Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12652
• Subject: NM_001105533.1
• Aligned Length: 2349
• Identities: 1686
• Gaps: 660

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGTCTGTCGCCCAGTGTTCCCTTGTCGTCGGCGATTTTGCCCCCGACCCTTCTTGGTGGGCTTAGTGGTGGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AATCTGTCTCTTCTACCAGACTCTGACCCTCCGAGGGTCGAGGAAGCTCACAGCCGCTGCCCCTGGGGCTGTCC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CACACACATCCACTGAAACCCAGGCAAGCAGATGCAAGAAAGGATTCTCTCAGGACAAACAGTGCTTCCTTCTC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  TCTGGTAATGCCCAGGAAACCAGAAAGGTCAAAGAATCAATGGAGACACACTTTGGCAGCCATGGCCGAAGGGC  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  CATACTCTACAGGCCTCCTTTCTACAGCAAAACAGAGCTTCAGCTACACCAGCACATTCTGACTCAACATGGCT  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  ATACGGTTGTCATCGCTGAAGAAAGGCTCAATGCTGGCCTAGGGCCGGGGCTACTAGAACAAGGTGATCTGGGC  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  TCTTGGGATCTGCTCATTTGCCTGTCTTCTAAGAAAGCAGAAGGAACACCCTGTATATCCAAGGAAGTCATGTG  518

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  519  CCAGTTAGGTTTACATCAAAAGGCAAACAGATTACCAGAAATACAGCAGCCACTTTGCAGAAAGGAAGGATTAT  592

Query    1  --------------------------------------------------------------------ATGCAA  6
                                                                                ||||||
Sbjct  593  GTCAAATAGTTAGAAGATTCCCAGAACTGCAACTTCCAGTGAGTCCCTCTGTGTGTCTGGATCAGGGAATGCAA  666

Query    7  TTAAAGCCGAGTACTTCGAGTCACCTTTTAAAAACAGTGAAGCCACGTGTGTGGAAACCAGGGGACTGGAGTCG  80
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TTAAAGCCGAGTACTTCGAGTCACCTTTTAAAAACAGTGAAGCCACGTGTGTGGAAACCAGGGGACTGGAGTCG  740

Query   81  TGAACAGCTGAATGAAACGACAGTCCTTGCTCCACATGAAACAATCTTTCGAGCCGAAGATCTATCTGTGATTC  154
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGAACAGCTGAATGAAACGACAGTCCTTGCTCCACATGAAACAATCTTTCGAGCCGAAGATCTATCTGTGATTC  814

Query  155  TTAAAGCGTATGTGTTGGTGACGTCCTTAACCCCTTTGCGTGCATTCATTCATTCGACTGGCACAGTTTGGAAT  228
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  815  TTAAAGCGTATGTGTTGGTGACGTCCTTAACCCCTTTGCGTGCATTCATTCATTCGACGGGCACAGTTTGGAAT  888

Query  229  CCACCAAAGAAAAAACGCTTCACTGTCAAGCTGCAAACATTTTTTGAGACATTCCTGAGAGCCAGTTCACCTCA  302
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CCACCAAAGAAAAAACGCTTCACTGTCAAGCTGCAAACATTTTTTGAGACATTCCTGAGAGCCAGTTCACCTCA  962

Query  303  ACAGGCTTTTGACATTATGAAGGAAGCAATTGGCAAACTACTGCTAGCCGCTGAAGTATTCAGTGAAACATCTA  376
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ACAGGCTTTTGACATTATGAAGGAAGCAATTGGCAAACTACTGCTAGCGGCTGAAGTATTCAGTGAAACATCTA  1036

Query  377  CTCTGGGACCAAAGACCTTCCATAGATGCAGATTCTGCTTTCAACTTCTAACTTTTGATATTGGTTATGGCAGT  450
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTCTGGGACCAAAGACCTTCCATAGATGCAGATTCTGCTTTCAACTTCTAACTTTTGATATTGGTTATGGCAGT  1110

Query  451  TTCATGTACCCTGTAGTGCTCCAGGTACACGAGCATTTAAATTTTCAAGATTATGATAATATGGATTTTGAGGA  524
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTCATGTACCCTGTAGTGCTCCAGGTACACGAGCATTTAAATTTTCAAGATTATGATAATATGGATTTTGAGGA  1184

Query  525  CCAAAATACAGAAGAATTCCTTTTAAATGACACTTTCAATTTTCTCTTCCCTAATGAATCATCACTTTCCATAT  598
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCAAAATACAGAAGAATTCCTTTTAAATGACACTTTCAATTTTCTCTTCCCTAATGAATCATCACTTTCCATAT  1258

Query  599  TTTCTGAGATATTTCAGAGACTTTATAGATCAGATGTTTTCAAGGGTGAAAACTATCAAAAGGAACTAAATCAG  672
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TTTCTGAGATATTTCAGAGACTTTATAGATCAGATGTTTTCAAGGGTGAAAACTATCAAAAGGAACTAAATCAG  1332

Query  673  TGTCTGTCCTTAGAAGAAATTAACTCAATTATGACTTTCATAAAGGAACTTGGAAGTCTGGGACAATTCCAACT  746
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TGTCTGTCCTTAGAAGAAATTAACTCAATTATGACTTTCATAAAGGAACTTGGAAGTCTGGGACAATTCCAACT  1406

Query  747  GCTCTTCCCATCTACTACTCCTGGGATTCAGTCACTGATGCATGAATTTTATGATGTGGCAAATCCTGTGGGAA  820
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCTCTTCCCATCTACTACTCCTGGGATTCAGTCACTGATGCATGAATTTTATGATGTGGCAAATCCTGTGGGAA  1480

Query  821  ATCCTGGCTCAGTCCTGACCCAATACTGGTCTCTTTTAAATGTATTTGAACAATTTCAGTTCATGAATAAAAAG  894
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ATCCTGGCTCAGTCCTGACCCAATACTGGTCTCTTTTAAATGTATTTGAACAATTTCAGTTCATGAATAAAAAG  1554

Query  895  ACACAGCCACATCCACTGGAATGGAATTCTTTCACAGAAGATAAGAACATTGAAAAACCACAAGTGCCATTTGA  968
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  ACACAGCCACATCCACTGGAATGGAATTCTTTCACAGAAGATAAGAACATTGAAAAACCACAAGTGCCATTTGA  1628

Query  969  TGCAATAGAAAATAAAAAAGCTGGAGTTCCACAAATTAAAAATGAAAATAAAGAAATACATTGCAGTGATGATG  1042
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TGCAATAGAAAATAAAAAAGCTGCAGTTCCACAAATTAAAAATGAAAATAAAGAAATACATTGCAGTGATGATG  1702

Query 1043  AAAACACACCATGTCATATCAAGCAGATCTTCACACATCCACATTTGGAACTAAATCCTGACTTTCATCCAAAG  1116
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AAAACACACCATGTCATATCAAGCAGATCTTCACACATCCACATTTGGAACTAAATCCTGACTTTCATCCAAAG  1776

Query 1117  ATCAAAGATTATTACTGTGAAGTCCCATTTGATGTGGTAACAGTGACAATTGGAGTGGAAACTCCTAAGTGTCT  1190
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  ATCAAAGATTATTACTGTGAAGTCCCATTTGATGTGGTAACAGTGACAATTGGAGTGGAAACTCCTAAGTGTCT  1850

Query 1191  GTGCAAGGTGCACCTGTACGAGCAGGCAGGGCCAAGCTTTGCCAGCTACCCTCTGGGCTTAGGAATGAACAAAA  1264
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GTGCAAGGTGCACCTGTACGAGCAGGCAGGGCCAAGCTTTGCCAGCTACCCTCTGGGCTTAGGAATGAACAAAA  1924

Query 1265  TCTCAATATTTGTTGTGGATGAATCTCCAGCACACGGTGAGACTCTGATCACGTACAAACTCACCATCTATAGA  1338
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TCTCAATATTTGTTGTGGATGAATCTCCAGCACACGGTGAGACTCTGATCACGTACAAACTCACCATCTATAGA  1998

Query 1339  GAAGACCGCCCAAGTCTGCCCTTGTTTGAGGCCTTCACAGCATGTGGTTTTGTGCAGGATTGTGGTTTGCTGAT  1412
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GAAGACCGCCCAAGTCTGCCCTTGTTTGAGGCCTTCACAGCATGTGGTTTTGTGCAGGATTGTGGTTTGCTGAT  2072

Query 1413  TCATCCAGAGGAAACCTGTGGGTTACAGCCTATTTCTTCTGACTACATTGAAGCCATTTTACAGTCTGAACTAA  1486
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TCATCCAGAGGAAACCTGTGGGTTACAGCCTATTTCTTCTGACTACATTGAAGCCATTTTACAGTCTGAACTAA  2146

Query 1487  AAAGATGTCCATCTGGGGACATGAAAGGCCAGTGGATTGTGCCTTGCCTTAGTTGTTCGGACAACAGGACGTGT  1560
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AAAGATGTCCATCTGGGGACATGAAAGGCCAGTGGATTGTGCCTTGCCTTAGTTGTTCGGACAACAGGACGTGT  2220

Query 1561  GACTGGAGAGAAATAACCTGGCAGCCCCACAACTGCCAATATGGTGTCCTAACTAAGCCTCAACTCCAGCAGTG  1634
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GACTGGAGAGAAATAACCTGGCAGCCCCACAACTGCCAATATGGTGTCCTAACTAAGCCTCAACTCCAGCAGTG  2294

Query 1635  CCTGGGAGGAAGGAAGTTGGGTGTCGATGTCCAGAGAGTTCCTAGAAGCCGTAAT  1689
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CCTGGGAGGAAGGAAGTTGGGTGTCGATGTCCAGAGAGTTCCTAGAAGCCGTAAT  2349