Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12519
• Subject: NM_001048183.3
• Aligned Length: 2125
• Identities: 1849
• Gaps: 254

Alignment

Query    1  ------------------------------------------------ATGGTCCTGGACAGTGTGGAAGCAGG  26
                                                            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGAAGATCCATTTGAGGAAGCAGACCAGCCCACTACAGAGCCAGGCATGGTCCTGGACAGTGTGGAAGCAGG  74

Query   27  AGACACAACACCTCCTACCAAAAGGAAGAGCAAGTTCTCAGGCTTTGGCAAGATCTTCAAGCCCTGGAAATGGA  100
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGACACAACACCTCCTACCAAAAGGAAGAGCAAGTTCTCAGGCTTTGGCAAGATCTTCAAGCCCTGGAAATGGA  148

Query  101  GGAAAAAAAAAAGTAGTGATAAATTTAAAGAGACTTCAGAAGTTTTAGAACGGAAAATATCTATGCGAAAGCCA  174
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GGAAAAAAAAAAGTAGTGATAAATTTAAAGAGACTTCAGAAGTTTTAGAACGGAAAATATCTATGCGAAAGCCA  222

Query  175  AGAGAAGAGCTGGTTAAGAGAGGGGTTCTGTTGGAAGACCCTGAGCAAGGTGGTGAGGATCCAGGAAAGCCAAG  248
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGAGAAGAGCTGGTTAAAAGAGGGGTTCTGTTGGAAGACCCTGAGCAAGGTGGTGAGGATCCAGGAAAGCCAAG  296

Query  249  CGATGCCATGTTAAAGAATGGCCATACCACCCCCATAGGGAATGCCAGATCATCTAGTCCAGTCCAAGTAGAGG  322
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CGATGCCATGTTAAAGAATGGCCATACCACCCCCATAGGGAATGCCAGATCATCTAGTCCAGTCCAAGTAGAGG  370

Query  323  AAGAGCCAGTAAGATTAGCAAGTCTTAGGAAAGCTATTCCAGAAGAGGACCTAAAGAAACGACTAGGCTCAACT  396
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGAGCCAGTAAGATTAGCAAGTCTTAGGAAAGCTATTCCAGAAGAGGACCTAAAGAAACGACTAGGCTCAACT  444

Query  397  GGAAGCCAGCCTAATTCTGAAGCAGAGTCTGTTCCTGAGAATGTACCCAAACCACCTTTACTTCCTCCCAAAAG  470
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GGAAGCCAGCCTAATTCTGAAGCAGAGTCTGTTCCTGAGAATGTACCCAAACCACCTTTACTTCCTCCCAAAAG  518

Query  471  ACCCTTGTCCTCTTCTCATGAAGCAAGTGAAGGGCAAGCAAAGGATGCCACTTCCTCTGGCGGCACGGCAAGGT  544
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ACCCTTGTCCTCTTCTCATGAAGCAAGTGAAGGGCAAGCAAAGGATGCCACTTCCTCTGGCGGCACGGCAAGGT  592

Query  545  TCATCATCTCCACCTCCATCACCACAGCACCCGCTGCCACCACTGCTGCCACAAGCCTTGCAAAGACTGTTAAT  618
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCATCATCTCCACCTCCATCACCACAGCACCCGCTGCCACCACTGCTGCCACAAGCCTTGCAAAGACTGTTAAT  666

Query  619  CTCTCTGTCACCCCTTCCCCAGCACCCAGGACTCTGCCTGCTGCTCCTGCCAGCACTAACACTACTGCTACCCC  692
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTCTCTGTCACCCCTTCCCCAGCACCCAGGACTCTGCCTGCTGCTCCTGCCAGCACTAACACTACTGCTACCCC  740

Query  693  AAGCCTCACTCATATGGTCCCTGCCAAGCAGCCCCCTATCCCTCCCCCTAAACCAGCTCACAGAAATAGCAACC  766
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AAGCCTCACTCATATGGTCCCTGCCAAGCAGCCCCCTATCCCTCCCCCTAAACCAGCTCACAGAAATAGCAACC  814

Query  767  CTGTCATTGCTGAACTGTCCCAAGCAATAAACAGTGGTACATTGTTATCAAAACCGTCCCCACCCTTACCACCT  840
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTGTCATTGCTGAACTGTCCCAAGCAATAAACAGTGGTACATTGTTATCAAAACCGTCCCCACCCTTACCACCT  888

Query  841  AAGAGAGGCATTCCATCAACCTCAGTACCCACCTTGGAGTCTGCTGCTGCCATCACCACAAAAACACCAAGTGA  914
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAGAGAGGCATTCCATCAACCTCAGTACCCACCTTGGAGTCTGCTGCTGCCATCACCACAAAAACACCAAGTGA  962

Query  915  TGAAAGAGAGAAGAGCACGTGTTCTATGGGCTCGGAACTACTACCAATGATCTCACCTCGCTCTCCGTCCCCCC  988
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGAAAGAGAGAAGAGCACGTGTTCTATGGGCTCGGAACTACTACCAATGATCTCACCTCGCTCTCCGTCCCCCC  1036

Query  989  CACTGCCTACTCATATACCTCCAGAGCCTCCACGCACCCCTCCATTCCCTGCTAAGACTTTTCAAGTTGTGCCA  1062
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CACTGCCTACTCATATACCTCCAGAGCCTCCACGCACCCCTCCATTCCCTGCTAAGACTTTTCAAGTTGTGCCA  1110

Query 1063  GAAATTGAGTTTCCACCATCCTTAGATCTACACCAGGAGATTCCCCAGCAGGAAGATCAGAAAAAGGAAGTCCC  1136
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GAAATTGAGTTTCCACCATCCTTAGATCTACACCAGGAGATTCCCCAGCAGGAAGATCAGAAAAAGGAAGTCCC  1184

Query 1137  CAAGAGGATACTGGACCAGAACTTTGGGGAGCCCCATATACCCTCTAGGCTGCCTCCACTCCCACTGCATATTC  1210
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CAAGAGGATACTGGACCAGAACTTTGGGGAGCCCCATATACCCTCTAGGCTGCCTCCACTCCCACTGCATATTC  1258

Query 1211  GAATCCAGCAGGCCCTCACCAGCCCACTTCCCATGACTCCTATTCTGGAGGGTTCTCACAGAGCTCATTCGTTG  1284
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GAATCCAGCAGGCCCTCACCAGCCCACTTCCCATGACTCCTATTCTGGAGGGTTCTCACAGAGCTCATTCGTTG  1332

Query 1285  CTTTTTGAAAACAGTGACAGCTTTTCTGAGGACAGCAGTACGCTGGGTCGGACCAGGTCTCTTCCCATCACTAT  1358
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTTTTTGAAAACAGTGACAGCTTTTCTGAGGACAGCAGTACGCTGGGTCGGACCAGGTCTCTTCCCATCACTAT  1406

Query 1359  TGAAATGCTAAAAGTTCCAGACGATGAAGAAGAAGAGGAGCAAACCTGTCCATCCACATTCAGTGAAGAAATGA  1432
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGAAATGCTAAAAGTTCCAGACGATGAAGAAGAAGAGGAGCAAACCTGTCCATCCACATTCAGTGAAGAAATGA  1480

Query 1433  CACCTACCTCAGTCATTCCTAAATTACCACAGTGTCTACGGGAGGAAGAAGAGAAGGAGAGCGACTCTGATTCA  1506
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CACCTACCTCAGTCATTCCTAAATTACCACAGTGTCTACGGGAGGAAGAAGAGAAGGAGAGCGACTCTGATTCA  1554

Query 1507  GAAGGTCCCATTCAGTACCGAGATGAAGAAGATGAAGATGAAAGCTATCAGAGTGCTCTCGCCAACAAAGTGAA  1580
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GAAGGTCCCATTCAGTACCGAGATGAAGAAGATGAAGATGAAAGCTATCAGAGTGCTCTCGCCAACAAAGTGAA  1628

Query 1581  GAGGAAAGACACACTGGCAATGAAGTTGAACCACAGACCCAGTGAACCAGAGTTGAACCTGAATTCTTGGCCTT  1654
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GAGGAAAGACACACTGGCAATGAAGTTGAACCACAGACCCAGTGAACCAGAGTTGAACCTGAATTCTTGGCCTT  1702

Query 1655  GTAAAAGCAAGGAGGAGTGGAATGAAATACGGCACCAGATTGGAAACACACTGATCCGGCGACTGAGTCAAAGA  1728
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GTAAAAGCAAGGAGGAGTGGAATGAAATACGGCACCAGATTGGAAACACACTGATCCGGCGACTGAGTCAAAGA  1776

Query 1729  CCAACACCAGAAGAACTAGAACAACGCAATATATTGCAAC---AATAT-----------------AGA-----G  1777
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||.||                 |||     |
Sbjct 1777  CCAACACCAGAAGAACTAGAACAACGCAATATATTGCAACCTAAAAATGAAGCTGATCGTCAGGCAGAAAAACG  1850

Query 1778  TGAAATTTGGCCTTAAAAGTCTCCTCACTGAGAAGGTTTGG----------------GCT----TCCTTG---G  1828
            .||||       |||||.|||..|||||| ||||.|.|..|                |||    ||||||   |
Sbjct 1851  AGAAA-------TTAAACGTCGGCTCACT-AGAAAGCTCAGTCAAAGGCCAACTGTCGCTGAACTCCTTGCCAG  1916

Query 1829  GGCTATT-TG--------TGAGCATGTTCAG------------------TCTGAC-----------CAATCCAT  1864
            |...||| ||        |||..||||..||                  |.||||           |||.||.|
Sbjct 1917  GAAGATTCTGAGGTTTAATGAATATGTAGAGGTAACAGATGCTCAAGATTATGACCGGCGAGCCGACAAACCTT  1990

Query 1865  ------------CCCCTGTTCTCTCAGCACT-ACTTGGC-----------------------------------  1890
                        ||||||           || ||..|||                                   
Sbjct 1991  GGACCAAACTGACCCCTG-----------CTGACAAGGCTGCCATAAGAAAAGAATTAAATGAATTTAAAAGCT  2053

Query 1891  -----------------------------------------------------  1890
                                                                 
Sbjct 2054  CCGAGATGGAGGTTCATGAAGAGAGCAAACATTTTACACGCTACCATCGTCCA  2106