Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_12519
- Subject:
- NM_001350160.2
- Aligned Length:
- 2125
- Identities:
- 1849
- Gaps:
- 254
Alignment
Query 1 ------------------------------------------------ATGGTCCTGGACAGTGTGGAAGCAGG 26
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAAGATCCATTTGAGGAAGCAGACCAGCCCACTACAGAGCCAGGCATGGTCCTGGACAGTGTGGAAGCAGG 74
Query 27 AGACACAACACCTCCTACCAAAAGGAAGAGCAAGTTCTCAGGCTTTGGCAAGATCTTCAAGCCCTGGAAATGGA 100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 AGACACAACACCTCCTACCAAAAGGAAGAGCAAGTTCTCAGGCTTTGGCAAGATCTTCAAGCCCTGGAAATGGA 148
Query 101 GGAAAAAAAAAAGTAGTGATAAATTTAAAGAGACTTCAGAAGTTTTAGAACGGAAAATATCTATGCGAAAGCCA 174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 GGAAAAAAAAAAGTAGTGATAAATTTAAAGAGACTTCAGAAGTTTTAGAACGGAAAATATCTATGCGAAAGCCA 222
Query 175 AGAGAAGAGCTGGTTAAGAGAGGGGTTCTGTTGGAAGACCCTGAGCAAGGTGGTGAGGATCCAGGAAAGCCAAG 248
|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 AGAGAAGAGCTGGTTAAAAGAGGGGTTCTGTTGGAAGACCCTGAGCAAGGTGGTGAGGATCCAGGAAAGCCAAG 296
Query 249 CGATGCCATGTTAAAGAATGGCCATACCACCCCCATAGGGAATGCCAGATCATCTAGTCCAGTCCAAGTAGAGG 322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CGATGCCATGTTAAAGAATGGCCATACCACCCCCATAGGGAATGCCAGATCATCTAGTCCAGTCCAAGTAGAGG 370
Query 323 AAGAGCCAGTAAGATTAGCAAGTCTTAGGAAAGCTATTCCAGAAGAGGACCTAAAGAAACGACTAGGCTCAACT 396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 AAGAGCCAGTAAGATTAGCAAGTCTTAGGAAAGCTATTCCAGAAGAGGACCTAAAGAAACGACTAGGCTCAACT 444
Query 397 GGAAGCCAGCCTAATTCTGAAGCAGAGTCTGTTCCTGAGAATGTACCCAAACCACCTTTACTTCCTCCCAAAAG 470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 GGAAGCCAGCCTAATTCTGAAGCAGAGTCTGTTCCTGAGAATGTACCCAAACCACCTTTACTTCCTCCCAAAAG 518
Query 471 ACCCTTGTCCTCTTCTCATGAAGCAAGTGAAGGGCAAGCAAAGGATGCCACTTCCTCTGGCGGCACGGCAAGGT 544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 ACCCTTGTCCTCTTCTCATGAAGCAAGTGAAGGGCAAGCAAAGGATGCCACTTCCTCTGGCGGCACGGCAAGGT 592
Query 545 TCATCATCTCCACCTCCATCACCACAGCACCCGCTGCCACCACTGCTGCCACAAGCCTTGCAAAGACTGTTAAT 618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 TCATCATCTCCACCTCCATCACCACAGCACCCGCTGCCACCACTGCTGCCACAAGCCTTGCAAAGACTGTTAAT 666
Query 619 CTCTCTGTCACCCCTTCCCCAGCACCCAGGACTCTGCCTGCTGCTCCTGCCAGCACTAACACTACTGCTACCCC 692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 CTCTCTGTCACCCCTTCCCCAGCACCCAGGACTCTGCCTGCTGCTCCTGCCAGCACTAACACTACTGCTACCCC 740
Query 693 AAGCCTCACTCATATGGTCCCTGCCAAGCAGCCCCCTATCCCTCCCCCTAAACCAGCTCACAGAAATAGCAACC 766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 AAGCCTCACTCATATGGTCCCTGCCAAGCAGCCCCCTATCCCTCCCCCTAAACCAGCTCACAGAAATAGCAACC 814
Query 767 CTGTCATTGCTGAACTGTCCCAAGCAATAAACAGTGGTACATTGTTATCAAAACCGTCCCCACCCTTACCACCT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 CTGTCATTGCTGAACTGTCCCAAGCAATAAACAGTGGTACATTGTTATCAAAACCGTCCCCACCCTTACCACCT 888
Query 841 AAGAGAGGCATTCCATCAACCTCAGTACCCACCTTGGAGTCTGCTGCTGCCATCACCACAAAAACACCAAGTGA 914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 AAGAGAGGCATTCCATCAACCTCAGTACCCACCTTGGAGTCTGCTGCTGCCATCACCACAAAAACACCAAGTGA 962
Query 915 TGAAAGAGAGAAGAGCACGTGTTCTATGGGCTCGGAACTACTACCAATGATCTCACCTCGCTCTCCGTCCCCCC 988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 TGAAAGAGAGAAGAGCACGTGTTCTATGGGCTCGGAACTACTACCAATGATCTCACCTCGCTCTCCGTCCCCCC 1036
Query 989 CACTGCCTACTCATATACCTCCAGAGCCTCCACGCACCCCTCCATTCCCTGCTAAGACTTTTCAAGTTGTGCCA 1062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 CACTGCCTACTCATATACCTCCAGAGCCTCCACGCACCCCTCCATTCCCTGCTAAGACTTTTCAAGTTGTGCCA 1110
Query 1063 GAAATTGAGTTTCCACCATCCTTAGATCTACACCAGGAGATTCCCCAGCAGGAAGATCAGAAAAAGGAAGTCCC 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 GAAATTGAGTTTCCACCATCCTTAGATCTACACCAGGAGATTCCCCAGCAGGAAGATCAGAAAAAGGAAGTCCC 1184
Query 1137 CAAGAGGATACTGGACCAGAACTTTGGGGAGCCCCATATACCCTCTAGGCTGCCTCCACTCCCACTGCATATTC 1210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 CAAGAGGATACTGGACCAGAACTTTGGGGAGCCCCATATACCCTCTAGGCTGCCTCCACTCCCACTGCATATTC 1258
Query 1211 GAATCCAGCAGGCCCTCACCAGCCCACTTCCCATGACTCCTATTCTGGAGGGTTCTCACAGAGCTCATTCGTTG 1284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GAATCCAGCAGGCCCTCACCAGCCCACTTCCCATGACTCCTATTCTGGAGGGTTCTCACAGAGCTCATTCGTTG 1332
Query 1285 CTTTTTGAAAACAGTGACAGCTTTTCTGAGGACAGCAGTACGCTGGGTCGGACCAGGTCTCTTCCCATCACTAT 1358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 CTTTTTGAAAACAGTGACAGCTTTTCTGAGGACAGCAGTACGCTGGGTCGGACCAGGTCTCTTCCCATCACTAT 1406
Query 1359 TGAAATGCTAAAAGTTCCAGACGATGAAGAAGAAGAGGAGCAAACCTGTCCATCCACATTCAGTGAAGAAATGA 1432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 TGAAATGCTAAAAGTTCCAGACGATGAAGAAGAAGAGGAGCAAACCTGTCCATCCACATTCAGTGAAGAAATGA 1480
Query 1433 CACCTACCTCAGTCATTCCTAAATTACCACAGTGTCTACGGGAGGAAGAAGAGAAGGAGAGCGACTCTGATTCA 1506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 CACCTACCTCAGTCATTCCTAAATTACCACAGTGTCTACGGGAGGAAGAAGAGAAGGAGAGCGACTCTGATTCA 1554
Query 1507 GAAGGTCCCATTCAGTACCGAGATGAAGAAGATGAAGATGAAAGCTATCAGAGTGCTCTCGCCAACAAAGTGAA 1580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GAAGGTCCCATTCAGTACCGAGATGAAGAAGATGAAGATGAAAGCTATCAGAGTGCTCTCGCCAACAAAGTGAA 1628
Query 1581 GAGGAAAGACACACTGGCAATGAAGTTGAACCACAGACCCAGTGAACCAGAGTTGAACCTGAATTCTTGGCCTT 1654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 GAGGAAAGACACACTGGCAATGAAGTTGAACCACAGACCCAGTGAACCAGAGTTGAACCTGAATTCTTGGCCTT 1702
Query 1655 GTAAAAGCAAGGAGGAGTGGAATGAAATACGGCACCAGATTGGAAACACACTGATCCGGCGACTGAGTCAAAGA 1728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 GTAAAAGCAAGGAGGAGTGGAATGAAATACGGCACCAGATTGGAAACACACTGATCCGGCGACTGAGTCAAAGA 1776
Query 1729 CCAACACCAGAAGAACTAGAACAACGCAATATATTGCAAC---AATAT-----------------AGA-----G 1777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||.|| ||| |
Sbjct 1777 CCAACACCAGAAGAACTAGAACAACGCAATATATTGCAACCTAAAAATGAAGCTGATCGTCAGGCAGAAAAACG 1850
Query 1778 TGAAATTTGGCCTTAAAAGTCTCCTCACTGAGAAGGTTTGG----------------GCT----TCCTTG---G 1828
.|||| |||||.|||..|||||| ||||.|.|..| ||| |||||| |
Sbjct 1851 AGAAA-------TTAAACGTCGGCTCACT-AGAAAGCTCAGTCAAAGGCCAACTGTCGCTGAACTCCTTGCCAG 1916
Query 1829 GGCTATT-TG--------TGAGCATGTTCAG------------------TCTGAC-----------CAATCCAT 1864
|...||| || |||..||||..|| |.|||| |||.||.|
Sbjct 1917 GAAGATTCTGAGGTTTAATGAATATGTAGAGGTAACAGATGCTCAAGATTATGACCGGCGAGCCGACAAACCTT 1990
Query 1865 ------------CCCCTGTTCTCTCAGCACT-ACTTGGC----------------------------------- 1890
|||||| || ||..|||
Sbjct 1991 GGACCAAACTGACCCCTG-----------CTGACAAGGCTGCCATAAGAAAAGAATTAAATGAATTTAAAAGCT 2053
Query 1891 ----------------------------------------------------- 1890
Sbjct 2054 CCGAGATGGAGGTTCATGAAGAGAGCAAACATTTTACACGCTACCATCGTCCA 2106