Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_12577
Subject:
XM_017314136.1
Aligned Length:
3444
Identities:
2590
Gaps:
426

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCGACCCCGGGCATGAGCTGGCAACATCACTATTACGGTAGCTCCACGTCCGGGCCGGCCAAATTCGCGAC  74

Query    1  ----------------------------------------------------ATGCACCTGAAATTGAGCAAGA  22
                                                                ||||||||||||.|||||||||
Sbjct   75  CTCCCCAGCTGCCGCTCAGCTGGCAGGGCACAACATGGACTACAGCCAGGACATGCACCTGAAAATGAGCAAGA  148

Query   23  AAATCGCCCAGCTCACCAAGGTAATATATGCTTTAAACACTAAAAATGATGAGCATGAATCTGCAATTCAAGCC  96
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|||||||||.||.||..||||.|||||.|||
Sbjct  149  AGATCGCCCAGCTCACCAAGGTAATATATGCTTTGAATACTAGAAATGATGAACACGATGCTGCGATTCAGGCC  222

Query   97  CTCAAAGATGCTCATGAAGAAGAAATTCAACAAATTCTTGCTGAAACAAGAGAAAAAATATTGCAGTATAAAAG  170
            |||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||.|||..||.|||||
Sbjct  223  CTCAAAGATGCCCATGAAGAAGAAATCCAACAAATCCTTGCAGAAACAAGAGAAAAAATACTGCTATACAAAAG  296

Query  171  CAAAGTAACAGAGGAGCTAGACCTTAGAAGAAAGATTCAAGTTTTAGAATCATCATTAGAAGATCACATAAAAA  244
            |||.||.||.||.|||.||||||||||.|||||||||||||||||.|||.|.||.||||||||||||||.||||
Sbjct  297  CAAGGTTACCGAAGAGTTAGACCTTAGGAGAAAGATTCAAGTTTTGGAAGCGTCTTTAGAAGATCACATGAAAA  370

Query  245  TGAAGCAGCAGGCTTTGACAGAATTTGAAGCTTATAAGCACAGAGTTGAGGACATGCAACTTTGTGCAGAAGCC  318
            ||||||||.||||||||||.||.||||||||.|||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct  371  TGAAGCAGGAGGCTTTGACCGAGTTTGAAGCCTATAAGCGCAGAGTTGAGGACATGCAGCTTTGTGCAGAGGCC  444

Query  319  CAGCATGTCCAACGCATAGTGACCATGTCTAGAGAAGTCGAAGAGATTAGAAGGAAATTTGAAGAAAAATTACG  392
            ||||||||.||.||||||||.||||||||..|.||.||||||||||||||.|.||||||.|||||||..||.||
Sbjct  445  CAGCATGTTCAGCGCATAGTAACCATGTCCCGGGAGGTCGAAGAGATTAGGAAGAAATTCGAAGAAAGGTTGCG  518

Query  393  GAGCTTTGGACAACTTCAAGTACAGTTTGAAAAAGACAAACGATTGGCATTGGAAGACTTGCAAGCTGCTCACA  466
            |||||||||.||.||.||.||.|||||||||||.|||||||....|||..|||||||..||..|.|..||||||
Sbjct  519  GAGCTTTGGGCAGCTCCAGGTTCAGTTTGAAAATGACAAACAGGCGGCTCTGGAAGATCTGAGAACCACTCACA  592

Query  467  GACAGGAGATACAAGAGCTATTGAAGTCACAGCAGGATCACAGTGCCTCAGTAAATAAAGGCCAGGAAAAGGCA  540
            |.|..||..|.||||||||.|||||||||||||||.|.|||||..||||.||.||....||.||.||.||.||.
Sbjct  593  GGCTCGAAGTCCAAGAGCTGTTGAAGTCACAGCAGAACCACAGCTCCTCCGTGAAACTGGGGCAAGAGAAAGCT  666

Query  541  GAGGAACTACACAGAATGGAGGTGGAGTCCCTAAACAAAATGCTTGAGGAGCTAAGACTTGAACGGAAGAAA--  612
            ||||.|||.|||||.||||||||||||.||.|.|||||.|.|.|..|||||||.|||||.|||   ||||||  
Sbjct  667  GAGGGACTGCACAGGATGGAGGTGGAGGCCTTGAACAACACGGTCAAGGAGCTGAGACTCGAA---AAGAAACA  737

Query  613  -CTAATTGAGGATTATGAAGGCAAGTTGAATAAAGCTC-AGTCCTTTTATGAACGTGAGCTTGATACTTTGAAA  684
             ||.||.|||||.|||||.||||||.|||..||.||.| ||| .||||||||.|||||||||||||..||||||
Sbjct  738  GCTCATCGAGGAGTATGAGGGCAAGCTGAGCAAGGCCCAAGT-GTTTTATGAGCGTGAGCTTGATAACTTGAAA  810

Query  685  AGGTCACAGCTTTTTACAGCAGAAAGCCTACAGGCCAGCAAAGAAAAGGAAGCTGATCTTAGAAAAGAATTTCA  758
            |||||||||||.||.|||||.||||||.|.||||||||||..||.|||||.||.||||||.|.|||||.||.||
Sbjct  811  AGGTCACAGCTCTTCACAGCCGAAAGCTTGCAGGCCAGCAGGGACAAGGAGGCCGATCTTCGCAAAGAGTTCCA  884

Query  759  GGGACAAGAAGCAATTTTACGAAAAACTATAGGAAAATTAAAGACAGAGTTACAGATGGTACAGGATGAAGCTG  832
            ||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.|.|||||||||.|.||||||||.||||||||||||.
Sbjct  885  GGGACAAGAAGCCATTTTACGAAAAACCATAGGAAAACTGAAGACAGAGCTGCAGATGGTGCAGGATGAAGCTA  958

Query  833  GAAGTCTTCTTGACAAATGCCAAAAGCTTCAGACGGCACTTGCCATAGCAGAGAACAATGTTCAGGTTCTTCAA  906
            |.||.|||||||||||||||||||||.|.||||.|||.||.||||.|||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  959  GCAGCCTTCTTGACAAATGCCAAAAGTTGCAGATGGCTCTGGCCACAGCAGAGAACAATGTACAGGTTCTTCAA  1032

Query  907  AAACAGCTTGATGATGCCAAGGAGGGAGAAATGGCCCTATTAAGCAAGCACAAAGAAGTGGAAAGTGAGCTAGC  980
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.||||||||||||||.||||||||.||.||||||||
Sbjct 1033  AAACAGCTTGATGATGCCAAGGAGGGAGAAATGGCCTTGTTAAGCAAGCACAAGGAAGTGGAGAGCGAGCTAGC  1106

Query  981  AGCTGCCAGAGAACGTTTACAACAGCAAGCTTCAGATCTTGTCCTCAAAGCTAGTCATATTGGAATGCTTCAAG  1054
            |||||||.|.||.||.||.|||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1107  AGCTGCCCGGGAGCGATTGCAAGAGCAAGCTTCAGATCTTGTTCTCAAAGCTAGTCATATTGGAATGCTTCAGG  1180

Query 1055  CAACTCAAATGACCCAGGAAGTTACAATTAAAGATTTAGAATCAGAAAAATCGAGAGTCAATGAGAGATTATCT  1128
            |||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||.|||.|||.||||.|.|
Sbjct 1181  CAACTCAGATGACCCAAGAAGTTACCATTAAAGATTTAGAATCAGAAAAATCCAGAGCCAACGAGCGATTGTGT  1254

Query 1129  CAACTTGAAGAGGAAAGAGCTTTTTTGCGAAGCAAAACCCAAAGTCTGGATGAAGAGCAGAAGCAACAGATTCT  1202
            ||.||.||||||||||||||||||||||..||||.|||.||.||||||||||||||.||||||||.|||.|.||
Sbjct 1255  CAGCTGGAAGAGGAAAGAGCTTTTTTGCAGAGCAGAACGCAGAGTCTGGATGAAGAACAGAAGCAGCAGGTGCT  1328

Query 1203  AGAACTGGAGAAGAAAGTAAATGAAGCAAAGAGAACTCAGCAAGAATATTATGAAAGGGAACTTAAAAACCTGC  1276
            .||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||.|||||.|||||||
Sbjct 1329  GGAGCTGGAGAAGAAAGTAAATGAAGCAAAGAGAACTCAGCAAGAATATTACGAAATGGAGCTTAAGAACCTGC  1402

Query 1277  AAAGTAGATTGGAAGAGGAGGTGACTCAATTAAACGAGGCCCATTCTAAGACTTTGGAAGAATTAGCTTGGAAG  1350
            |||.|.|||||||||..||||||.||||.|||||||||||||||...|||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1403  AAAATCGATTGGAAGGAGAGGTGGCTCAGTTAAACGAGGCCCATGGGAAGACTTTGGAAGAATTAGCTCGGAAG  1476

Query 1351  CACCATATGGCAATTGAAGCTGTCCACAGTAATGCAATTAGGGATAAGAAAAAACTGCAAATGGATTTGGAAGA  1424
            |||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||..||.|||||||.|||.||.||.|.|||.|||||.||
Sbjct 1477  CACCACATGGCGATTGAAGCTGTCCATAGCAATGCAAGCAGAGATAAGATAAAGCTACAGACGGAATTGGAGGA  1550

Query 1425  ACAACATAACAAAGATAAACTAAACCTGGAAGAGGATAAAAATCAGCTTCAACAAGAGCTAGAAAACCTAAAGG  1498
            ||||.||||.||.||.|||||.|..|||||||||||||||||||||||.||||.||||||.||||..||||||.
Sbjct 1551  ACAATATAAAAAGGAGAAACTGAGTCTGGAAGAGGATAAAAATCAGCTCCAACTAGAGCTGGAAAGTCTAAAGC  1624

Query 1499  AAGTACTGGAAGACAAGTTGAATACAGCCAATCAAGAGATTGGCCACCTCCAAGATATGGTAAGGAAAAGTGAA  1572
            |||..||||.|||||||.|||.|.||||||||||.||||||||||.||||||.|||.|.||||||||.||||||
Sbjct 1625  AAGCTCTGGGAGACAAGCTGACTTCAGCCAATCAGGAGATTGGCCGCCTCCAGGATCTCGTAAGGAAGAGTGAA  1698

Query 1573  CAAGGTCTTGGCTCTGCAGAAGGACTTATTGCTAGTCTTCAGGACTCCCAGGAAAGGCTTCAGAATGAGCTTGA  1646
            ||||||||.||||||||.||||||||.|||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||.||
Sbjct 1699  CAAGGTCTCGGCTCTGCCGAAGGACTCATTTCTAGTCTTCAGGATTCCCAGGAAAGGCTTCAGAGTGAGCTGGA  1772

Query 1647  CTTGACTAAAGACAGCCTAAAGGAGACCAAGGATGCTCTATTAAATGTGGAGGGTGAGCTAGAACAAGAAAGGC  1720
            |.||||.||||.|||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||.|||||||.||||||||.|.|
Sbjct 1773  CCTGACAAAAGGCAGGCTGAAGGAGACCAAGGATGCCCTATTAAATGTTGAGGCTGAGCTACAACAAGAACGTC  1846

Query 1721  AACAGCATGAAGAAACAATTGCTG----CCATGAAAGAAGAAGAGAAGCTCAAAGTGGACAAAATGGCCCATGA  1790
            |..|||||||..|.||    ||||    |||||||.||||||||||||||.|..|||||||.||||||||||||
Sbjct 1847  ATGAGCATGAGCAGAC----GCTGGCCACCATGAAGGAAGAAGAGAAGCTGAGGGTGGACAGAATGGCCCATGA  1916

Query 1791  CTTAGAAATTAAGTGGACTGAAAATCTTAGACAAGAGTGTTCTAAACTTCGTGAAGAGTTAAGGCTTCAACATG  1864
            |.|.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||..|.|||||.|||||||||||.|
Sbjct 1917  CCTGGAGATCAAGTGGACTGAAAATCTTAGACAAGAGTGCTCCAAGCTTCGCCAGGAGTTGAGGCTTCAACACG  1990

Query 1865  AAGAGGATAAGAAGTCAGCAATGTCTCAACTTTTGCAGTTGAAAGATCGAGAGAAAAATGCAGCAAGAGATTCA  1938
            ||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||||||.|||||||..|||||||||||||.||.||.||.|||
Sbjct 1991  AAGAAGATAAAAAGTCTGCCATGTCTCAACTGTTGCAGCTGAAAGAGAGAGAGAAAAATGCCGCCAGGGACTCA  2064

Query 1939  TGGCAGAAGAAAGTAGAAGATCTCTTAAACCAGATTTCCTTGCTGAAACAGAATCTGGAGATACAGCTTTCCCA  2012
            |||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||.|||||||.|||||.||||||.|.|||||||.|||
Sbjct 2065  TGGCAGAAGAAGGTGGAAGATCTCTTAAACCAGATCTCCCTGCTGAAGCAGAACCTGGAGCTGCAGCTTTGCCA  2138

Query 2013  GTCTCAGACTTCTTTGCAACAACTGCAAGCCCAGTTTACGCAAGAACGACAGCGGCTTACGCAAGAGCTTGAAG  2086
            |||.|||||.|||.||||.||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||.|||||.|||||.||.|
Sbjct 2139  GTCCCAGACGTCTCTGCAGCAGCTGCAAGCGCAGTTCACGCAAGAGCGCCAGCGACTCACGCAGGAGCTGGAGG  2212

Query 2087  AATTAGAGGAGCAACATCAGCAAAGACACAAATCATTAAAAGAAGCACATGTCCTTGCATTTCAAACTATGGAA  2160
            |..|.||||||||.||||||||.||.|||||.||..|.|||||||||||.|||||.||.||.||.||.||||||
Sbjct 2213  AGCTGGAGGAGCAGCATCAGCAGAGGCACAAGTCCCTCAAAGAAGCACACGTCCTCGCGTTCCAGACCATGGAA  2286

Query 2161  GAGGAAAAGGAAAAGGAGCAAAGAGCTCTTGAAAATCATTTACAACAGAAGCATTCTGCAGAGCTTCAATCACT  2234
            ||.||.|||||||||||||||||.|||||.||.|.|||.|||||.||.|||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 2287  GAAGAGAAGGAAAAGGAGCAAAGGGCTCTGGAGACTCACTTACAGCAAAAGCATTCTGCAGAGCTGCAGTCACT  2360

Query 2235  AAAAGATGCACACAGAGAGTCAATGGAGGGCTTCCGGATAGAAATGGAACAGGAACTTCAGACTCTTCGGTTTG  2308
            .||||||||.|||.|||||||.||||||||||||||..|.||.|||||.|||||.||||||||.||.|||||||
Sbjct 2361  GAAAGATGCGCACCGAGAGTCGATGGAGGGCTTCCGCGTGGAGATGGAGCAGGAGCTTCAGACACTCCGGTTTG  2434

Query 2309  AATTAGAAGATGAAGGAAAGGCTATGCTTGCTTCCTTGCGCTCAGAACTCAACCATCAACATGCAGCTGCAATT  2382
            |.||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||||||||.|||.|.|||
Sbjct 2435  AGTTAGAAGACGAGGGCAAGGCTATGCTTGCTTCCTTGCGTTCTGAACTAAACCATCAACATGCGGCTTCCATT  2508

Query 2383  GATTTGTTACGGCATAATCATCATCAAGAATTGGCAGCTGCTAAAATGGAATTAGAGAGAAGCATAGACATCAG  2456
            |||||.||||||||||.|||.|||||||||.|||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509  GATTTATTACGGCATAGTCACCATCAAGAACTGGCAGCAGCTAAGATGGAATTAGAGAGAAGCATAGACATCAG  2582

Query 2457  CAGAAGACAGAGTAAGGAGCACATATGTAGAATTACAGATCTACAAGAGGAATTAAGACACAGAGAGCATCACA  2530
            |.|.||.|||||||||||||||||.|||||.||.|..|||||.||.|||||..|.||.|||.|.|||||.||||
Sbjct 2583  CCGCAGGCAGAGTAAGGAGCACATGTGTAGGATAAGCGATCTGCAGGAGGAGCTGAGGCACCGGGAGCACCACA  2656

Query 2531  TCTCTGAATTGGATAAGGAGGTTCAGCACCTTCATGAGAATATAAGTGCCCTAACCAAAGAACTGGAATTTAAG  2604
            ||.|.||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||.|.|||||||.||||||||||||.|.|||
Sbjct 2657  TCACAGACTTGGATAAGGAGGTCCAGCACCTCCATGAAAACATAAATACCCTAACGAAAGAACTGGAACTCAAG  2730

Query 2605  GGGAAAGAAATTCTCAGAATACGAAGTGAATCTAACCAACAGATAAGGTTGCATGAACAAGATTTAAACAAGAG  2678
            ||||||||.|||||||||.||||.||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2731  GGGAAAGAGATTCTCAGAGTACGGAGTGAATCCAACCAGCAAATGAGGTTGCATGAACAAGATTTAAACAAGAG  2804

Query 2679  ACTTGAAAAAGAGTTGGATGTCATGACAGCAGACCACCTCAGAGAGAAAAATATCATGCGGGCAGATTTTAATA  2752
            ||||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805  ACTTGAGAAAGAGCTGGATGTCATGACAGCAGACCACCTCAGAGAGAAAAATATCATGCGGGCAGATTTTAATA  2878

Query 2753  AGACTAACGAGCTACTCAAGGAAATAAATGCCGCTTTACAAGTGTCATTAGAAGAAATGGAAGAAAAATATCTA  2826
            |||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.||||||||.||.||||||
Sbjct 2879  AGACTAATGAGCTACTCAAGGAAATAAATGCAGCTTTACAAGTGTCACTAGAAGATATGGAAGAGAAGTATCTA  2952

Query 2827  ATGAGAGAATCAAAACCAGAAGATATACAGATGATTACAGAATTAAAAGCCATGCTTACAGAAAGAGACCAGAT  2900
            |||||||||||||..|||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|.||||||.||||||||.|
Sbjct 2953  ATGAGAGAATCAAGGCCAGAAGATATACAGATGATTGCAGAATTAAAATCCCTGATAACAGAACGAGACCAGGT  3026

Query 2901  CATAAAGAAACTAATTGAGGATAATAAGTTTTATCAGCTGGAATTAGTCAATCGAGAAACTAACTTCAACAAAG  2974
            ||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 3027  CATAAAGAAACTCATTGAGGATAATAAATTTTACCAGCTGGAATTAGTCAATCGAGAAACTAACTTCAACAAAA  3100

Query 2975  TGTTTAACTCAAGTCCTACTGTTGGTGTTATTAATCCATTGGCTAAG-------CAAAAGAAGAAGAATGATAA  3041
            |.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||       ||.|.               
Sbjct 3101  TATTTAACACAAGTCCTACTGTTGGTGTTATTAACCCATTGGCTAAGTCCTCCTCAGAG---------------  3159

Query 3042  ATCACCAACAAACAGGTTTGTGAGTGTTCCCAATCTAAGTGCTCTGGAATCTGGTGGAGTGGGCAATGGACATC  3115
                                                                                      
Sbjct 3160  --------------------------------------------------------------------------  3159

Query 3116  CTAACCGCCTGGATCCCATTCCTAATTCTCCAGTCCACGATATTGAGTTCAACAGCAGCAAACCACTTCCACAG  3189
                                                                                      
Sbjct 3160  --------------------------------------------------------------------------  3159

Query 3190  CCAGTGCCACCTAAAGGGCCCAAGACATTTTTGAGTCCTGCTCAGAGTGAAGCTTCTCCAGTGGCTTCTCCAGA  3263
                                                                                      
Sbjct 3160  --------------------------------------------------------------------------  3159

Query 3264  TCCCCAGCGCCAGGAGTGGTTTGCCCGGTACTTCACATTC  3303
                                                    
Sbjct 3160  ----------------------------------------  3159