Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12519
• Subject: NM_023923.4
• Aligned Length: 2155
• Identities: 1849
• Gaps: 284

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGGACAAGCTGATGTCTCCAGACCGGTAAATCCAGATGCAGTTGAGGAAGCAGACCAGCCCACTACAGAGCC  74

Query    1  ----ATGGTCCTGGACAGTGTGGAAGCAGGAGACACAACACCTCCTACCAAAAGGAAGAGCAAGTTCTCAGGCT  70
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGGCATGGTCCTGGACAGTGTGGAAGCAGGAGACACAACACCTCCTACCAAAAGGAAGAGCAAGTTCTCAGGCT  148

Query   71  TTGGCAAGATCTTCAAGCCCTGGAAATGGAGGAAAAAAAAAAGTAGTGATAAATTTAAAGAGACTTCAGAAGTT  144
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TTGGCAAGATCTTCAAGCCCTGGAAATGGAGGAAAAAAAAAAGTAGTGATAAATTTAAAGAGACTTCAGAAGTT  222

Query  145  TTAGAACGGAAAATATCTATGCGAAAGCCAAGAGAAGAGCTGGTTAAGAGAGGGGTTCTGTTGGAAGACCCTGA  218
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTAGAACGGAAAATATCTATGCGAAAGCCAAGAGAAGAGCTGGTTAAAAGAGGGGTTCTGTTGGAAGACCCTGA  296

Query  219  GCAAGGTGGTGAGGATCCAGGAAAGCCAAGCGATGCCATGTTAAAGAATGGCCATACCACCCCCATAGGGAATG  292
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GCAAGGTGGTGAGGATCCAGGAAAGCCAAGCGATGCCATGTTAAAGAATGGCCATACCACCCCCATAGGGAATG  370

Query  293  CCAGATCATCTAGTCCAGTCCAAGTAGAGGAAGAGCCAGTAAGATTAGCAAGTCTTAGGAAAGCTATTCCAGAA  366
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCAGATCATCTAGTCCAGTCCAAGTAGAGGAAGAGCCAGTAAGATTAGCAAGTCTTAGGAAAGCTATTCCAGAA  444

Query  367  GAGGACCTAAAGAAACGACTAGGCTCAACTGGAAGCCAGCCTAATTCTGAAGCAGAGTCTGTTCCTGAGAATGT  440
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAGGACCTAAAGAAACGACTAGGCTCAACTGGAAGCCAGCCTAATTCTGAAGCAGAGTCTGTTCCTGAGAATGT  518

Query  441  ACCCAAACCACCTTTACTTCCTCCCAAAAGACCCTTGTCCTCTTCTCATGAAGCAAGTGAAGGGCAAGCAAAGG  514
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ACCCAAACCACCTTTACTTCCTCCCAAAAGACCCTTGTCCTCTTCTCATGAAGCAAGTGAAGGGCAAGCAAAGG  592

Query  515  ATGCCACTTCCTCTGGCGGCACGGCAAGGTTCATCATCTCCACCTCCATCACCACAGCACCCGCTGCCACCACT  588
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATGCCACTTCCTCTGGCGGCACGGCAAGGTTCATCATCTCCACCTCCATCACCACAGCACCCGCTGCCACCACT  666

Query  589  GCTGCCACAAGCCTTGCAAAGACTGTTAATCTCTCTGTCACCCCTTCCCCAGCACCCAGGACTCTGCCTGCTGC  662
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCTGCCACAAGCCTTGCAAAGACTGTTAATCTCTCTGTCACCCCTTCCCCAGCACCCAGGACTCTGCCTGCTGC  740

Query  663  TCCTGCCAGCACTAACACTACTGCTACCCCAAGCCTCACTCATATGGTCCCTGCCAAGCAGCCCCCTATCCCTC  736
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TCCTGCCAGCACTAACACTACTGCTACCCCAAGCCTCACTCATATGGTCCCTGCCAAGCAGCCCCCTATCCCTC  814

Query  737  CCCCTAAACCAGCTCACAGAAATAGCAACCCTGTCATTGCTGAACTGTCCCAAGCAATAAACAGTGGTACATTG  810
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CCCCTAAACCAGCTCACAGAAATAGCAACCCTGTCATTGCTGAACTGTCCCAAGCAATAAACAGTGGTACATTG  888

Query  811  TTATCAAAACCGTCCCCACCCTTACCACCTAAGAGAGGCATTCCATCAACCTCAGTACCCACCTTGGAGTCTGC  884
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TTATCAAAACCGTCCCCACCCTTACCACCTAAGAGAGGCATTCCATCAACCTCAGTACCCACCTTGGAGTCTGC  962

Query  885  TGCTGCCATCACCACAAAAACACCAAGTGATGAAAGAGAGAAGAGCACGTGTTCTATGGGCTCGGAACTACTAC  958
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGCTGCCATCACCACAAAAACACCAAGTGATGAAAGAGAGAAGAGCACGTGTTCTATGGGCTCGGAACTACTAC  1036

Query  959  CAATGATCTCACCTCGCTCTCCGTCCCCCCCACTGCCTACTCATATACCTCCAGAGCCTCCACGCACCCCTCCA  1032
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CAATGATCTCACCTCGCTCTCCGTCCCCCCCACTGCCTACTCATATACCTCCAGAGCCTCCACGCACCCCTCCA  1110

Query 1033  TTCCCTGCTAAGACTTTTCAAGTTGTGCCAGAAATTGAGTTTCCACCATCCTTAGATCTACACCAGGAGATTCC  1106
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTCCCTGCTAAGACTTTTCAAGTTGTGCCAGAAATTGAGTTTCCACCATCCTTAGATCTACACCAGGAGATTCC  1184

Query 1107  CCAGCAGGAAGATCAGAAAAAGGAAGTCCCCAAGAGGATACTGGACCAGAACTTTGGGGAGCCCCATATACCCT  1180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCAGCAGGAAGATCAGAAAAAGGAAGTCCCCAAGAGGATACTGGACCAGAACTTTGGGGAGCCCCATATACCCT  1258

Query 1181  CTAGGCTGCCTCCACTCCCACTGCATATTCGAATCCAGCAGGCCCTCACCAGCCCACTTCCCATGACTCCTATT  1254
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTAGGCTGCCTCCACTCCCACTGCATATTCGAATCCAGCAGGCCCTCACCAGCCCACTTCCCATGACTCCTATT  1332

Query 1255  CTGGAGGGTTCTCACAGAGCTCATTCGTTGCTTTTTGAAAACAGTGACAGCTTTTCTGAGGACAGCAGTACGCT  1328
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTGGAGGGTTCTCACAGAGCTCATTCGTTGCTTTTTGAAAACAGTGACAGCTTTTCTGAGGACAGCAGTACGCT  1406

Query 1329  GGGTCGGACCAGGTCTCTTCCCATCACTATTGAAATGCTAAAAGTTCCAGACGATGAAGAAGAAGAGGAGCAAA  1402
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGGTCGGACCAGGTCTCTTCCCATCACTATTGAAATGCTAAAAGTTCCAGACGATGAAGAAGAAGAGGAGCAAA  1480

Query 1403  CCTGTCCATCCACATTCAGTGAAGAAATGACACCTACCTCAGTCATTCCTAAATTACCACAGTGTCTACGGGAG  1476
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CCTGTCCATCCACATTCAGTGAAGAAATGACACCTACCTCAGTCATTCCTAAATTACCACAGTGTCTACGGGAG  1554

Query 1477  GAAGAAGAGAAGGAGAGCGACTCTGATTCAGAAGGTCCCATTCAGTACCGAGATGAAGAAGATGAAGATGAAAG  1550
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GAAGAAGAGAAGGAGAGCGACTCTGATTCAGAAGGTCCCATTCAGTACCGAGATGAAGAAGATGAAGATGAAAG  1628

Query 1551  CTATCAGAGTGCTCTCGCCAACAAAGTGAAGAGGAAAGACACACTGGCAATGAAGTTGAACCACAGACCCAGTG  1624
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CTATCAGAGTGCTCTCGCCAACAAAGTGAAGAGGAAAGACACACTGGCAATGAAGTTGAACCACAGACCCAGTG  1702

Query 1625  AACCAGAGTTGAACCTGAATTCTTGGCCTTGTAAAAGCAAGGAGGAGTGGAATGAAATACGGCACCAGATTGGA  1698
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AACCAGAGTTGAACCTGAATTCTTGGCCTTGTAAAAGCAAGGAGGAGTGGAATGAAATACGGCACCAGATTGGA  1776

Query 1699  AACACACTGATCCGGCGACTGAGTCAAAGACCAACACCAGAAGAACTAGAACAACGCAATATATTGCAAC---A  1769
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |
Sbjct 1777  AACACACTGATCCGGCGACTGAGTCAAAGACCAACACCAGAAGAACTAGAACAACGCAATATATTGCAACCTAA  1850

Query 1770  ATAT-----------------AGA-----GTGAAATTTGGCCTTAAAAGTCTCCTCACTGAGAAGGTTTGG---  1818
            |.||                 |||     |.||||       |||||.|||..|||||| ||||.|.|..|   
Sbjct 1851  AAATGAAGCTGATCGTCAGGCAGAAAAACGAGAAA-------TTAAACGTCGGCTCACT-AGAAAGCTCAGTCA  1916

Query 1819  -------------GCT----TCCTTG---GGGCTATT-TG--------TGAGCATGTTCAG-------------  1850
                         |||    ||||||   ||...||| ||        |||..||||..||             
Sbjct 1917  AAGGCCAACTGTCGCTGAACTCCTTGCCAGGAAGATTCTGAGGTTTAATGAATATGTAGAGGTAACAGATGCTC  1990

Query 1851  -----TCTGAC-----------CAATCCAT------------CCCCTGTTCTCTCAGCACT-ACTTGGC-----  1890
                 |.||||           |||.||.|            ||||||           || ||..|||     
Sbjct 1991  AAGATTATGACCGGCGAGCCGACAAACCTTGGACCAAACTGACCCCTG-----------CTGACAAGGCTGCCA  2053

Query 1891  --------------------------------------------------------------------------  1890
                                                                                      
Sbjct 2054  TAAGAAAAGAATTAAATGAATTTAAAAGCTCCGAGATGGAGGTTCATGAAGAGAGCAAACATTTTACACGCTAC  2127

Query 1891  ---------  1890
                     
Sbjct 2128  CATCGTCCA  2136