Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12519
• Subject: NM_001350159.2
• Aligned Length: 2149
• Identities: 1849
• Gaps: 278

Alignment

Query    1  ------------------------------------------------------------------------AT  2
                                                                                    ||
Sbjct    1  ATGGAAGATCCATTTGACTTCTCCAGAGAACCTTGGAACAAGGAAGCAGACCAGCCCACTACAGAGCCAGGCAT  74

Query    3  GGTCCTGGACAGTGTGGAAGCAGGAGACACAACACCTCCTACCAAAAGGAAGAGCAAGTTCTCAGGCTTTGGCA  76
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGTCCTGGACAGTGTGGAAGCAGGAGACACAACACCTCCTACCAAAAGGAAGAGCAAGTTCTCAGGCTTTGGCA  148

Query   77  AGATCTTCAAGCCCTGGAAATGGAGGAAAAAAAAAAGTAGTGATAAATTTAAAGAGACTTCAGAAGTTTTAGAA  150
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AGATCTTCAAGCCCTGGAAATGGAGGAAAAAAAAAAGTAGTGATAAATTTAAAGAGACTTCAGAAGTTTTAGAA  222

Query  151  CGGAAAATATCTATGCGAAAGCCAAGAGAAGAGCTGGTTAAGAGAGGGGTTCTGTTGGAAGACCCTGAGCAAGG  224
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CGGAAAATATCTATGCGAAAGCCAAGAGAAGAGCTGGTTAAAAGAGGGGTTCTGTTGGAAGACCCTGAGCAAGG  296

Query  225  TGGTGAGGATCCAGGAAAGCCAAGCGATGCCATGTTAAAGAATGGCCATACCACCCCCATAGGGAATGCCAGAT  298
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGGTGAGGATCCAGGAAAGCCAAGCGATGCCATGTTAAAGAATGGCCATACCACCCCCATAGGGAATGCCAGAT  370

Query  299  CATCTAGTCCAGTCCAAGTAGAGGAAGAGCCAGTAAGATTAGCAAGTCTTAGGAAAGCTATTCCAGAAGAGGAC  372
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CATCTAGTCCAGTCCAAGTAGAGGAAGAGCCAGTAAGATTAGCAAGTCTTAGGAAAGCTATTCCAGAAGAGGAC  444

Query  373  CTAAAGAAACGACTAGGCTCAACTGGAAGCCAGCCTAATTCTGAAGCAGAGTCTGTTCCTGAGAATGTACCCAA  446
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTAAAGAAACGACTAGGCTCAACTGGAAGCCAGCCTAATTCTGAAGCAGAGTCTGTTCCTGAGAATGTACCCAA  518

Query  447  ACCACCTTTACTTCCTCCCAAAAGACCCTTGTCCTCTTCTCATGAAGCAAGTGAAGGGCAAGCAAAGGATGCCA  520
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ACCACCTTTACTTCCTCCCAAAAGACCCTTGTCCTCTTCTCATGAAGCAAGTGAAGGGCAAGCAAAGGATGCCA  592

Query  521  CTTCCTCTGGCGGCACGGCAAGGTTCATCATCTCCACCTCCATCACCACAGCACCCGCTGCCACCACTGCTGCC  594
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTTCCTCTGGCGGCACGGCAAGGTTCATCATCTCCACCTCCATCACCACAGCACCCGCTGCCACCACTGCTGCC  666

Query  595  ACAAGCCTTGCAAAGACTGTTAATCTCTCTGTCACCCCTTCCCCAGCACCCAGGACTCTGCCTGCTGCTCCTGC  668
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACAAGCCTTGCAAAGACTGTTAATCTCTCTGTCACCCCTTCCCCAGCACCCAGGACTCTGCCTGCTGCTCCTGC  740

Query  669  CAGCACTAACACTACTGCTACCCCAAGCCTCACTCATATGGTCCCTGCCAAGCAGCCCCCTATCCCTCCCCCTA  742
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CAGCACTAACACTACTGCTACCCCAAGCCTCACTCATATGGTCCCTGCCAAGCAGCCCCCTATCCCTCCCCCTA  814

Query  743  AACCAGCTCACAGAAATAGCAACCCTGTCATTGCTGAACTGTCCCAAGCAATAAACAGTGGTACATTGTTATCA  816
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AACCAGCTCACAGAAATAGCAACCCTGTCATTGCTGAACTGTCCCAAGCAATAAACAGTGGTACATTGTTATCA  888

Query  817  AAACCGTCCCCACCCTTACCACCTAAGAGAGGCATTCCATCAACCTCAGTACCCACCTTGGAGTCTGCTGCTGC  890
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAACCGTCCCCACCCTTACCACCTAAGAGAGGCATTCCATCAACCTCAGTACCCACCTTGGAGTCTGCTGCTGC  962

Query  891  CATCACCACAAAAACACCAAGTGATGAAAGAGAGAAGAGCACGTGTTCTATGGGCTCGGAACTACTACCAATGA  964
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CATCACCACAAAAACACCAAGTGATGAAAGAGAGAAGAGCACGTGTTCTATGGGCTCGGAACTACTACCAATGA  1036

Query  965  TCTCACCTCGCTCTCCGTCCCCCCCACTGCCTACTCATATACCTCCAGAGCCTCCACGCACCCCTCCATTCCCT  1038
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TCTCACCTCGCTCTCCGTCCCCCCCACTGCCTACTCATATACCTCCAGAGCCTCCACGCACCCCTCCATTCCCT  1110

Query 1039  GCTAAGACTTTTCAAGTTGTGCCAGAAATTGAGTTTCCACCATCCTTAGATCTACACCAGGAGATTCCCCAGCA  1112
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GCTAAGACTTTTCAAGTTGTGCCAGAAATTGAGTTTCCACCATCCTTAGATCTACACCAGGAGATTCCCCAGCA  1184

Query 1113  GGAAGATCAGAAAAAGGAAGTCCCCAAGAGGATACTGGACCAGAACTTTGGGGAGCCCCATATACCCTCTAGGC  1186
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGAAGATCAGAAAAAGGAAGTCCCCAAGAGGATACTGGACCAGAACTTTGGGGAGCCCCATATACCCTCTAGGC  1258

Query 1187  TGCCTCCACTCCCACTGCATATTCGAATCCAGCAGGCCCTCACCAGCCCACTTCCCATGACTCCTATTCTGGAG  1260
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TGCCTCCACTCCCACTGCATATTCGAATCCAGCAGGCCCTCACCAGCCCACTTCCCATGACTCCTATTCTGGAG  1332

Query 1261  GGTTCTCACAGAGCTCATTCGTTGCTTTTTGAAAACAGTGACAGCTTTTCTGAGGACAGCAGTACGCTGGGTCG  1334
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GGTTCTCACAGAGCTCATTCGTTGCTTTTTGAAAACAGTGACAGCTTTTCTGAGGACAGCAGTACGCTGGGTCG  1406

Query 1335  GACCAGGTCTCTTCCCATCACTATTGAAATGCTAAAAGTTCCAGACGATGAAGAAGAAGAGGAGCAAACCTGTC  1408
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GACCAGGTCTCTTCCCATCACTATTGAAATGCTAAAAGTTCCAGACGATGAAGAAGAAGAGGAGCAAACCTGTC  1480

Query 1409  CATCCACATTCAGTGAAGAAATGACACCTACCTCAGTCATTCCTAAATTACCACAGTGTCTACGGGAGGAAGAA  1482
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CATCCACATTCAGTGAAGAAATGACACCTACCTCAGTCATTCCTAAATTACCACAGTGTCTACGGGAGGAAGAA  1554

Query 1483  GAGAAGGAGAGCGACTCTGATTCAGAAGGTCCCATTCAGTACCGAGATGAAGAAGATGAAGATGAAAGCTATCA  1556
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GAGAAGGAGAGCGACTCTGATTCAGAAGGTCCCATTCAGTACCGAGATGAAGAAGATGAAGATGAAAGCTATCA  1628

Query 1557  GAGTGCTCTCGCCAACAAAGTGAAGAGGAAAGACACACTGGCAATGAAGTTGAACCACAGACCCAGTGAACCAG  1630
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GAGTGCTCTCGCCAACAAAGTGAAGAGGAAAGACACACTGGCAATGAAGTTGAACCACAGACCCAGTGAACCAG  1702

Query 1631  AGTTGAACCTGAATTCTTGGCCTTGTAAAAGCAAGGAGGAGTGGAATGAAATACGGCACCAGATTGGAAACACA  1704
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGTTGAACCTGAATTCTTGGCCTTGTAAAAGCAAGGAGGAGTGGAATGAAATACGGCACCAGATTGGAAACACA  1776

Query 1705  CTGATCCGGCGACTGAGTCAAAGACCAACACCAGAAGAACTAGAACAACGCAATATATTGCAAC---AATAT--  1773
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||.||  
Sbjct 1777  CTGATCCGGCGACTGAGTCAAAGACCAACACCAGAAGAACTAGAACAACGCAATATATTGCAACCTAAAAATGA  1850

Query 1774  ---------------AGA-----GTGAAATTTGGCCTTAAAAGTCTCCTCACTGAGAAGGTTTGG---------  1818
                           |||     |.||||       |||||.|||..|||||| ||||.|.|..|         
Sbjct 1851  AGCTGATCGTCAGGCAGAAAAACGAGAAA-------TTAAACGTCGGCTCACT-AGAAAGCTCAGTCAAAGGCC  1916

Query 1819  -------GCT----TCCTTG---GGGCTATT-TG--------TGAGCATGTTCAG------------------T  1851
                   |||    ||||||   ||...||| ||        |||..||||..||                  |
Sbjct 1917  AACTGTCGCTGAACTCCTTGCCAGGAAGATTCTGAGGTTTAATGAATATGTAGAGGTAACAGATGCTCAAGATT  1990

Query 1852  CTGAC-----------CAATCCAT------------CCCCTGTTCTCTCAGCACT-ACTTGGC-----------  1890
            .||||           |||.||.|            ||||||           || ||..|||           
Sbjct 1991  ATGACCGGCGAGCCGACAAACCTTGGACCAAACTGACCCCTG-----------CTGACAAGGCTGCCATAAGAA  2053

Query 1891  --------------------------------------------------------------------------  1890
                                                                                      
Sbjct 2054  AAGAATTAAATGAATTTAAAAGCTCCGAGATGGAGGTTCATGAAGAGAGCAAACATTTTACACGCTACCATCGT  2127

Query 1891  ---  1890
               
Sbjct 2128  CCA  2130