTGGGAGCTGGAGCAGGTGCGGCTCCTTTCCGAGAAGTGGATGAGATATCACCTGAGGACGATCAG  1107

Query 1111  CGAGCTAACCGGACGCTCTTCTTGGGCAACCTAGACATCACTGTAACGGAGAGTGATTTAAGAAGGGCGTTTGA  1184
            ||.||.||||||||.||.||||||||||||.||||.||||||||.|||||.|.||||.|.||||||||.|||||
Sbjct 1108  CGTGCCAACCGGACACTTTTCTTGGGCAACTTAGATATCACTGTGACGGAAAATGATCTCAGAAGGGCTTTTGA  1181

Query 1185  TCGCTTTGGAGTCATCACAGAAGTAGATATCAAGAGGCCTTCTCGCGGCCAGACTAGTACTTACGGCTTTCTCA  1258
            |||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||||
Sbjct 1182  TCGTTTTGGAGTCATCACAGAAGTGGACATTAAGAGGCCTTCTCGAGGCCAGACCAGTACCTATGGCTTTCTCA  1255

Query 1259  AATTTGAGAACTTAGATATGTCTCACCGGGCCAAATTAGCAATGTCTGGCAAAATTATAATTCGGAATCCTATC  1332
            ||||||||||..||||.|||||||||.||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1256  AATTTGAGAATCTAGACATGTCTCACAGGGCCAAACTTGCAATGTCTGGCAAAATTATAATTCGGAATCCAATC  1329

Query 1333  AAAATTGGTTATGGTAAAGCTACACCCACCACCCGCCTCTGGGTGGGAGGCCTGGGACCTTGGGTTCCTCTTGC  1406
            ||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 1330  AAGATTGGTTATGGTAAAGCCACACCCACTACCCGACTTTGGGTGGGTGGTCTGGGACCCTGGGTGCCTCTTGC  1403

Query 1407  TGCCCTGGCACGAGAATTTGATCGATTTGGCACCATACGCACCATAGACTACCGAAAAGGTGATAGTTGGGCAT  1480
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 1404  TGCCCTGGCACGAGAATTTGACCGATTTGGCACCATTCGAACCATAGACTACCGTAAAGGTGACAGTTGGGCAT  1477

Query 1481  ATATCCAGTATGAAAGCCTGGATGCAGCGCATGCTGCCTGGACCCATATGCGGGGCTTCCCTCTTGGTGGCCCA  1554
            ||||.|||||||||||..||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||||||
Sbjct 1478  ATATACAGTATGAAAGTTTGGATGCAGCTCATGCTGCCTGGACCCATATGCGTGGATTCCCACTTGGTGGCCCA  1551

Query 1555  GATCGACGCCTTAGAGTAGACTTTGCCGACACCGAACATCGTTACCAGCAGCAGTATCTGCAGCCTCTGCCCTT  1628
            |||||.|||||.||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 1552  GATCGTCGCCTCAGGGTAGACTTTGCAGACACAGAACATCGTTACCAGCAGCAATATCTTCAGCCTCTGCCCTT  1625

Query 1629  GACTCATTATGAGCTGGTGACAGATGCTTTTGGACATCGGGCACCAGACCCTTTGAGGGGTGCTCGGGATAGGA  1702
            |||.||.|||||.||.|||||.|||.|||||||||||.|.|||||.||||||||||||.||||||||||.||||
Sbjct 1626  GACCCACTATGAACTAGTGACGGATACTTTTGGACATAGAGCACCTGACCCTTTGAGGAGTGCTCGGGACAGGA  1699

Query 1703  CACCACCCTTACTATACAGAGATCGTGATAGGGACCTTTATCCTGACTCTGATTGGGTGCCACCCCCACCCCCA  1776
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.|||||||||||||||||.||.
Sbjct 1700  CACCACCCTTACTATACAGAGATCGTGATAGGGACCTTTATACTGATTCTGACTGGGTGCCACCCCCACCACCG  1773

Query 1777  GTCCGAGAACGCAGCACTCGGACTGCAGCTACTTCTGTGCCTGCTTACGAGCCACTGGATAGCCTAGATCGCAG  1850
            ||.|||||||||||..|||||.|||||.|||.|.||||..|||||||.||||||||.||||||.|.|||||.||
Sbjct 1774  GTTCGAGAACGCAGTGCTCGGGCTGCAACTAGTGCTGTCACTGCTTATGAGCCACTAGATAGCTTGGATCGAAG  1847

Query 1851  GCGGGATGGTTGGTCCTTGGACCGGGACAGAGGTGATCGAGATCTGCCCAGCAGCAGAGACCAGCCTAGGAAGC  1924
            |.|||||||.|||||..|||||.||||||||||||||||.||..|||||||||||||.||||||||.|||||||
Sbjct 1848  GAGGGATGGCTGGTCACTGGACAGGGACAGAGGTGATCGGGACTTGCCCAGCAGCAGGGACCAGCCAAGGAAGC  1921

Query 1925  GAAGGCTGCCTGAGGAGAGTGGAGGACGTCATCTGGATAGGTCTCCTGAGAGTGACCGCCCACGAAAA---CGT  1995
            ||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.||||||   |||
Sbjct 1922  GAAGGCTGCCTGAGGAAAGTGGAGGACGGCATCTTGATAGATCACCTGAGAGTGAACGGCCTCGAAAACAGCGT  1995

Query 1996  CACTGCGCTCCTTCTCCTGACCGCAGTCCAGAATTGAGCAGTAGCCGGGATCGTTACAACAGCGACAATGATCG  2069
            ||||||.||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||.|.|.|||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 1996  CACTGCACTCCTTCTCCTGACCGAAGTCCAGAACTGAGCAGTAACAGAGATCGCTACAACAGTGACAATGATCG  2069

Query 2070  ATCTTCCCGTCTT---CTCTTGGAAAGGCCCTCTCCAATCAGAGACAGACGAGGTAGTTTGGAGAAGAGCCAGG  2140
            |||.||.||||||   ||||||||||||.|.||.|||.|||||||.|||||.||.||||||||||||||||||.
Sbjct 2070  ATCATCTCGTCTTCTCCTCTTGGAAAGGTCTTCCCCAGTCAGAGATAGACGGGGCAGTTTGGAGAAGAGCCAGA  2143

Query 2141  GTGACAAGCGAGACCGTAAAAACTCTGCATCAGCTGAACGAGATAGGAAGCACCGGACAACTGCTCCCACTGAG  2214
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||.||||||||||.|||
Sbjct 2144  GCGACAAGCGAGACCGTAAAAACTCTGCATCAGCTGAACGGGATAGGAAGCATCGGACAGCTGCTCCCACAGAG  2217

Query 2215  GGAAAAAGCCCTCTGAAAAAAGAAGACCGCTCTGATGGGAGTGCACCTAGCACCAGCACTGCTTCCTCCAAGCT  2288
            |||||||.||||||||||||.||||||||.||||||||.|.||||||.||..||||||||.||||.||.||||.
Sbjct 2218  GGAAAAAACCCTCTGAAAAAGGAAGACCGATCTGATGGCAATGCACCCAGTGCCAGCACTTCTTCATCAAAGCA  2291

Query 2289  GAAGTCCCCGTCCCAGAAACAGGATGGGGGGACAGCCCCTGTGGCATCAGCCTCTCCCAAACTCTGTTTGGCCT  2362
            ||||.|.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||.||.||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2292  GAAGCCACCTTCCCAGAAACAGGATGGAGGGACAGCTCCTGTGGCAGCATCCTCTCCCAAACTCTGTTTGGCTT  2365

Query 2363  GGCAGGGCATGCTTCTACTGAAGAACAGCAACTTTCCTTCCAACATGCATCTGTTGCAGGGTGACCTCCAAGTG  2436
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2366  GGCAGGGCATGCTTCTACTGAAGAACAGCAACTTCCCTTCCAACATGCATCTGTTGCAGGGTGACCTCCAAGTT  2439

Query 2437  GCTAGTAGTCTTCTTGTGGAGGGTTCAACTGGAGGCAAAGTGGCCCAGCTCAAGATCACTCAGCGTCTCCGTTT  2510
            |||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2440  GCTAGCAGTCTACTTGTGGAGGGCTCAACTGGAGGCAAAGTGGCCCAACTCAAGATCACTCAGCGGCTCCGTTT  2513

Query 2511  GGACCAGCCCAAGTTGGATGAAGTAACTCGACGCATCAAAGTAGCAGGGCCCAATGGTTATGCCATTCTTTTGG  2584
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||..|||
Sbjct 2514  GGACCAACCCAAGTTGGATGAAGTAACTCGACGCATCAAAGTGGCAGGGCCTAATGGTTATGCCATTCTCCTGG  2587

Query 2585  CTGTGCCTGGAAGTTCTGACAGCCGGTCCTCCTCTTCCTCAGCTGCATCAGACACTGCCACTTCTACTCAGAGG  2658
            ||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||..||||||||||||||.|.||||||||||||
Sbjct 2588  CTGTACCTGGAAGTTCTGACAGCCGATCTTCCTCTTCCTCAGCCACATCAGACACTGCCGCCTCTACTCAGAGG  2661

Query 2659  CCACTTAGGAACCTTGTGTCCTATTTAAAGCAAAAGCAGGCAGCCGGGGTGATCAGCCTCCCTGTGGGGGGCAA  2732
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2662  CCACTTAGGAACCTTGTGTCCTATTTAAAGCAAAAGCAGGCAGCTGGGGTGATCAGCCTCCCTGTGGGAGGCAA  2735

Query 2733  CAAAGACAAGGAAAACACCGGGGTCCTTCATGCCTTCCCACCTTGTGAGTTCTCCCAGCAGTTCCTGGATTCCC  2806
            .|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2736  TAAAGACAAGGAAAACACCGGGGTTCTTCATGCCTTCCCACCTTGTGAGTTCTCTCAGCAGTTCCTGGATTCCC  2809

Query 2807  CTGCCAAGGCACTGGCCAAATCTGAAGAAGATTACCTGGTCATGATCATTGTCCGTGCAAAACTGGTTGAACAG  2880
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2810  CTGCCAAGGCACTGGCCAAATCTGAAGAAGATTACCTGGTCATGATCATTGTCCGTGCAAAACTGG-TGAACAG  2882

Query 2881  CGGATGAAGATATGGAATTCAAAGCTC  2907
            ||||                       
Sbjct 2883  CGGA-----------------------  2886