Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_12614
- Subject:
- NM_030174.2
- Aligned Length:
- 2334
- Identities:
- 1397
- Gaps:
- 786
Alignment
Query 1 ATGCTAGACAGCTGCAAGCTGAAAAGTGCCTGCAATTTGCCATTTATTTGTAATAAGAAAATAATAAACACTGC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 TGGAACCAGTAATGCAGAAGTCCCCTTGGCTGATCCCGGAATGTACCAGCTGGACATTACATTAAGAAGGGGTC 148
|||||||||.||||.||.|||.||||||||||||
Sbjct 1 ----------------------------------------ATGTACCAGTTGGATATCACACTAAGAAGGGGTC 34
Query 149 AAAGTTTAGCTGCTCGAGATCGAGGAGGGACGAGTGATCCATATGTGAAGTTTAAAATCGGAGGAAAAGAAGTT 222
|||||||||||||.||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.|||.|||||||||||
Sbjct 35 AAAGTTTAGCTGCCCGTGATCGAGGAGGGACAAGCGATCCGTATGTGAAGTTTAAAATTGGAAGAAAAGAAGTT 108
Query 223 TTTAGAAGTAAGATAATACACAAGAACCTCAACCCTGTGTGGGAAGAAAAAGCTTGTATTCTGGTTGATCATCT 296
||||||||.||.||.||.|||||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||..|.||..||||.|||||
Sbjct 109 TTTAGAAGCAAAATTATCCACAAGAACCTAAATCCTGTGTGGGAGGAAAAGGCTTGCGTGCTCATTGACCATCT 182
Query 297 TAGGGAGCCATTGTATATAAAGGTATTTGACTATGATTTTGGACTACAGGATGACTTTATGGGCTCAGCCTTTC 370
|||.||||||.|.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 TAGAGAGCCACTATATATCAAGGTATTTGACTATGATTTTGGACTGCAAGATGACTTTATGGGCTCAGCCTTTC 256
Query 371 TGGATCTGACACAATTGGAGTTAAACAGGCCCACAGATGTGACCCTTACTCTGAAAGATCCTCATTATCCTGAC 444
|.|||||.||.||.|||||||||||||||.||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||||||
Sbjct 257 TTGATCTCACTCAGTTGGAGTTAAACAGGTCCACAGATGTTACCCTAACTCTGAAAGACCCCCATTATCCTGAC 330
Query 445 CATGATCTTGGAATCATTTTGCTCTCAGTCATCCTTACCCCTAAAGAAGGAGAGTCCAGGGATGTGACAATGCT 518
|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||...||||||||||||||||||
Sbjct 331 CATGACCTTGGAATCATTTTGCTGTCAGTCATCCTTACGCCTAAGGAAGGTGAACACAGGGATGTGACAATGCT 404
Query 519 AATGAGGAAGAGTTGGAAAAGATCAAGTAAGGAACTTTCAGAAAATGAAGTGGTTGGATCTTATTTCTCTGTGA 592
||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 405 AATGAGGAAGAGTTGGAAAAGATCCAGTAAG------------------------------------------- 435
Query 593 AGTCTCTCTTTTGGAGGACGTGCGGCAGGCCAGCTCTTCCTGTCCTGGGCTTCTGCAGAGCAGAGCTTCAGAAT 666
Sbjct 436 -------------------------------------------------------------------------- 435
Query 667 CCTTATTGCAAAAATGTACAATTTCAGACCCAAAGTTTACGCCTATCAGACCTACACAGAAAATCGCATCTTTG 740
|||||||||||||||||||||||.||.||||..|||||.|||||.||.|||||
Sbjct 436 ---------------------TTTCAGACCCAAAGTTTACGCCTGTCCGACCAGCACAGGAAATCACACCTTTG 488
Query 741 GAGAGGAATAGTCAGCATCACCTTGATTGAAGGGAGAGACCTCAAGGCCATGGATTCCAACGGGTTGAGCGATC 814
||||||||||||||||||||||||||||||.||..||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||.||||
Sbjct 489 GAGAGGAATAGTCAGCATCACCTTGATTGAGGGTCGAGATCTCAAAGCAATGGATTCCAATGGGTTGAGTGATC 562
Query 815 CCTACGTGAAGTTCCGGCTTGGGCATCAGAAGTACAAGAGCAAGATTATGCCAAAAACGTTGAATCCTCAGTGG 888
|.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||
Sbjct 563 CATATGTGAAGTTCCGGCTTGGCCATCAGAAGTACAAGAGCAAGATTATGCCCAAAACTTTGAACCCTCAGTGG 636
Query 889 AGGGAACAATTTGATTTTCACCTTTATGAAGAAAGAGGAGGAGTCATTGATATCACTGCATGGGACAAAGATGC 962
|||||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||.||..||||.||.||||||||.||||||||||||||
Sbjct 637 AGGGAGCAATTTGATTTCCATCTCTATGAAGAAAGAGGTGGGATCATGGACATCACTGCCTGGGACAAAGATGC 710
Query 963 TGGGAAAAGGGATGATTTCATTGGCAGGTGCCAGGTCGACCTGTCAGCCCTCAGTAGGGAACAGACGCACAAGC 1036
|||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||.||||||||..|||||||||||||.||.||.|||||||
Sbjct 711 TGGGAAAAGAGATGACTTTATTGGAAGGTGCCAGGTTGACCTGTCTTCCCTCAGTAGGGAGCAAACTCACAAGC 784
Query 1037 TGGAGTTGCAGCTGGAAGAGGGTGAGGGACACCTGGTGCTGCTGGTCACTCTGACAGCATCAGCCACAGTCAGC 1110
|||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||||.|.
Sbjct 785 TGGAGTTACATCTGGAAGAGGGTGAGGGCCACCTGGTTCTGCTTGTCACTCTGACAGCCTCGGCCACAGTCTGT 858
Query 1111 ATCTCTGACCTGTCTGTCAACTCCCTGGAGGACCAGAAGGAACGAGAGGAGATATTAAAGAAATATAGCCCATT 1184
|||||||||||.||||||||.|||.||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||.||||||||||.|
Sbjct 859 ATCTCTGACCTCTCTGTCAATTCCATGGAGGACCAGAAGGAGCGGGAAGAGATATTAAAGAGATATAGCCCACT 932
Query 1185 GAGGATATTTCACAACCTGAAAGATGTGGGATTTCTCCAGGTGAAAGTCATCAGAGCGGAAGGGTTAATGGCTG 1258
||||||||||.|||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||
Sbjct 933 GAGGATATTTAACAACCTAAAAGACGTGGGATTTCTCCAGGTGAAAGTCATCAGAGCAGAAGGTTTGATGGCTG 1006
Query 1259 CCGACGTCACTGGAAAAAGTGACCCATTTTGTGTGGTAGAACTGAACAACGATAGACTGCTAACACATACTGTC 1332
|.||.|||||.||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.
Sbjct 1007 CAGATGTCACAGGTAAAAGTGATCCATTTTGTGTAGTAGAACTGAACAATGATAGGCTGCTAACACACACTGTG 1080
Query 1333 TACAAAAATCTCAATCCTGAGTGGAATAAAGTCTTCACGTTCAACATTAAAGATATCCATTCAGTTCTTGAAGT 1406
||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1081 TACAAAAACCTCAATCCTGAGTGGAACAAAGTGTTCACATTTAACATTAAAGACATTCATTCAGTTCTTGAAGT 1154
Query 1407 GACAGTTTATGATGAAGATCGGGATCGAAGTGCTGACTTTCTGGGCAAAGTTGCTATACCATTGCTGTCTATTC 1480
|||||||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 GACAGTTTATGATGAAGATCGTGACCGGAGTGCCGACTTTCTGGGCAGAGTCGCTATACCATTGCTGTCTATTC 1228
Query 1481 AAAATGGTGAACAGAAAGCCTACGTCTTGAAAAACAAGCAGCTGACAGGGCCAACAAAGGGGGTCATCTATCTT 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229 AAAATGGTGAACAGAAAGCCTACGTCTTGAAAAACAAGCAGCTGACAGGGCCAACAAAGGGGGTCATCTATCTT 1302
Query 1555 GAAATAGATGTGATTTTTAATGCTGTGAAAGCCAGCTTACGAACATTAATACCCAAAGAACAGAAGTACATTGA 1628
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1303 GAAATAGATGTGATTTTTAATGCTGTGAAAGCCAGCTTACGAACATTAATACCCAAAGAACGGAAGTACATTGA 1376
Query 1629 AGAGGAAAACAGACTCTCTAAACAGCTGCTACTAAGAAACTTTATCAGAATGAAACGTTGTGTCATGGTGCTGG 1702
||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||..||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 1377 AGAGGAAAACAGACTCTCTAAACAGCTGCTTCTAAGAAACTTTATCAGAACAAAACGTTGTGTCATAGTGCTTG 1450
Query 1703 TAAATGCTGCATACTACGTTAATAGTTGCTTTGATTGGGATTCACCCCCAAGGAGTCTCGCTGCTTTTGTG--- 1773
||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1451 TAAACGCTGCATACTACGTTAATAGTTGCTTTGATTGGGATTCGCCCCCAAGGAGTCTTGCTGCTTTTGTGCTC 1524
Query 1774 -------GCCTTGTATGGGACTTT--------CAT-----------------------TAATGTC--------- 1800
.|.||||.|||.||||| ||| ||.||.|
Sbjct 1525 TTTCTCCTCATTGTCTGGAACTTTGAGCTCTACATGATACCACTGCTGCTGTTGTTACTATTGACATGGAACTA 1598
Query 1801 -------------------------------------------------------------------------- 1800
Sbjct 1599 CTTCCTGATAATATCCGGGAAAGACAACAGGCAACGGGACACAGTAGTGGAGGACATGCTGGAGGACGAAGAGG 1672
Query 1801 -------------------------------------------------------------------------- 1800
Sbjct 1673 AAGAAGATGACAGAGATGACAAGGATGGTGAAAAGAAAGGATTTATAAATAAAATCTATGCGATCCAGGAAGTC 1746
Query 1801 -------------------------------------------------------------------------- 1800
Sbjct 1747 TGTGTCAGTGTGCAGAACATCCTAGATGAAGTGGCTTCCCTTGGTGAAAGGATAAAGAATACTTTCAACTGGAC 1820
Query 1801 -------------------------------------------------------------------------- 1800
Sbjct 1821 TGTCCCCTTCTTAAGCTGGCTGGCCATTGTAGCCCTGTGTGTGTTCACCGCCATTCTGTACTTCATCCCACTGA 1894
Query 1801 -------------------------------------------------------------------------- 1800
Sbjct 1895 GATACATTGTTCTTGTTTGGGGAATTAATAAATTTACAAAAAAGCTTCGGAGTCCATATGCAATTGATAACAAT 1968
Query 1801 -------------------------------------------------------------------------- 1800
Sbjct 1969 GAACTACTTGACTTCCTTTCCAGAGTTCCTTCAGATGTACAAGTGGTGCAGTACCAAGAACTGAAACCAGATCA 2042
Query 1801 ---------------------------------------- 1800
Sbjct 2043 TTCTCATAGCCCATACAAAAGGAAGAAAAACAACCTTGGC 2082
